genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.86.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  67659327

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
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This is table  86  of  216  ( 25871 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26453099--26453185	21	4.2	21	72	10	81	78	4	6	10	1.09
26453072--26453158	14	6.3	14	72	17	56	78	8	3	10	1.08
26453176--26453211	6	6.0	6	86	0	54	77	0	22	0	0.76
26453177--26453213	18	2.1	18	94	0	65	75	0	24	0	0.80
26455308--26455477	88	1.9	88	82	7	211	27	25	25	21	2.00
26455436--26455551	44	2.7	44	77	5	112	27	19	22	30	1.98
26455495--26456115	131	4.7	131	88	1	924	30	20	23	25	1.99
26455932--26456119	44	4.3	44	66	14	118	28	22	23	25	1.99
26456233--26456533	44	6.9	44	68	10	143	24	20	27	26	1.99
26456114--26456925	218	3.7	218	90	1	1259	27	20	25	26	1.99
26461968--26462149	50	3.7	50	75	0	168	35	23	18	23	1.96
26461938--26462150	100	2.1	99	90	0	327	34	23	17	24	1.96
26462435--26462472	13	2.9	14	84	11	53	81	5	0	13	0.85
26465758--26465803	23	2.0	23	100	0	92	13	30	17	39	1.87
26465816--26465854	19	2.1	19	95	0	69	0	46	10	43	1.37
26468641--26468831	61	3.2	61	70	11	203	42	3	5	48	1.43
26468645--26468828	57	3.1	59	65	22	166	42	2	5	48	1.41
26468812--26468846	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
26468629--26468860	120	1.9	121	97	1	439	43	2	5	48	1.39
26469003--26469099	44	2.2	45	85	5	126	35	28	6	29	1.82
26469090--26469127	16	2.4	16	95	0	67	21	39	2	36	1.67
26470738--26470811	25	3.0	25	89	0	112	17	27	18	36	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26471848--26471880	12	2.6	13	85	9	50	12	24	36	27	1.91
26477667--26477740	36	2.0	37	82	7	89	48	0	1	50	1.09
26486429--26486456	9	3.1	9	100	0	56	46	10	10	32	1.73
26486492--26486534	21	2.0	21	82	8	52	20	34	0	44	1.52
26488679--26488724	22	2.0	23	84	12	60	41	4	15	39	1.67
26491924--26491986	33	1.9	32	90	3	99	39	3	25	31	1.71
26492069--26492112	22	1.9	24	86	9	65	43	2	13	40	1.57
26495524--26495574	21	2.5	20	84	9	66	35	5	27	31	1.81
26512395--26512452	25	2.3	26	79	8	66	32	20	20	25	1.97
26513359--26513401	23	1.9	23	86	13	63	39	23	0	37	1.55
26513939--26513996	9	6.2	9	76	23	50	51	10	0	37	1.36
26517380--26517420	20	2.0	20	85	0	55	39	14	19	26	1.90
26518681--26518732	10	4.7	12	81	13	51	65	1	19	13	1.36
26525356--26526142	114	6.9	114	94	0	1340	32	16	25	25	1.96
26527968--26528008	17	2.3	19	83	8	59	29	46	2	21	1.64
26529796--26530020	27	7.9	27	78	11	218	49	16	2	31	1.59
26529796--26530020	9	24.8	9	75	7	186	49	16	2	31	1.59
26529814--26530020	91	2.3	91	94	0	353	49	16	2	30	1.61
26529862--26529974	37	3.1	37	84	2	122	49	18	1	30	1.58
26535778--26535982	42	4.9	42	91	1	329	22	19	22	36	1.95
26535778--26535983	85	2.4	84	89	0	322	22	18	22	36	1.95
26536199--26536233	15	2.4	14	90	4	52	45	0	0	54	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26541798--26541935	41	3.4	41	95	0	249	24	28	18	28	1.98
26549514--26549704	41	4.6	41	95	0	337	24	28	19	28	1.98
26551484--26551667	90	2.0	90	95	0	332	49	18	5	26	1.69
26553463--26553492	14	2.1	14	93	0	51	43	6	13	36	1.70
26554045--26554130	45	2.0	44	84	11	115	31	4	3	60	1.34
26554779--26554829	26	2.0	26	96	0	93	49	5	3	41	1.45
26556312--26556345	4	8.5	4	100	0	68	0	26	0	73	0.83
26559133--26559203	34	2.0	38	83	10	96	32	5	22	39	1.77
26571459--26571738	135	2.1	136	91	2	456	46	5	7	39	1.57
26571689--26572258	288	2.0	286	94	0	996	34	12	15	37	1.86
26574922--26575066	75	1.9	75	87	0	209	32	13	10	43	1.78
26576192--26576379	101	1.9	102	89	3	299	23	16	28	30	1.96
26576187--26576379	51	3.8	53	77	13	208	24	16	29	30	1.96
26576605--26576636	16	2.0	16	93	0	55	59	0	15	25	1.36
26583116--26583167	16	3.2	16	94	0	95	26	0	36	36	1.57
26583403--26583437	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
26583294--26583606	157	2.0	157	96	0	581	44	3	4	47	1.40
26583540--26583581	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
26583549--26583590	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
26583360--26583609	76	3.1	81	64	24	204	47	3	2	46	1.34
26583341--26583691	157	2.2	158	80	8	362	47	4	3	45	1.39
26586652--26586765	51	2.3	51	89	1	167	33	32	17	16	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26594102--26594137	16	2.3	16	95	4	65	41	30	5	22	1.76
26620284--26620423	13	10.5	13	66	17	63	35	15	4	45	1.66
26620264--26620382	40	3.0	39	78	11	134	32	16	3	47	1.64
26620350--26620410	28	2.1	29	82	8	72	36	11	3	49	1.55
26620299--26620430	68	2.0	67	89	1	201	34	13	3	49	1.58
26625510--26625592	30	2.8	30	83	0	112	21	18	24	36	1.95
26625591--26625712	55	2.2	56	91	1	192	22	15	24	37	1.93
26629441--26629790	177	2.0	177	94	0	619	44	16	10	28	1.81
26632883--26632932	18	2.8	18	84	0	73	58	0	20	22	1.40
26632883--26632931	6	8.2	6	81	0	62	59	0	20	20	1.38
26633076--26633135	26	2.3	26	82	0	75	43	18	10	28	1.82
26642343--26642387	22	2.0	22	83	8	56	33	2	0	64	1.06
26660398--26660431	11	3.1	11	95	0	59	32	0	0	67	0.91
26665535--26665576	21	2.0	21	85	0	57	47	21	2	28	1.63
26669635--26669671	18	2.1	18	89	0	56	67	0	16	16	1.23
26672618--26672669	17	3.3	15	75	17	52	59	3	0	36	1.16
26675524--26675579	28	2.0	28	83	13	71	50	0	7	42	1.30
26683552--26683595	23	1.9	23	81	9	54	38	2	11	47	1.52
26693717--26693789	24	3.0	25	85	4	103	30	16	21	31	1.95
26701299--26701355	25	2.3	25	90	0	87	26	19	24	29	1.98
26701310--26701401	25	3.7	26	81	11	88	29	23	21	25	1.99
26702618--26702647	12	2.5	12	94	0	51	23	40	30	6	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26705046--26705223	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
26705067--26705222	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
26725017--26725145	49	2.6	49	92	0	213	29	26	16	27	1.97
26726334--26726408	23	3.3	23	82	0	105	32	25	21	21	1.98
26740924--26741015	38	2.4	39	78	7	98	33	25	21	19	1.97
26743031--26743073	22	2.0	22	95	0	77	37	23	18	20	1.94
26745640--26745664	8	3.1	8	100	0	50	76	0	0	24	0.80
26746647--26746689	21	2.0	21	100	0	86	39	32	9	18	1.83
26765626--26765874	50	4.9	50	79	8	229	27	19	28	23	1.98
26766074--26766113	12	3.3	12	92	0	62	50	7	22	20	1.73
26766087--26766125	20	2.0	20	90	10	62	56	5	23	15	1.59
26767476--26767600	40	3.1	40	89	2	189	31	16	16	35	1.92
26772882--26772938	30	1.9	30	92	0	96	17	28	28	26	1.98
26773792--26773906	25	4.6	25	78	1	88	34	20	26	19	1.96
26773824--26773906	25	3.3	25	79	0	94	38	16	26	18	1.92
26784629--26784663	6	5.8	6	100	0	70	68	17	0	14	1.21
26786766--26786794	14	2.0	15	93	6	51	3	13	6	75	1.13
26794257--26794346	38	2.4	38	94	0	153	41	11	23	24	1.87
26794333--26794368	19	1.9	19	94	5	65	41	0	22	36	1.54
26794457--26794566	47	2.3	47	80	0	139	26	11	21	40	1.88
26800195--26800402	91	2.3	91	92	0	335	45	3	4	46	1.39
26800317--26800377	28	2.2	28	85	5	81	45	0	3	50	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26800235--26800377	44	3.2	43	69	20	121	46	2	3	48	1.31
26800429--26800617	59	3.2	57	68	19	152	41	3	4	50	1.37
26800456--26800656	66	3.2	64	68	19	183	41	2	6	49	1.44
26800418--26800715	120	2.5	120	93	1	508	42	2	5	50	1.37
26800543--26800594	15	3.6	15	80	12	56	44	0	1	53	1.11
26800659--26800693	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
26800858--26800948	45	2.0	45	85	2	121	36	28	7	27	1.84
26800929--26800981	16	3.2	16	92	5	88	35	37	1	24	1.67
26806183--26806208	8	3.2	8	100	0	52	23	11	15	50	1.76
26809167--26809208	11	3.7	11	78	15	50	33	2	2	61	1.21

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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