genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.201.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  67659327

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   

This is table  201  of  216  ( 25871 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62475637--62475670	17	2.0	17	94	0	59	50	0	5	44	1.26
62478959--62478993	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
62478846--62479161	156	2.0	157	93	0	544	42	3	6	48	1.43
62479095--62479136	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
62479104--62479145	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
62479130--62479317	61	3.1	60	67	19	174	48	6	2	42	1.42
62479093--62479399	120	2.6	121	91	5	491	49	4	2	42	1.39
62479214--62479265	15	3.6	15	80	12	56	53	1	0	44	1.11
62479333--62479612	92	3.0	93	80	10	252	47	2	3	45	1.34
62479429--62479476	26	1.9	25	84	16	64	52	2	0	45	1.12
62479404--62479612	92	2.3	91	84	5	260	46	3	3	46	1.37
62485697--62485738	16	2.7	15	73	20	50	47	4	0	47	1.23
62492078--62492139	28	2.2	28	86	11	83	53	19	4	22	1.64
62492078--62492136	29	2.1	27	84	9	73	55	18	5	20	1.61
62492215--62492256	12	3.6	11	79	20	50	59	0	0	40	0.97
62495384--62495434	22	2.5	19	74	22	50	50	0	3	45	1.20
62506289--62506445	41	3.8	41	80	6	174	20	19	27	32	1.97
62507226--62507482	139	1.8	137	81	4	309	26	9	18	45	1.80
62507323--62507429	22	4.7	23	72	16	80	26	5	21	46	1.73
62507226--62507482	69	3.7	69	84	2	300	26	9	18	45	1.80
62508282--62508409	63	2.0	65	87	3	188	36	7	2	53	1.43
62508350--62508430	39	2.0	41	83	4	103	34	7	1	56	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62508348--62508430	43	2.0	42	84	13	109	34	7	1	56	1.35
62521791--62522310	126	4.1	126	88	2	751	29	17	16	36	1.92
62522370--62522479	34	3.3	33	81	7	114	47	11	0	40	1.47
62522524--62522594	21	3.4	21	66	0	61	47	23	0	28	1.52
62527744--62527789	20	2.3	20	96	3	85	41	13	13	32	1.82
62528199--62528257	17	3.4	17	74	19	50	30	11	6	50	1.65
62528427--62528487	28	2.2	28	85	11	81	14	21	19	44	1.86
62530627--62530707	19	4.3	18	69	16	58	35	12	14	37	1.84
62536620--62536786	88	1.9	89	93	2	291	32	23	9	34	1.87
62540738--62540810	36	2.0	36	100	0	146	38	10	13	36	1.80
62541485--62541525	19	2.2	19	95	0	73	21	19	14	43	1.87
62545965--62545999	4	8.8	4	93	0	61	22	2	22	51	1.61
62547600--62547644	17	2.6	17	82	10	56	37	4	4	53	1.41
62547600--62547646	18	2.6	18	86	6	60	38	4	4	53	1.40
62570032--62570087	28	2.0	28	86	10	78	50	0	3	46	1.19
62570664--62570704	15	2.7	15	88	7	57	56	0	9	34	1.32
62576690--62576749	29	2.0	32	83	9	81	18	26	6	48	1.72
62577793--62577844	22	2.5	20	80	14	61	71	0	5	23	1.07
62585486--62585791	17	18.0	17	80	2	294	46	22	7	22	1.78
62585495--62585791	34	8.7	34	89	2	400	46	22	8	22	1.78
62587979--62588049	34	2.1	34	100	0	142	35	9	19	35	1.85
62589037--62589117	38	2.2	37	78	10	85	50	3	3	41	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62604582--62604619	2	18.5	2	94	5	67	50	0	2	47	1.15
62612130--62612174	22	2.0	22	91	0	72	60	0	2	37	1.09
62612957--62613003	23	2.0	24	83	8	60	70	2	2	25	1.10
62613486--62613519	11	3.1	11	82	0	50	20	32	2	44	1.67
62613486--62613532	22	2.1	22	88	7	69	21	31	2	44	1.64
62614681--62614706	7	3.7	7	100	0	52	26	0	15	57	1.38
62615487--62615534	21	2.3	21	82	7	62	33	37	20	8	1.83
62615502--62615546	21	2.1	21	83	0	54	26	44	24	4	1.72
62615729--62615776	19	2.6	19	81	18	57	50	0	0	50	1.00
62615741--62615774	12	2.8	12	90	4	50	47	0	0	52	1.00
62615778--62615836	12	4.7	12	74	12	55	49	33	0	16	1.47
62615769--62615871	45	2.5	41	84	12	131	43	33	1	20	1.63
62615838--62616221	27	14.6	27	65	23	153	42	34	1	20	1.62
62615816--62615972	80	2.0	80	97	0	296	43	35	1	19	1.62
62615928--62615987	15	4.2	15	74	20	65	45	30	0	25	1.54
62615863--62616060	95	2.1	93	86	5	276	43	34	1	20	1.58
62616035--62616223	80	2.3	82	88	5	283	44	32	1	20	1.61
62616401--62616449	22	2.2	23	85	3	64	46	2	4	46	1.33
62617922--62617989	29	2.3	30	80	14	79	42	4	2	50	1.37
62619865--62619928	28	2.2	30	83	13	80	57	0	1	40	1.08
62621660--62621712	27	2.0	27	100	0	106	35	26	15	22	1.93
62623908--62623934	6	4.5	6	100	0	54	29	0	70	0	0.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62625022--62625058	9	4.1	9	92	0	65	29	10	13	45	1.77
62627249--62627303	3	18.3	3	100	0	110	65	0	0	34	0.93
62632232--62632272	20	2.1	20	95	4	75	26	0	9	63	1.25
62648327--62648541	107	2.0	107	97	1	405	47	12	3	35	1.59
62651102--62651177	20	3.8	20	80	3	82	22	9	15	52	1.71
62651102--62651177	40	1.9	40	83	5	100	22	9	15	52	1.71
62655149--62655274	46	3.0	41	76	15	130	19	8	15	56	1.65
62655212--62655288	40	1.9	40	86	5	111	23	7	11	57	1.60
62655212--62655267	20	2.8	20	83	0	76	25	7	12	55	1.62
62661376--62661400	12	2.1	12	100	0	50	24	36	24	16	1.94
62661528--62661583	19	2.9	19	74	15	62	46	25	8	19	1.79
62661531--62661589	9	6.4	9	83	11	66	42	25	10	22	1.84
62664236--62664274	18	2.3	18	86	8	55	43	12	5	38	1.65
62664432--62664462	15	2.1	15	93	0	53	25	32	6	35	1.82
62667821--62667850	15	2.0	15	93	0	51	23	46	6	23	1.75
62668592--62668630	18	2.3	18	91	8	64	46	10	5	38	1.60
62668788--62668818	15	2.1	15	93	0	53	25	32	6	35	1.82
62674903--62674974	20	3.6	19	79	7	81	59	4	0	36	1.17
62674957--62675005	24	2.0	25	84	11	66	57	2	0	40	1.10
62674903--62675017	20	5.6	20	73	11	72	60	2	0	35	1.16
62681791--62681827	11	3.2	12	85	11	51	32	5	5	56	1.45
62689865--62689905	16	2.5	16	88	11	57	17	9	2	70	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62689924--62689973	26	2.0	27	84	11	70	26	10	10	54	1.65
62698651--62699596	54	17.5	54	79	2	797	28	19	14	38	1.90
62698651--62699599	108	8.8	108	80	2	882	28	19	14	38	1.90
62699552--62699739	94	2.0	94	87	2	270	30	17	12	39	1.86
62699836--62699886	23	2.3	23	89	3	77	31	15	9	43	1.80
62700406--62700507	32	3.2	31	87	6	134	39	8	17	34	1.81
62702149--62702188	20	2.0	20	90	9	64	52	0	0	47	1.00
62702397--62702423	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
62706924--62706974	13	3.9	13	71	19	52	37	23	5	33	1.79
62707413--62707454	11	3.8	11	80	0	57	19	7	9	64	1.46
62707383--62707460	22	3.6	21	74	6	75	17	6	12	62	1.50
62713599--62713811	76	2.8	77	92	2	340	23	19	26	30	1.98
62713636--62713775	33	3.5	43	71	22	140	24	17	25	32	1.97
62713679--62713813	33	3.7	34	71	23	114	23	20	25	29	1.99
62716387--62716416	16	1.9	16	93	6	53	30	0	3	66	1.07
62716819--62716863	23	2.0	23	86	0	63	17	6	6	68	1.33
62717390--62717445	26	2.1	26	80	9	60	33	5	1	58	1.31
62734364--62734405	22	1.9	22	90	0	66	42	2	0	54	1.13
62739450--62739490	21	2.0	21	90	0	64	51	9	12	26	1.70
62749773--62749883	57	1.9	59	82	10	140	27	4	1	65	1.22
62749967--62750022	6	9.3	6	82	7	69	14	0	3	82	0.81
62749979--62750023	11	4.0	11	81	16	56	13	0	4	82	0.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62750409--62750442	17	2.0	17	88	0	50	17	2	14	64	1.40
62756333--62756371	19	2.0	20	85	9	55	43	10	12	33	1.77
62756358--62756400	22	2.0	22	85	0	59	39	16	4	39	1.69
62758582--62758656	37	2.0	37	100	0	150	44	10	8	37	1.69
62761607--62761718	20	5.5	20	71	8	91	24	8	8	58	1.55
62761599--62761644	20	2.2	22	80	11	60	17	4	2	76	1.06
62762388--62762787	20	20.9	20	68	12	128	54	10	15	20	1.69
62762636--62762740	21	5.2	21	76	15	80	58	5	15	20	1.58
62763116--62763155	20	2.0	20	85	0	53	57	0	22	20	1.41
62764222--62764310	11	8.5	11	78	15	64	29	1	1	68	1.04

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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