genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.116.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64473564

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   

This is table  116  of  213  ( 25468 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33232844--33232886	13	3.5	13	75	18	56	48	13	0	37	1.43
33232844--33232894	23	2.3	23	96	3	95	49	11	0	39	1.40
33235411--33235506	19	4.9	19	91	5	156	37	10	15	36	1.82
33235411--33235513	40	2.7	38	88	8	156	37	9	16	35	1.82
33235445--33235529	21	4.0	22	77	14	72	37	5	16	40	1.73
33235495--33235539	23	2.0	23	82	4	56	33	2	15	48	1.57
33236669--33236708	19	2.0	20	85	4	55	32	5	10	52	1.56
33236952--33237146	98	2.0	98	96	0	363	28	10	24	36	1.88
33240250--33240282	2	16.5	2	100	0	66	0	48	0	51	1.00
33242949--33243164	100	2.1	101	86	0	299	31	13	24	29	1.94
33245865--33245905	17	2.4	17	95	0	73	19	36	31	12	1.89
33245865--33245913	17	2.9	17	90	0	71	20	32	32	14	1.92
33246482--33246512	16	1.9	16	93	0	53	74	0	0	25	0.82
33249970--33250190	101	2.2	101	86	1	309	32	16	23	27	1.96
33250068--33250146	35	2.3	35	82	8	92	32	15	22	29	1.95
33250101--33250178	33	2.4	32	80	6	84	35	17	20	25	1.95
33256023--33256119	49	2.0	49	100	0	194	49	2	5	43	1.36
33258967--33259026	28	2.1	30	84	6	79	35	15	11	38	1.83
33262257--33262293	18	2.1	18	94	0	65	24	27	8	40	1.83
33262724--33262771	25	1.9	25	100	0	96	45	0	14	39	1.45
33262828--33263280	44	10.0	44	81	8	425	48	24	1	26	1.58
33262828--33263280	67	6.7	67	78	12	426	48	24	1	26	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33262832--33263280	23	19.8	23	80	10	403	48	23	1	26	1.58
33263162--33263281	21	5.5	22	89	6	165	49	29	0	20	1.55
33263162--33263257	43	2.2	43	94	0	174	47	31	0	20	1.50
33263285--33263524	116	2.1	116	92	1	392	40	9	7	43	1.64
33266539--33266915	125	3.0	125	92	2	625	32	23	14	29	1.94
33269057--33269085	9	3.0	10	90	10	51	82	0	0	17	0.66
33269057--33269109	19	2.8	19	79	0	61	75	1	0	22	0.90
33269060--33269149	28	3.1	29	78	12	89	67	2	2	27	1.14
33269161--33269198	19	2.0	19	90	10	60	63	5	5	26	1.37
33269442--33269496	10	5.7	10	77	14	62	29	3	1	65	1.20
33277207--33277253	22	2.1	23	84	4	60	46	6	17	29	1.72
33287132--33287572	236	1.9	235	89	1	695	35	16	22	26	1.95
33290380--33290583	108	1.9	108	88	4	313	50	18	6	25	1.71
33292502--33292556	27	2.0	27	96	0	101	32	23	9	34	1.86
33293462--33293498	13	2.8	13	91	0	56	18	29	21	29	1.97
33315636--33315675	16	2.5	16	87	0	62	42	5	22	30	1.75
33315817--33315985	55	2.8	61	83	11	201	53	3	1	42	1.26
33318950--33318984	17	2.0	18	88	5	54	11	34	45	8	1.71
33319435--33319472	13	2.9	13	96	0	67	23	21	13	42	1.88
33322830--33322881	20	2.6	19	93	3	86	21	25	38	15	1.92
33323250--33323324	26	2.8	26	76	6	71	21	21	21	36	1.96
33325219--33325243	11	2.3	11	100	0	50	60	16	16	8	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33326602--33326665	33	1.9	33	84	6	85	23	25	23	28	2.00
33330886--33330966	31	2.6	31	92	1	128	40	2	0	56	1.12
33332040--33332125	43	2.0	43	93	0	145	45	11	10	32	1.75
33333418--33333461	20	2.2	20	88	4	63	22	0	2	75	0.92
33342715--33342739	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
33344239--33344547	47	6.6	47	95	0	555	29	9	31	29	1.88
33361363--33361411	11	4.9	10	79	16	57	57	14	22	6	1.59
33361363--33361410	20	2.4	20	89	6	71	56	14	22	6	1.61
33361523--33361569	17	2.8	17	90	0	67	25	27	27	19	1.99
33361715--33361751	9	4.1	9	85	0	56	43	13	10	32	1.79
33361717--33361752	18	2.0	18	94	0	63	38	13	11	36	1.81
33361802--33361857	28	1.9	29	85	7	78	19	42	0	37	1.52
33361963--33362021	30	2.0	30	83	6	75	20	37	0	42	1.52
33362101--33362158	17	3.2	17	79	16	55	24	24	0	51	1.48
33364449--33364497	20	2.5	20	93	0	80	48	8	12	30	1.69
33369376--33369401	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
33370151--33370185	17	2.1	17	94	0	61	60	5	28	5	1.43
33370110--33370226	58	2.0	58	88	0	171	44	10	28	17	1.81
33373799--33373832	16	2.1	17	88	5	52	55	0	2	41	1.15
33375268--33375308	10	3.8	11	87	6	50	7	4	4	82	0.93
33375268--33375302	10	3.4	10	88	4	52	8	2	2	85	0.79
33378271--33378314	20	2.1	21	84	12	56	52	13	25	9	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33380693--33380741	20	2.5	19	84	15	64	83	8	0	8	0.81
33380693--33380751	26	2.3	25	88	5	91	83	6	3	6	0.91
33386734--33386810	34	2.4	33	84	6	104	48	7	14	29	1.72
33389745--33389802	20	2.9	19	78	16	64	34	12	27	25	1.91
33389743--33389808	20	3.3	19	72	8	60	39	10	25	24	1.87
33391030--33391065	18	1.9	19	88	5	56	52	0	22	25	1.47
33395393--33395435	8	5.5	8	78	15	54	25	0	2	72	0.97
33395395--33395436	15	2.9	15	76	16	52	28	0	2	69	1.01
33398858--33398984	62	2.0	62	100	0	254	22	26	3	47	1.66
33399094--33399132	19	2.0	21	90	10	64	58	0	10	30	1.31
33413725--33413931	106	2.0	106	86	3	292	24	15	16	42	1.87
33415604--33415811	91	2.3	91	88	2	301	45	3	3	46	1.39
33415865--33416057	63	3.2	61	69	20	170	41	3	6	48	1.44
33415949--33416000	15	3.6	15	80	12	56	44	0	1	53	1.11
33415827--33416123	120	2.5	118	91	4	490	43	2	4	49	1.37
33416065--33416099	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
33416247--33416351	44	2.5	40	74	15	113	30	28	4	36	1.78
33416245--33416354	45	2.6	44	80	8	131	30	28	5	35	1.80
33416333--33416386	16	3.4	16	94	0	90	31	35	0	33	1.58
33418044--33418126	25	3.2	25	77	9	87	18	25	24	32	1.97
33418203--33418231	14	2.1	14	100	0	58	20	13	6	58	1.58
33420562--33420689	62	2.1	61	86	1	175	23	25	25	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33423403--33423439	19	1.9	19	89	10	58	27	0	27	45	1.54
33430070--33430128	13	4.8	12	70	17	50	52	1	35	10	1.45
33430072--33430128	19	3.1	19	69	19	57	50	1	36	10	1.47
33431025--33431095	35	2.0	35	91	0	115	47	8	5	38	1.57
33433032--33433109	34	2.3	34	82	4	95	41	12	14	32	1.83
33444043--33444084	21	2.0	21	100	0	84	33	19	19	28	1.96
33449782--33449874	48	2.0	47	85	8	127	49	7	6	36	1.57
33458058--33458093	11	3.2	11	88	4	54	30	0	0	69	0.89
33458124--33458149	5	5.2	5	100	0	52	0	19	57	23	1.40
33458164--33458230	27	2.5	27	97	0	125	31	23	32	11	1.91
33458300--33458343	21	2.1	21	91	0	70	29	2	11	56	1.46
33458431--33458476	16	2.9	16	80	3	58	60	2	2	34	1.21
33458509--33458590	38	2.2	38	97	0	155	39	2	3	54	1.31
33458623--33458744	60	2.0	60	85	6	167	53	13	0	31	1.46
33458732--33458898	27	7.2	21	76	16	104	53	13	0	32	1.45
33458759--33458889	8	15.4	8	66	20	61	50	13	0	35	1.48
33458785--33458972	19	9.7	19	68	22	108	53	12	0	33	1.39
33458785--33458889	27	4.1	27	90	7	159	52	12	0	35	1.39
33458812--33458960	67	2.3	60	80	11	138	55	12	0	32	1.37
33458968--33459034	27	2.5	27	92	0	107	13	31	23	31	1.93
33458968--33459045	27	2.9	27	83	14	99	15	30	24	29	1.95
33459377--33459406	15	2.0	15	93	0	51	56	0	6	36	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33460476--33460541	34	1.9	34	81	6	80	50	0	0	50	1.00
33461198--33461223	3	8.7	3	100	0	52	65	0	0	34	0.93
33462372--33462687	41	7.8	40	80	5	298	21	20	28	29	1.98
33462374--33462687	81	3.9	81	80	5	339	21	20	28	29	1.98
33462368--33462646	122	2.3	121	85	4	355	21	20	28	29	1.98
33462369--33462685	122	2.6	121	81	7	347	21	20	28	29	1.98
33463147--33463197	21	2.4	21	83	0	66	27	1	37	33	1.68
33463291--33463354	7	9.3	7	78	10	60	14	0	56	29	1.39
33463279--33463328	20	2.5	20	100	0	100	18	0	50	32	1.47
33463434--33463490	21	2.7	21	83	5	62	26	0	35	38	1.57

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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