genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.56.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  67659327

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
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This is table  56  of  216  ( 25871 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16503813--16503871	23	2.5	24	81	15	61	3	20	3	72	1.13
16504381--16504427	17	2.7	18	76	3	51	27	6	8	57	1.53
16504700--16504755	10	6.2	9	80	10	53	21	1	3	73	1.08
16508700--16508736	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
16509089--16509123	16	2.2	16	90	10	54	25	28	0	45	1.54
16510730--16510809	30	2.6	31	84	9	101	45	10	18	26	1.81
16510738--16510795	31	1.9	30	89	3	89	46	12	18	22	1.82
16511659--16511694	5	7.0	5	87	6	54	75	2	0	22	0.94
16513423--16513473	26	2.0	26	88	0	75	43	31	19	5	1.75
16522120--16522152	5	6.6	5	89	10	50	18	0	0	81	0.68
16522120--16522152	9	3.3	10	87	12	50	18	0	0	81	0.68
16522119--16522151	14	2.3	15	94	5	59	21	0	0	78	0.75
16522125--16522171	17	2.9	16	84	9	53	21	0	8	70	1.14
16524097--16524155	31	1.9	31	89	0	91	38	11	11	37	1.79
16526150--16526191	16	2.8	15	89	10	68	66	11	0	21	1.23
16526161--16526207	19	2.3	21	89	10	71	63	14	0	21	1.30
16527457--16527567	49	2.2	50	85	4	145	9	53	2	35	1.47
16529217--16529418	110	1.8	111	92	1	343	31	24	13	30	1.94
16530568--16530656	4	22.8	4	71	28	68	70	0	4	24	1.05
16530569--16530667	7	13.3	7	81	17	96	71	0	4	24	1.03
16530568--16530678	25	4.1	28	79	17	112	72	0	4	22	1.02
16530607--16530680	7	10.1	7	81	12	60	77	0	1	21	0.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16534290--16534318	10	2.9	10	100	0	58	72	0	10	17	1.11
16535357--16535413	30	1.9	30	88	0	87	31	12	22	33	1.91
16537128--16537160	14	2.3	15	89	5	50	33	0	0	66	0.92
16540270--16540299	2	15.0	2	100	0	60	50	0	50	0	1.00
16545695--16546394	375	1.9	375	89	0	1105	25	12	23	39	1.89
16546760--16546808	22	2.3	20	79	10	53	18	12	24	44	1.84
16562450--16562497	25	1.9	25	95	0	87	33	25	18	22	1.97
16579255--16579413	51	3.1	51	86	5	221	38	25	3	32	1.71
16583752--16583787	18	2.0	18	89	10	56	61	0	11	27	1.30
16588497--16588713	61	3.6	61	84	1	247	26	27	15	29	1.96
16591112--16591197	35	2.5	35	82	0	109	41	20	25	11	1.86
16597178--16597299	63	1.9	63	94	0	217	50	23	8	18	1.73
16598155--16598290	43	3.1	43	75	5	132	27	21	25	25	1.99
16598990--16599042	26	2.0	26	100	0	106	35	18	11	33	1.87
16604001--16604040	17	2.4	17	86	0	53	72	0	0	27	0.85
16604010--16604045	17	2.2	16	90	5	54	69	0	0	30	0.89
16606905--16606948	5	8.8	5	100	0	88	38	20	0	40	1.53
16609066--16609134	22	3.2	22	64	15	63	39	33	10	17	1.83
16609051--16609145	42	2.3	42	98	0	181	46	29	8	15	1.75
16610234--16610273	14	2.9	14	84	0	53	32	7	17	42	1.77
16610257--16610296	20	2.0	20	90	0	62	27	10	12	50	1.72
16610242--16610308	34	1.9	35	90	3	109	31	8	13	46	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16610236--16610312	14	5.0	15	71	20	52	32	9	15	42	1.78
16610466--16610516	26	2.2	24	78	21	56	60	5	0	33	1.21
16613565--16613596	16	2.0	16	93	0	55	53	28	0	18	1.45
16613580--16613624	22	2.0	22	86	0	63	51	24	2	22	1.60
16613549--16613606	29	2.0	29	83	12	75	51	27	0	20	1.47
16614560--16614616	30	1.9	29	82	3	69	47	7	12	33	1.68
16615095--16615142	19	2.6	18	84	12	62	54	2	0	43	1.12
16622757--16622796	20	2.0	20	86	13	57	27	20	10	42	1.83
16630870--16631172	44	7.0	44	64	7	134	32	22	20	23	1.98
16630879--16631456	43	13.3	43	65	8	211	31	23	21	22	1.98
16630870--16631526	87	7.6	87	89	0	920	32	22	22	22	1.98
16635987--16636024	18	2.1	18	90	0	58	23	7	2	65	1.32
16640662--16640761	42	2.4	42	91	0	155	38	10	26	26	1.87
16644297--16644334	8	4.9	8	87	6	51	86	0	13	0	0.56
16645183--16645707	44	11.6	45	70	12	218	33	19	20	27	1.96
16645264--16645624	137	2.6	137	82	4	431	34	18	18	28	1.95
16649893--16649934	20	2.1	20	86	8	59	71	9	4	14	1.28
16653336--16653496	88	1.8	87	81	9	202	37	18	8	35	1.81
16653623--16653686	28	2.2	29	78	13	71	59	1	1	37	1.16
16653631--16653684	27	1.9	29	82	14	69	55	1	1	40	1.21
16653622--16653666	20	2.2	20	84	11	56	60	0	2	37	1.09
16653969--16654032	9	6.9	9	76	18	60	23	3	1	71	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16653978--16654032	19	2.9	18	81	7	74	25	1	1	70	1.06
16653970--16654032	8	6.8	9	79	15	58	23	3	1	71	1.09
16653978--16654040	19	3.3	19	77	16	51	23	4	1	69	1.16
16654651--16654684	3	11.0	3	87	6	50	64	2	2	29	1.22
16655809--16655846	18	2.2	18	86	9	53	57	0	26	15	1.38
16655804--16655889	43	2.0	43	90	4	138	54	1	22	22	1.51
16656802--16656868	30	2.2	30	81	0	80	19	26	35	17	1.94
16657160--16657256	49	2.0	49	95	0	176	42	6	26	24	1.78
16662020--16662103	43	2.0	42	83	9	107	45	4	5	44	1.49
16663541--16663577	9	4.1	9	89	0	56	32	10	10	45	1.74
16663749--16663805	29	1.9	30	86	10	82	22	5	0	71	1.05
16663785--16663899	41	2.8	39	80	12	108	30	5	3	60	1.35
16663875--16663953	26	3.0	26	90	3	113	39	2	1	56	1.21
16664326--16664369	22	2.0	23	86	13	65	38	2	2	56	1.24
16665129--16665166	19	2.0	19	85	10	51	55	0	0	44	0.99
16668496--16668537	18	2.2	20	83	8	52	61	4	0	33	1.17
16668493--16668540	19	2.4	21	73	13	57	60	6	0	33	1.22
16674709--16675043	22	15.2	21	78	10	305	42	18	10	28	1.83
16674709--16675046	44	7.7	44	86	1	392	42	18	10	29	1.83
16675832--16675938	42	2.5	42	80	4	108	30	25	16	27	1.97
16681990--16682051	22	2.8	22	90	0	88	46	19	8	25	1.77
16681990--16682261	44	6.4	44	80	9	276	44	18	8	28	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16682017--16682088	36	2.0	36	94	0	126	47	20	5	26	1.72
16682053--16682261	22	9.5	22	83	3	242	44	18	9	28	1.80
16682149--16682232	11	7.7	10	70	15	51	46	20	7	26	1.76
16683088--16683196	44	2.5	44	83	5	134	30	27	18	23	1.98
16683040--16683196	43	3.7	42	76	6	147	31	27	17	23	1.97
16690578--16690622	21	2.1	22	84	12	58	66	8	11	13	1.44
16693422--16693725	35	9.0	34	86	6	359	40	17	22	19	1.91
16693422--16693729	67	4.6	67	87	2	454	40	17	22	19	1.91
16693422--16693730	137	2.3	134	89	1	474	41	17	22	19	1.91
16693977--16694014	14	2.8	13	92	7	67	36	10	5	47	1.61
16708445--16708493	23	2.1	23	81	7	55	36	12	10	40	1.77
16708824--16708885	26	2.4	24	82	15	79	45	1	3	50	1.27
16708828--16708879	26	1.9	27	92	7	88	44	0	3	51	1.19
16713088--16713121	17	1.9	18	88	5	52	64	5	0	29	1.17
16713221--16713272	22	2.3	22	87	9	70	55	1	0	42	1.10
16715586--16715628	22	2.0	22	85	0	59	62	9	16	11	1.53
16724529--16724554	12	2.2	12	100	0	52	7	15	30	46	1.74
16724561--16724670	40	2.8	39	83	4	139	32	20	24	21	1.98
16724734--16725055	41	7.9	41	89	0	473	18	20	28	31	1.97
16725224--16725263	14	2.9	14	84	0	53	17	0	32	50	1.47
16725287--16725335	14	3.4	14	86	5	62	20	2	32	44	1.63
16725444--16725476	16	2.1	16	88	11	50	42	0	0	57	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16726090--16726137	24	2.0	25	87	4	71	35	4	0	60	1.16
16728017--16728042	7	3.7	7	100	0	52	15	0	26	57	1.38
16730139--16730296	43	3.7	43	87	3	212	23	18	31	27	1.97
16734000--16734098	19	5.3	18	69	17	60	41	2	4	52	1.32
16735840--16735886	21	2.3	20	75	13	51	38	0	0	61	0.96
16745402--16745481	40	2.0	40	90	0	124	33	16	18	31	1.93
16746149--16746186	12	3.2	12	92	0	58	47	0	0	52	1.00
16746211--16746257	24	2.0	24	87	4	69	29	2	2	65	1.15
16747296--16747346	26	2.0	26	84	0	66	41	19	19	19	1.91
16747394--16747662	32	8.4	32	79	4	206	37	21	20	20	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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