genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.29.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64473564

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  29  of  213  ( 25468 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7821472--7821500	5	6.0	5	96	4	51	20	0	0	79	0.74
7825972--7826068	41	2.4	39	82	6	113	72	7	10	10	1.29
7827697--7827827	43	3.1	43	62	18	110	26	21	26	25	1.99
7827941--7828076	44	3.1	43	66	15	116	25	22	26	25	2.00
7827680--7828119	88	5.1	88	86	3	502	28	22	24	25	2.00
7830150--7830178	5	6.0	5	96	4	51	20	0	0	79	0.74
7832873--7832971	27	3.6	27	70	20	96	51	21	14	13	1.75
7833381--7833411	14	2.2	14	94	0	53	32	19	9	38	1.84
7834377--7834424	20	2.4	20	86	6	62	75	2	16	6	1.11
7837177--7837274	6	16.3	6	100	0	196	50	16	16	17	1.79
7838104--7838552	242	1.9	240	90	2	713	41	22	16	19	1.90
7846807--7846839	6	5.5	6	100	0	66	48	33	0	18	1.48
7849648--7849680	7	4.7	7	92	0	57	12	12	3	72	1.23
7858972--7859177	108	1.9	108	88	2	315	32	14	24	28	1.95
7858973--7859211	108	2.2	108	84	4	295	34	13	23	28	1.93
7859294--7859339	23	2.0	22	83	4	56	21	6	23	47	1.74
7864694--7864746	24	2.2	25	83	16	67	75	0	3	20	0.96
7865480--7865523	21	2.1	21	91	0	70	36	4	13	45	1.64
7873554--7873589	12	2.9	12	91	4	54	86	2	11	0	0.68
7878534--7878609	5	15.6	5	71	17	54	56	1	1	40	1.16
7880050--7880134	24	3.8	21	75	16	64	54	2	4	38	1.34
7882139--7882249	45	2.6	44	79	9	113	30	20	18	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7882359--7882473	43	2.6	44	76	2	115	26	25	18	29	1.98
7882496--7882708	44	4.8	43	75	10	164	29	21	17	30	1.96
7882908--7883089	89	2.0	89	83	5	224	24	21	20	33	1.97
7884571--7884598	6	4.7	6	100	0	56	14	0	0	85	0.59
7889570--7889602	17	2.0	17	88	5	50	72	0	3	24	0.98
7889643--7889691	24	2.1	24	82	14	59	55	2	0	42	1.11
7889648--7889732	24	3.8	21	75	16	64	54	2	4	38	1.34
7889776--7889829	10	5.8	10	77	14	53	62	0	1	35	1.06
7895492--7895516	11	2.3	11	100	0	50	0	12	0	88	0.53
7897769--7897818	13	3.8	13	78	17	50	8	18	0	74	1.06
7897823--7897897	37	2.1	36	85	11	102	6	10	9	73	1.25
7902084--7902176	29	3.3	27	72	11	80	54	1	12	31	1.45
7902444--7902491	22	2.2	22	85	3	62	60	6	4	29	1.40
7907522--7907552	16	1.9	16	93	0	53	77	0	0	22	0.77
7925350--7925376	2	13.5	2	100	0	54	48	0	51	0	1.00
7932023--7932070	21	2.3	21	82	7	53	35	0	14	50	1.44
7932645--7932739	42	2.2	43	83	1	111	28	14	24	32	1.95
7937163--7937497	27	12.5	27	85	1	370	43	19	17	20	1.88
7942397--7942474	27	2.9	27	92	0	129	38	17	7	35	1.79
7942393--7942528	54	2.5	54	82	3	150	37	21	9	31	1.86
7942466--7942609	27	5.3	28	71	15	115	38	24	10	26	1.87
7942563--7942622	27	2.2	27	82	8	68	45	18	11	25	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7942910--7942965	27	2.1	27	89	0	85	19	23	23	33	1.97
7947020--7947090	28	2.6	27	84	10	90	29	28	12	29	1.93
7950087--7950187	24	4.3	23	72	19	75	38	4	3	52	1.42
7950810--7950843	18	1.9	17	88	5	50	32	8	5	52	1.56
7960089--7960136	8	5.8	8	83	9	51	87	4	4	4	0.74
7960089--7960152	9	7.6	8	77	16	58	85	6	4	3	0.80
7960088--7960152	16	3.9	17	76	11	55	86	6	4	3	0.79
7960088--7960152	15	4.2	15	76	18	62	86	6	4	3	0.79
7960581--7960711	53	2.5	53	82	5	167	45	17	24	12	1.84
7961914--7962199	51	5.6	51	87	1	394	30	16	24	28	1.97
7961911--7962199	103	2.8	103	87	1	447	29	16	24	29	1.97
7964697--7964783	33	2.7	33	77	12	90	44	19	9	26	1.80
7964758--7964834	14	5.0	15	71	20	52	42	15	9	32	1.78
7964774--7964813	20	2.0	20	90	0	62	50	12	10	27	1.72
7964762--7964828	34	1.9	35	90	3	109	46	13	8	31	1.74
7964797--7964836	14	2.9	14	84	0	53	42	17	7	32	1.77
7964855--7965346	51	10.1	51	76	10	458	29	16	24	30	1.96
7965112--7965287	41	4.0	41	73	13	145	28	16	25	29	1.97
7964973--7965338	92	3.9	92	86	1	444	28	16	24	30	1.96
7972614--7972666	24	2.2	24	93	0	88	39	1	7	50	1.41
7975586--7975617	8	4.0	8	100	0	64	50	0	0	50	1.00
7976403--7976449	24	2.0	24	84	16	62	31	0	17	51	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7976427--7976479	13	3.5	15	72	27	58	35	0	15	49	1.45
7983240--7983290	3	17.0	3	95	0	93	33	1	0	64	1.05
7985908--7985952	19	2.3	19	80	3	54	42	2	2	53	1.25
7998458--7998864	44	9.2	44	90	1	566	26	26	19	27	1.99
8018591--8018635	23	2.0	22	83	16	56	15	11	2	71	1.24
8020857--8020911	16	3.6	15	81	11	67	72	5	21	0	1.04
8021933--8021982	23	2.2	23	85	0	64	20	26	20	34	1.96
8029990--8030091	50	2.0	50	86	3	143	37	4	13	44	1.66
8031730--8031809	32	2.6	30	84	11	92	32	17	16	33	1.92
8044513--8044554	19	2.3	18	84	8	57	35	4	0	59	1.19
8045149--8045212	31	2.1	31	93	0	110	43	12	9	34	1.75
8045149--8045222	31	2.4	31	88	2	96	43	12	10	33	1.77
8054742--8054805	2	32.0	2	100	0	128	0	50	0	50	1.00
8059924--8059963	21	1.9	21	94	0	71	30	0	22	47	1.52
8063320--8063354	17	2.1	17	94	0	61	37	14	14	34	1.86
8068270--8068351	33	2.5	32	77	13	85	35	17	20	26	1.95
8069629--8069678	21	2.4	21	96	0	91	24	10	8	58	1.57
8075989--8076099	48	2.3	48	84	4	145	26	16	22	35	1.95
8079181--8079205	11	2.3	11	100	0	50	24	8	16	52	1.70
8087714--8087761	25	1.9	25	86	0	69	16	22	22	37	1.94
8090135--8090189	22	2.5	22	81	0	74	29	16	32	21	1.95
8093703--8093802	29	3.3	29	87	4	137	32	5	19	44	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8094084--8094154	18	3.9	18	77	0	79	28	7	22	42	1.79
8094820--8094922	34	3.0	34	84	6	120	33	5	14	45	1.69
8094822--8094904	17	4.9	17	86	2	105	34	6	15	43	1.72
8094842--8094927	17	5.2	16	76	18	70	31	6	15	46	1.72
8095515--8095558	23	2.0	23	86	13	65	40	2	20	36	1.65
8112439--8112487	25	2.0	25	91	0	80	48	0	4	46	1.20
8113510--8113549	21	2.1	19	86	13	55	27	0	7	65	1.20
8113715--8113814	48	2.1	48	100	0	200	30	10	4	56	1.51
8114103--8114135	13	2.5	14	90	9	52	27	3	15	54	1.55
8118352--8119041	44	15.6	44	74	16	206	31	23	14	31	1.94
8118360--8119064	88	8.0	86	80	8	681	32	22	13	31	1.93
8118403--8119064	133	5.0	133	88	2	920	32	23	13	30	1.93
8120351--8120396	14	3.3	15	82	14	62	8	19	0	71	1.11
8123470--8123505	17	2.1	17	94	0	63	44	19	16	19	1.87
8134578--8134636	25	2.4	25	82	5	66	50	3	1	44	1.28
8137536--8137636	26	4.0	25	80	13	109	66	1	2	28	1.17
8139818--8140169	126	2.8	126	89	4	575	29	16	21	32	1.95
8143286--8143310	10	2.5	10	100	0	50	48	0	8	44	1.32
8143302--8143630	56	5.9	56	84	6	456	45	6	12	35	1.67
8143293--8143629	110	3.0	110	95	1	584	46	6	12	35	1.67
8143639--8143682	6	7.5	6	85	10	56	18	0	43	38	1.50
8143628--8144226	29	19.7	31	84	10	546	24	0	30	45	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8144194--8144241	23	2.1	23	92	0	78	27	2	27	43	1.66
8144290--8144338	25	1.9	25	87	4	71	38	16	4	40	1.67
8144735--8144780	18	2.6	18	82	0	56	39	8	30	21	1.84
8145425--8145449	7	3.6	7	100	0	50	60	12	0	28	1.32
8146408--8146438	15	2.0	16	93	6	55	67	6	0	25	1.14
8146531--8146595	29	2.2	30	94	2	114	63	0	0	36	0.95
8146579--8146724	51	3.0	50	76	10	151	43	0	26	29	1.55
8146650--8146722	22	3.3	22	96	0	137	41	0	31	27	1.56
8153624--8153697	11	6.9	11	76	17	66	56	0	2	40	1.13
8153578--8153714	51	2.6	51	86	6	179	61	0	2	35	1.11

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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