genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  67659327

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
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This is table  1  of  216  ( 25871 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19--2583	7	363.1	7	90	6	3237	41	44	1	11	1.51
2554--2583	15	1.9	16	93	6	53	43	46	0	10	1.37
3235--3305	32	2.2	32	90	5	108	38	16	26	18	1.92
4338--4373	2	18.0	2	100	0	72	50	0	50	0	1.00
9692--9731	20	2.1	19	86	13	55	35	2	0	62	1.09
9692--9731	19	2.0	20	85	4	55	35	2	0	62	1.09
13918--13962	16	2.8	16	82	3	63	33	22	24	20	1.97
18219--18255	3	12.3	3	88	0	56	5	27	0	67	1.12
18760--18813	15	3.5	15	74	2	54	25	25	25	22	2.00
19878--19976	47	2.1	47	88	5	148	33	26	5	35	1.78
21815--22104	23	12.7	23	72	7	180	38	24	5	31	1.77
21809--22084	46	6.0	46	78	6	240	40	25	5	29	1.77
33730--33813	40	2.1	40	100	0	168	38	38	11	11	1.79
35093--35128	15	2.4	15	90	0	54	16	22	2	58	1.51
37725--37767	23	1.9	23	85	4	61	51	4	9	34	1.55
48311--48337	2	13.5	2	100	0	54	0	51	0	48	1.00
55829--55888	28	2.1	28	87	6	84	56	1	0	41	1.09
56360--56396	18	2.1	18	85	14	51	29	5	2	62	1.31
57713--57746	17	2.0	17	88	0	50	35	0	0	64	0.94
60784--60836	25	2.1	25	96	0	97	24	18	24	32	1.97
61197--61246	17	3.0	17	77	8	50	22	6	24	48	1.73
73415--74042	211	3.0	207	87	3	911	31	18	16	33	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78267--78463	95	2.0	97	89	5	301	34	10	7	47	1.67
81131--81174	19	2.3	19	92	4	70	61	0	0	38	0.96
81142--81177	10	3.7	10	85	7	56	66	0	0	33	0.92
81138--81183	19	2.4	19	88	0	74	60	0	0	39	0.97
82687--82753	34	2.0	34	93	0	116	40	29	10	19	1.85
90776--90830	19	2.8	20	78	15	62	63	14	5	16	1.48
92100--92138	14	2.7	15	92	4	62	46	0	7	46	1.31
92167--92206	15	2.7	15	84	7	55	42	0	12	45	1.42
94202--94247	22	2.1	22	91	0	74	32	6	19	41	1.77
99723--99776	6	9.0	6	91	0	90	3	16	62	16	1.46
106185--106211	4	6.8	4	100	0	54	22	0	0	77	0.76
112261--112403	36	4.0	36	95	0	232	15	19	40	24	1.90
118207--118236	9	3.3	9	100	0	60	10	33	0	56	1.32
119756--119798	18	2.4	18	84	0	59	41	0	44	13	1.44
121182--121329	74	2.0	74	100	0	296	40	10	8	40	1.70
123009--123120	4	27.5	4	90	3	134	45	29	4	20	1.71
126232--126286	27	2.1	27	93	3	94	52	16	16	14	1.75
135318--135431	57	2.0	57	100	0	228	36	12	22	28	1.90
146720--146780	31	2.0	31	90	6	97	45	9	6	37	1.63
154088--154491	129	3.2	126	85	4	546	40	11	18	29	1.86
160744--160776	4	8.2	4	100	0	66	51	24	0	24	1.48
163263--163287	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
175259--175303	23	2.0	23	86	8	65	48	0	0	51	1.00
175518--175543	13	2.0	13	100	0	52	46	7	7	38	1.61
179144--179214	36	2.0	36	94	0	124	23	36	7	32	1.82
192249--192306	25	2.5	22	76	17	55	48	5	0	46	1.24
200848--200873	12	2.2	12	100	0	52	69	0	0	30	0.89
206453--206484	12	2.5	13	90	10	57	0	31	0	68	0.90
208467--208512	19	2.4	19	85	7	58	39	13	2	45	1.55
209536--209575	19	2.1	19	86	9	55	57	2	0	40	1.12
218883--218924	20	2.0	22	90	9	70	45	0	2	52	1.13
222481--222512	7	4.6	7	100	0	64	43	0	40	15	1.47
228000--228031	16	2.0	16	93	0	55	43	9	25	21	1.82
229554--229578	13	1.9	13	100	0	50	40	48	0	12	1.40
229686--229743	9	6.4	9	89	0	89	24	12	27	36	1.91
229686--229743	27	2.1	27	96	0	107	24	12	27	36	1.91
238986--239026	19	2.1	20	86	4	57	48	4	9	36	1.58
239380--239412	15	2.2	15	100	0	66	42	6	15	36	1.71
239378--239415	15	2.4	17	82	17	62	39	5	18	36	1.73
239759--239837	24	3.2	24	80	1	68	15	24	21	39	1.91
271779--271822	19	2.2	20	88	8	63	34	4	6	54	1.47
272469--272514	24	1.9	24	90	0	74	43	6	10	39	1.66
278687--278735	25	1.9	25	87	4	71	32	2	10	55	1.45
278953--279016	13	5.5	13	66	27	54	40	14	3	42	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
278947--279016	22	3.2	22	97	2	133	38	14	4	42	1.65
279072--279097	12	2.2	12	100	0	52	53	0	15	30	1.42
293242--293322	30	2.7	30	80	14	80	38	2	1	58	1.20
294993--295028	17	2.1	17	90	10	56	58	0	0	41	0.98
294996--295036	20	2.1	19	86	4	55	60	0	0	39	0.96
298330--298388	29	2.0	29	100	0	118	27	20	10	42	1.84
304594--304625	6	5.3	6	100	0	64	65	0	0	34	0.93
306420--306519	49	2.0	49	94	0	173	23	17	22	38	1.93
332161--332237	30	2.7	29	73	16	88	36	1	0	62	1.04
332200--332236	19	1.9	19	94	0	65	37	2	0	59	1.12
335537--335591	28	2.0	26	86	6	74	65	5	1	27	1.25
339016--339066	24	2.1	24	89	7	77	58	0	3	37	1.16
348321--348367	24	2.0	24	95	0	85	36	12	2	48	1.53
367772--367818	20	2.3	20	81	0	58	29	0	19	51	1.47
370379--370416	12	2.9	14	80	15	53	55	13	2	28	1.51
370890--370993	40	2.6	40	92	0	172	60	0	2	36	1.12
370945--371004	27	2.1	28	87	12	86	58	0	1	40	1.08
375884--375918	4	8.8	4	87	0	52	51	22	0	25	1.48
404724--404759	17	2.1	17	90	10	56	75	0	11	13	1.06
404712--404759	16	2.9	18	82	14	59	70	0	12	16	1.16
410379--410461	29	2.8	29	75	14	80	45	9	1	43	1.44
411001--411039	20	2.0	20	89	0	60	53	5	0	41	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
414158--414190	15	2.1	17	88	11	52	36	12	24	27	1.91
434528--434715	69	2.7	70	80	5	227	42	20	10	26	1.84
443362--443420	31	1.9	31	92	0	100	32	10	13	44	1.77
445295--445323	11	2.5	12	94	5	51	24	0	0	75	0.80
448396--448462	31	2.2	30	79	7	73	37	11	5	44	1.66
452151--452195	21	2.3	19	84	7	54	37	0	8	53	1.32
454963--455021	31	1.9	31	92	0	100	32	10	13	44	1.77
459671--459870	43	4.7	42	79	10	187	34	25	17	23	1.96
459671--459882	85	2.5	85	91	0	354	34	24	16	24	1.95
459894--460084	51	3.8	51	80	8	228	30	27	17	24	1.97
459892--460076	101	1.8	102	89	3	293	31	27	17	23	1.97
476936--476994	27	2.1	28	81	12	68	32	6	6	54	1.53
477793--477830	11	3.4	11	96	3	67	39	2	0	57	1.12
477812--477878	27	2.5	27	85	0	80	34	1	5	58	1.32
480204--480242	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
480468--480565	23	4.3	23	90	2	162	20	21	26	31	1.98
480470--480558	45	2.0	45	95	0	160	19	22	26	31	1.97
487768--487826	18	3.4	17	88	9	84	13	16	33	35	1.88
488395--488753	129	2.8	128	75	10	306	25	11	19	43	1.84
488635--488895	122	2.1	123	80	4	305	26	12	16	44	1.83
496477--496882	200	2.0	200	99	0	794	42	21	13	22	1.88
499686--499728	21	2.0	21	86	9	59	44	2	0	53	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
509809--509841	7	4.7	7	100	0	66	60	15	12	12	1.59
509796--509844	21	2.4	20	80	6	62	65	18	8	8	1.44
512888--512956	27	2.6	25	77	9	66	27	1	4	66	1.19
517306--517330	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
519388--519445	29	2.0	29	86	0	80	43	6	15	34	1.74
524198--524247	17	3.1	16	80	16	50	64	2	0	34	1.05
524506--524563	28	2.1	28	87	6	82	51	3	0	44	1.18
525696--525726	2	15.5	2	100	0	62	0	48	0	51	1.00
540603--540680	31	2.6	30	84	8	97	56	8	6	28	1.55
540653--540698	24	1.9	24	82	8	58	56	13	4	26	1.55

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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