genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.183.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  67659327

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
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This is table  183  of  216  ( 25871 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57124831--57124986	76	2.1	75	85	4	206	35	13	9	41	1.77
57125056--57125098	20	2.1	21	87	12	63	39	11	11	37	1.78
57125064--57125162	36	2.8	36	81	7	105	35	9	11	44	1.72
57125082--57125176	37	2.6	35	80	14	95	34	10	9	45	1.71
57129774--57129824	23	2.2	23	89	0	75	25	9	23	41	1.85
57133669--57133854	93	2.0	93	95	0	336	43	9	13	33	1.77
57141507--57141534	6	4.7	6	100	0	56	32	0	0	67	0.91
57142187--57142280	42	2.3	41	81	3	109	21	27	27	23	1.99
57148089--57148132	21	2.1	21	83	8	54	25	9	2	63	1.35
57150937--57151004	16	4.4	16	69	10	52	51	4	2	41	1.37
57151911--57151942	3	10.7	3	100	0	64	0	31	0	68	0.90
57156342--57156425	37	2.2	37	82	4	96	60	1	2	35	1.17
57156312--57156475	10	17.3	9	69	17	57	63	1	4	30	1.23
57156342--57156466	10	12.8	10	73	9	64	62	0	3	33	1.17
57156375--57156425	18	2.7	19	75	6	59	62	1	3	31	1.24
57156375--57156448	28	2.5	29	75	16	80	62	1	4	32	1.22
57156414--57156467	22	2.6	22	82	11	69	66	0	3	29	1.09
57156495--57156539	18	2.4	19	81	3	56	24	6	0	68	1.13
57156665--57156738	30	2.5	31	84	6	98	32	4	1	62	1.22
57156695--57156769	19	3.9	18	79	10	69	36	2	0	61	1.10
57156654--57156775	10	12.4	10	72	11	83	33	2	0	63	1.14
57156653--57156774	29	4.2	28	79	8	102	34	2	0	62	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57157397--57157436	20	2.0	21	90	5	64	12	32	5	50	1.62
57164700--57164725	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
57167459--57167517	27	2.2	28	78	9	68	47	28	0	23	1.52
57167753--57167809	29	2.0	29	100	0	114	35	17	0	47	1.48
57167794--57167840	24	2.0	23	84	12	60	29	14	4	51	1.62
57168076--57168119	22	1.9	24	86	9	65	29	15	0	54	1.42
57168720--57168761	5	8.4	5	89	10	68	59	0	0	40	0.97
57171664--57171732	5	13.8	5	100	0	138	40	20	0	39	1.52
57182504--57182568	27	2.4	28	80	15	73	60	6	10	23	1.52
57200508--57200652	27	5.4	27	76	9	136	31	13	26	28	1.93
57202987--57203014	14	2.0	14	100	0	56	50	21	0	28	1.49
57203154--57203279	47	2.6	48	86	7	164	35	25	16	22	1.95
57205357--57205421	21	3.1	21	88	2	96	33	26	24	15	1.95
57206742--57206783	11	3.5	11	82	17	57	54	2	0	42	1.13
57206741--57206776	14	2.6	14	90	0	63	55	2	0	41	1.14
57212808--57212868	21	2.8	21	85	9	79	32	27	24	14	1.95
57212808--57212855	21	2.3	21	96	0	87	27	29	29	14	1.95
57214049--57214080	3	10.7	3	93	0	55	62	0	3	34	1.11
57214212--57214257	14	3.3	14	93	0	83	56	2	0	41	1.11
57215408--57215471	32	2.0	32	87	6	94	29	15	29	25	1.96
57222882--57223120	50	4.7	50	81	6	232	23	28	20	28	1.99
57233277--57233429	56	2.8	55	67	22	131	28	5	17	48	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57234778--57234811	17	2.1	15	89	10	50	67	2	0	29	1.05
57235141--57235187	23	2.0	23	83	0	58	29	4	2	63	1.25
57245152--57245187	19	2.0	18	89	10	56	61	0	0	38	0.96
57251622--57251739	59	2.0	59	98	0	227	43	11	15	30	1.81
57255031--57255076	19	2.4	19	82	7	58	71	0	2	26	0.97
57255034--57255079	20	2.4	19	77	3	56	71	0	2	26	0.97
57255035--57255114	29	2.8	29	77	11	74	65	0	2	32	1.06
57255092--57255158	20	3.4	19	74	25	75	65	0	5	28	1.16
57257428--57257477	20	2.5	20	83	6	66	28	12	2	58	1.45
57258041--57258122	10	8.4	10	77	8	80	29	2	2	65	1.18
57258030--57258121	29	3.2	27	77	14	87	29	3	3	64	1.25
57258041--57258140	29	3.4	29	76	15	82	27	3	3	67	1.20
57258304--57258480	86	2.1	86	84	2	230	33	7	19	38	1.81
57259417--57259479	31	2.1	30	85	8	83	46	7	14	31	1.73
57260964--57260990	14	1.9	14	100	0	54	66	0	0	33	0.92
57262739--57262870	44	3.0	43	89	2	192	39	7	17	35	1.78
57265818--57266113	27	11.0	27	78	6	235	19	18	20	41	1.90
57265845--57266087	107	2.3	108	86	0	335	18	19	20	41	1.91
57265850--57266120	81	3.4	78	82	6	301	18	17	21	42	1.89
57265820--57266120	54	5.6	53	78	6	266	18	17	21	41	1.90
57269779--57269803	12	2.1	12	100	0	50	32	36	8	24	1.84
57270693--57270800	15	7.2	15	69	12	87	43	7	23	25	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57270686--57270800	30	3.8	30	97	0	203	44	6	23	25	1.78
57275382--57275489	15	7.2	15	69	12	87	43	7	23	25	1.79
57275375--57275489	30	3.8	30	97	0	203	44	6	23	25	1.78
57280490--57280588	42	2.4	42	86	3	128	26	20	17	36	1.94
57285930--57285976	24	2.0	23	91	4	76	70	2	21	6	1.20
57285944--57285982	17	2.2	18	86	4	53	74	0	15	10	1.07
57289262--57289332	5	14.2	5	100	0	142	60	0	0	39	0.97
57289469--57289500	17	1.9	16	93	6	55	50	6	0	43	1.27
57289451--57289554	44	2.3	44	77	4	111	49	3	10	36	1.56
57291061--57291085	10	2.5	10	100	0	50	84	0	0	16	0.63
57291210--57291251	16	2.5	17	82	14	52	45	0	4	50	1.23
57291223--57291277	20	2.8	20	89	5	78	36	1	7	54	1.39
57299344--57299403	29	2.1	29	93	0	102	31	16	20	31	1.95
57313081--57313134	27	2.0	27	85	0	72	20	16	16	46	1.84
57323719--57323759	6	6.8	6	97	0	73	34	12	0	53	1.38
57330114--57330191	36	2.2	36	88	0	111	34	29	8	26	1.87
57330895--57330934	22	1.9	21	90	10	64	45	17	0	37	1.49
57332600--57332652	24	2.2	24	86	0	70	37	3	7	50	1.49
57334574--57334619	24	1.9	24	95	0	83	41	2	4	52	1.33
57334630--57334682	26	2.0	26	92	0	88	37	11	7	43	1.69
57339661--57339855	93	2.1	92	88	4	286	44	4	4	47	1.41
57339833--57339931	52	2.0	52	80	11	118	45	6	2	46	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57339888--57339921	17	2.0	17	94	0	59	44	5	0	50	1.26
57339893--57339940	17	3.0	16	79	17	55	45	6	2	45	1.40
57339937--57340115	54	3.1	54	65	22	137	41	2	7	49	1.43
57339933--57340120	61	3.1	61	68	14	190	41	2	6	49	1.41
57339981--57340015	18	2.0	17	88	5	52	40	0	0	60	0.97
57339930--57340152	120	1.9	120	97	0	419	42	2	6	49	1.40
57340101--57340135	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
57339964--57340149	54	3.2	54	66	21	142	43	1	4	50	1.33
57340089--57340360	144	1.9	147	94	3	487	47	2	3	46	1.34
57340245--57340279	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
57340441--57340535	45	2.1	45	88	1	138	32	27	5	34	1.79
57340514--57340546	16	2.1	16	94	0	57	30	36	0	33	1.58
57340527--57340569	21	2.0	21	95	0	77	34	37	0	27	1.57
57346604--57346629	13	2.0	13	100	0	52	15	23	30	30	1.95
57353637--57353711	31	2.4	29	81	16	87	32	29	12	26	1.92
57353658--57353719	31	2.0	31	96	0	115	35	27	9	27	1.88
57353907--57354104	41	4.8	41	78	3	184	21	27	21	29	1.98
57355987--57356029	21	2.0	22	81	4	52	23	9	4	62	1.44
57356361--57356432	19	3.8	19	88	0	117	40	9	12	37	1.76
57356361--57356458	19	4.9	21	83	6	82	38	8	14	38	1.76
57360971--57361003	16	2.0	17	94	5	59	51	18	6	24	1.68
57367485--57367550	27	2.6	25	85	7	87	24	25	18	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57367466--57367546	25	3.2	26	82	6	103	22	27	16	34	1.95
57367510--57367608	49	2.0	50	83	13	125	19	27	20	33	1.96
57367559--57367606	25	1.9	25	86	0	69	22	27	16	33	1.96
57385761--57385825	30	2.2	30	82	0	76	21	23	27	27	1.99
57387590--57387660	30	2.2	35	80	19	91	71	5	4	18	1.22
57389098--57389131	16	2.1	17	88	5	52	67	2	11	17	1.34
57389230--57389273	23	1.9	23	86	9	63	65	6	13	13	1.44
57389271--57389321	15	3.7	13	78	19	50	70	1	3	23	1.14
57389560--57389590	13	2.4	13	94	0	53	6	3	64	25	1.33
57390299--57390356	20	2.7	21	78	10	55	60	1	6	31	1.33

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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