genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  67659327

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
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This is table  5  of  216  ( 25871 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1600390--1600430	12	3.3	12	93	3	64	0	4	14	80	0.87
1600355--1600422	10	6.4	11	75	10	54	1	2	16	79	0.93
1607481--1607637	54	2.9	54	92	0	262	33	15	22	28	1.95
1608078--1608147	29	2.6	27	80	14	81	40	0	2	57	1.14
1608159--1608195	16	2.3	17	86	13	60	54	0	5	40	1.24
1611673--1611707	14	2.5	14	90	0	52	62	11	5	20	1.48
1621109--1621134	7	3.7	7	100	0	52	30	30	11	26	1.92
1625020--1625062	17	2.3	19	80	11	54	51	6	0	41	1.29
1628807--1629340	48	11.7	45	76	8	282	31	36	12	19	1.89
1628937--1629025	27	3.5	26	70	17	71	21	44	5	28	1.74
1628760--1629116	189	1.9	186	90	2	563	29	38	11	20	1.88
1629037--1629340	42	7.0	42	80	8	365	33	34	14	17	1.90
1628759--1629334	138	4.2	135	74	10	434	30	36	12	19	1.90
1628848--1629340	222	2.2	225	91	3	776	31	36	12	18	1.89
1629324--1629366	21	2.0	21	90	0	68	20	58	0	20	1.40
1629333--1629922	48	12.2	48	77	3	493	30	47	2	18	1.63
1629121--1629385	138	1.9	135	84	8	354	31	37	11	20	1.88
1629331--1629414	21	3.7	21	72	17	78	27	52	0	20	1.47
1629276--1629727	144	3.1	142	77	11	454	30	46	4	18	1.69
1629331--1629727	144	2.7	144	88	1	578	29	48	3	18	1.63
1629841--1629922	24	3.4	23	68	18	69	30	48	1	19	1.57
1629979--1630012	6	5.7	6	92	0	59	17	79	0	2	0.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1631070--1631158	36	2.5	36	81	0	97	23	43	7	24	1.80
1631061--1631338	150	1.9	150	94	0	493	26	39	8	24	1.85
1631220--1631308	36	2.5	36	86	0	115	23	42	10	23	1.84
1631348--1632802	144	10.1	143	78	7	973	28	47	5	18	1.71
1631391--1632839	96	15.1	94	80	6	861	27	48	5	18	1.69
1631348--1632802	240	6.1	237	83	5	1143	28	47	5	18	1.71
1631836--1631918	24	3.5	24	71	12	80	22	54	1	21	1.52
1631835--1631919	21	3.8	21	72	17	71	22	52	1	23	1.54
1632076--1632158	24	3.5	24	69	12	80	21	54	2	21	1.56
1632246--1632661	21	17.2	27	62	24	117	27	51	2	18	1.59
1636198--1636228	15	2.1	15	100	0	62	45	19	0	35	1.51
1636516--1636546	15	2.1	15	93	0	53	19	0	22	58	1.40
1639640--1639669	15	2.0	15	93	0	51	20	13	30	36	1.90
1642354--1642379	5	5.2	5	100	0	52	19	0	0	80	0.71
1651429--1651454	6	4.3	6	100	0	52	0	50	15	34	1.45
1652273--1652348	33	2.3	33	81	4	82	31	31	19	17	1.95
1655228--1655298	33	2.2	33	82	10	83	30	33	19	15	1.93
1661411--1661466	27	2.1	27	96	0	103	23	28	5	42	1.76
1662820--1662870	25	2.0	24	85	11	66	52	0	0	47	1.00
1663412--1663440	8	3.6	8	100	0	58	37	0	0	62	0.96
1663490--1663555	12	5.2	12	72	16	53	69	3	22	4	1.20
1666889--1666916	12	2.3	12	100	0	56	42	25	0	32	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1674543--1674724	90	2.0	90	98	0	355	21	12	14	51	1.75
1703605--1703697	18	5.2	18	82	0	123	30	21	15	33	1.94
1703605--1703699	36	2.6	36	86	0	136	30	21	15	32	1.94
1713158--1713195	18	2.1	19	90	5	60	21	21	5	52	1.66
1721861--1721901	20	2.0	20	95	0	73	21	31	9	36	1.86
1726614--1726646	6	5.5	6	100	0	66	33	18	15	33	1.92
1727541--1727590	21	2.3	21	79	3	55	48	2	10	40	1.48
1730500--1730541	20	2.0	21	86	4	59	33	0	2	64	1.07
1731228--1731267	20	2.0	20	90	9	64	57	0	2	40	1.12
1739710--1739788	32	2.5	32	81	6	90	48	2	0	49	1.14
1741435--1741485	3	17.0	3	80	8	59	60	1	5	31	1.31
1742875--1743506	87	7.3	87	70	11	368	26	22	20	30	1.98
1742914--1743526	44	14.1	43	72	13	347	25	23	20	30	1.98
1742946--1743380	133	3.3	132	85	5	542	25	23	20	30	1.99
1742850--1743288	218	2.0	218	84	4	573	26	23	20	30	1.98
1743467--1743766	86	3.5	85	80	6	275	23	22	23	30	1.99
1743512--1743777	86	3.1	88	80	5	299	22	22	22	31	1.99
1745018--1745048	1	31.0	1	100	0	62	0	0	0	100	0.00
1756511--1756564	3	18.0	3	81	7	65	61	1	5	31	1.30
1757685--1757728	18	2.4	18	82	10	54	40	0	6	52	1.28
1771198--1772664	727	2.0	728	85	7	1973	34	19	19	26	1.96
1801222--1801255	14	2.4	14	90	5	50	73	11	2	11	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1801944--1801997	22	2.5	20	72	21	56	37	1	3	57	1.27
1802027--1802092	22	3.0	24	80	10	70	56	1	0	42	1.08
1803062--1803098	17	2.2	17	100	0	74	51	10	5	32	1.60
1805682--1805728	20	2.4	19	82	13	51	68	6	2	23	1.24
1806047--1806105	29	2.0	29	100	0	118	30	18	6	44	1.76
1806842--1807280	216	2.0	218	79	2	470	31	11	12	43	1.79
1807503--1807562	24	2.4	25	81	10	70	26	5	6	61	1.42
1812354--1812790	233	1.8	238	85	3	614	32	18	19	29	1.96
1812647--1813039	189	2.1	189	90	2	612	29	21	20	28	1.98
1813638--1813692	22	2.5	21	91	2	65	30	3	29	36	1.75
1813644--1813692	22	2.2	22	96	0	89	30	4	30	34	1.76
1814221--1814274	24	2.2	24	90	6	83	20	42	1	35	1.63
1815598--1815862	42	6.2	42	66	17	161	41	6	4	47	1.48
1815720--1815801	24	3.2	24	67	29	71	46	6	3	43	1.46
1815718--1815843	52	2.4	52	100	0	252	45	4	3	46	1.43
1815801--1815862	21	3.0	21	70	23	51	41	4	4	48	1.46
1815877--1815909	15	2.2	15	94	0	57	39	3	3	54	1.31
1816001--1816057	17	3.3	17	72	13	62	42	0	5	52	1.24
1815770--1816107	87	3.9	84	80	11	412	42	4	4	48	1.44
1816319--1816589	9	32.1	9	71	13	175	47	20	2	30	1.62
1816322--1816412	25	3.6	25	80	5	87	51	15	2	30	1.55
1816319--1816453	41	3.2	41	84	6	148	48	17	2	31	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1816375--1816596	25	8.8	25	82	3	266	46	21	2	29	1.63
1816319--1816589	16	16.1	18	71	12	175	47	20	2	30	1.62
1822045--1822113	21	3.3	21	81	0	84	33	18	42	5	1.75
1822098--1822124	12	2.2	12	100	0	54	40	18	40	0	1.51
1822557--1822825	126	2.1	127	83	8	334	27	20	20	30	1.98
1822557--1822807	42	6.0	42	84	3	294	26	20	20	32	1.97
1822897--1822940	22	2.0	22	90	0	70	50	27	13	9	1.72
1823607--1823652	24	1.9	24	95	0	83	34	13	2	50	1.53
1831487--1831540	23	2.3	23	87	9	74	53	0	1	44	1.11
1841818--1842132	138	2.3	138	88	4	467	48	5	6	40	1.51
1846250--1846565	138	2.3	137	92	3	528	46	5	8	39	1.56
1846279--1846491	67	3.1	67	64	17	166	46	5	7	40	1.56
1854477--1854505	6	4.8	6	100	0	58	34	13	0	51	1.42
1858058--1858097	21	1.9	21	100	0	80	47	5	20	27	1.70
1861759--1861815	29	1.9	30	92	3	98	54	3	5	36	1.40
1861762--1861826	29	2.2	30	86	5	87	52	1	7	38	1.40
1864363--1864586	40	5.6	40	87	4	258	25	27	20	25	1.99
1865187--1865274	37	2.4	37	100	0	176	32	22	14	29	1.94
1865753--1865872	56	2.1	56	98	0	231	22	23	9	45	1.81
1866787--1866880	47	2.1	43	79	12	102	43	7	12	36	1.71
1874884--1874917	17	2.0	17	94	0	59	52	2	20	23	1.60
1880302--1880341	20	2.0	20	95	0	71	17	0	27	55	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1886538--1886593	30	1.9	30	88	3	87	53	3	12	30	1.55
1886714--1886773	18	3.2	18	81	9	75	60	0	8	31	1.27
1888585--1888899	44	7.2	44	65	8	183	25	24	22	26	2.00
1888389--1888992	88	6.9	88	92	2	816	25	23	22	28	1.99
1891125--1891154	8	3.6	8	95	4	51	13	0	13	73	1.10
1895648--1895719	30	2.4	29	77	11	83	54	2	12	30	1.52
1895827--1895886	18	3.2	18	81	9	75	60	0	8	31	1.27
1925418--1925457	21	1.9	21	89	0	62	57	0	2	40	1.12
1925600--1925641	12	3.5	12	80	0	57	42	0	9	47	1.36
1925595--1925641	24	2.0	24	100	0	94	42	0	8	48	1.33

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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