genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.71.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  67659327

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
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This is table  71  of  216  ( 25871 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21340304--21340447	62	2.4	59	79	11	143	52	11	1	35	1.46
21340892--21340925	16	2.1	16	89	10	52	5	2	11	79	1.02
21340926--21340994	28	2.5	28	92	2	122	52	0	7	40	1.29
21351254--21351465	53	4.0	53	86	2	246	36	12	22	28	1.90
21354238--21354269	12	2.6	12	95	5	55	75	0	25	0	0.81
21369232--21369273	16	2.6	16	84	0	57	42	0	28	28	1.56
21369224--21369300	41	1.9	40	91	2	127	44	2	25	27	1.67
21370998--21371199	85	2.4	83	87	2	296	30	16	21	31	1.96
21382079--21386317	595	7.1	605	89	5	6224	26	17	22	33	1.96
21385704--21385807	52	2.0	53	94	5	185	28	13	20	37	1.90
21415486--21415512	8	3.4	8	100	0	54	37	22	0	40	1.54
21424793--21424840	25	2.0	24	84	8	62	29	2	16	52	1.56
21429859--21429998	12	11.7	11	73	10	57	43	21	18	16	1.88
21429870--21429934	24	2.7	24	83	4	69	46	21	18	13	1.84
21429892--21430003	24	4.7	24	85	0	125	42	21	19	16	1.89
21429892--21429983	18	5.1	18	75	0	85	44	20	19	15	1.86
21433299--21433339	8	5.2	8	82	14	50	19	2	2	75	1.03
21433307--21433339	15	2.2	15	89	10	50	21	0	3	75	0.93
21438798--21438921	32	3.9	32	84	0	158	37	20	20	21	1.94
21438798--21438921	64	1.9	64	86	0	176	37	20	20	21	1.94
21439100--21439145	11	4.0	11	81	10	56	50	26	4	19	1.66
21439097--21439150	24	2.2	24	90	0	81	48	24	5	22	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21439107--21439179	24	3.0	24	86	4	85	46	23	5	24	1.73
21439194--21439576	27	14.3	27	75	7	217	22	19	19	38	1.94
21439194--21439430	80	3.0	79	77	8	232	21	18	20	38	1.94
21439218--21439445	53	4.3	53	81	7	191	21	18	20	39	1.92
21439238--21439526	81	3.6	80	80	7	257	22	19	19	38	1.93
21439323--21439553	81	2.9	81	81	7	265	23	19	18	38	1.93
21441989--21442183	41	4.8	41	96	0	354	27	28	20	24	1.99
21443722--21443760	16	2.2	19	86	13	57	33	5	0	61	1.18
21449788--21449982	41	4.8	41	95	0	345	26	27	20	25	1.99
21450613--21450638	12	2.2	12	100	0	52	50	7	0	42	1.31
21451530--21451568	16	2.2	19	86	13	57	33	5	0	61	1.18
21451906--21452048	41	3.5	41	76	5	137	20	20	24	33	1.97
21456044--21456204	41	3.9	41	81	4	173	20	19	26	34	1.96
21456048--21456204	82	1.9	82	82	2	199	20	19	26	33	1.96
21460123--21460346	79	2.8	80	85	6	287	24	22	27	25	2.00
21460130--21460379	79	3.2	78	82	7	274	26	21	26	25	1.99
21460123--21460346	40	5.7	40	85	6	287	24	22	27	25	2.00
21468377--21468519	39	3.6	40	80	11	154	24	23	27	24	2.00
21480471--21480509	8	4.5	8	87	12	51	64	0	0	35	0.94
21482765--21482804	21	1.9	21	89	0	62	65	2	2	30	1.19
21489823--21489881	27	2.2	27	87	0	82	16	16	5	61	1.52
21490898--21491057	85	1.9	85	92	0	266	33	15	19	32	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21506201--21506278	20	3.9	20	75	0	75	43	10	12	33	1.77
21506201--21506278	40	2.0	40	81	0	93	43	10	12	33	1.77
21506211--21506291	20	4.1	20	77	0	54	44	11	11	33	1.75
21508903--21509108	27	7.6	27	87	0	241	45	20	14	19	1.85
21508905--21509108	54	3.8	54	84	3	268	45	20	14	20	1.85
21513015--21513137	45	2.9	41	77	11	106	26	19	26	28	1.99
21515194--21515264	35	2.0	35	97	0	133	36	15	18	29	1.92
21520659--21520836	27	6.6	27	81	3	187	27	14	27	30	1.95
21520660--21520815	82	1.9	81	85	3	215	27	14	27	30	1.95
21520656--21520836	82	2.2	81	81	2	211	27	14	27	30	1.95
21527933--21528110	27	6.6	27	83	3	196	26	14	28	30	1.95
21527934--21528089	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
21546693--21546766	20	3.8	20	82	8	98	58	6	0	35	1.25
21546745--21546793	25	2.0	25	88	8	73	51	2	2	44	1.24
21549385--21549466	42	2.0	42	100	0	164	53	8	17	20	1.69
21555373--21555424	3	17.3	3	100	0	104	32	0	0	67	0.91
21559556--21559636	30	2.6	32	86	13	123	37	3	0	59	1.15
21577065--21577108	22	1.9	24	86	9	65	31	2	0	65	1.05
21578260--21578294	18	1.9	18	88	11	54	65	5	5	22	1.36
21585564--21585607	12	3.8	12	88	11	74	45	0	0	54	0.99
21585573--21585608	10	3.4	10	85	14	54	44	0	0	55	0.99
21585564--21585608	22	2.0	22	100	0	90	46	0	0	53	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21586980--21587045	24	2.7	24	83	2	78	16	27	21	34	1.95
21589096--21589132	16	2.3	16	100	0	74	40	10	18	29	1.85
21594398--21594475	37	2.2	35	82	13	88	32	17	17	32	1.94
21600162--21600215	11	4.8	12	80	19	71	27	31	0	40	1.57
21603663--21604037	124	3.0	124	92	0	608	31	23	16	29	1.96
21604973--21604998	5	5.2	5	100	0	52	23	0	0	76	0.78
21611552--21611609	16	3.6	16	77	6	55	39	1	0	58	1.08
21616258--21616312	11	4.8	11	77	6	56	0	27	1	70	0.97
21616260--21616307	16	2.9	17	81	12	55	0	31	0	68	0.90
21619665--21619696	15	2.1	15	100	0	64	37	15	18	28	1.92
21621612--21621667	19	2.7	21	73	10	53	8	32	1	57	1.40
21622032--21622071	15	2.7	15	92	3	64	0	15	17	67	1.23
21623467--21623500	5	6.6	5	96	3	59	0	17	0	82	0.67
21623564--21623604	21	2.0	21	85	9	57	29	0	9	60	1.28
21623622--21623667	18	2.6	18	86	3	58	43	0	2	54	1.12
21623826--21623916	44	2.0	44	89	6	139	36	26	4	32	1.76
21623908--21623954	16	2.9	16	75	12	51	29	23	6	40	1.79
21624939--21625008	35	2.0	35	86	10	99	31	8	20	40	1.82
21626069--21626114	20	2.2	21	84	3	58	52	4	19	23	1.64
21630585--21630803	40	5.5	40	80	1	224	37	14	29	18	1.90
21642498--21642538	15	2.6	17	85	11	52	46	21	0	31	1.52
21642495--21642621	39	3.3	39	85	0	182	45	20	3	30	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21642667--21642709	15	2.7	15	85	7	50	48	23	2	25	1.62
21654741--21654804	31	2.1	31	93	0	110	28	14	31	26	1.95
21664471--21664524	23	2.5	20	82	8	63	25	12	3	57	1.52
21668034--21668066	16	2.1	16	100	0	66	24	12	6	57	1.57
21677517--21677744	113	2.0	113	93	0	384	32	19	10	37	1.87
21681546--21681591	21	2.1	22	88	4	67	17	2	28	52	1.56
21684342--21684372	13	2.4	13	100	0	62	29	9	38	22	1.86
21684947--21685024	18	4.3	18	67	22	56	38	5	7	48	1.54
21684947--21685138	35	5.2	35	66	17	95	38	6	8	46	1.61
21684954--21685136	53	3.3	53	72	14	199	39	7	7	45	1.59
21684976--21685136	37	4.3	38	67	12	100	40	7	6	45	1.59
21685059--21685136	18	4.3	18	67	22	56	38	5	7	48	1.54
21684913--21685238	112	2.9	112	96	0	589	39	8	7	44	1.62
21685266--21685317	22	2.4	22	87	3	79	26	0	26	46	1.53
21685346--21685385	12	3.3	12	96	0	71	52	0	0	47	1.00
21685349--21685397	7	7.4	7	80	19	61	53	0	0	46	1.00
21685895--21685937	18	2.4	18	88	0	59	44	9	27	18	1.80
21686968--21687130	41	4.0	41	81	8	197	17	19	30	33	1.95
21686945--21687133	82	2.3	82	85	5	258	19	17	29	33	1.94
21688112--21688286	42	4.1	43	80	4	185	24	16	28	32	1.96
21688138--21688296	85	1.9	85	88	2	239	24	15	27	32	1.95
21689367--21689464	51	1.9	51	89	4	153	46	2	25	25	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21689428--21689490	22	2.8	22	80	20	69	46	1	30	22	1.61
21697639--21697684	23	2.0	23	87	8	67	58	10	2	28	1.43
21711130--21711365	44	5.1	44	71	17	156	32	19	21	27	1.97
21711030--21711416	142	2.7	142	93	1	643	32	18	21	27	1.96
21711336--21711440	44	2.5	44	77	10	110	29	18	21	30	1.97
21727443--21727472	12	2.5	12	94	0	51	16	23	30	30	1.96
21744464--21744665	107	1.9	108	82	3	255	28	24	14	33	1.94
21745966--21746024	30	2.0	30	100	0	118	38	10	16	33	1.83
21746695--21746723	9	3.2	9	100	0	58	79	0	10	10	0.94
21746695--21746749	19	2.9	20	86	7	71	76	0	5	18	0.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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