genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.33.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64473564

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  33  of  213  ( 25468 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8937714--8937793	41	2.0	41	89	0	124	30	16	23	30	1.96
8945280--8945435	43	3.7	43	80	3	154	28	25	16	30	1.97
8949692--8949958	43	6.2	43	87	1	313	26	18	26	28	1.98
8980053--8980299	119	2.0	120	92	3	408	38	15	16	29	1.89
8984679--8984877	94	2.1	94	81	9	224	49	3	1	45	1.26
8984835--8984879	22	2.1	21	88	8	65	33	0	0	66	0.92
8994678--8994743	34	1.9	34	87	6	98	45	15	7	31	1.74
8994921--8995208	9	30.9	9	70	17	137	59	4	1	35	1.24
8994919--8995177	19	13.8	18	66	22	99	60	4	0	34	1.22
8994990--8995032	22	2.0	22	86	8	63	55	4	0	39	1.20
8994990--8995048	20	2.9	22	82	9	63	57	6	0	35	1.25
8995002--8995056	20	2.7	19	81	13	56	60	7	0	32	1.24
8995068--8995140	29	2.6	27	76	10	76	60	1	1	36	1.14
8995080--8995204	46	2.7	44	76	14	119	59	3	1	36	1.23
8995022--8995186	75	2.2	73	80	9	172	60	4	1	33	1.26
8996161--8996368	19	11.4	18	70	14	115	31	0	4	62	1.19
8996161--8996368	9	22.8	9	72	14	115	31	0	4	62	1.19
8996198--8996368	29	6.2	28	72	16	117	29	0	5	64	1.19
8996592--8996731	10	14.6	10	69	14	64	62	4	0	32	1.20
8996593--8996672	38	2.1	38	83	4	99	63	1	1	33	1.10
8996620--8996732	19	5.8	19	70	17	63	62	5	0	30	1.23
8996676--8996732	19	2.9	19	82	5	78	64	5	0	29	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8996656--8996731	30	2.6	29	77	8	82	63	7	0	28	1.23
8997116--8997167	25	2.1	24	85	3	68	5	11	5	76	1.13
8997540--8997572	16	2.1	16	100	0	66	45	12	12	30	1.78
8998078--8998424	89	3.9	89	89	4	488	26	10	15	47	1.78
8998083--8998421	174	2.0	173	89	0	516	25	10	15	47	1.78
8998913--8998974	27	2.3	27	86	13	83	40	0	1	58	1.08
8998910--8998968	8	6.4	9	76	23	52	40	0	1	57	1.09
8998913--8998975	9	7.0	8	81	13	54	41	0	1	57	1.08
8998913--8998978	8	7.2	9	75	23	50	40	0	1	57	1.08
8998910--8999088	19	9.5	19	71	10	109	34	1	3	61	1.20
8998910--8999067	10	16.7	9	69	17	97	34	1	3	60	1.20
9009610--9009652	17	2.6	17	85	10	54	53	2	6	37	1.41
9018725--9018765	21	2.0	21	90	0	64	29	7	39	24	1.82
9018760--9018807	12	4.0	12	83	0	60	29	0	54	16	1.43
9018761--9018810	24	2.1	24	88	7	75	30	0	52	18	1.46
9018776--9018814	6	6.5	6	81	0	51	30	0	51	17	1.46
9030068--9030184	41	2.9	41	86	0	162	29	19	28	23	1.98
9033329--9033445	41	2.9	41	81	7	105	30	27	21	20	1.98
9041183--9041327	41	3.6	41	83	0	175	28	20	27	23	1.99
9042465--9042554	45	2.0	45	97	0	171	21	25	15	37	1.92
9043167--9043213	23	2.0	23	100	0	94	42	8	25	23	1.82
9047990--9048876	228	3.9	228	86	1	1161	30	25	21	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9047990--9049116	228	4.9	227	83	2	1120	29	24	23	23	1.99
9048020--9049116	456	2.4	455	82	4	1253	29	24	23	22	1.99
9049224--9049311	43	2.0	43	95	0	158	23	4	20	51	1.66
9050981--9051012	9	3.7	9	95	4	57	12	21	21	43	1.86
9052358--9052416	30	2.0	30	100	0	118	55	16	3	23	1.56
9054923--9054967	3	15.0	3	80	0	54	33	2	6	57	1.37
9054923--9054967	18	2.5	18	89	7	65	33	2	6	57	1.37
9059655--9059684	14	2.1	14	93	0	51	30	16	20	33	1.94
9059735--9059762	9	3.1	9	100	0	56	46	10	10	32	1.73
9061867--9061903	19	1.9	19	89	10	58	27	37	2	32	1.71
9063154--9063205	24	2.2	24	85	0	68	50	7	3	38	1.50
9068703--9068794	36	2.5	37	79	13	109	45	1	22	30	1.60
9068744--9068799	18	3.2	18	74	16	55	42	0	25	32	1.55
9070115--9070178	13	4.9	13	83	7	85	34	9	17	39	1.82
9070765--9070808	22	2.0	21	91	4	70	40	4	13	40	1.65
9072366--9072401	12	3.0	12	100	0	72	66	16	8	8	1.42
9073202--9073230	14	2.1	14	100	0	58	37	6	20	34	1.80
9074088--9074149	25	2.4	27	89	5	92	41	0	0	58	0.98
9074090--9074136	22	2.3	19	85	10	58	42	0	0	57	0.98
9088402--9088441	16	2.5	17	84	12	57	15	2	10	72	1.21
9104083--9104220	23	5.9	23	72	16	113	21	25	21	31	1.98
9104083--9104220	72	1.9	71	94	1	240	21	25	21	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9111698--9111743	21	2.1	22	88	8	67	52	0	8	39	1.33
9113386--9113621	3	77.0	3	66	20	82	33	3	4	58	1.35
9115306--9115443	27	5.1	27	82	6	165	47	7	6	38	1.57
9115304--9115444	13	10.7	13	78	5	149	48	7	7	37	1.58
9115301--9115444	40	3.6	39	82	11	150	47	6	7	38	1.59
9116422--9116461	18	2.2	18	100	0	80	57	5	15	22	1.57
9117207--9117242	7	5.1	7	96	0	63	44	0	41	13	1.44
9119496--9119562	9	7.4	9	86	0	89	46	20	7	25	1.77
9135264--9135297	9	3.9	9	88	3	52	52	2	0	44	1.16
9139088--9139121	14	2.3	15	95	5	61	61	32	0	5	1.20
9140520--9140589	30	2.3	29	79	13	79	37	11	4	47	1.59
9140980--9141193	108	2.0	109	85	4	290	30	14	18	36	1.91
9141660--9141693	17	2.0	17	100	0	68	47	17	11	23	1.81
9144924--9144974	26	2.0	26	96	0	93	39	21	19	19	1.93
9144925--9144985	26	2.3	26	86	5	88	40	19	19	19	1.91
9145065--9145111	25	1.9	24	83	12	60	51	21	17	10	1.75
9145441--9145479	5	7.6	5	82	5	51	41	17	0	41	1.50
9146316--9146358	19	2.3	19	83	0	50	11	23	34	30	1.90
9146530--9146562	17	1.9	17	100	0	66	30	12	9	48	1.71
9148447--9148623	64	2.8	64	90	2	268	28	27	20	24	1.99
9148416--9148653	64	3.8	64	83	4	234	26	27	20	25	1.99
9151924--9151998	32	2.5	29	78	8	87	77	2	18	1	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9151919--9151999	19	4.0	20	73	7	65	76	2	19	1	0.97
9151947--9151999	23	2.2	24	86	3	72	79	1	18	0	0.83
9153254--9153305	24	2.2	24	92	0	86	36	1	9	51	1.46
9153588--9153678	40	2.3	40	80	10	107	51	3	20	24	1.62
9153588--9153678	20	4.6	19	74	15	78	51	3	20	24	1.62
9155685--9155723	18	2.3	18	86	8	55	43	12	5	38	1.65
9155880--9155910	15	2.1	15	100	0	62	22	32	6	38	1.80
9159272--9159301	15	2.0	15	93	0	51	23	46	6	23	1.75
9160043--9160081	18	2.3	18	86	8	55	43	12	5	38	1.65
9160239--9160269	15	2.1	15	100	0	62	22	32	6	38	1.80
9161382--9161440	29	2.0	29	100	0	118	30	13	10	45	1.76
9162822--9162918	40	2.4	40	81	8	99	41	24	19	14	1.89
9163002--9163118	41	2.9	41	86	0	162	21	20	23	34	1.97
9163002--9163138	41	3.3	40	81	4	148	20	18	24	35	1.95
9163002--9163154	82	1.9	82	80	2	182	21	18	25	33	1.96
9163756--9163784	14	2.0	15	93	6	51	27	6	31	34	1.83
9164056--9164153	7	13.9	7	70	2	52	8	1	43	46	1.40
9164047--9164087	21	2.0	21	85	0	55	7	0	39	53	1.29
9167697--9167826	56	2.3	56	90	1	197	48	9	3	38	1.53
9167767--9167904	37	3.7	37	96	0	240	49	9	5	35	1.59
9167849--9168075	58	4.0	57	90	2	348	46	8	5	39	1.58
9168012--9168149	37	3.7	37	94	0	231	48	9	6	35	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9167697--9168387	245	2.8	244	96	0	1242	47	9	4	37	1.58
9168094--9168316	57	3.9	57	86	2	315	46	10	4	38	1.60
9168258--9168378	37	3.3	37	91	0	188	47	10	5	36	1.63
9168367--9168566	9	22.9	9	74	8	180	45	20	2	32	1.62
9168386--9168564	95	1.9	95	81	2	216	44	21	2	31	1.64
9168377--9168602	104	2.2	102	78	9	235	46	19	1	31	1.61
9173692--9173750	21	2.8	21	87	5	75	33	20	40	5	1.74
9174061--9174180	42	2.9	41	88	2	177	35	20	21	21	1.96
9174152--9174271	43	2.8	43	91	1	179	24	20	20	34	1.97
9174968--9175157	104	1.8	105	81	5	242	45	7	12	34	1.70

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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