genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.199.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64473564

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   

This is table  199  of  213  ( 25468 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59575262--59575304	23	1.9	22	95	4	77	62	0	0	37	0.95
59575752--59575814	29	2.2	29	91	5	101	63	0	0	36	0.95
59575760--59575797	20	1.9	20	84	10	51	63	0	0	36	0.95
59575908--59575932	12	2.1	12	100	0	50	40	0	32	28	1.57
59577545--59577569	9	2.8	9	100	0	50	32	12	12	44	1.78
59577560--59577586	14	1.9	14	100	0	54	33	7	14	44	1.73
59577887--59577950	22	3.1	21	80	13	71	37	1	4	56	1.30
59577894--59577964	19	3.6	19	75	14	54	35	1	2	60	1.20
59580631--59580828	102	1.9	102	98	0	387	26	13	31	27	1.94
59582107--59582160	23	2.3	24	78	15	60	44	3	3	48	1.38
59585002--59585082	41	2.0	41	95	0	144	33	14	22	29	1.94
59585057--59585111	28	2.0	28	92	7	94	30	10	29	29	1.91
59585020--59585153	69	1.9	69	92	0	223	32	14	23	28	1.95
59585085--59585212	41	3.1	41	85	0	157	31	16	24	28	1.96
59596342--59596383	2	21.0	2	100	0	84	0	0	50	50	1.00
59598675--59598927	46	5.6	46	94	2	433	32	15	23	28	1.95
59598675--59598927	91	2.8	91	94	1	438	32	15	23	28	1.95
59598675--59598927	137	1.9	134	94	2	443	32	15	23	28	1.95
59608730--59608818	44	2.0	44	100	0	178	39	22	13	24	1.90
59611598--59611649	3	17.0	3	77	18	54	32	1	3	61	1.25
59611598--59611634	14	2.6	14	91	0	56	29	2	5	62	1.31
59611570--59611649	22	3.7	22	77	12	76	31	2	5	61	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59611598--59611645	11	3.8	13	84	15	50	33	2	4	60	1.27
59611595--59611661	8	7.8	8	77	22	57	32	4	2	59	1.32
59613470--59613521	19	2.9	18	81	13	63	46	0	28	25	1.53
59613596--59613621	7	3.7	7	100	0	52	15	0	69	15	1.20
59613622--59613681	30	2.0	30	83	3	75	41	0	38	20	1.52
59613950--59613980	9	3.4	9	90	0	53	38	22	12	25	1.90
59618248--59618300	24	2.2	25	83	10	65	15	30	20	33	1.93
59629016--59629120	25	4.2	25	77	7	97	20	23	21	33	1.97
59634694--59634740	3	15.7	3	100	0	94	0	34	0	65	0.93
59636188--59636219	16	2.1	15	94	5	55	65	6	0	28	1.16
59640886--59640942	28	2.0	28	96	0	105	43	28	10	17	1.82
59648611--59648650	6	6.3	6	94	5	62	85	0	0	15	0.61
59648611--59648650	13	3.2	12	89	10	62	85	0	0	15	0.61
59648601--59648651	7	7.4	7	89	10	63	82	1	0	15	0.76
59648601--59648650	20	2.4	21	87	9	68	82	2	0	16	0.77
59649061--59649114	3	18.0	3	100	0	108	33	33	0	33	1.58
59658127--59658169	18	2.4	18	88	0	59	46	0	2	51	1.13
59661730--59661755	5	5.2	5	100	0	52	38	23	0	38	1.55
59664944--59664980	18	2.1	18	89	0	56	21	5	13	59	1.54
59667234--59667264	16	2.0	15	93	6	53	12	9	12	64	1.50
59670631--59670676	3	15.3	3	100	0	92	32	0	0	67	0.91
59671879--59671943	32	2.0	32	90	0	103	40	9	18	32	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59685869--59685911	11	3.7	11	80	20	52	32	2	6	58	1.38
59685867--59685900	13	2.6	14	86	13	54	35	0	5	58	1.22
59685865--59685899	15	2.5	13	90	9	52	37	0	5	57	1.23
59685869--59685917	23	2.0	24	81	14	57	32	4	8	55	1.48
59697377--59697759	199	1.9	199	91	1	624	30	20	24	24	1.98
59697380--59697787	50	8.2	50	69	1	262	30	20	23	24	1.98
59697375--59697771	100	4.0	100	89	1	600	30	20	23	24	1.98
59699378--59699418	20	2.0	20	85	9	55	14	7	7	70	1.31
59699609--59699647	19	2.1	19	95	0	69	41	2	0	56	1.13
59701025--59701278	123	2.1	123	84	5	325	30	15	22	31	1.95
59704446--59704956	28	17.1	28	75	18	244	29	0	24	45	1.55
59704510--59704975	86	5.3	85	80	12	509	30	0	23	45	1.55
59704454--59704925	149	3.2	149	89	6	658	30	0	24	45	1.55
59704919--59705007	23	3.8	23	81	8	117	28	0	25	46	1.53
59704961--59704995	17	2.0	18	88	5	54	31	0	20	48	1.50
59707373--59707414	22	1.9	22	90	0	66	33	0	33	33	1.58
59707364--59707466	52	2.0	51	83	9	129	34	0	32	33	1.58
59707416--59707498	21	3.8	21	82	6	103	42	0	27	30	1.56
59707416--59707506	22	4.2	22	82	2	94	42	0	26	30	1.55
59707416--59707506	43	2.1	44	83	2	112	42	0	26	30	1.55
59714985--59715018	9	3.8	9	92	0	59	73	0	14	11	1.10
59715400--59715554	78	2.0	77	94	3	276	24	10	26	38	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59719508--59719537	3	10.0	3	100	0	60	33	0	33	33	1.58
59720617--59720652	5	7.2	5	100	0	72	41	0	58	0	0.98
59721212--59721242	3	10.3	3	100	0	62	64	0	35	0	0.94
59725364--59725676	156	2.0	156	92	1	520	38	15	12	33	1.85
59725686--59725747	12	5.3	11	75	12	61	33	17	4	43	1.71
59726382--59726431	16	3.2	16	94	5	93	34	24	6	36	1.80
59730475--59730526	26	2.0	26	100	0	104	61	11	7	19	1.53
59736778--59736828	23	2.2	23	85	0	75	45	21	7	25	1.79
59747837--59747874	18	2.1	18	85	14	51	15	23	2	57	1.51
59750842--59750871	11	2.6	11	94	5	51	30	13	30	26	1.94
59751604--59751669	25	2.6	25	83	7	71	66	7	4	21	1.35
59751632--59751690	5	11.6	5	76	16	59	74	5	1	18	1.09
59753347--59753414	12	5.5	13	77	6	61	73	4	2	19	1.13
59753348--59753418	37	1.9	36	86	13	101	73	4	2	19	1.13
59753345--59753414	25	2.8	25	78	4	79	72	4	2	20	1.14
59760648--59760678	14	2.2	14	94	0	53	48	12	0	38	1.42
59761510--59761645	30	4.5	30	91	0	218	12	31	37	18	1.88
59761549--59761603	17	3.5	16	71	19	53	10	27	40	21	1.87
59762322--59762365	22	2.0	23	86	8	65	40	20	4	34	1.73
59762321--59762368	21	2.2	21	82	13	62	41	18	4	35	1.70
59770792--59770832	22	2.0	20	86	13	57	19	12	0	68	1.21
59781703--59781776	20	3.7	20	90	0	103	39	22	28	9	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59786563--59786649	27	3.3	27	93	1	149	40	5	0	54	1.25
59786705--59786756	27	1.9	27	96	0	95	28	23	32	15	1.95
59787312--59787360	18	2.7	18	77	3	53	40	10	0	48	1.37
59787356--59787390	18	1.9	18	88	0	52	48	0	11	40	1.39
59787816--59787884	28	2.5	28	95	2	122	50	0	13	36	1.41
59790990--59791029	15	2.7	15	84	0	53	17	0	7	75	1.03
59795040--59795074	6	6.0	6	86	6	54	80	0	2	17	0.84
59795040--59795074	11	3.1	11	88	8	52	80	0	2	17	0.84
59795689--59795893	44	4.6	45	80	5	202	27	23	19	29	1.98
59795729--59795893	45	3.7	45	85	1	206	26	23	20	29	1.99
59795729--59795893	89	1.8	90	85	5	235	26	23	20	29	1.99
59796070--59796328	50	5.2	50	77	1	268	27	20	19	32	1.97
59796071--59796327	100	2.6	100	88	1	372	27	21	19	32	1.97
59796208--59796500	136	2.2	136	89	4	457	29	20	20	30	1.98
59796444--59796513	36	1.9	36	91	5	115	30	24	20	25	1.99
59796466--59796568	51	2.0	52	84	1	136	27	23	18	31	1.97
59796480--59796626	51	2.9	51	75	8	145	27	25	17	29	1.97
59796605--59796647	21	2.0	21	90	0	68	23	32	4	39	1.75
59803339--59803373	12	2.9	12	86	0	52	17	22	11	48	1.79
59809003--59809070	30	2.2	32	79	10	79	50	2	10	36	1.52
59815867--59815908	22	2.0	21	85	4	57	73	4	0	21	1.01
59815851--59815929	26	3.2	24	77	18	83	73	2	3	20	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59816526--59816550	12	2.1	12	100	0	50	32	0	0	68	0.90
59827565--59827598	16	2.1	16	88	5	50	47	0	5	47	1.26
59829043--59829092	6	8.2	6	77	4	55	18	22	14	46	1.84
59835072--59835105	16	2.1	16	88	5	50	47	0	5	47	1.26
59835513--59835554	7	6.1	7	91	5	59	21	0	35	42	1.53
59835513--59835554	14	3.1	14	93	3	68	21	0	35	42	1.53
59838320--59838362	11	3.8	11	80	17	52	62	4	2	30	1.28
59838316--59838359	23	1.9	23	90	0	70	59	6	2	31	1.36
59841996--59842035	21	1.9	21	89	0	62	37	0	15	47	1.45
59843052--59843111	30	2.1	29	81	12	70	48	8	10	33	1.67

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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