genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.203.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  67659327

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          209   210   211   212   213   214   215   216   

This is table  203  of  216  ( 25871 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63020326--63020381	25	2.2	26	90	3	87	58	0	0	41	0.98
63020343--63020394	21	2.6	20	78	6	52	63	0	0	36	0.95
63021097--63021174	11	7.4	11	75	18	85	39	2	0	57	1.12
63030780--63030815	17	2.0	19	89	10	58	33	0	0	66	0.92
63036828--63036870	19	2.3	18	88	8	59	34	0	2	62	1.08
63036828--63036863	19	1.9	18	94	5	63	36	0	0	63	0.94
63036787--63036876	30	2.9	30	70	11	74	34	1	1	63	1.09
63037806--63037912	27	4.0	26	74	16	94	41	0	3	55	1.18
63038881--63038946	30	2.2	32	83	8	84	46	0	3	50	1.16
63041900--63041941	16	2.7	16	82	13	52	64	2	19	14	1.39
63042863--63042902	21	1.9	21	85	10	55	20	17	12	50	1.78
63043055--63043124	33	2.1	33	100	0	140	22	17	15	44	1.86
63045372--63045470	51	1.9	51	91	0	162	35	11	33	20	1.88
63045432--63045599	60	2.8	60	83	5	196	35	15	27	20	1.93
63050567--63050627	26	2.2	26	82	11	68	52	0	3	44	1.17
63053621--63053647	3	9.0	3	100	0	54	33	0	33	33	1.58
63063374--63063412	20	2.0	20	89	0	60	56	28	0	15	1.40
63064748--63064784	5	7.0	5	88	11	56	37	0	40	21	1.54
63071918--63072014	46	2.1	46	100	0	194	35	10	2	52	1.47
63076545--63076593	23	2.1	23	88	0	71	46	8	2	42	1.45
63084653--63084682	12	2.5	12	100	0	60	56	6	0	36	1.26
63095090--63095219	50	2.6	49	84	9	167	30	23	25	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63095090--63095226	49	2.8	50	82	10	174	29	22	25	22	1.99
63101861--63101898	19	2.1	19	85	5	51	31	0	10	57	1.32
63103717--63103764	19	2.4	20	80	16	55	54	4	6	35	1.45
63111759--63111835	14	5.0	15	71	20	52	44	14	7	33	1.74
63111763--63111829	34	1.9	35	87	3	100	47	13	7	31	1.70
63114808--63114847	21	2.0	21	85	5	55	55	20	10	15	1.68
63116712--63116778	33	2.0	32	82	5	80	35	8	4	50	1.54
63116961--63117000	19	2.1	20	81	13	57	30	2	5	62	1.29
63121612--63121723	55	2.0	55	100	0	224	37	7	14	41	1.73
63122367--63122394	13	2.2	13	100	0	56	39	14	7	39	1.73
63125540--63125592	14	3.5	15	76	7	54	26	1	1	69	1.09
63125540--63125605	29	2.3	28	82	10	80	27	3	1	68	1.13
63127459--63127505	23	2.0	23	84	15	62	27	2	4	65	1.22
63130459--63130503	20	2.4	19	85	7	56	57	0	17	24	1.40
63130469--63130514	20	2.2	20	84	3	56	58	4	15	21	1.54
63135214--63135251	18	2.1	18	90	0	58	26	7	23	42	1.81
63146152--63146220	34	2.0	34	100	0	138	40	17	11	30	1.85
63148790--63148823	13	2.5	14	90	4	52	47	0	2	50	1.16
63149865--63149923	17	3.3	17	73	13	55	55	5	0	38	1.22
63152874--63152906	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
63167117--63167192	13	5.2	13	71	20	53	38	9	3	48	1.54
63167104--63167214	45	2.5	45	95	0	195	37	8	6	47	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63170791--63170827	7	5.3	7	90	0	56	64	2	0	32	1.07
63170913--63170997	40	2.0	41	84	6	109	56	8	3	31	1.46
63171439--63171472	17	1.9	18	94	5	61	44	29	5	20	1.75
63171675--63171788	29	3.9	29	79	9	124	21	4	48	25	1.69
63171675--63171788	58	1.9	60	87	7	171	21	4	48	25	1.69
63172480--63172681	76	2.7	75	90	5	302	32	20	15	31	1.94
63172598--63172770	89	1.9	89	85	6	235	35	20	17	25	1.95
63172687--63172849	73	2.2	74	88	2	247	36	22	17	23	1.95
63172829--63172863	14	2.5	14	95	0	61	60	8	14	17	1.58
63172756--63172940	89	2.1	87	85	6	241	37	21	16	24	1.93
63172519--63173010	162	3.0	160	87	4	666	34	21	16	26	1.95
63172883--63173082	73	2.8	71	84	2	256	33	21	14	31	1.93
63172692--63173223	235	2.3	232	84	6	664	34	22	16	26	1.95
63173074--63173215	72	2.0	73	91	1	232	38	23	15	21	1.92
63172940--63173229	160	1.8	157	86	6	415	34	22	15	27	1.95
63173369--63173710	75	4.5	75	86	6	431	32	20	15	31	1.93
63173369--63173727	147	2.4	149	82	8	426	34	19	14	30	1.92
63173369--63173716	72	4.6	74	85	5	378	33	19	15	31	1.93
63173727--63173901	70	2.5	70	82	6	196	34	22	14	29	1.93
63174677--63174783	40	2.6	40	79	8	108	14	26	16	42	1.86
63182198--63182245	16	3.1	15	90	6	69	64	2	2	31	1.16
63182194--63182245	8	6.5	8	82	8	61	65	1	1	30	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63182193--63182249	24	2.4	24	79	5	71	64	1	3	29	1.20
63182393--63182457	25	2.8	24	83	6	80	52	6	7	33	1.55
63182479--63182610	25	5.6	25	74	8	98	59	2	3	34	1.28
63182474--63182605	50	2.8	46	76	11	124	59	2	3	34	1.28
63183115--63183282	30	5.8	30	86	6	215	22	3	47	26	1.67
63183115--63183282	60	2.9	60	89	7	260	22	3	47	26	1.67
63185202--63185252	13	3.9	13	81	0	66	35	25	9	29	1.88
63187465--63187527	31	2.0	31	87	6	92	44	7	12	34	1.72
63200278--63200418	9	15.1	9	67	11	70	62	5	4	27	1.37
63200832--63200922	9	10.1	9	72	11	62	27	1	3	68	1.12
63200813--63200913	28	3.7	27	76	14	91	25	0	3	69	1.12
63203345--63203445	30	3.4	30	94	0	175	27	49	3	18	1.65
63203345--63203491	30	4.9	29	84	5	170	27	47	4	21	1.68
63204068--63204136	25	2.8	25	77	12	81	36	1	1	60	1.14
63204073--63204157	35	2.6	35	81	9	90	34	3	3	58	1.32
63204146--63204204	25	2.5	24	78	10	68	33	8	6	50	1.59
63204162--63204210	25	2.0	25	91	0	80	34	8	6	51	1.57
63204365--63204412	16	3.1	15	90	6	69	31	2	2	64	1.16
63204365--63204416	8	6.5	8	82	8	61	30	1	1	65	1.14
63206007--63206038	11	2.8	12	95	4	57	25	0	0	75	0.81
63206217--63206294	11	7.1	11	76	5	61	61	7	12	17	1.54
63206658--63206817	41	3.9	41	87	0	214	41	19	24	14	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63206924--63206953	14	2.1	14	100	0	60	46	36	0	16	1.47
63207015--63207082	25	2.7	25	77	4	66	13	36	17	32	1.89
63207690--63207748	28	2.1	28	96	0	109	42	6	11	38	1.68
63208889--63208915	8	3.4	8	100	0	54	59	25	0	14	1.36
63209748--63209794	21	2.2	21	77	7	51	8	14	4	72	1.24
63209673--63209857	95	2.0	94	97	2	354	10	13	6	69	1.36
63211470--63211866	109	3.6	109	91	0	605	31	15	18	34	1.92
63211914--63211970	21	2.7	21	83	0	78	49	15	21	14	1.80
63213563--63213800	43	5.6	42	80	8	248	22	15	31	30	1.95
63213563--63213820	86	3.0	86	82	1	304	22	15	29	31	1.95
63227145--63227179	10	3.2	11	88	12	54	17	37	0	45	1.48
63227162--63227217	22	2.5	22	91	2	94	28	30	0	41	1.57
63227190--63227304	51	2.3	51	95	0	203	28	25	0	46	1.53
63228422--63228446	7	3.6	7	100	0	50	28	0	12	60	1.32
63229543--63229628	43	2.0	45	88	4	131	36	0	13	50	1.43
63229724--63230326	45	12.8	45	80	14	627	45	24	0	28	1.60
63229696--63230326	23	27.1	23	74	20	482	45	24	1	28	1.60
63229858--63230253	119	3.3	115	84	12	491	45	24	1	28	1.61
63229986--63230361	73	5.2	74	83	11	494	44	25	1	28	1.62
63229724--63230326	141	4.3	141	83	13	685	45	24	0	28	1.60
63230247--63230304	29	2.1	27	84	12	73	46	25	0	27	1.53
63230358--63230575	116	1.9	116	95	0	391	38	9	9	43	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63230551--63230592	17	2.4	18	80	4	50	42	9	2	45	1.49
63233606--63233956	125	2.8	125	85	6	507	32	21	15	30	1.94
63238176--63238207	12	2.6	13	85	14	50	37	0	6	56	1.25
63239948--63240237	46	6.6	46	85	8	408	34	15	22	28	1.94
63240030--63240102	36	2.0	36	94	0	128	36	16	20	26	1.93
63239963--63240239	82	3.2	89	84	11	349	33	15	22	28	1.94
63239951--63240194	128	1.9	128	94	0	434	35	14	21	28	1.93
63242611--63242718	33	3.3	32	82	2	126	20	9	29	40	1.83
63242612--63242730	33	3.6	33	79	6	125	20	10	29	40	1.85
63242658--63242740	33	2.5	33	86	3	96	22	10	30	36	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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