genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.28.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64473564

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  28  of  213  ( 25468 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7496879--7496959	34	2.4	34	95	0	144	17	12	33	37	1.87
7497396--7497472	32	2.4	32	80	0	91	44	6	24	24	1.77
7501914--7501990	32	2.4	32	80	0	91	44	6	24	24	1.77
7504691--7504783	26	3.8	24	81	13	109	30	20	25	23	1.99
7505193--7505256	28	2.3	28	84	7	78	65	1	0	32	1.02
7505279--7505313	6	5.8	6	100	0	70	82	0	0	17	0.66
7524416--7524531	36	3.2	36	70	13	112	18	18	22	41	1.90
7524379--7524567	72	2.6	73	84	4	258	16	19	21	42	1.89
7526090--7526139	22	2.3	21	86	6	73	52	6	14	28	1.65
7527782--7527820	16	2.4	16	95	0	69	41	0	10	48	1.37
7531978--7532513	114	4.7	113	87	3	752	24	23	25	25	2.00
7532843--7532893	15	3.5	15	81	2	59	23	0	43	33	1.54
7533079--7533125	14	3.3	15	82	8	62	27	0	31	40	1.57
7533144--7533184	14	2.9	14	82	13	57	19	0	48	31	1.49
7533839--7534036	105	1.9	105	91	0	324	50	11	10	27	1.71
7534183--7534453	152	1.8	148	88	7	413	45	12	13	28	1.80
7533839--7534566	261	2.8	259	86	5	1046	45	12	12	29	1.78
7534333--7534549	107	2.0	108	89	2	330	47	11	11	30	1.74
7538721--7538841	43	2.8	43	82	1	145	23	16	31	28	1.96
7541063--7541096	11	3.1	11	86	0	50	41	8	2	47	1.50
7546571--7546634	18	3.4	18	79	14	67	54	4	0	40	1.21
7546650--7546679	15	1.9	16	93	6	53	70	6	0	23	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7547829--7547888	29	2.1	29	87	0	84	28	8	16	46	1.76
7552774--7552855	18	4.4	18	74	10	67	52	3	0	43	1.18
7552846--7552879	16	2.2	16	94	5	61	70	2	0	26	1.01
7554171--7554247	29	2.5	30	85	6	93	31	9	15	44	1.78
7558154--7558339	73	2.5	73	96	0	345	41	25	6	26	1.79
7558340--7558365	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
7561456--7561641	73	2.5	73	97	0	354	40	25	6	27	1.80
7561642--7561685	3	14.7	3	100	0	88	68	0	0	31	0.90
7563471--7563498	5	5.6	5	100	0	56	42	17	21	17	1.89
7564587--7564617	9	3.4	9	90	0	53	38	22	12	25	1.90
7565096--7565134	21	2.0	21	85	10	55	41	38	10	10	1.73
7566756--7566780	12	2.1	12	100	0	50	40	16	0	44	1.47
7566669--7566852	86	2.1	86	81	8	214	35	8	1	53	1.41
7568290--7568373	43	2.0	43	100	0	168	47	23	4	23	1.70
7568309--7568378	22	3.2	22	66	18	65	44	24	4	27	1.72
7572184--7572245	32	1.9	32	86	0	88	24	19	12	43	1.86
7594596--7594643	5	9.6	5	86	0	69	43	0	4	52	1.20
7595589--7595694	25	4.2	25	93	0	185	19	24	19	35	1.95
7595602--7595741	25	6.0	22	79	9	95	17	25	20	36	1.94
7597524--7597574	21	2.4	21	90	0	75	43	17	19	19	1.89
7597652--7597710	24	2.5	24	85	0	82	20	28	5	45	1.72
7599087--7599142	18	3.1	17	75	14	58	26	1	5	66	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7605298--7605387	28	3.3	28	81	6	105	31	23	22	23	1.99
7605726--7605784	27	2.2	27	87	0	82	25	16	20	37	1.93
7605733--7605788	27	2.1	27	93	0	94	23	19	17	39	1.92
7606196--7606281	43	2.0	43	100	0	172	48	13	20	16	1.80
7612437--7612479	23	1.9	22	95	4	77	32	16	18	32	1.93
7614067--7614109	21	2.0	21	86	0	59	32	20	11	34	1.89
7616099--7616154	26	2.2	26	100	0	112	25	25	14	35	1.93
7617857--7617881	12	2.1	12	100	0	50	76	0	24	0	0.80
7618985--7619036	16	3.4	16	81	5	54	76	9	1	11	1.09
7619131--7619290	56	2.8	56	72	13	148	53	3	9	33	1.51
7619242--7619342	24	4.5	23	72	14	75	57	1	5	34	1.34
7619244--7619314	20	3.3	21	81	13	83	56	0	8	35	1.30
7620386--7620421	14	2.5	15	91	8	58	11	16	25	47	1.79
7620673--7620927	127	2.0	128	90	3	399	27	20	21	30	1.98
7620985--7622039	132	8.0	132	94	0	1813	26	24	19	29	1.98
7623275--7623312	6	6.7	6	85	8	53	0	15	0	84	0.63
7623275--7623315	11	3.8	10	84	15	55	0	14	0	85	0.60
7629179--7629230	16	3.4	16	81	5	54	76	9	1	11	1.09
7629457--7629505	20	2.5	20	86	0	71	55	0	8	36	1.30
7629492--7629538	16	2.7	17	80	9	51	53	4	6	36	1.46
7630882--7630920	3	13.0	3	94	0	69	0	30	0	69	0.89
7634674--7634814	44	3.2	44	85	4	187	25	23	21	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7635383--7635621	51	4.7	51	73	3	189	23	20	23	32	1.98
7635150--7635497	173	2.0	173	80	5	391	25	19	24	31	1.98
7635321--7635621	101	3.0	101	86	4	403	23	20	23	32	1.98
7647497--7647652	42	3.7	42	77	16	169	30	26	18	24	1.98
7660967--7661053	26	3.3	26	88	0	120	44	8	13	33	1.73
7660965--7661066	26	3.9	27	84	5	113	44	9	13	32	1.77
7660967--7661066	52	1.9	52	85	0	137	45	9	14	32	1.75
7679666--7680770	318	3.5	315	92	1	1815	49	8	11	30	1.69
7686365--7686433	27	2.6	27	83	2	86	15	27	34	21	1.94
7688322--7688365	23	2.0	22	82	13	54	31	2	4	61	1.28
7688328--7688390	27	2.3	27	84	10	85	26	1	3	68	1.14
7688427--7688473	22	2.1	23	84	7	62	29	0	2	68	1.02
7688549--7688598	21	2.3	22	86	13	68	62	6	0	32	1.20
7692423--7692447	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
7692825--7692898	33	2.3	32	81	6	87	54	4	4	37	1.39
7698501--7698569	25	2.7	25	88	4	93	30	20	27	21	1.98
7698523--7698580	26	2.3	25	84	3	71	29	22	32	15	1.95
7705224--7705322	42	2.4	42	91	1	155	22	28	13	36	1.91
7705430--7705464	2	17.5	2	93	0	61	54	45	0	0	0.99
7709396--7709438	2	22.0	2	80	4	52	44	2	4	48	1.36
7713720--7713762	23	1.9	22	85	4	59	34	9	0	55	1.32
7726069--7726155	42	2.1	41	87	6	131	25	25	10	39	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7726256--7726282	2	13.5	2	100	0	54	51	48	0	0	1.00
7729138--7729177	20	2.0	20	90	5	62	35	2	0	62	1.09
7729418--7729451	3	11.3	3	100	0	68	67	0	0	32	0.91
7729910--7729968	23	2.6	22	83	5	64	55	11	5	27	1.56
7729910--7729943	11	2.9	12	86	8	52	61	11	2	23	1.43
7732958--7733153	109	1.8	107	87	3	295	33	17	16	31	1.93
7741305--7741467	38	4.2	39	84	9	192	67	0	31	0	0.95
7741305--7741486	79	2.4	78	85	9	234	68	0	30	0	0.94
7741306--7741459	10	15.9	10	73	19	89	69	0	29	0	0.93
7742269--7742733	156	3.0	154	78	12	527	52	6	11	30	1.62
7744907--7744942	18	2.0	18	100	0	72	27	33	16	22	1.95
7756286--7756345	27	2.2	27	84	0	84	18	38	28	15	1.91
7756402--7756537	4	33.0	4	72	19	61	69	0	28	1	0.97
7756408--7756534	10	12.2	10	68	15	62	70	0	28	1	0.97
7756412--7756508	38	2.6	38	79	11	119	71	0	26	2	0.97
7757076--7757105	16	1.9	15	93	6	51	70	0	3	26	1.03
7756885--7757655	157	4.9	155	79	11	801	51	6	10	31	1.62
7756867--7757655	313	2.5	313	89	4	1151	51	6	10	31	1.62
7762538--7762584	23	2.0	23	84	8	60	59	14	2	23	1.46
7792613--7792645	3	11.0	3	93	0	57	30	0	36	33	1.58
7793834--7793882	22	2.2	23	85	3	64	55	4	2	38	1.31
7804062--7804107	19	2.4	19	85	0	56	13	21	15	50	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7813912--7813977	30	2.2	30	83	5	80	43	21	10	24	1.83
7816262--7816300	19	2.1	19	90	0	60	43	20	0	35	1.52
7817342--7817413	21	3.4	21	74	0	81	48	18	19	13	1.81
7817316--7817434	42	2.9	42	84	1	150	47	17	21	13	1.82
7819164--7819237	20	4.0	20	73	20	79	28	9	13	48	1.73
7819149--7819249	34	2.9	34	95	1	175	30	8	13	46	1.74
7819143--7819253	14	7.0	15	69	23	59	31	9	15	44	1.77
7819575--7819632	26	2.2	26	96	0	107	43	10	12	34	1.76
7820983--7821028	22	2.0	23	83	4	58	39	8	2	50	1.46
7820994--7821036	22	2.0	22	81	9	52	37	13	0	48	1.43

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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