genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.201.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64473564

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   

This is table  201  of  213  ( 25468 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60132926--60132965	21	1.9	21	94	0	71	60	0	5	35	1.19
60135898--60135933	15	2.4	15	95	0	63	72	0	0	27	0.85
60137812--60137901	39	2.3	39	88	3	126	36	4	6	52	1.48
60141911--60142102	76	2.5	76	89	1	278	27	16	20	35	1.94
60142981--60143314	160	2.1	160	91	0	533	24	24	24	26	2.00
60157586--60157769	95	2.0	91	89	4	278	35	14	18	30	1.91
60157850--60158148	104	2.9	104	86	8	420	28	17	15	38	1.90
60158141--60158174	17	2.0	17	94	0	59	0	14	2	82	0.79
60158228--60158275	24	2.0	24	100	0	96	50	20	8	20	1.74
60158768--60158812	23	2.0	23	82	8	56	42	2	17	37	1.62
60160578--60160627	26	1.9	26	83	0	64	60	2	2	36	1.20
60166019--60166070	23	2.3	22	75	21	54	9	23	1	65	1.32
60166064--60166102	18	2.2	18	85	0	51	12	23	2	61	1.43
60168456--60168484	12	2.3	13	94	5	51	75	0	0	24	0.80
60170371--60170424	20	2.7	19	79	20	65	48	0	1	50	1.11
60170472--60170496	2	12.5	2	100	0	50	0	52	0	48	1.00
60180638--60180677	6	6.7	6	91	0	53	22	22	37	17	1.94
60180638--60180692	12	4.6	12	86	0	65	23	18	41	16	1.89
60180649--60180689	18	2.3	18	86	0	55	21	19	41	17	1.90
60184912--60184971	6	10.2	6	87	1	59	23	20	41	15	1.89
60184912--60184967	12	4.7	12	86	0	67	23	21	39	16	1.92
60186417--60186462	22	2.1	22	83	0	56	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60190530--60190566	6	6.0	6	87	6	56	48	13	0	37	1.43
60191601--60191733	41	3.2	41	91	0	203	30	24	21	24	1.99
60194654--60194683	6	5.0	6	100	0	60	33	16	33	16	1.92
60194656--60194711	18	3.1	18	75	10	51	26	23	35	14	1.93
60204683--60204715	5	6.6	5	92	0	57	78	3	18	0	0.87
60207230--60207475	114	2.1	115	90	5	401	40	3	14	41	1.64
60207941--60208083	41	3.5	41	91	1	225	27	19	29	23	1.98
60210313--60210456	73	2.0	73	90	2	227	35	15	18	29	1.93
60210951--60211050	22	4.3	24	71	13	68	45	2	10	43	1.49
60216160--60216217	30	1.9	31	85	3	82	27	17	15	39	1.90
60225127--60225176	15	3.5	13	78	19	55	68	2	2	28	1.12
60226844--60226903	30	2.0	30	100	0	120	56	13	13	16	1.67
60228430--60228476	23	2.0	23	88	8	69	42	0	2	55	1.12
60238997--60239037	17	2.6	15	82	14	55	68	0	0	31	0.90
60246713--60246928	108	2.0	108	96	0	396	36	19	16	27	1.93
60253139--60253177	10	3.8	10	82	3	51	56	0	2	41	1.13
60253187--60253211	11	2.3	11	100	0	50	56	0	0	44	0.99
60253577--60253611	17	2.1	17	88	0	52	68	14	14	2	1.32
60255949--60255994	22	2.1	22	84	8	58	32	6	4	56	1.45
60257038--60257068	11	2.8	11	95	0	53	19	48	3	29	1.64
60257618--60257670	18	2.9	18	88	0	79	30	24	15	30	1.95
60261722--60261752	11	2.8	11	95	0	53	19	48	3	29	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60274000--60274054	28	2.0	27	82	3	65	58	5	0	36	1.21
60282357--60282620	103	2.5	104	90	3	415	29	29	20	19	1.97
60282948--60283012	30	2.2	29	81	8	76	30	27	6	35	1.81
60282955--60283012	30	1.9	30	85	0	80	31	24	6	37	1.82
60291767--60291933	44	3.7	46	75	15	161	44	2	2	50	1.30
60291755--60291977	47	4.9	44	73	16	150	45	3	3	47	1.35
60291753--60291967	91	2.4	90	88	3	322	46	3	3	46	1.36
60291974--60292383	120	3.4	120	96	2	745	44	2	4	48	1.38
60292048--60292352	57	5.1	59	65	23	197	43	2	6	47	1.42
60292335--60292374	19	2.2	19	90	4	64	45	0	0	55	0.99
60292533--60292623	45	2.0	44	87	2	128	34	28	5	31	1.80
60292602--60292655	16	3.4	16	89	0	81	27	33	1	37	1.68
60295814--60295860	6	7.8	6	83	9	51	21	2	0	76	0.89
60299208--60299274	34	1.9	35	84	3	91	46	13	10	29	1.76
60309292--60309316	11	2.3	11	100	0	50	40	16	0	44	1.47
60313036--60313098	31	2.0	31	96	0	117	34	14	9	41	1.78
60319138--60319175	5	7.6	5	93	0	67	60	2	0	36	1.11
60324930--60324967	3	12.7	3	94	0	67	34	2	0	63	1.09
60325554--60325587	18	1.9	18	88	5	52	29	0	5	64	1.17
60326497--60326535	14	2.9	13	77	7	51	23	17	0	58	1.38
60328723--60328761	19	2.1	19	100	0	78	15	10	25	48	1.76
60329542--60329638	41	2.4	40	72	6	97	27	2	7	62	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60332599--60332641	14	3.0	14	82	3	50	53	0	4	41	1.21
60332576--60332626	22	2.3	22	80	6	59	52	3	0	43	1.19
60334007--60334059	24	2.2	24	86	6	72	43	1	35	18	1.62
60346141--60346180	15	2.8	14	85	14	55	60	0	2	37	1.11
60346497--60346531	17	2.1	17	94	0	61	48	14	22	14	1.79
60361894--60361978	42	2.0	42	100	0	170	32	17	23	25	1.97
60362879--60362949	35	2.1	33	82	12	83	16	32	15	35	1.91
60369386--60369416	6	5.2	6	100	0	62	32	0	0	67	0.91
60369694--60369724	15	2.0	16	93	6	55	19	19	25	35	1.95
60376325--60376354	3	10.0	3	100	0	60	33	0	33	33	1.58
60378037--60378091	13	4.2	13	76	4	65	49	9	0	41	1.34
60387803--60387953	41	3.7	40	86	10	184	37	1	0	60	1.08
60387811--60387945	50	2.7	48	88	6	180	36	2	0	61	1.08
60387801--60387953	40	3.8	41	84	9	190	37	1	0	60	1.08
60387852--60387953	10	9.9	11	77	19	96	40	0	0	58	1.04
60387834--60387950	9	12.0	9	74	20	76	37	0	0	61	1.02
60391846--60391875	6	5.0	6	100	0	60	66	0	0	33	0.92
60392254--60392355	31	3.6	27	70	17	71	21	6	10	60	1.53
60392240--60392323	31	2.5	34	83	9	93	25	4	11	58	1.53
60392668--60392817	77	2.0	76	89	4	230	34	6	14	44	1.72
60393591--60393646	18	3.1	18	80	17	62	58	5	0	35	1.21
60393591--60393635	19	2.4	19	82	14	58	60	6	0	33	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60393616--60393659	18	2.5	17	82	13	54	56	6	0	36	1.26
60395249--60395403	79	2.0	78	83	1	193	33	7	14	43	1.74
60396188--60396241	19	2.9	19	89	8	76	53	9	0	37	1.33
60405036--60405077	21	2.0	21	100	0	84	47	14	9	28	1.75
60428319--60428855	268	2.0	268	99	0	1056	32	8	31	27	1.86
60429452--60429483	17	1.9	16	93	6	55	50	0	0	50	1.00
60429632--60429666	17	2.1	17	94	0	61	77	5	14	2	1.07
60429673--60429730	28	2.0	30	83	12	77	60	6	32	0	1.23
60430362--60430404	6	7.2	6	86	0	50	39	0	9	51	1.34
60430555--60430618	27	2.5	27	80	12	73	39	0	26	34	1.57
60434063--60434151	26	3.3	26	67	14	81	58	3	5	32	1.38
60434033--60434156	57	2.2	56	97	2	232	57	3	6	33	1.40
60434033--60434156	55	2.2	55	94	2	194	57	3	6	33	1.40
60435969--60436041	39	1.9	37	81	10	85	52	2	0	45	1.15
60436021--60436072	26	2.0	26	85	7	70	50	3	1	44	1.31
60436168--60436219	15	3.2	15	73	19	50	53	1	0	44	1.11
60436981--60437052	30	2.4	30	90	0	117	38	6	16	37	1.76
60450186--60450342	60	2.6	60	81	7	181	16	15	18	49	1.80
60453323--60453641	161	2.0	161	97	0	602	30	12	18	38	1.88
60458473--60458555	25	3.3	25	94	0	139	22	22	15	38	1.92
60462203--60462254	21	2.5	21	93	0	86	32	15	21	30	1.94
60466050--60466229	70	2.6	69	85	6	235	42	5	8	43	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60468836--60468878	20	2.3	19	88	8	61	51	2	0	46	1.13
60468836--60468899	18	3.6	18	76	19	62	50	3	0	46	1.17
60468871--60468947	35	2.2	35	83	2	91	51	6	2	38	1.41
60471986--60472074	23	4.0	22	72	17	69	19	7	21	51	1.71
60472652--60472756	51	2.1	51	87	0	147	49	5	11	33	1.62
60473465--60473643	97	1.8	97	84	5	245	44	12	6	37	1.67
60476978--60477117	47	3.0	47	71	17	157	45	2	3	48	1.34
60476961--60477088	44	2.8	44	71	16	118	46	3	3	46	1.40
60477042--60477182	65	2.2	65	98	0	273	47	3	4	44	1.39
60477103--60477266	47	3.5	46	72	19	126	46	3	3	46	1.35

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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