genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.27.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  67659327

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  27  of  216  ( 25871 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7703215--7703336	60	2.0	60	85	3	165	54	14	0	30	1.47
7703351--7703510	8	19.4	8	63	20	53	51	14	1	33	1.50
7703324--7703600	96	2.9	96	91	3	423	53	14	1	31	1.48
7703324--7703734	49	8.6	49	77	12	417	53	13	0	31	1.47
7703322--7703633	145	2.2	137	86	7	416	53	14	0	31	1.47
7703570--7703751	101	1.8	101	91	4	305	53	13	0	32	1.45
7703801--7703826	12	2.2	12	100	0	52	46	15	0	38	1.46
7703902--7703945	3	15.3	3	83	9	56	0	38	0	61	0.96
7703903--7703957	14	3.7	14	77	17	58	0	40	0	60	0.97
7703902--7703957	17	3.5	17	81	18	75	0	39	0	60	0.97
7711772--7711817	16	2.8	17	83	12	60	56	0	0	43	0.99
7714131--7714165	10	3.2	11	88	12	54	31	0	0	68	0.90
7714216--7714277	27	2.3	27	97	0	115	29	22	33	14	1.94
7714643--7714680	19	2.0	19	89	0	58	50	7	5	36	1.54
7714779--7714850	27	2.7	27	93	0	117	52	12	0	34	1.39
7714864--7714895	7	4.6	7	100	0	64	40	0	0	59	0.97
7714897--7715068	27	7.1	24	71	24	139	33	1	12	52	1.47
7714900--7715071	49	3.6	49	83	6	226	32	1	12	53	1.46
7714940--7714991	22	2.6	19	75	16	59	36	1	9	51	1.46
7715114--7715151	19	2.0	19	89	0	58	36	5	7	50	1.54
7715360--7715435	27	2.8	28	90	4	113	19	38	25	17	1.93
7732774--7732809	3	12.0	3	100	0	72	66	0	33	0	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7733800--7733894	48	2.0	48	93	0	163	44	23	14	17	1.86
7734116--7734152	19	1.9	19	100	0	74	48	18	10	21	1.78
7739369--7739409	10	4.0	10	87	3	55	46	19	0	34	1.50
7739829--7739900	26	2.8	26	83	6	94	37	8	20	33	1.83
7747052--7747098	12	3.8	12	86	11	60	68	0	29	2	1.02
7748385--7748414	13	2.3	13	94	0	51	30	0	20	50	1.49
7755849--7755895	20	2.4	19	82	10	58	25	2	4	68	1.19
7762498--7762527	4	7.5	4	100	0	60	23	0	0	76	0.78
7763087--7763114	14	2.0	14	100	0	56	42	14	14	28	1.84
7764240--7764264	7	3.6	7	100	0	50	28	0	24	48	1.52
7771063--7771116	9	6.2	9	87	8	76	22	11	29	37	1.89
7771063--7771116	17	3.1	17	76	12	65	22	11	29	37	1.89
7771064--7771115	26	2.0	26	82	10	63	23	11	30	34	1.90
7771405--7771459	27	2.0	27	100	0	110	45	21	14	18	1.85
7775395--7775516	43	2.9	42	82	2	154	22	18	27	31	1.97
7775395--7775516	42	2.9	42	82	4	147	22	18	27	31	1.97
7777393--7777711	109	3.0	109	92	2	511	32	18	16	32	1.93
7778049--7778183	67	2.0	67	97	0	252	63	14	9	12	1.51
7778284--7778319	16	2.2	16	90	0	54	52	2	8	36	1.46
7779198--7779246	24	2.0	25	92	4	82	48	2	0	48	1.12
7779270--7779409	59	2.4	59	97	0	262	39	5	9	46	1.58
7779391--7779418	9	3.1	9	100	0	56	32	0	10	57	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7780215--7780250	18	1.9	19	88	5	56	75	5	2	16	1.12
7784123--7784160	19	2.0	19	89	0	58	36	0	15	47	1.46
7784373--7784631	41	6.3	41	90	0	401	29	20	28	22	1.98
7784373--7784625	82	3.1	82	98	0	488	29	19	28	22	1.98
7791841--7791878	19	2.0	19	89	0	58	36	0	15	47	1.46
7792091--7792346	41	6.1	41	88	3	370	29	19	28	22	1.98
7792091--7792346	82	3.1	82	94	4	426	29	19	28	22	1.98
7793537--7793629	32	2.9	32	98	0	177	26	3	18	51	1.61
7794986--7795030	20	2.2	21	88	11	67	57	13	6	22	1.59
7797246--7797465	90	2.6	84	80	13	250	32	8	17	40	1.80
7798799--7798967	94	1.8	90	83	7	223	47	7	8	36	1.62
7803017--7803050	13	2.4	14	90	9	52	61	0	8	29	1.26
7804870--7804900	9	3.4	9	90	0	53	25	12	22	38	1.90
7805184--7805241	30	1.9	30	89	0	89	18	41	0	39	1.51
7806106--7806139	17	1.9	18	88	5	52	79	0	17	2	0.86
7806770--7806841	16	4.4	17	71	13	62	66	0	1	31	1.00
7806797--7806841	18	2.5	18	82	10	56	68	0	0	31	0.89
7806773--7806852	29	2.8	30	77	11	87	66	0	1	32	1.00
7806809--7806852	17	2.6	18	85	7	56	72	0	0	27	0.85
7806809--7806847	18	2.2	17	86	4	51	76	0	0	23	0.78
7815035--7815072	18	2.1	19	85	5	51	44	0	0	55	0.99
7826875--7826922	18	2.6	19	86	6	71	64	0	2	33	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7828919--7828977	21	2.7	21	76	21	59	44	1	6	47	1.39
7828926--7828978	23	2.5	20	80	17	54	43	1	5	49	1.37
7831389--7831439	17	3.0	17	100	0	102	35	17	5	41	1.74
7833038--7833099	32	1.9	32	90	6	99	32	14	22	30	1.94
7839006--7839059	16	3.4	16	72	20	51	27	3	1	66	1.19
7849938--7850074	58	2.4	58	91	0	211	27	16	14	42	1.86
7852389--7852436	9	5.3	9	87	0	69	27	4	0	68	1.07
7853966--7854016	15	3.5	14	75	15	50	45	3	0	50	1.20
7855788--7855903	56	2.1	56	83	1	142	32	16	12	38	1.85
7856095--7856145	23	2.2	23	86	6	68	45	1	3	49	1.32
7857007--7857097	25	3.6	25	88	2	130	38	18	21	20	1.93
7857617--7857648	13	2.5	13	94	0	55	56	0	3	40	1.15
7858085--7858130	13	3.3	14	85	14	60	28	2	0	69	1.00
7860705--7860757	11	4.6	11	74	6	52	62	0	1	35	1.06
7860750--7860777	13	2.2	13	100	0	56	82	0	0	17	0.68
7873966--7874042	21	3.7	21	68	6	66	15	20	18	45	1.85
7873966--7874080	42	2.7	42	87	0	158	16	23	19	40	1.90
7873999--7874065	21	3.2	21	69	0	62	16	25	17	40	1.90
7880052--7880179	67	1.9	67	93	0	220	28	29	18	23	1.98
7884949--7884991	17	2.5	18	81	11	54	44	9	0	46	1.35
7908148--7908180	3	11.3	3	93	6	59	0	0	30	69	0.88
7915267--7915440	42	4.1	42	82	1	188	14	21	18	45	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7915280--7915442	21	7.8	21	65	2	67	14	21	19	44	1.86
7916254--7916304	17	3.0	17	88	5	77	17	7	41	33	1.79
7945830--7946036	102	2.0	102	100	0	414	31	11	13	42	1.80
7948054--7948093	21	2.0	20	85	5	53	60	5	2	32	1.32
7950635--7950668	12	2.8	12	86	0	50	41	0	5	52	1.25
7951552--7951585	4	8.5	4	93	0	59	73	0	26	0	0.83
7952962--7953260	50	5.8	50	89	2	400	21	29	23	26	1.99
7953354--7953385	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
7953597--7953654	30	1.9	30	85	0	80	31	24	3	41	1.71
7959351--7959420	35	2.0	35	94	0	122	31	14	11	42	1.81
7960065--7960187	59	2.1	59	83	6	151	48	10	16	24	1.77
7963783--7963810	14	2.0	14	100	0	56	78	7	7	7	1.09
7964920--7964968	5	9.6	5	80	12	55	40	16	22	20	1.91
7967092--7967150	29	2.0	29	93	0	100	49	0	11	38	1.40
7967960--7968036	36	2.2	35	86	6	102	28	12	12	45	1.80
7968453--7968477	7	3.6	7	100	0	50	44	0	12	44	1.41
7972663--7972710	16	3.1	14	77	16	51	8	8	2	81	0.96
7976574--7976646	34	2.1	34	82	5	85	38	21	17	21	1.93
7985799--7985844	22	2.1	22	88	8	67	58	0	2	39	1.10
7986050--7986093	18	2.5	17	82	13	54	43	0	6	50	1.29
7986063--7986105	19	2.3	18	88	4	59	32	0	6	60	1.23
7988735--7988786	23	2.3	23	84	12	65	61	5	0	32	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7988926--7988968	22	2.0	22	81	9	52	58	11	11	18	1.63
7990224--7990281	28	2.1	28	100	0	116	32	17	12	37	1.86
7991472--7991521	25	2.0	25	100	0	100	20	12	32	36	1.89
7993990--7994036	22	2.1	22	84	0	58	40	2	2	55	1.24
7994646--7994695	18	2.9	17	82	11	57	44	2	26	28	1.65
7998288--7998322	15	2.4	15	90	4	54	48	0	8	42	1.33
8000639--8000689	24	2.2	23	86	10	68	17	3	1	76	1.03
8000639--8000689	12	4.4	11	81	16	59	17	3	1	76	1.03
8008359--8008389	15	2.1	15	100	0	62	25	6	6	61	1.45
8009441--8009496	26	2.2	26	80	6	60	35	7	1	55	1.38

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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