genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.89.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  67659327

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
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This is table  89  of  216  ( 25871 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27369299--27369352	26	2.1	25	83	10	65	68	1	1	27	1.10
27369312--27369371	30	2.0	29	81	9	68	65	3	3	28	1.25
27370040--27370092	24	2.2	24	83	6	63	30	5	9	54	1.55
27381394--27381446	13	4.1	13	76	9	54	41	28	3	26	1.73
27395199--27395320	49	2.4	51	78	2	131	31	14	18	35	1.91
27398663--27398736	24	3.1	24	82	0	94	25	21	8	44	1.79
27399333--27399389	23	2.4	24	85	2	71	26	24	7	42	1.80
27411904--27412039	50	2.6	52	81	9	159	26	19	30	23	1.98
27411948--27412050	50	2.1	50	84	0	134	27	21	32	19	1.97
27411959--27412138	50	3.6	49	78	2	155	27	20	28	23	1.99
27412340--27412390	12	4.2	12	78	9	50	56	3	21	17	1.57
27412341--27412379	20	2.0	20	90	10	62	56	5	23	15	1.59
27425224--27425284	25	2.4	25	81	10	72	39	3	0	57	1.15
27439125--27439195	27	2.6	27	84	4	81	21	29	18	30	1.97
27439149--27439232	27	3.1	27	81	6	91	17	25	20	36	1.94
27439307--27439422	40	2.7	43	78	6	130	27	20	10	41	1.85
27443661--27443784	62	2.0	62	93	0	212	37	19	16	26	1.93
27444124--27444276	61	2.5	61	87	4	213	20	16	22	40	1.91
27444396--27444473	30	2.6	30	86	8	97	17	19	24	38	1.93
27458810--27458868	12	5.4	10	88	11	73	67	0	0	32	0.91
27458879--27458943	22	3.1	21	84	8	71	63	0	3	33	1.10
27460875--27460958	44	1.9	43	85	4	114	46	15	16	21	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27461097--27461168	27	2.7	27	77	0	81	38	18	25	18	1.92
27465050--27465074	10	2.5	10	100	0	50	28	8	0	64	1.22
27465556--27465751	51	3.9	50	79	4	205	30	29	16	23	1.96
27465563--27465747	101	1.8	101	89	3	291	30	28	17	23	1.97
27468339--27468381	21	2.0	21	100	0	86	53	0	4	41	1.21
27468341--27468389	21	2.3	21	92	3	80	55	0	4	40	1.19
27472519--27472563	22	2.0	23	86	4	65	55	4	6	33	1.46
27472579--27472633	18	3.2	17	78	12	51	58	1	7	32	1.36
27472523--27472809	159	1.8	155	92	4	486	56	2	7	33	1.41
27472880--27472917	3	12.3	3	94	5	67	68	0	0	31	0.90
27472880--27472918	19	2.1	19	100	0	78	69	0	0	30	0.89
27472882--27472914	16	2.1	16	100	0	66	69	0	0	30	0.88
27473469--27473530	31	2.1	30	82	11	74	70	6	16	6	1.29
27474208--27474567	41	8.6	41	70	11	210	30	21	20	27	1.98
27474204--27474733	83	6.3	83	77	7	453	30	22	18	28	1.97
27474207--27474733	169	3.1	168	75	9	417	30	22	18	28	1.97
27474422--27474778	42	8.4	43	70	11	173	29	21	18	30	1.97
27474376--27474870	127	3.9	127	91	0	774	29	21	18	30	1.97
27474199--27474733	210	2.5	211	75	8	582	30	22	18	28	1.97
27479569--27479603	16	2.2	16	94	0	61	42	20	17	20	1.89
27481071--27481112	21	1.9	21	81	18	50	45	4	7	42	1.52
27481375--27481421	24	2.0	23	84	12	60	55	4	6	34	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27481396--27481556	61	2.6	61	80	13	161	57	2	6	33	1.39
27481380--27481671	154	1.9	154	93	1	505	56	2	5	35	1.38
27481755--27481789	3	11.3	3	93	6	61	68	0	0	31	0.90
27481755--27481786	16	2.0	16	100	0	64	68	0	0	31	0.90
27486626--27486676	20	2.7	20	87	6	70	68	0	3	27	1.07
27486993--27487017	7	3.6	7	100	0	50	12	0	0	88	0.53
27487033--27487233	89	2.3	89	82	2	244	31	9	20	38	1.84
27489896--27490002	34	3.1	34	62	19	78	41	20	9	28	1.83
27489871--27490009	68	2.0	68	97	0	260	40	23	8	28	1.84
27490856--27490909	5	10.8	5	84	6	65	74	1	1	22	1.02
27490856--27490909	19	2.7	20	77	8	65	74	1	1	22	1.02
27496755--27496802	24	1.9	26	87	8	73	22	8	8	60	1.52
27498358--27498403	18	2.5	19	82	13	60	19	0	26	54	1.44
27500909--27500966	9	6.4	9	85	0	80	39	22	12	25	1.89
27500916--27500967	18	2.9	18	94	0	95	36	25	15	23	1.93
27506357--27506575	117	1.9	117	96	0	402	42	6	22	27	1.79
27506516--27506632	57	2.1	57	93	0	198	37	5	23	32	1.79
27506585--27506735	46	3.5	46	75	14	169	35	8	22	33	1.85
27512765--27512816	23	2.3	23	96	3	97	32	7	26	32	1.85
27530317--27530383	33	2.0	33	94	0	116	28	7	22	41	1.80
27531685--27531750	3	22.0	3	93	0	114	33	3	33	30	1.73
27532682--27532851	82	2.1	81	82	4	198	38	15	7	38	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27535310--27535361	26	2.0	26	100	0	104	38	7	23	30	1.83
27536421--27536485	34	1.9	34	96	0	121	27	24	23	24	2.00
27536752--27536966	27	7.8	27	85	7	290	35	15	16	32	1.90
27536759--27536966	60	3.8	55	85	8	280	35	14	16	32	1.90
27536752--27536966	87	2.6	80	88	5	297	35	15	16	32	1.90
27559979--27560020	22	2.0	20	90	4	57	35	9	14	40	1.78
27565188--27565338	28	5.4	28	94	1	241	27	11	27	33	1.92
27568295--27568347	27	2.0	27	92	3	90	30	33	20	15	1.93
27568222--27568554	102	3.3	101	91	1	531	30	27	20	20	1.98
27568399--27568451	27	2.0	27	100	0	106	26	30	24	18	1.98
27568501--27568552	27	1.9	27	88	0	77	26	30	26	15	1.96
27575795--27575927	69	1.9	69	93	0	230	28	28	20	22	1.98
27575908--27576062	33	4.6	33	68	21	106	34	25	20	20	1.96
27576041--27576092	27	1.9	27	88	0	77	26	30	26	15	1.96
27575847--27576094	102	2.4	102	91	0	406	31	28	20	20	1.97
27581500--27581553	22	2.4	23	84	9	76	40	18	27	12	1.87
27582471--27582502	16	1.9	17	93	6	57	3	18	3	75	1.08
27601748--27601791	23	1.9	23	81	9	54	40	0	9	50	1.34
27609118--27609166	22	2.2	22	92	0	80	18	53	14	14	1.74
27617160--27617288	50	2.6	50	80	7	138	27	21	19	31	1.97
27617223--27617288	25	2.6	26	75	15	66	30	21	21	27	1.98
27618810--27618861	26	2.0	26	100	0	104	23	0	19	57	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27627787--27627818	15	2.1	15	100	0	64	25	6	0	68	1.12
27627787--27627827	15	2.7	15	92	0	55	24	4	0	70	1.06
27638797--27638853	16	3.7	16	76	21	59	49	1	1	47	1.22
27638797--27638847	19	2.9	17	81	16	59	49	1	0	49	1.12
27638797--27638864	30	2.2	30	84	7	84	48	4	1	45	1.31
27643641--27643679	16	2.3	18	91	8	64	46	0	41	12	1.42
27643641--27643679	9	4.6	9	87	12	64	46	0	41	12	1.42
27643672--27643700	15	1.9	15	100	0	58	34	3	41	20	1.69
27647005--27647142	50	2.8	50	81	8	151	30	26	16	26	1.97
27648472--27648657	50	3.7	50	88	0	273	19	29	24	26	1.98
27648752--27648781	13	2.3	13	94	0	51	50	13	3	33	1.58
27650710--27650788	37	2.1	37	88	0	113	26	31	17	24	1.97
27650907--27651462	47	11.7	47	95	1	961	29	30	8	32	1.87
27650907--27651462	190	2.9	190	96	1	992	29	30	8	32	1.87
27650907--27651462	143	3.9	141	95	2	961	29	30	8	32	1.87
27655377--27655607	67	3.5	66	82	3	266	24	27	17	30	1.97
27658057--27658190	29	4.7	29	81	6	157	33	25	13	27	1.93
27658057--27658186	58	2.3	57	87	4	181	34	24	13	26	1.93
27669026--27669064	20	2.0	20	90	10	62	15	23	5	56	1.59
27674393--27674683	41	7.1	41	80	1	314	35	16	26	21	1.94
27674393--27674683	82	3.5	82	85	1	359	35	16	26	21	1.94
27674393--27674683	123	2.4	123	84	2	370	35	16	26	21	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27680023--27680090	26	2.5	27	77	15	70	33	8	7	50	1.61
27680214--27680345	67	2.0	67	89	0	201	29	31	17	21	1.96
27684318--27684411	43	2.2	43	92	0	152	29	25	24	20	1.99
27689530--27689583	25	2.2	25	83	12	67	55	0	3	40	1.17
27697223--27697465	123	2.0	122	99	0	477	29	18	25	25	1.98
27698262--27698448	41	4.5	41	86	0	239	32	14	30	22	1.94
27701334--27701398	25	2.6	25	90	0	103	47	18	13	20	1.82
27720880--27720907	13	2.2	13	100	0	56	42	0	0	57	0.99
27727719--27728368	47	13.7	47	96	0	1086	32	9	29	28	1.89
27727766--27727844	25	3.3	25	61	10	65	32	5	29	32	1.79

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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