genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.192.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  67659327

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          209   210   211   212   213   214   215   216   

This is table  192  of  216  ( 25871 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59926167--59926519	126	2.8	126	91	0	555	33	22	14	28	1.94
59929461--59929533	24	3.0	24	89	0	119	12	46	4	36	1.61
59932300--59932366	34	1.9	35	87	3	100	43	11	10	34	1.76
59945163--59945198	5	7.2	5	87	0	54	75	2	2	19	1.06
59945619--59945667	24	2.0	24	88	0	71	46	2	14	36	1.56
59945619--59945677	24	2.8	20	72	18	55	45	1	13	38	1.54
59945750--59945788	3	13.3	3	94	5	71	66	0	0	33	0.92
59947942--59948007	25	2.6	25	87	0	96	19	30	19	30	1.97
59950155--59950423	52	5.2	52	88	6	388	35	14	22	27	1.93
59950149--59950423	98	2.7	98	90	3	415	34	14	22	28	1.93
59950387--59950532	37	4.0	37	91	1	242	35	16	22	25	1.95
59954203--59954245	5	8.6	5	94	0	77	20	2	0	76	0.89
59955085--59955122	15	2.6	15	88	12	53	39	0	15	44	1.47
59958910--59958941	15	2.1	15	94	0	55	43	15	6	34	1.72
59959057--59959081	12	2.1	12	100	0	50	64	0	0	36	0.94
59959435--59959485	27	1.9	26	84	11	68	54	13	9	21	1.67
59963226--59963258	11	2.8	12	81	9	50	81	0	12	6	0.85
59970240--59970311	35	2.1	35	89	0	108	27	27	20	23	1.99
59973900--59974075	50	3.5	50	76	3	142	28	22	26	22	1.99
59976230--59976403	96	1.8	96	85	0	249	33	16	22	26	1.95
59976211--59976472	45	5.7	45	73	7	186	32	17	21	29	1.96
59976324--59976607	89	3.2	89	80	4	306	33	17	20	28	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59976326--59976608	44	6.4	44	72	9	153	33	17	20	27	1.95
59976445--59976608	88	1.9	88	87	2	240	35	17	17	29	1.93
59982944--59983045	29	3.4	31	77	6	102	49	5	13	31	1.66
59989012--59989042	5	6.4	5	92	7	55	58	0	0	41	0.98
60003327--60003425	50	2.0	50	93	0	171	27	28	7	37	1.83
60005788--60005931	36	4.0	36	92	1	236	25	21	16	36	1.94
60005895--60006254	52	7.6	46	80	13	392	28	21	14	35	1.93
60005906--60006254	190	1.8	194	92	2	598	28	21	14	34	1.93
60009385--60009512	67	1.9	66	93	1	220	30	30	14	25	1.94
60009450--60009591	57	2.7	48	78	20	167	31	30	13	23	1.93
60009475--60009592	57	2.0	59	96	3	222	32	31	12	23	1.92
60010844--60010979	37	3.7	37	90	1	204	26	21	15	36	1.93
60013848--60013903	27	2.1	27	93	0	94	39	26	0	33	1.57
60020068--60020131	32	2.0	32	100	0	128	46	0	6	46	1.27
60027488--60027542	28	2.0	26	86	6	74	63	3	5	27	1.33
60038457--60038494	20	1.9	20	84	10	51	76	0	10	13	1.02
60041762--60041787	5	5.2	5	100	0	52	80	0	0	19	0.71
60043010--60043034	12	2.1	12	100	0	50	32	8	0	60	1.26
60043447--60043537	29	3.2	28	77	13	89	21	4	0	73	1.00
60043466--60043553	9	9.4	9	76	16	58	21	5	0	72	1.05
60043658--60043683	10	2.6	10	100	0	52	19	0	0	80	0.71
60045134--60045200	34	1.9	35	90	3	109	44	13	8	32	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60046610--60046666	29	2.0	29	83	13	73	54	1	0	43	1.10
60046710--60046750	15	2.6	16	78	14	50	70	0	0	29	0.87
60046709--60046795	35	2.3	40	80	13	112	64	0	1	34	1.01
60046742--60046796	27	2.0	27	85	7	74	61	0	1	36	1.06
60046887--60046941	24	2.2	25	81	12	69	49	1	1	47	1.23
60053458--60053518	20	3.3	18	76	13	61	49	4	3	42	1.40
60053181--60053706	234	2.3	226	82	7	578	44	8	9	37	1.68
60055009--60055071	23	2.7	23	83	9	67	52	4	1	41	1.32
60056627--60056674	23	2.1	23	84	0	60	12	8	6	72	1.26
60065979--60066008	11	2.6	11	94	5	51	60	0	3	36	1.14
60068049--60068088	16	2.5	16	87	0	53	35	20	5	40	1.74
60071039--60072589	778	2.0	778	92	1	2579	33	16	24	25	1.96
60073363--60073417	27	2.0	27	82	3	65	34	16	9	40	1.80
60073397--60073429	16	2.0	17	94	5	59	24	24	12	39	1.89
60073490--60073525	15	2.4	16	90	9	58	61	2	0	36	1.11
60074052--60074077	2	13.0	2	100	0	52	50	50	0	0	1.00
60082251--60082305	25	2.2	25	87	12	78	41	0	9	49	1.34
60082628--60082661	11	3.1	11	86	0	50	17	0	17	64	1.29
60090453--60090488	15	2.4	15	95	0	63	27	8	2	61	1.39
60099806--60099845	18	2.2	19	86	4	55	30	15	0	55	1.41
60108190--60108306	9	12.6	9	82	7	144	35	29	9	24	1.87
60108313--60108373	17	3.4	17	68	12	50	52	13	1	32	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60108330--60108393	20	3.3	20	68	12	62	45	15	4	34	1.67
60108307--60108419	37	3.1	37	94	1	192	47	15	4	32	1.65
60108460--60108518	24	2.5	24	88	0	91	30	25	0	44	1.55
60111579--60111612	16	2.1	16	94	0	59	50	8	0	41	1.34
60112509--60112549	17	2.5	17	92	4	66	24	4	34	36	1.77
60113678--60113721	18	2.4	18	85	7	63	54	0	9	36	1.32
60113678--60113737	3	19.7	3	75	3	57	56	1	6	35	1.35
60113753--60113800	17	2.8	18	82	14	57	70	4	2	22	1.15
60115501--60115815	96	3.4	95	74	12	339	31	20	15	32	1.94
60115406--60115864	181	2.5	181	91	0	702	30	20	16	32	1.95
60115409--60115850	96	4.9	88	73	12	333	30	21	16	31	1.95
60115778--60115948	44	3.8	44	69	17	123	27	21	19	30	1.98
60115642--60116179	274	2.0	275	83	3	690	28	20	18	32	1.96
60117009--60117066	18	3.2	18	77	18	75	5	13	0	81	0.86
60117008--60117069	16	3.7	16	78	17	72	4	14	0	80	0.87
60122185--60122227	18	2.5	17	82	17	54	72	2	2	23	1.08
60122483--60122507	13	1.9	13	100	0	50	32	4	24	40	1.73
60124149--60124288	57	2.4	59	85	9	187	24	23	20	32	1.98
60129973--60129997	13	1.9	13	100	0	50	32	4	24	40	1.73
60131373--60131479	41	2.6	41	88	2	153	23	18	22	35	1.96
60136204--60136452	50	4.8	50	85	4	284	20	29	24	26	1.99
60136203--60136452	100	2.4	104	88	6	357	20	29	24	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60136547--60136578	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
60136789--60136846	30	1.9	30	89	0	89	31	24	3	41	1.71
60138498--60138579	41	2.0	41	100	0	164	36	9	14	39	1.79
60155335--60155386	26	2.0	26	96	0	95	46	13	11	28	1.78
60159126--60159320	105	1.9	101	83	8	250	32	15	24	27	1.96
60159126--60159374	105	2.4	101	77	12	249	33	16	23	26	1.96
60160414--60160464	21	2.5	20	74	22	52	58	3	1	35	1.28
60160695--60160734	18	2.4	16	87	8	53	67	0	2	30	1.04
60165270--60165295	5	5.2	5	100	0	52	23	19	19	38	1.93
60177361--60177391	2	15.5	2	100	0	62	0	48	0	51	1.00
60180401--60180425	4	6.2	4	100	0	50	72	0	0	28	0.86
60181348--60181380	14	2.4	14	100	0	66	24	24	0	51	1.48
60183713--60183806	25	3.9	24	73	6	82	32	23	26	17	1.96
60183710--60183841	26	5.3	25	75	12	89	34	23	25	15	1.95
60187962--60188079	47	2.5	47	84	1	130	26	16	27	30	1.96
60192650--60192692	22	2.0	22	86	13	63	48	18	0	32	1.48
60193365--60193466	51	2.0	50	90	5	161	54	11	11	21	1.68
60204444--60204538	20	4.8	20	81	12	99	64	1	2	32	1.12
60204456--60204528	10	7.5	10	73	15	64	64	1	1	32	1.11
60204484--60204536	28	1.9	27	85	11	72	64	0	3	32	1.12
60204456--60204542	9	9.2	9	73	21	72	64	1	2	32	1.13
60204483--60204542	28	2.2	26	80	16	68	63	0	3	33	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60204444--60204631	37	4.8	37	74	15	130	58	1	3	36	1.23
60204444--60204631	20	9.6	19	72	13	98	58	1	3	36	1.23
60204643--60204669	12	2.2	12	100	0	54	0	40	0	59	0.98
60204821--60205011	20	9.6	21	71	18	67	38	7	1	51	1.40
60204884--60204941	10	5.7	10	75	17	57	37	3	3	55	1.34
60204823--60204941	20	5.8	20	74	9	82	35	7	2	54	1.42
60204992--60205065	20	3.8	19	71	15	62	32	4	2	60	1.29
60204938--60205074	19	7.1	19	69	14	75	37	5	1	55	1.31
60206556--60206593	17	2.2	17	82	13	51	50	0	5	44	1.24
60206556--60206601	19	2.6	18	82	6	58	54	0	4	41	1.20

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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