genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.46.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  67659327

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   

This is table  46  of  216  ( 25871 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13211178--13211234	24	2.5	22	78	13	71	35	3	5	56	1.39
13211209--13211265	30	1.9	30	92	0	96	35	3	5	56	1.39
13211247--13211285	18	2.2	18	95	0	69	38	5	2	53	1.37
13220743--13221724	492	2.0	492	98	0	1919	31	17	23	28	1.96
13224882--13225243	45	8.0	45	77	5	320	29	17	25	27	1.97
13224882--13225143	91	2.9	91	91	2	404	30	17	24	27	1.97
13224882--13225160	136	2.1	136	82	5	332	31	16	24	27	1.97
13226995--13227626	44	14.3	44	82	4	729	29	13	24	32	1.94
13226995--13227626	133	4.8	132	91	1	730	29	13	24	32	1.94
13230095--13230238	40	3.5	40	69	12	128	26	21	21	30	1.98
13230093--13230275	85	2.2	85	97	0	348	26	20	20	31	1.98
13230220--13230336	61	1.9	61	100	0	234	25	19	19	35	1.96
13231813--13231863	3	17.0	3	76	8	50	29	1	3	64	1.22
13231881--13231939	23	2.5	24	77	2	75	33	3	5	57	1.37
13231914--13231970	30	1.9	30	92	0	96	35	3	5	56	1.39
13231952--13231990	18	2.2	18	95	0	69	38	5	2	53	1.37
13234518--13234676	41	3.7	42	77	11	121	28	27	18	25	1.98
13235570--13235628	28	2.0	31	83	9	79	50	5	0	44	1.24
13236695--13236756	30	2.1	30	81	6	72	48	1	3	46	1.28
13237922--13238118	51	3.9	50	79	5	202	24	16	27	31	1.96
13246285--13246369	20	4.2	19	75	14	64	51	4	3	40	1.40
13246312--13246360	19	2.6	19	84	9	57	53	4	2	40	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13246723--13246762	21	1.9	21	94	0	71	55	15	12	17	1.70
13249856--13249898	18	2.3	19	88	11	63	13	16	0	69	1.19
13253852--13253876	13	1.9	13	100	0	50	0	28	0	72	0.86
13261141--13261221	33	2.5	32	75	18	78	44	1	2	51	1.22
13261197--13261249	26	2.0	26	82	13	65	47	3	1	47	1.31
13268075--13268133	27	2.2	27	100	0	118	32	23	13	30	1.93
13269361--13269398	20	1.9	20	94	0	67	36	10	28	23	1.88
13277552--13277590	20	2.0	20	84	0	51	48	0	2	48	1.15
13277687--13277726	20	2.0	20	100	0	80	40	15	10	35	1.80
13277676--13277739	34	1.9	33	87	9	94	39	15	9	35	1.80
13277709--13277746	14	2.7	14	91	0	58	36	18	7	36	1.80
13280473--13280544	29	2.3	31	81	13	85	56	9	2	30	1.46
13282020--13282053	17	2.0	17	88	0	50	61	2	2	32	1.26
13282846--13282870	9	2.8	9	100	0	50	60	0	0	40	0.97
13284201--13284243	18	2.4	18	92	0	68	16	27	32	23	1.96
13306811--13307378	189	3.0	189	98	0	1100	30	19	9	39	1.84
13309621--13309726	43	2.5	43	81	6	151	43	19	15	21	1.88
13311611--13311649	20	2.0	20	85	5	53	64	0	5	30	1.15
13314893--13314919	14	1.9	14	100	0	54	37	11	29	22	1.89
13315813--13316127	156	2.0	156	89	1	479	35	20	14	29	1.93
13321771--13321837	6	11.2	6	81	10	59	77	0	0	22	0.77
13321777--13321828	9	6.2	9	74	17	58	76	0	0	23	0.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13321771--13321835	15	4.1	15	83	16	87	76	0	0	23	0.78
13321771--13321835	21	3.1	22	78	12	75	76	0	0	23	0.78
13331015--13331205	50	3.7	50	77	5	159	22	27	20	28	1.99
13335486--13335516	16	1.9	16	93	0	53	29	0	45	25	1.54
13339627--13339688	24	2.6	24	84	0	70	11	43	4	40	1.62
13340380--13340430	20	2.8	18	76	23	61	49	1	1	47	1.24
13346871--13348041	585	2.0	581	97	0	2225	35	19	5	39	1.76
13350105--13350135	16	1.9	16	100	0	62	64	6	3	25	1.33
13351558--13352185	260	2.4	260	77	9	638	27	23	20	28	1.99
13351687--13352833	217	5.3	217	92	1	1856	27	23	20	28	1.99
13351687--13352833	432	2.7	432	94	1	2012	27	23	20	28	1.99
13351597--13352833	44	28.6	44	68	19	351	27	23	20	28	1.99
13360877--13360922	24	1.9	24	86	8	67	10	23	17	47	1.79
13365142--13365175	16	2.1	16	100	0	68	67	5	0	26	1.13
13368288--13368328	19	2.1	20	90	4	66	65	12	7	14	1.45
13376204--13376230	5	5.4	5	100	0	54	81	0	0	18	0.69
13381925--13382020	40	2.4	40	87	3	131	37	19	21	20	1.94
13382058--13382312	41	6.2	41	85	0	330	23	20	25	30	1.98
13382285--13382336	24	2.2	24	96	0	95	21	30	23	25	1.99
13382244--13382377	65	2.1	65	92	0	223	22	26	24	26	2.00
13382309--13382398	41	2.2	41	92	4	146	23	25	26	24	2.00
13382208--13382398	106	1.8	106	93	2	330	23	24	24	27	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13382453--13382485	16	2.1	16	88	5	50	39	0	3	57	1.14
13382800--13382832	14	2.3	15	94	5	59	30	0	33	36	1.58
13382999--13383024	7	3.7	7	100	0	52	26	0	30	42	1.56
13385629--13385687	18	3.3	18	63	13	50	42	6	10	40	1.65
13385888--13386142	43	5.9	43	86	0	348	17	17	32	31	1.94
13386649--13386673	12	2.1	12	100	0	50	36	0	24	40	1.55
13390831--13390864	15	2.3	15	89	0	50	52	0	8	38	1.33
13391324--13391362	19	2.0	20	90	5	62	17	0	12	69	1.19
13393148--13393193	21	2.2	21	88	0	65	28	17	32	21	1.96
13393380--13393426	19	2.4	19	85	3	58	31	10	4	53	1.55
13397254--13397352	34	3.1	34	62	26	90	37	7	17	38	1.77
13397246--13397367	60	2.0	60	100	0	244	36	6	18	39	1.76
13401537--13401708	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
13401530--13401705	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
13404870--13404914	22	2.0	22	100	0	90	53	0	17	28	1.44
13408291--13408318	7	4.0	7	100	0	56	57	0	0	42	0.99
13415078--13415157	32	2.6	32	79	15	87	35	5	17	42	1.71
13415099--13415159	32	1.9	32	86	6	88	29	4	21	44	1.73
13415142--13415220	33	2.6	28	76	18	77	32	3	16	46	1.65
13416945--13417002	29	2.0	29	83	6	73	53	3	8	34	1.49
13417887--13417935	25	2.0	24	84	4	62	12	10	4	73	1.22
13422398--13422457	29	2.0	28	81	15	68	38	1	1	58	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13425036--13425087	23	2.4	21	81	12	52	25	0	3	71	1.03
13425494--13425593	31	3.2	30	70	13	78	36	12	11	41	1.78
13430049--13430531	243	2.0	243	92	0	813	31	23	20	24	1.98
13433282--13433330	21	2.4	22	80	13	59	57	6	2	34	1.35
13433353--13433398	18	2.6	18	74	16	51	63	2	0	34	1.07
13444307--13444337	9	3.4	9	90	0	53	25	12	22	38	1.90
13444390--13444444	9	6.1	9	93	0	92	47	12	9	30	1.73
13448849--13448940	46	2.0	46	91	4	152	25	4	31	39	1.75
13448849--13448957	46	2.5	44	82	11	138	27	3	32	36	1.74
13449099--13449137	17	2.5	15	84	15	60	61	0	0	38	0.96
13449104--13449137	17	2.0	17	100	0	68	58	0	0	41	0.98
13449170--13449209	20	2.0	21	85	5	55	60	5	0	35	1.19
13449061--13449256	54	3.4	54	71	17	144	54	3	1	41	1.23
13449299--13449362	32	2.0	32	81	0	74	50	1	0	48	1.10
13450702--13450805	49	2.1	49	87	0	145	50	9	8	30	1.65
13452942--13452975	12	2.8	12	81	0	50	55	20	23	0	1.43
13454038--13454082	22	2.0	22	83	12	56	51	2	8	37	1.46
13454897--13454921	13	1.9	13	100	0	50	32	8	40	20	1.81
13461412--13461466	22	2.5	22	84	0	74	61	16	10	10	1.55
13463110--13463325	71	3.1	71	62	22	159	40	7	5	46	1.55
13463001--13463417	138	3.0	136	91	3	683	42	7	5	44	1.55
13466000--13466048	3	16.7	3	79	12	57	38	0	2	59	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13466003--13466048	13	3.6	13	82	2	58	39	0	2	58	1.10
13465999--13466046	16	3.1	16	74	20	57	39	0	2	58	1.10
13466520--13466553	18	1.9	18	88	5	52	38	0	23	38	1.55
13484335--13484364	10	3.0	10	90	0	51	0	16	0	83	0.65
13501540--13501610	20	3.5	20	71	9	63	9	22	22	45	1.82
13508110--13508146	7	5.3	7	90	0	56	27	29	5	37	1.79
13508058--13508319	57	4.3	58	72	19	203	28	24	12	34	1.92
13508168--13508217	7	7.1	7	88	0	64	24	28	8	40	1.83
13508168--13508212	14	3.2	14	93	0	72	22	28	6	42	1.79
13508168--13508217	21	2.4	21	93	0	82	24	28	8	40	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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