genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.67.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  67659327

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   

This is table  67  of  216  ( 25871 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20103534--20103584	13	3.8	13	73	19	50	45	21	3	29	1.70
20103515--20103588	28	2.6	29	95	2	132	45	22	2	28	1.66
20103774--20103818	12	3.8	12	84	0	63	53	15	2	28	1.54
20103767--20103818	24	2.2	24	89	6	79	53	17	1	26	1.54
20103867--20103986	9	14.2	9	78	13	121	47	18	0	33	1.54
20103871--20103986	16	6.9	17	75	16	100	47	18	0	33	1.54
20103867--20103986	25	4.8	25	88	0	177	47	18	0	33	1.54
20103840--20103986	50	2.9	49	80	7	161	50	17	1	30	1.55
20109464--20109599	66	2.1	66	87	2	193	42	16	25	14	1.87
20111924--20111953	13	2.3	13	94	0	51	60	3	6	30	1.39
20128022--20128113	48	1.9	48	88	0	139	27	22	6	43	1.78
20128290--20128334	20	2.3	19	85	7	63	75	2	0	22	0.91
20131534--20131597	27	2.4	27	86	5	85	23	21	17	37	1.94
20133437--20133505	33	2.1	33	94	0	120	26	13	24	36	1.92
20134218--20134402	25	6.9	25	72	17	131	28	4	10	56	1.54
20134299--20134350	16	3.4	16	72	20	56	32	5	5	55	1.47
20134290--20134440	30	5.2	30	81	7	186	29	3	11	54	1.53
20134218--20134440	55	4.0	55	79	11	226	28	4	10	56	1.53
20134297--20134350	15	3.6	14	77	20	56	31	5	7	55	1.51
20134290--20134440	21	7.8	19	66	19	64	29	3	11	54	1.53
20134211--20134440	25	8.5	25	73	17	124	27	4	10	57	1.52
20148911--20148950	20	2.0	21	85	5	55	60	20	5	15	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20149170--20149230	29	2.2	27	83	16	72	50	6	0	42	1.28
20149196--20149255	31	1.9	31	83	6	77	48	11	1	38	1.50
20155700--20155783	42	2.0	42	86	9	118	38	19	15	27	1.91
20162882--20162979	17	5.4	17	66	13	61	32	3	13	51	1.56
20162896--20162989	17	5.1	19	67	19	72	34	3	13	48	1.59
20162877--20162988	37	3.0	37	90	0	179	33	3	13	49	1.59
20162993--20163039	20	2.3	20	96	0	85	23	8	25	42	1.82
20164249--20164363	51	2.3	51	95	0	203	27	29	0	42	1.56
20166163--20166202	18	2.2	18	86	0	53	20	32	7	40	1.80
20166457--20166506	21	2.4	21	79	0	55	40	28	24	8	1.83
20166602--20166670	25	2.7	25	81	2	84	46	4	10	39	1.58
20166666--20167189	18	31.8	18	64	23	219	47	25	0	26	1.56
20166745--20167040	29	9.8	29	77	13	285	45	27	0	27	1.59
20166782--20166925	76	2.0	73	88	9	215	46	29	0	24	1.53
20166691--20167170	185	2.6	185	82	9	585	46	25	0	26	1.57
20166988--20167200	47	4.7	47	81	12	268	47	26	0	25	1.58
20166835--20167187	83	4.2	83	79	11	348	47	25	0	26	1.56
20167180--20167219	6	6.7	6	91	0	53	40	47	0	12	1.41
20168453--20168678	124	1.8	124	96	1	418	31	22	17	29	1.96
20183352--20183426	38	2.0	38	89	0	114	28	29	14	28	1.95
20195485--20195601	42	2.8	42	82	1	135	32	27	17	23	1.96
20195485--20195604	43	2.8	43	83	2	134	32	27	16	23	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20206633--20206670	20	1.9	20	89	10	60	60	5	0	34	1.19
20213520--20213554	16	2.1	16	89	5	52	37	0	51	11	1.38
20217554--20217599	20	2.3	20	88	7	67	15	23	4	56	1.57
20217867--20217996	50	2.6	50	85	2	163	21	28	23	26	1.99
20223839--20223956	43	2.8	41	74	9	112	34	26	15	23	1.94
20226142--20226187	24	1.9	24	82	8	58	60	2	2	34	1.21
20232637--20232683	19	2.3	20	85	7	60	42	0	4	53	1.20
20236079--20236123	22	2.0	22	95	0	81	8	35	24	31	1.86
20254826--20254861	17	2.1	17	89	0	54	36	22	2	38	1.69
20255626--20255672	6	7.8	6	100	0	94	14	0	0	85	0.61
20256776--20256916	59	2.4	59	83	8	164	40	14	17	28	1.88
20258487--20258530	19	2.3	20	80	7	56	43	0	4	52	1.22
20259001--20259100	40	2.5	40	73	16	98	41	10	11	38	1.74
20263534--20263568	3	11.7	3	100	0	70	34	0	0	65	0.93
20269955--20269997	16	2.4	18	81	11	54	32	0	0	67	0.91
20270348--20270405	5	11.4	5	83	10	73	41	15	22	20	1.90
20270552--20270595	19	2.3	19	92	0	70	56	29	0	13	1.38
20273600--20273658	29	2.0	29	93	0	100	49	0	11	38	1.40
20273664--20273700	9	4.1	9	92	0	65	29	10	13	45	1.77
20273913--20273963	23	2.2	23	85	0	66	58	0	37	3	1.16
20274099--20274531	101	4.2	101	81	7	507	27	1	14	57	1.45
20280907--20280955	26	2.0	26	88	8	75	61	10	0	28	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20282236--20282290	21	2.5	21	76	5	56	41	3	7	47	1.49
20284227--20284254	6	4.7	6	100	0	56	67	17	0	14	1.22
20284297--20284324	6	4.7	6	100	0	56	85	0	14	0	0.59
20286082--20286138	23	2.5	23	97	0	105	14	7	31	47	1.70
20286166--20286514	124	2.8	124	92	0	601	29	15	21	32	1.95
20288785--20288917	29	5.0	26	90	8	141	29	0	25	45	1.54
20288785--20288896	29	3.9	29	98	0	215	28	0	27	43	1.55
20288960--20289074	36	3.2	36	65	11	92	46	15	4	33	1.66
20288992--20289102	25	4.6	25	68	20	83	45	14	2	37	1.59
20288920--20289104	71	2.6	71	94	0	325	44	14	3	36	1.63
20290191--20290215	7	3.6	7	100	0	50	60	12	0	28	1.32
20291341--20291427	40	2.2	40	97	0	165	41	0	26	32	1.56
20291414--20291439	12	2.2	12	100	0	52	38	0	30	30	1.58
20292352--20292383	13	2.5	13	94	0	55	50	0	12	37	1.41
20293249--20293421	86	2.0	86	100	0	346	37	11	16	34	1.85
20298332--20298539	46	4.6	46	95	2	368	28	22	15	33	1.95
20298332--20298539	91	2.3	92	95	2	377	28	22	15	33	1.95
20304596--20304639	20	2.2	20	100	0	88	43	9	13	34	1.76
20304596--20304646	20	2.5	20	93	0	75	43	7	17	31	1.78
20311646--20311674	2	14.5	2	100	0	58	51	48	0	0	1.00
20313552--20313581	15	1.9	16	93	6	53	26	3	0	70	1.03
20319019--20319047	11	2.7	11	94	5	51	41	0	0	58	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20322293--20322334	17	2.5	17	96	0	75	42	0	23	33	1.55
20322484--20322524	12	3.4	12	80	12	57	51	4	12	31	1.60
20322478--20322526	24	2.0	24	100	0	98	55	4	12	28	1.55
20323502--20323550	21	2.3	21	92	0	89	34	22	18	24	1.96
20325264--20325555	145	2.0	145	91	0	476	37	14	14	33	1.87
20329488--20329529	20	2.1	20	86	8	59	38	2	11	47	1.53
20329660--20329718	3	19.7	3	82	6	75	62	3	1	32	1.21
20332017--20332111	32	2.9	32	92	1	163	29	4	14	51	1.61
20340536--20340682	73	2.0	72	94	1	258	38	12	14	34	1.84
20341257--20341294	19	2.0	19	100	0	76	63	10	5	21	1.46
20348952--20349048	48	2.0	48	95	0	176	28	30	6	34	1.82
20356089--20356131	20	2.2	19	87	4	59	74	6	4	13	1.19
20356315--20356386	34	2.1	34	82	10	85	66	25	2	5	1.27
20356338--20356363	11	2.4	11	100	0	52	76	15	0	7	0.99
20359434--20359551	24	5.3	20	65	21	58	33	10	2	53	1.48
20359406--20359651	91	2.7	91	95	0	429	34	9	4	52	1.53
20359495--20359642	24	6.5	23	69	12	99	35	8	2	52	1.47
20359557--20359594	20	1.9	20	88	0	58	34	10	0	55	1.34
20361968--20362013	24	1.9	24	86	0	65	45	17	26	10	1.81
20364586--20364680	12	7.8	12	71	3	64	78	2	13	5	1.00
20364637--20364681	6	7.8	6	92	7	76	84	0	15	0	0.62
20364637--20364681	17	2.6	18	93	6	76	84	0	15	0	0.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20365928--20366069	43	3.3	42	66	11	106	25	27	28	18	1.98
20365910--20366053	44	3.3	44	66	11	114	25	31	24	19	1.98
20365898--20366124	88	2.6	89	91	1	366	29	26	24	18	1.98
20366107--20366628	132	3.9	132	88	1	733	30	19	22	27	1.98
20366571--20366739	44	3.8	44	85	4	234	27	18	24	28	1.98
20366571--20366739	88	1.9	88	89	4	261	27	18	24	28	1.98
20366121--20366696	264	2.2	263	86	3	737	29	19	22	28	1.98
20368283--20368530	48	5.1	48	67	15	159	35	8	3	53	1.48
20368343--20368380	20	1.9	20	88	0	58	34	10	0	55	1.34
20368283--20368539	102	2.7	93	85	11	365	35	8	3	52	1.50

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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