genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.135.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  67659327

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  135  of  216  ( 25871 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42898993--42899099	35	3.1	36	81	5	112	16	14	24	43	1.86
42905528--42905707	96	1.9	96	83	0	234	32	28	19	19	1.96
42909125--42909173	22	2.3	20	83	12	71	69	8	0	22	1.14
42909133--42909175	22	2.0	22	100	0	86	72	9	0	18	1.11
42909153--42909254	9	11.7	9	72	17	56	67	4	0	27	1.11
42909153--42909205	17	2.9	18	78	21	58	66	3	0	30	1.10
42909178--42909254	26	3.1	24	72	9	73	67	3	0	28	1.08
42909178--42909244	26	2.7	26	74	4	75	70	4	0	25	1.06
42910049--42910109	28	2.2	28	93	0	104	36	8	0	55	1.30
42915266--42915564	90	3.3	90	82	5	356	27	8	13	50	1.70
42918815--42918973	43	3.7	42	84	7	178	30	28	17	23	1.97
42918817--42918973	86	1.8	85	82	6	201	29	29	17	22	1.97
42919492--42919530	19	2.0	20	85	9	55	51	28	0	20	1.48
42921218--42921326	38	2.9	38	81	8	123	29	30	22	17	1.97
42921376--42921471	47	2.0	48	84	7	126	33	3	4	59	1.32
42921448--42921538	18	5.2	17	70	17	71	35	4	3	57	1.35
42921441--42921573	69	2.0	64	85	10	178	36	4	4	54	1.41
42921478--42921573	32	3.0	32	75	13	106	37	5	4	53	1.43
42923755--42923937	55	3.4	54	85	4	237	29	25	15	28	1.96
42927460--42927494	18	1.9	18	88	0	52	25	11	37	25	1.90
42945063--42945109	15	3.2	14	77	16	51	14	4	4	76	1.09
42954693--42954738	6	7.7	6	97	0	83	15	13	54	17	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42958721--42958766	19	2.3	20	88	3	67	52	4	10	32	1.56
42970190--42970221	4	8.0	4	100	0	64	25	0	25	50	1.50
42981508--42981546	18	2.2	18	95	0	69	46	25	10	17	1.80
42983136--42983284	47	3.2	47	88	3	203	29	11	19	39	1.87
42987685--42987937	47	5.4	47	85	5	289	28	13	22	35	1.92
42987687--42987937	94	2.7	94	87	1	351	28	13	21	36	1.92
42991242--42991271	7	4.3	7	91	0	51	26	0	26	46	1.53
42992946--42993079	69	1.9	70	90	1	216	32	14	16	36	1.89
42994564--42994796	47	5.0	47	86	0	322	31	10	29	27	1.90
42994564--42994796	94	2.5	94	93	0	385	31	10	29	27	1.90
42994685--42994760	23	3.2	25	62	24	63	28	13	34	23	1.92
42994959--42995064	37	2.9	37	88	0	140	24	20	32	22	1.98
42996336--42996658	40	8.1	40	89	1	452	22	21	28	27	1.99
42996340--42996656	120	2.7	120	92	1	512	22	21	28	27	1.99
42998947--42999079	69	1.9	70	89	1	205	33	14	15	36	1.88
43000566--43000892	47	7.0	47	87	0	465	31	11	29	27	1.91
43000566--43000892	94	3.5	94	96	0	573	31	11	29	27	1.91
43001063--43001163	37	2.7	37	92	0	157	23	19	31	24	1.98
43002143--43002181	19	2.1	19	100	0	78	30	5	17	46	1.70
43012903--43012929	13	2.1	13	100	0	54	55	0	0	44	0.99
43013358--43013398	15	2.9	15	89	7	59	63	0	0	36	0.95
43014484--43014516	7	4.7	7	100	0	66	27	0	15	57	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43015145--43015184	18	2.2	18	86	0	53	17	30	7	45	1.76
43015736--43015787	27	1.9	27	96	0	95	42	36	1	19	1.62
43015734--43016423	22	31.8	22	82	4	796	45	27	0	25	1.59
43019620--43020161	126	4.3	124	85	3	692	30	22	15	31	1.95
43019594--43020160	252	2.3	250	86	2	780	30	22	15	31	1.95
43020277--43020314	9	4.2	9	87	12	60	57	21	0	21	1.40
43021693--43021721	15	1.9	15	100	0	58	34	10	13	41	1.79
43026260--43026299	19	2.1	19	90	0	62	32	0	12	55	1.38
43030262--43030292	3	10.0	3	93	6	53	35	0	0	64	0.94
43031455--43031488	17	1.9	18	88	5	52	55	14	8	20	1.65
43033201--43033250	22	2.4	21	86	6	66	30	28	12	30	1.92
43058380--43058430	24	2.1	24	96	0	93	11	23	19	45	1.83
43060984--43061024	12	3.3	12	93	3	64	70	14	2	12	1.26
43060984--43061024	18	2.2	19	91	4	66	70	14	2	12	1.26
43060994--43061030	18	2.1	18	89	0	56	70	13	2	13	1.28
43065594--43065744	53	3.1	52	62	31	116	45	9	11	33	1.73
43065578--43065763	92	2.0	92	96	0	345	45	9	11	33	1.73
43066490--43066515	6	4.3	6	100	0	52	0	30	0	69	0.89
43075231--43075284	22	2.5	22	96	0	99	31	22	20	25	1.98
43076206--43076243	18	2.1	18	100	0	76	44	21	0	34	1.52
43080016--43080071	19	2.9	19	89	2	85	33	7	7	51	1.56
43083631--43083675	22	2.0	22	82	0	54	51	4	2	42	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43090498--43090546	20	2.4	20	83	10	55	51	14	24	10	1.73
43099058--43099119	12	5.9	10	74	22	56	64	3	3	29	1.25
43099072--43099103	3	10.7	3	93	0	55	65	0	3	31	1.08
43100389--43100794	175	2.4	170	87	3	573	28	20	19	31	1.97
43100389--43100838	44	10.4	43	69	12	201	28	21	19	30	1.98
43100556--43100880	44	7.5	44	71	13	185	27	20	20	31	1.98
43113473--43113534	12	5.9	10	74	22	56	64	3	3	29	1.25
43113487--43113518	3	10.7	3	93	0	55	65	0	3	31	1.08
43115488--43115665	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
43115489--43115644	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
43115485--43115665	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
43123993--43124035	17	2.5	17	88	0	68	39	0	0	60	0.97
43123993--43124032	8	4.7	9	84	12	57	40	0	0	60	0.97
43124492--43124769	113	2.5	112	93	1	468	39	16	15	28	1.89
43124769--43124982	113	1.9	113	94	1	376	34	17	15	32	1.91
43125716--43125753	20	2.0	20	84	5	51	63	2	0	34	1.09
43127633--43127765	60	2.2	59	87	4	178	32	0	11	56	1.35
43127845--43128011	39	4.4	39	87	5	234	29	10	5	53	1.59
43128289--43128328	16	2.6	15	88	7	62	40	0	5	55	1.22
43128467--43128576	52	2.1	51	90	5	168	51	10	10	27	1.68
43131260--43131350	44	2.1	44	91	0	146	29	10	10	48	1.73
43134128--43134168	3	13.7	3	89	0	64	60	2	0	36	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43135240--43135289	9	5.6	9	79	15	59	54	2	0	44	1.11
43137054--43137106	18	2.7	21	75	16	60	58	0	3	37	1.16
43137195--43137234	20	2.0	20	90	0	62	50	12	10	27	1.72
43137183--43137249	34	1.9	35	87	3	100	46	11	8	32	1.72
43139615--43139674	29	2.1	29	93	6	104	40	5	1	53	1.33
43141691--43141745	19	2.8	20	77	5	67	29	0	3	67	1.08
43150995--43151040	13	3.3	14	80	17	51	30	6	0	63	1.20
43151721--43151908	61	3.1	61	83	5	204	22	16	13	46	1.82
43151721--43151894	60	2.9	60	84	5	201	22	17	12	47	1.81
43151767--43151858	29	3.1	28	73	12	78	19	16	15	48	1.81
43152252--43152383	60	2.2	60	81	0	147	50	15	14	20	1.78
43152273--43152385	60	1.9	60	84	0	154	47	13	15	23	1.81
43152928--43152977	17	2.9	17	73	8	57	62	0	2	36	1.07
43158829--43158853	13	1.9	13	100	0	50	40	44	0	16	1.47
43159205--43159248	21	2.1	20	87	8	61	27	13	4	54	1.58
43162477--43162613	20	7.3	20	64	14	85	31	4	15	48	1.64
43162486--43162620	17	7.4	17	64	14	63	31	3	15	49	1.62
43162459--43162630	37	4.6	37	89	1	247	31	4	15	49	1.63
43162626--43162664	9	4.4	9	93	6	71	33	10	20	35	1.86
43162982--43163028	21	2.2	22	82	14	55	23	10	8	57	1.60
43163000--43163061	20	3.1	20	78	0	61	27	11	9	51	1.69
43163290--43163404	20	5.8	20	78	1	106	18	18	12	51	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43163277--43163402	40	3.2	40	77	2	121	20	16	12	50	1.78
43163710--43163927	20	10.9	20	68	8	84	19	15	6	58	1.59
43163710--43163763	22	2.5	22	79	5	58	18	14	5	61	1.52
43163759--43163821	21	3.2	21	67	17	62	23	12	6	57	1.58
43163759--43163840	38	2.1	38	84	6	103	20	13	8	57	1.62
43164165--43164231	21	3.2	20	70	19	57	16	14	4	64	1.45
43164181--43164252	20	3.5	20	81	7	65	19	11	8	61	1.54
43164159--43164234	20	3.8	20	79	6	82	19	14	5	60	1.53
43164161--43164250	41	2.2	41	78	9	96	21	13	4	61	1.50
43167960--43168003	23	1.9	22	82	17	54	38	22	0	38	1.55

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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