genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.13.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64473564

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3647135--3647256	18	6.4	18	67	25	74	44	18	1	35	1.60
3647116--3647521	26	16.1	26	87	7	579	46	20	0	32	1.56
3647293--3647423	19	7.5	19	62	26	65	48	20	0	30	1.55
3647240--3647521	77	3.7	76	95	1	492	47	20	0	31	1.54
3647513--3647566	9	5.7	10	79	20	55	42	20	0	37	1.52
3647487--3647552	18	3.6	18	84	10	89	46	18	0	34	1.49
3647402--3647566	18	9.5	18	66	30	69	45	20	0	33	1.52
3653311--3653344	14	2.4	14	95	0	59	17	8	20	52	1.71
3653398--3653785	42	9.2	42	88	1	427	26	20	21	31	1.98
3654450--3654524	19	3.8	19	89	6	123	36	14	10	38	1.81
3654446--3654523	40	1.9	41	97	2	149	37	12	10	39	1.78
3657541--3657633	18	5.2	18	93	0	159	27	23	16	32	1.96
3664162--3664206	24	1.9	23	82	13	56	28	6	2	62	1.33
3669249--3669312	31	2.1	31	87	0	92	37	10	7	43	1.69
3673300--3673377	39	2.0	39	94	0	138	48	10	29	11	1.72
3675090--3675376	42	6.8	42	91	2	443	33	21	21	23	1.97
3675090--3675477	42	9.2	42	84	5	394	32	21	20	26	1.97
3675531--3675564	14	2.4	14	95	0	59	52	20	8	17	1.71
3675788--3675858	21	3.4	21	80	0	79	2	45	18	33	1.64
3681308--3681395	9	9.9	9	69	28	64	35	0	20	44	1.52
3681353--3681656	26	12.1	26	86	8	398	31	1	20	46	1.59
3681489--3681609	18	6.4	19	63	24	58	31	1	19	47	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3681353--3681656	121	2.4	121	88	5	430	31	1	20	46	1.59
3681515--3681558	18	2.4	18	84	0	70	34	4	18	43	1.70
3681572--3681652	19	4.5	19	71	22	84	34	0	18	46	1.49
3681916--3681986	13	5.5	13	86	0	106	50	2	7	39	1.44
3681915--3681986	26	2.8	26	100	0	144	50	2	6	40	1.44
3681991--3682289	17	16.6	17	70	23	161	42	1	11	43	1.51
3681958--3682298	57	6.5	57	75	20	375	44	2	10	42	1.51
3682008--3682118	44	2.7	40	86	10	177	44	1	10	43	1.50
3681975--3682277	101	3.0	100	94	4	533	44	1	10	42	1.50
3682109--3682215	40	2.7	40	94	2	189	43	1	11	42	1.51
3681958--3682266	97	3.1	97	93	4	521	44	2	10	42	1.51
3682567--3683329	380	2.0	380	98	1	1467	48	13	9	27	1.74
3683311--3683343	11	3.1	11	82	8	50	60	18	0	21	1.36
3683537--3683576	11	3.7	11	93	3	64	27	27	10	35	1.89
3684103--3684132	14	2.1	14	100	0	60	53	6	13	26	1.64
3685445--3685496	27	1.9	27	88	0	77	50	9	0	40	1.35
3685564--3685600	10	3.7	10	92	0	65	43	13	0	43	1.44
3686500--3686676	82	2.2	82	96	0	327	36	20	14	28	1.92
3686816--3687009	41	4.7	41	80	5	205	38	22	23	16	1.93
3686816--3687011	82	2.4	82	97	1	367	38	21	23	16	1.93
3688619--3688700	29	2.9	27	78	8	83	39	2	6	52	1.39
3688884--3689155	43	6.3	43	84	3	271	28	33	18	20	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3688884--3689093	85	2.4	86	84	1	260	27	34	18	19	1.95
3688906--3689135	85	2.7	84	79	5	237	26	33	18	21	1.97
3691620--3691667	7	7.0	7	83	4	53	31	54	2	12	1.49
3692195--3692444	41	6.1	41	88	1	367	28	30	19	21	1.98
3695413--3695442	14	2.1	14	93	0	51	46	6	30	16	1.73
3700405--3700707	40	7.6	40	88	3	380	27	28	20	23	1.99
3700370--3700707	120	2.8	119	84	3	394	26	28	20	24	1.99
3708380--3708603	40	5.6	40	96	0	387	26	29	20	23	1.99
3708345--3708682	40	8.5	40	87	4	220	26	28	20	24	1.99
3708345--3708643	120	2.5	119	84	3	397	25	28	20	24	1.99
3708345--3708629	80	3.6	80	89	0	376	25	29	20	24	1.99
3708345--3708682	120	2.8	119	83	4	360	26	28	20	24	1.99
3708614--3708691	40	1.9	41	82	10	97	28	28	20	23	1.99
3712644--3712736	18	5.2	18	81	0	114	33	13	22	30	1.93
3722056--3722122	27	2.5	27	80	0	89	19	31	35	13	1.90
3728329--3728378	22	2.3	22	82	6	57	66	0	14	20	1.26
3728541--3728572	11	2.6	13	80	19	50	65	0	0	34	0.93
3731573--3731611	21	1.9	21	89	5	62	64	0	0	35	0.94
3731781--3731859	9	8.3	9	75	18	54	63	2	0	34	1.08
3731819--3731859	9	4.4	9	87	6	55	63	0	0	36	0.95
3732124--3732172	20	2.5	19	78	21	57	34	0	2	63	1.06
3740131--3740178	21	2.4	20	86	13	64	39	16	12	31	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3740361--3740442	40	2.0	40	83	4	101	48	3	8	39	1.51
3740583--3740665	38	2.2	39	80	2	96	43	18	9	28	1.81
3754530--3754562	17	1.9	17	88	11	50	57	3	0	39	1.14
3755241--3755275	9	3.9	9	84	0	52	28	14	14	42	1.84
3756893--3756941	6	7.8	6	79	6	53	46	16	18	18	1.84
3756928--3757007	39	2.1	39	86	6	110	38	20	18	22	1.93
3757522--3757546	4	6.2	4	100	0	50	24	0	0	76	0.80
3758399--3758432	11	2.8	12	86	13	52	0	23	0	76	0.79
3761000--3761037	19	2.0	19	89	0	58	50	7	5	36	1.54
3761133--3761310	19	9.1	19	73	21	136	53	14	0	30	1.45
3761150--3761276	27	5.1	26	79	16	142	54	13	0	31	1.45
3761086--3761310	50	4.9	48	80	13	233	52	15	0	30	1.49
3761267--3761323	21	2.7	21	91	2	87	57	12	1	28	1.44
3761229--3761310	40	2.0	41	95	2	148	56	15	0	28	1.40
3761368--3761392	7	3.6	7	100	0	50	60	0	0	40	0.97
3761405--3761430	12	2.2	12	100	0	52	46	15	0	38	1.46
3761508--3761537	13	2.3	13	94	0	51	56	6	0	36	1.26
3761548--3761616	13	5.2	13	76	13	70	50	1	5	42	1.35
3761690--3761785	42	2.3	42	90	3	149	36	1	12	50	1.47
3762120--3762229	8	12.4	8	69	19	58	32	0	16	50	1.52
3762111--3762203	27	3.7	27	77	21	121	31	0	15	53	1.42
3762048--3762251	46	4.5	45	84	10	231	30	0	15	52	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3761969--3762182	19	11.4	19	74	19	173	31	0	13	55	1.39
3762299--3762336	19	2.0	19	89	0	58	36	5	7	50	1.54
3764873--3764974	43	2.4	43	94	0	177	15	30	35	18	1.92
3764953--3764995	19	2.3	19	95	0	77	11	20	41	25	1.86
3764913--3765035	62	2.0	61	85	4	167	16	29	34	19	1.93
3764979--3765118	42	3.3	42	74	11	124	20	32	30	16	1.94
3765123--3765182	23	2.6	22	89	5	84	46	1	1	50	1.21
3765237--3765315	34	2.3	35	89	6	117	37	3	8	49	1.52
3765229--3765397	83	2.0	85	93	3	288	37	4	8	49	1.54
3766056--3766100	21	2.1	21	88	8	65	44	2	2	51	1.26
3770878--3770961	9	9.1	9	76	13	82	40	2	1	55	1.20
3770886--3770961	29	2.7	28	82	10	91	39	2	1	56	1.21
3770854--3770961	37	3.0	36	82	10	114	38	3	0	56	1.23
3775274--3775319	14	3.2	14	80	19	51	43	0	0	56	0.99
3781887--3781972	9	9.2	9	78	12	84	38	0	1	60	1.04
3781887--3781972	19	4.6	17	76	13	82	38	0	1	60	1.04
3781887--3781972	10	9.1	9	75	16	59	38	0	1	60	1.04
3781862--3781972	37	3.0	35	78	15	116	38	1	0	58	1.15
3782132--3782203	22	3.5	22	64	14	62	58	4	1	36	1.26
3782128--3782205	40	2.0	40	100	0	156	58	5	1	34	1.28
3790680--3790720	21	2.0	21	95	0	73	19	26	21	31	1.97
3801057--3801108	26	2.0	26	92	0	86	28	32	23	15	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3801033--3801389	103	3.5	103	90	3	533	31	29	20	18	1.96
3803391--3803474	9	8.4	10	73	16	59	55	0	3	40	1.17
3803367--3803486	41	2.9	40	85	6	141	57	0	4	38	1.18
3803424--3803494	29	2.4	30	83	6	92	54	0	4	40	1.20
3813067--3813113	23	2.0	23	91	0	76	38	4	10	46	1.58
3814223--3814263	19	2.2	19	95	0	73	48	9	0	41	1.36
3814299--3814332	17	1.9	18	88	5	52	38	5	0	55	1.24
3814329--3814379	25	2.0	25	92	0	84	45	17	1	35	1.60
3814448--3814491	19	2.3	19	92	0	70	45	11	2	40	1.53
3814527--3814560	17	1.9	18	88	5	52	38	5	0	55	1.24

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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