genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.48.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  67659327

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
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This is table  48  of  216  ( 25871 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13839584--13839629	21	2.1	22	84	4	58	30	2	0	67	1.03
13844756--13844849	41	2.3	41	81	3	109	25	17	17	40	1.90
13850572--13850768	43	4.6	43	84	7	165	23	19	24	32	1.97
13850621--13850768	43	3.5	43	83	9	178	25	20	25	29	1.99
13852744--13853856	557	2.0	557	99	0	2208	31	13	21	33	1.92
13858768--13858796	8	3.8	8	95	4	51	13	0	37	48	1.43
13877535--13878003	134	3.5	134	78	5	430	37	12	16	34	1.85
13880733--13880866	42	3.1	43	79	8	139	34	26	15	23	1.95
13880748--13880858	44	2.6	42	79	9	118	34	26	16	23	1.95
13886642--13886672	7	4.4	7	100	0	62	0	12	0	87	0.55
13894269--13894571	128	2.4	128	78	6	283	45	19	12	22	1.84
13894186--13894557	43	8.7	43	78	7	285	44	20	12	22	1.85
13895100--13895212	55	2.1	55	93	0	190	41	16	7	34	1.76
13902516--13902551	14	2.6	14	91	8	56	44	0	0	55	0.99
13902534--13902597	18	3.6	18	72	18	53	54	0	0	45	0.99
13902544--13902635	14	6.6	14	65	18	50	55	0	1	43	1.07
13903849--13903873	6	4.2	6	100	0	50	16	0	0	84	0.63
13908500--13908691	101	1.9	101	82	0	240	26	22	22	29	1.99
13908942--13909034	44	2.1	44	87	0	132	27	26	16	29	1.97
13909015--13909054	20	2.0	20	100	0	80	40	20	5	35	1.74
13908971--13909095	64	2.0	64	88	0	187	32	24	13	29	1.94
13909035--13909127	44	2.1	44	89	0	141	33	23	15	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13909127--13909532	88	4.6	88	86	0	560	20	23	28	27	1.99
13909513--13910067	44	12.5	44	74	9	430	30	25	16	27	1.96
13909513--13910067	89	6.3	89	76	4	512	30	25	16	27	1.96
13909525--13910067	133	4.1	133	91	0	888	30	25	15	28	1.96
13916452--13916528	19	3.8	19	82	6	82	40	16	6	36	1.75
13916452--13916528	38	1.9	40	84	10	104	40	16	6	36	1.75
13923380--13923432	27	1.9	28	84	3	72	45	3	7	43	1.50
13927073--13927108	18	2.0	18	88	0	54	38	0	0	61	0.96
13927061--13927160	43	2.3	43	87	8	139	37	1	0	62	1.02
13927134--13927162	11	2.5	12	94	5	51	41	3	0	55	1.17
13927143--13927179	19	1.9	19	94	0	65	37	2	0	59	1.12
13930714--13930759	5	8.8	5	81	9	56	73	2	2	21	1.04
13930718--13930759	22	1.9	22	90	0	66	71	2	2	23	1.10
13931372--13931416	22	2.0	23	83	8	58	31	4	8	55	1.51
13953091--13953203	56	2.0	56	91	0	181	31	7	16	44	1.75
13953159--13953224	33	2.0	33	91	5	107	27	12	16	43	1.83
13959744--13959892	62	2.4	62	77	6	142	20	20	28	30	1.97
13962448--13962793	173	2.0	173	96	0	638	24	27	18	29	1.98
13964177--13964201	13	1.9	13	100	0	50	32	0	0	68	0.90
13967079--13967108	16	1.9	16	93	6	53	60	0	0	40	0.97
13967101--13967164	8	6.9	9	72	18	51	45	3	1	50	1.27
13967717--13967762	21	2.2	21	84	7	58	65	6	0	28	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13975481--13975522	19	2.3	19	88	12	61	71	2	21	4	1.16
13977450--13977474	8	3.1	8	100	0	50	64	12	0	24	1.27
13979627--13979728	41	2.5	40	84	6	123	26	24	19	29	1.98
13985203--13985246	23	1.9	23	85	0	61	38	2	2	56	1.24
13986379--13986421	22	1.9	23	85	4	61	44	6	6	41	1.58
13988592--13988779	87	2.1	88	84	7	247	35	20	11	32	1.89
13988900--13988999	9	10.7	9	71	15	60	65	3	2	30	1.19
13988900--13989021	19	6.5	18	69	13	77	64	2	2	30	1.19
13988879--13988928	10	4.7	11	79	16	52	74	0	2	24	0.93
13988941--13989070	29	4.4	29	74	15	106	63	3	6	26	1.33
13989053--13989110	19	3.0	19	82	12	73	60	0	8	31	1.27
13989309--13989433	9	13.4	9	73	15	94	32	2	1	64	1.16
13989316--13989433	19	6.3	19	71	16	86	33	2	0	63	1.14
13989337--13989409	28	2.6	29	80	10	80	32	2	0	64	1.08
13989316--13989417	10	10.7	10	71	13	63	34	2	0	61	1.17
13989541--13989713	90	1.9	91	85	3	242	34	9	20	35	1.86
13996642--13996938	50	5.8	50	81	3	292	28	20	27	23	1.99
14001052--14001151	42	2.4	42	81	6	114	44	15	18	23	1.86
14007345--14007411	34	2.0	34	100	0	134	35	16	11	35	1.86
14009511--14009569	28	2.1	28	87	0	82	11	23	20	44	1.85
14010283--14010314	17	1.9	17	93	6	57	56	6	6	31	1.49
14020587--14020628	20	2.1	20	82	8	50	11	33	0	54	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14024712--14024753	11	3.7	11	81	12	50	64	11	0	23	1.27
14024788--14024834	21	2.1	22	84	7	60	55	10	12	21	1.67
14029103--14029215	44	2.5	45	85	1	156	38	11	24	24	1.89
14030463--14030668	102	2.0	102	93	0	349	31	13	20	34	1.91
14033582--14033614	17	1.9	18	88	11	52	45	0	12	42	1.41
14040482--14040509	3	9.3	3	100	0	56	35	0	0	64	0.94
14040820--14040898	39	2.0	40	95	2	142	32	8	2	55	1.44
14046691--14046728	14	2.5	15	87	8	51	68	0	15	15	1.22
14047969--14048236	86	3.1	87	87	2	405	26	21	25	26	2.00
14048412--14048831	44	9.7	44	68	9	198	29	17	24	29	1.97
14048395--14048848	173	2.6	173	89	0	694	29	17	24	28	1.97
14050311--14050347	3	12.3	3	100	0	74	35	0	0	64	0.94
14054953--14054994	18	2.3	18	95	4	75	50	4	0	45	1.23
14055482--14055573	41	2.2	41	80	3	105	27	32	21	18	1.97
14061702--14061815	52	2.2	53	83	3	140	22	9	27	40	1.85
14061702--14061819	26	4.5	26	73	7	103	22	10	27	38	1.87
14062314--14062520	101	2.0	101	98	0	396	24	3	25	46	1.69
14076128--14076160	11	2.8	12	86	4	50	33	3	12	51	1.54
14082215--14082245	15	2.1	15	93	0	53	32	12	9	45	1.75
14089215--14089255	21	2.0	21	85	9	57	36	2	17	43	1.62
14089304--14089372	23	3.0	23	66	19	61	39	2	14	43	1.60
14089294--14089413	47	2.4	50	83	8	147	37	1	15	45	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14089304--14089378	24	3.2	24	71	16	75	40	2	14	42	1.60
14101617--14101642	13	2.0	13	100	0	52	46	0	0	53	1.00
14104639--14104766	51	2.5	49	79	9	134	21	17	28	32	1.97
14104992--14105023	16	2.0	16	93	0	55	59	0	15	25	1.36
14110387--14110448	24	2.6	24	84	0	79	61	20	4	12	1.50
14110387--14110456	24	2.9	24	84	0	77	61	21	4	12	1.48
14111797--14111872	36	2.1	36	80	11	84	38	9	1	51	1.42
14116946--14117704	44	17.7	44	78	11	672	26	18	25	28	1.98
14116946--14117704	132	5.9	132	78	10	752	26	18	25	28	1.98
14117251--14117315	34	1.9	34	93	0	112	23	23	24	29	1.99
14117119--14117440	165	1.9	166	85	5	438	25	18	25	30	1.98
14117507--14117656	78	1.9	78	90	2	239	26	18	25	30	1.98
14117226--14117858	298	2.1	297	92	2	1038	28	18	24	27	1.98
14117803--14118041	44	5.5	44	73	7	145	29	19	22	28	1.98
14117968--14118055	44	2.0	44	82	4	106	31	22	22	22	1.98
14118515--14118572	19	2.7	22	84	10	68	36	8	17	37	1.80
14119102--14119177	36	2.1	36	80	11	84	38	9	1	51	1.42
14119259--14119301	23	1.9	22	90	4	68	34	6	2	55	1.39
14121376--14121452	36	2.2	35	81	6	84	55	0	5	38	1.22
14132643--14132741	34	2.9	34	86	0	135	33	8	14	44	1.74
14135166--14135190	4	6.2	4	100	0	50	76	0	0	24	0.80
14135267--14135303	3	12.3	3	88	11	58	64	0	2	32	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14136661--14136696	18	1.9	19	88	5	56	22	5	11	61	1.50
14137036--14137080	22	2.0	22	95	0	81	31	15	24	28	1.96
14137044--14137085	22	1.9	22	85	0	57	35	16	23	23	1.95
14137949--14137981	16	2.1	16	94	5	59	18	6	6	69	1.30
14140338--14140364	14	1.9	14	100	0	54	22	11	14	51	1.73
14142163--14142200	19	2.0	19	85	10	51	50	7	7	34	1.61
14146296--14146328	16	2.1	16	94	5	59	18	6	6	69	1.30
14147956--14148026	17	4.4	17	72	16	69	39	2	1	56	1.23
14147939--14148009	37	2.0	35	81	15	83	39	4	2	53	1.35
14148973--14149143	41	4.2	41	89	3	247	25	28	18	28	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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