genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.65.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  67659327

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   

This is table  65  of  216  ( 25871 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19428554--19428740	43	4.4	44	64	16	113	32	22	19	25	1.97
19429589--19429626	20	2.0	20	89	5	60	15	5	2	76	1.08
19430193--19430235	3	14.3	3	100	0	86	32	0	0	67	0.91
19449418--19449448	11	2.8	11	95	0	53	19	48	3	29	1.64
19449992--19450084	18	5.2	18	90	0	150	27	24	16	31	1.96
19454129--19454159	11	2.8	11	95	0	53	19	48	3	29	1.64
19460283--19460313	2	15.0	2	93	6	53	48	0	3	48	1.17
19465624--19465658	13	2.8	12	91	8	61	31	8	0	60	1.27
19465761--19465806	22	2.1	22	88	11	69	32	0	2	65	1.05
19465830--19465869	21	2.0	20	90	5	62	42	0	2	55	1.13
19465781--19465934	58	2.5	60	74	17	140	42	1	4	51	1.30
19466109--19466178	16	4.4	16	85	0	86	30	27	2	40	1.71
19466109--19466178	32	2.2	32	94	0	122	30	27	2	40	1.71
19466195--19467058	272	3.2	271	90	2	1289	36	15	14	34	1.87
19468212--19468271	30	2.0	31	90	3	95	30	5	15	50	1.65
19468216--19468280	30	2.2	29	81	10	69	32	7	12	47	1.69
19469515--19469561	4	11.8	4	100	0	94	51	23	0	25	1.49
19469981--19470020	19	2.0	20	86	13	57	37	0	0	62	0.95
19469980--19470024	20	2.2	21	81	18	60	37	0	0	62	0.96
19469984--19470031	25	1.9	25	91	8	80	37	2	0	60	1.09
19470030--19470074	21	2.1	21	84	8	56	28	0	2	68	1.01
19470036--19470096	31	1.9	33	83	12	83	27	1	3	67	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19470091--19470190	50	2.0	50	82	7	123	39	6	17	38	1.74
19471472--19471514	14	2.8	16	72	13	54	53	25	6	13	1.65
19472445--19472500	25	2.2	25	96	0	103	28	23	3	44	1.70
19474050--19474111	30	2.1	30	88	8	92	45	0	3	51	1.17
19475525--19475642	28	4.0	27	74	19	110	43	21	15	20	1.88
19475560--19475657	28	3.0	35	66	25	104	42	25	11	20	1.85
19475531--19475657	63	2.0	63	100	0	254	42	23	13	20	1.87
19476982--19477360	32	11.8	32	84	2	422	30	9	17	42	1.81
19476982--19477360	64	5.9	64	83	3	467	30	9	17	42	1.81
19476982--19477360	96	3.9	96	88	0	551	30	9	17	42	1.81
19487328--19487802	32	14.8	32	85	3	600	31	9	15	43	1.78
19487328--19487802	96	4.9	96	90	2	695	31	9	15	43	1.78
19489007--19489088	41	2.0	41	97	0	155	40	14	10	34	1.81
19491322--19491466	41	3.5	40	85	4	200	35	17	27	19	1.94
19491351--19491456	20	5.2	20	65	13	54	39	16	25	17	1.91
19491320--19491466	21	7.1	21	64	13	72	36	17	27	19	1.93
19491320--19491471	82	1.9	82	90	2	243	36	16	26	19	1.93
19498561--19498733	41	4.2	41	79	1	186	35	14	29	20	1.92
19498561--19498766	82	2.5	82	82	3	236	37	14	27	20	1.92
19506067--19506127	15	3.9	15	84	6	77	73	1	0	24	0.92
19506065--19506135	32	2.3	31	81	15	78	70	5	0	23	1.08
19519830--19520007	51	3.5	51	88	0	257	27	16	26	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19520025--19520438	44	9.8	43	74	10	264	31	19	21	27	1.97
19520027--19520260	128	1.8	127	81	7	294	29	20	20	29	1.98
19520025--19520443	163	2.5	168	85	5	564	31	19	21	27	1.97
19526387--19526467	39	2.2	35	82	8	90	56	0	0	43	0.99
19526375--19526467	34	2.7	36	82	11	113	56	1	0	41	1.06
19526794--19526836	6	7.2	6	100	0	86	16	0	32	51	1.45
19539393--19539417	9	2.8	9	100	0	50	24	24	20	32	1.98
19558597--19558682	42	2.0	43	90	2	138	18	38	19	23	1.93
19561923--19561980	26	2.2	27	79	14	68	36	27	8	27	1.86
19561930--19561978	25	1.9	26	84	12	66	36	28	10	24	1.88
19569285--19569935	100	6.5	100	88	1	831	23	19	23	33	1.97
19569362--19569944	50	11.7	48	67	8	188	23	19	23	33	1.97
19572443--19572477	16	2.3	16	90	9	56	2	14	0	82	0.77
19572466--19572526	30	2.0	31	83	6	79	13	3	6	77	1.09
19573203--19573281	35	2.3	35	91	2	133	43	3	12	40	1.61
19598689--19598774	27	3.2	27	88	3	129	33	15	27	23	1.94
19598864--19598949	27	3.2	27	86	0	109	38	17	20	23	1.93
19618395--19618438	23	2.0	23	86	13	65	36	22	0	40	1.54
19619102--19619159	28	2.1	28	90	0	89	44	6	15	32	1.73
19638785--19638926	73	1.9	73	89	0	221	50	7	9	33	1.61
19646071--19646095	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
19646889--19646951	30	2.1	30	91	2	101	34	15	26	22	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19673940--19674164	40	5.7	40	85	5	260	25	27	21	24	1.99
19673942--19674164	119	1.9	120	82	6	283	25	27	21	25	2.00
19677954--19678288	27	12.5	27	79	6	333	24	18	16	40	1.90
19685064--19685174	28	4.0	28	90	0	159	28	24	25	21	1.99
19685506--19685923	27	15.5	27	78	5	310	22	17	18	41	1.90
19685507--19685923	54	7.7	54	82	3	439	22	17	18	41	1.90
19685507--19685923	81	5.2	81	84	3	511	22	17	18	41	1.90
19689670--19689776	19	5.6	19	86	4	162	39	9	14	37	1.78
19689677--19689776	38	2.6	38	96	3	184	40	9	13	38	1.75
19694252--19694469	40	5.5	40	84	5	246	27	27	20	25	1.99
19694252--19694473	79	2.8	79	82	5	241	26	27	20	25	1.99
19700136--19701030	132	6.8	132	93	0	1490	27	19	24	28	1.98
19701345--19701448	38	2.8	36	89	5	120	41	9	11	37	1.74
19701357--19701448	19	4.8	19	90	0	148	42	8	10	38	1.71
19701357--19701448	38	2.4	38	96	0	166	42	8	10	38	1.71
19708269--19708404	50	2.7	50	89	3	202	25	16	27	29	1.97
19708327--19708408	26	3.2	26	61	22	64	26	14	26	31	1.95
19718775--19718799	12	2.1	12	100	0	50	40	36	16	8	1.77
19725399--19725623	40	5.7	40	84	5	260	25	28	21	24	1.99
19725401--19725623	119	1.9	120	82	6	283	25	27	21	25	2.00
19732754--19732812	27	2.1	27	81	9	66	72	1	8	16	1.17
19736436--19736820	27	14.3	27	80	10	405	20	16	19	43	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19736438--19736820	54	7.1	53	84	5	459	20	15	19	43	1.87
19736439--19736820	107	3.6	105	83	7	473	20	15	19	43	1.87
19740382--19740457	33	2.3	32	80	12	84	11	25	2	60	1.44
19746505--19746556	22	2.4	21	75	12	52	15	5	17	61	1.52
19748602--19748683	31	2.7	30	78	1	83	25	7	32	34	1.84
19752528--19752560	10	3.4	10	87	4	50	78	0	3	18	0.87
19755872--19755957	20	4.3	20	68	16	63	15	30	16	38	1.89
19757883--19757919	11	3.5	11	85	14	60	64	0	0	35	0.94
19759216--19759296	29	2.8	30	71	16	80	58	1	6	34	1.31
19759895--19759940	17	2.7	17	79	0	56	52	2	0	45	1.13
19759938--19760028	10	9.0	9	73	17	56	31	4	1	62	1.22
19759975--19760021	11	4.5	10	77	17	51	29	6	0	63	1.19
19759976--19760022	10	4.4	11	81	13	62	27	6	0	65	1.16
19759974--19760028	21	2.7	20	85	5	65	32	5	0	61	1.19
19768272--19768313	20	2.1	20	90	0	66	45	2	7	45	1.44
19769914--19769944	6	5.2	6	100	0	62	35	16	32	16	1.91
19770983--19771015	17	1.9	17	93	0	57	75	6	6	12	1.16
19771096--19771121	4	6.5	4	100	0	52	76	0	0	23	0.78
19774412--19774488	5	15.4	5	77	20	81	57	0	0	42	0.99
19774413--19774498	14	6.4	13	75	10	66	58	2	0	39	1.11
19775490--19775641	43	3.6	41	77	11	148	34	25	14	25	1.94
19775753--19775803	26	2.0	26	96	0	93	29	35	19	15	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19775718--19775875	67	2.3	67	90	1	244	31	29	15	22	1.95
19783208--19783404	43	4.7	43	77	10	174	32	25	18	23	1.97
19783208--19783481	85	3.3	84	83	5	331	33	24	18	23	1.97
19783214--19783484	41	6.5	41	79	10	244	33	25	17	23	1.96
19783458--19783508	26	2.0	26	96	0	93	27	35	21	15	1.94
19787906--19787939	17	2.0	17	100	0	68	64	11	5	17	1.45
19791918--19791967	24	2.1	24	92	0	82	30	4	12	54	1.55
19795311--19795335	12	2.1	12	100	0	50	52	0	0	48	1.00
19796888--19796940	27	2.0	27	81	7	63	22	22	24	30	1.99
19804599--19804662	32	2.1	29	85	8	83	56	7	4	31	1.49

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216