genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.49.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  67659327

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14148987--14149161	82	2.1	82	89	2	262	25	28	18	26	1.98
14151053--14151090	11	3.5	11	82	7	51	44	0	0	55	0.99
14157366--14157429	30	2.2	29	83	10	78	28	17	4	50	1.66
14165393--14165441	11	4.5	10	82	10	53	55	4	0	40	1.19
14165400--14165438	20	2.0	20	85	10	53	56	2	0	41	1.13
14165460--14165490	15	2.1	14	94	5	53	54	3	0	41	1.16
14177339--14178419	44	24.5	45	77	4	1002	28	15	25	30	1.96
14177339--14178367	133	7.8	133	90	0	1546	28	15	25	30	1.96
14180168--14180207	20	2.1	19	86	9	55	27	2	5	65	1.27
14180590--14180653	19	3.4	19	81	12	62	14	7	7	70	1.33
14183945--14183995	23	2.2	23	89	0	75	39	5	1	52	1.37
14194103--14194148	18	2.6	18	96	0	83	26	15	34	23	1.94
14198699--14198888	97	2.0	96	82	3	229	26	16	9	47	1.76
14199336--14200000	44	15.5	44	66	15	298	30	21	21	26	1.98
14199308--14199620	131	2.4	129	88	3	457	30	21	21	27	1.98
14199464--14199907	85	5.2	85	74	9	366	29	22	21	27	1.99
14199552--14200033	128	3.8	128	93	0	813	30	21	21	26	1.99
14201830--14201869	20	2.0	21	85	5	55	57	0	5	37	1.21
14201933--14202010	35	2.2	36	86	9	106	58	1	0	39	1.06
14201958--14202081	17	7.0	19	71	14	79	54	1	2	41	1.23
14201970--14202106	71	1.9	71	89	1	213	51	2	2	43	1.28
14201944--14202118	71	2.5	69	82	7	208	52	3	2	42	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14202118--14202155	19	2.0	19	89	0	58	42	0	0	57	0.98
14202223--14202270	8	5.8	8	80	9	60	47	0	0	52	1.00
14202226--14202284	26	2.3	25	80	8	64	49	3	1	45	1.28
14204651--14204706	6	9.7	6	84	7	80	33	3	16	46	1.64
14214528--14214618	17	5.2	19	69	29	69	29	1	13	56	1.45
14214596--14214812	76	2.8	77	73	12	192	35	4	10	49	1.57
14214795--14214824	3	10.0	3	92	0	51	30	0	3	66	1.07
14214799--14214837	15	2.6	14	88	8	51	25	0	10	64	1.25
14218377--14218414	18	2.1	18	90	0	58	26	28	23	21	1.99
14220032--14221078	159	6.6	158	92	3	1635	28	10	7	53	1.63
14221064--14221130	16	4.2	15	79	9	71	20	7	2	68	1.28
14221064--14221130	17	4.1	16	74	14	66	20	7	2	68	1.28
14221312--14221348	18	2.0	19	89	5	58	67	5	0	27	1.12
14221466--14221494	13	2.2	13	100	0	58	0	37	0	62	0.96
14221527--14221592	27	2.4	27	84	0	78	9	36	30	24	1.86
14222813--14222943	69	1.9	69	82	0	163	37	16	24	21	1.94
14225316--14225373	26	2.3	25	85	8	82	44	3	17	34	1.65
14226880--14226928	24	2.0	24	100	0	98	26	16	40	16	1.89
14228819--14228859	21	1.9	22	85	5	57	26	26	19	26	1.99
14228817--14229069	106	2.3	108	86	3	330	26	19	14	38	1.91
14241423--14241455	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
14248828--14248877	20	2.5	20	83	3	64	38	4	2	56	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14248828--14248870	19	2.3	19	84	11	54	39	2	0	58	1.11
14253772--14253928	78	2.0	78	86	0	215	31	24	17	26	1.97
14254072--14254139	34	2.0	34	100	0	136	29	17	23	29	1.97
14255701--14255895	93	2.1	92	88	4	286	44	4	4	47	1.41
14255928--14255961	17	2.0	17	94	0	59	44	5	0	50	1.26
14255932--14255971	17	2.3	18	83	12	57	45	5	2	47	1.38
14256051--14256185	15	8.9	15	67	24	70	42	2	3	51	1.32
14255927--14256145	120	1.8	119	88	6	336	39	3	6	50	1.46
14256153--14256194	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
14256144--14256441	154	1.9	156	95	2	546	47	5	3	44	1.41
14256294--14256328	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
14256561--14256599	16	2.4	16	86	0	51	28	33	2	35	1.71
14256574--14256630	16	3.6	16	95	0	87	33	36	0	29	1.58
14263363--14263472	34	3.2	34	80	10	127	30	13	14	40	1.85
14263549--14263701	45	3.4	44	79	12	157	24	16	15	43	1.87
14263629--14263699	23	3.0	23	68	11	63	22	14	16	46	1.83
14267203--14267468	103	2.6	104	90	3	419	19	20	29	29	1.97
14269152--14269194	21	2.0	21	100	0	86	58	4	9	27	1.49
14283771--14283902	19	6.8	19	89	3	201	37	10	13	37	1.80
14283772--14283909	59	2.4	59	90	4	212	38	10	13	38	1.78
14284466--14284517	25	2.1	25	85	7	70	32	3	5	57	1.40
14285056--14285095	19	2.0	20	85	4	55	32	5	10	52	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14289503--14289555	12	4.2	13	79	11	56	73	0	24	1	0.93
14289503--14289555	20	2.8	20	82	5	65	73	0	24	1	0.93
14290752--14291367	132	4.7	132	95	0	1099	30	19	25	24	1.98
14290764--14291343	44	13.2	44	64	9	216	30	20	24	24	1.99
14291382--14291530	44	3.5	41	76	9	122	28	21	21	28	1.99
14291715--14291846	19	6.8	19	87	3	201	37	9	14	37	1.79
14291715--14291853	59	2.4	57	87	6	201	38	9	14	38	1.78
14292963--14293011	21	2.3	21	79	6	55	26	2	2	69	1.10
14293020--14293059	19	2.0	20	85	4	55	32	5	10	52	1.56
14293316--14293494	98	1.8	98	96	0	331	26	9	25	38	1.86
14308671--14308777	54	2.0	54	83	0	133	22	28	28	20	1.99
14312030--14312083	27	2.0	27	82	7	65	40	1	0	57	1.09
14313312--14313355	8	5.4	8	97	2	79	38	11	25	25	1.89
14320080--14320130	26	2.0	26	96	0	93	15	19	33	31	1.93
14320109--14320254	42	3.5	42	77	6	134	20	16	26	36	1.93
14320106--14320213	43	2.6	41	79	5	117	20	14	28	36	1.92
14326044--14326092	20	2.5	20	83	12	66	22	26	0	51	1.49
14327698--14327925	42	5.4	42	73	5	147	21	21	19	38	1.94
14329388--14329433	21	2.2	20	81	7	56	69	2	2	26	1.11
14329355--14329430	19	3.9	19	66	19	50	59	3	1	35	1.24
14335304--14335408	44	2.4	44	91	3	167	32	23	13	30	1.93
14343215--14343387	92	1.9	91	85	3	240	21	19	32	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14350007--14350055	25	2.0	24	88	4	71	22	30	20	26	1.98
14353911--14353958	18	2.7	18	93	0	78	45	8	0	45	1.33
14354348--14354510	42	3.9	42	88	1	211	24	20	19	34	1.96
14354861--14354905	21	2.1	21	88	8	65	6	44	22	26	1.77
14355521--14355848	113	3.0	110	83	4	410	25	21	24	29	1.99
14356163--14356209	14	3.4	14	81	0	58	23	2	27	46	1.63
14356304--14356353	15	3.4	14	76	17	57	16	2	34	48	1.57
14359408--14359612	52	4.1	52	72	21	186	46	14	4	34	1.65
14359480--14359537	21	2.8	20	76	7	62	41	15	5	37	1.70
14359542--14359578	15	2.7	14	84	15	51	56	13	0	29	1.37
14359542--14359579	7	5.6	7	82	17	53	57	13	0	28	1.36
14359542--14359621	22	3.7	21	75	15	67	48	15	1	35	1.52
14359726--14359839	57	2.0	57	98	0	219	45	2	5	46	1.39
14359782--14359955	92	1.9	91	97	1	289	42	5	3	48	1.42
14359801--14359944	41	3.3	41	68	21	121	42	5	2	49	1.40
14359634--14359931	149	2.0	149	97	0	569	42	5	4	47	1.46
14359961--14360373	9	47.9	9	66	15	115	46	19	4	30	1.69
14360080--14360216	37	3.7	37	98	0	256	49	18	2	29	1.62
14360201--14360322	16	8.0	16	68	20	82	45	18	5	29	1.73
14360221--14360352	25	5.3	25	71	5	70	43	20	5	31	1.74
14365867--14365920	21	2.6	21	84	0	72	37	18	38	5	1.74
14365905--14365944	12	3.3	12	89	6	55	37	15	42	5	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14366408--14366701	42	7.0	42	90	3	398	23	20	21	33	1.97
14370556--14370595	21	2.0	20	85	5	53	47	45	2	5	1.38
14370957--14371034	7	11.0	7	70	8	50	46	39	0	14	1.44
14370967--14371016	22	2.3	22	89	0	73	48	38	0	14	1.44
14370957--14371017	14	4.3	14	75	4	59	45	40	0	13	1.43
14371160--14371267	49	2.2	47	75	6	108	50	26	1	21	1.59
14371343--14372109	114	6.7	112	77	6	684	26	22	18	31	1.98
14371343--14372108	227	3.4	227	82	4	895	26	22	18	31	1.98
14371358--14372109	341	2.2	339	81	5	847	26	22	18	31	1.97
14372116--14372326	112	1.9	112	81	5	257	26	22	22	28	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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