genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.35.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  67659327

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   

This is table  35  of  216  ( 25871 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10036966--10037027	30	2.1	30	100	0	124	46	9	9	33	1.69
10037017--10037059	12	3.7	11	84	9	59	51	11	11	25	1.72
10037014--10037066	23	2.2	24	93	3	90	52	13	11	22	1.71
10037014--10037075	11	5.5	11	78	14	65	54	12	9	22	1.67
10037689--10038004	159	2.0	159	98	0	605	28	24	16	30	1.96
10044339--10044382	14	3.2	14	80	6	54	25	4	2	68	1.20
10048020--10048215	41	4.8	41	91	2	304	16	17	26	39	1.91
10048016--10048258	82	2.9	79	83	7	265	17	18	26	37	1.93
10048020--10048280	123	2.1	123	81	8	300	17	18	24	39	1.92
10048652--10048739	23	3.8	22	72	21	72	27	1	21	50	1.56
10048641--10048733	47	2.0	47	93	0	159	26	2	21	49	1.61
10048744--10048784	22	1.9	21	85	14	57	19	0	24	56	1.42
10053283--10053418	66	2.1	66	92	0	227	40	18	27	13	1.89
10053767--10054028	43	6.1	43	93	0	418	26	18	26	28	1.98
10061329--10061379	25	2.0	25	100	0	102	35	11	25	27	1.91
10063083--10063115	11	3.0	11	87	12	50	0	18	0	81	0.68
10064760--10064796	15	2.4	16	82	13	51	40	10	2	45	1.53
10068481--10068506	11	2.4	11	100	0	52	38	7	0	53	1.30
10068482--10068613	39	3.2	40	84	10	169	37	3	0	58	1.19
10068473--10068595	39	3.1	40	84	12	182	36	3	0	60	1.13
10068543--10068576	17	2.0	17	88	0	50	35	0	0	64	0.94
10082074--10082123	16	3.0	16	81	18	50	42	2	2	54	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10085083--10085151	31	2.2	31	97	0	129	36	26	8	28	1.86
10095317--10095370	16	3.4	16	81	0	63	35	3	27	33	1.75
10101705--10101761	19	2.8	19	76	7	51	59	0	3	36	1.14
10101716--10101769	18	2.9	18	73	10	54	62	0	1	35	1.06
10101699--10101771	20	3.8	18	73	10	65	61	1	2	34	1.19
10113805--10113841	18	2.1	18	100	0	74	40	5	10	43	1.63
10114239--10114302	13	4.9	13	77	11	69	35	23	7	32	1.84
10114240--10114302	26	2.4	27	78	7	76	36	23	7	31	1.84
10121882--10121937	21	2.7	21	94	0	94	28	8	33	28	1.87
10123846--10123890	23	2.0	23	100	0	90	44	8	22	24	1.81
10124948--10124996	6	8.2	6	88	0	71	40	0	59	0	0.98
10127128--10127179	27	1.9	27	88	0	77	65	11	11	11	1.48
10129441--10129474	16	2.2	15	89	5	50	67	0	26	5	1.13
10130329--10130399	27	2.6	28	82	6	92	59	16	9	14	1.61
10131166--10131221	27	2.1	26	86	3	76	53	17	10	17	1.72
10131759--10131791	2	16.5	2	100	0	66	51	0	48	0	1.00
10139407--10139515	40	2.6	43	84	8	129	23	27	27	21	1.99
10139692--10139767	11	6.8	12	74	18	65	25	30	1	43	1.63
10139692--10139746	22	2.4	23	84	6	76	23	27	1	47	1.62
10139691--10139765	33	2.2	32	79	9	78	24	30	1	44	1.62
10140971--10141003	7	4.7	7	100	0	66	27	0	15	57	1.38
10142236--10142905	22	31.0	22	86	4	850	45	29	1	24	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10142236--10142905	65	10.4	64	86	3	846	45	29	1	24	1.60
10142244--10142905	87	7.7	87	88	3	910	45	29	1	24	1.60
10146058--10146522	126	3.7	125	87	4	659	29	22	16	31	1.96
10147008--10147037	13	2.4	13	94	5	53	40	0	0	60	0.97
10147989--10148023	6	5.8	6	93	0	52	68	11	0	20	1.20
10159615--10159678	17	3.6	17	74	15	67	26	12	14	46	1.79
10159607--10159677	36	2.0	36	97	0	133	25	12	15	46	1.81
10159606--10159662	19	3.1	19	71	19	66	26	12	15	45	1.82
10159883--10159977	48	2.0	48	97	0	181	20	16	21	42	1.90
10164748--10164818	36	2.0	36	88	0	106	25	11	15	47	1.78
10169463--10169544	26	3.3	26	72	11	73	34	21	24	19	1.97
10170029--10170053	5	5.0	5	100	0	50	40	20	0	40	1.52
10170573--10170600	13	2.2	13	100	0	56	21	14	0	64	1.29
10171968--10172109	57	2.5	58	87	5	191	49	13	12	24	1.77
10172948--10172983	18	1.9	18	88	5	54	58	2	0	38	1.13
10175505--10175610	41	2.6	41	95	0	185	31	25	21	21	1.98
10179640--10179699	14	4.2	14	70	18	52	43	1	1	53	1.20
10180778--10180827	19	2.6	19	87	9	66	36	0	24	40	1.55
10186964--10186996	14	2.3	15	89	5	50	57	18	3	21	1.53
10188204--10188236	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
10190887--10190961	37	2.0	40	84	10	104	34	4	0	61	1.15
10191184--10191213	15	2.0	15	93	0	51	46	30	3	20	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10191165--10191216	7	7.3	7	80	4	50	50	30	1	17	1.57
10195322--10195389	32	2.1	32	83	5	84	45	10	11	32	1.74
10196886--10196949	30	2.1	30	88	0	92	25	29	29	15	1.96
10197938--10197978	21	2.0	21	90	0	64	39	19	29	12	1.88
10197918--10198054	21	6.5	21	65	6	62	43	17	22	16	1.87
10199840--10199893	25	2.3	24	84	9	67	31	0	7	61	1.24
10201670--10201718	26	1.9	26	87	4	73	20	22	20	36	1.95
10211648--10211749	12	8.5	11	70	16	60	27	12	8	50	1.70
10214244--10214289	17	2.6	18	80	16	51	36	2	0	60	1.09
10214255--10214377	31	4.3	31	75	19	140	33	2	0	63	1.13
10214264--10214389	26	4.6	29	73	19	126	33	2	0	63	1.13
10214255--10214355	14	7.4	13	71	21	64	31	1	0	65	1.10
10214304--10214357	12	4.5	11	80	17	63	33	1	1	62	1.16
10214324--10214377	14	3.6	14	76	13	63	33	3	0	62	1.12
10221364--10221968	78	7.7	78	75	10	469	34	8	21	34	1.85
10221457--10221645	95	2.0	94	88	1	279	37	8	21	32	1.84
10236800--10236838	18	2.2	18	85	0	51	79	0	17	2	0.84
10241340--10241778	78	5.6	78	88	0	610	36	21	7	34	1.83
10241340--10241965	156	3.9	156	82	7	734	35	22	8	34	1.84
10241763--10241794	16	2.0	16	93	0	55	18	28	6	46	1.73
10241685--10241872	94	2.0	94	90	0	295	32	23	7	36	1.84
10241607--10241950	172	2.0	172	90	1	537	33	23	8	34	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10241779--10241965	78	2.4	78	89	3	279	33	24	8	34	1.86
10246622--10246728	42	2.6	41	80	4	124	18	26	37	17	1.93
10247208--10247277	22	3.1	22	76	11	61	28	8	18	44	1.79
10266915--10266977	10	6.6	10	73	14	53	25	3	3	68	1.19
10266917--10266980	20	3.3	20	71	20	64	25	3	3	68	1.18
10269186--10269231	25	1.9	24	86	8	67	50	0	0	50	1.00
10269337--10269385	20	2.5	20	93	0	80	61	4	0	34	1.15
10275524--10275566	10	4.3	10	84	0	59	51	20	0	27	1.48
10278910--10278950	20	2.0	20	100	0	82	39	14	19	26	1.90
10285392--10285444	26	2.0	26	81	0	61	32	13	24	30	1.93
10285596--10285620	9	2.8	9	100	0	50	68	24	0	8	1.16
10288060--10288200	70	2.0	70	100	0	282	40	14	15	29	1.87
10290744--10290789	23	2.0	23	87	4	67	43	15	8	32	1.77
10291237--10291649	131	3.1	132	88	2	616	25	26	19	28	1.99
10291642--10291846	89	2.3	89	78	0	230	25	21	24	28	1.99
10291810--10292396	44	13.1	44	72	9	278	28	21	18	31	1.97
10291818--10292598	45	17.7	43	71	12	349	27	21	19	31	1.97
10292080--10292503	178	2.4	178	86	2	582	26	23	18	32	1.97
10291855--10292521	45	14.9	45	73	8	394	27	21	18	32	1.97
10292926--10293004	24	3.3	24	90	0	131	30	22	12	34	1.92
10293930--10293963	13	2.5	14	85	4	52	14	0	0	85	0.60
10299186--10299223	16	2.4	16	86	0	58	65	0	7	26	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10299804--10299861	22	2.6	22	81	7	64	41	17	5	36	1.72
10301596--10301647	25	2.0	26	88	3	79	36	17	9	36	1.82
10301780--10301814	6	5.8	6	89	0	52	20	28	0	51	1.47
10301772--10301815	18	2.4	18	92	0	70	18	27	2	52	1.57
10304000--10304101	35	2.9	35	77	8	109	28	23	26	21	1.99
10304069--10304305	74	3.3	74	74	5	259	30	23	23	22	1.99
10304000--10304245	69	3.5	69	74	5	222	30	23	24	21	1.99
10303999--10304305	143	2.1	143	87	1	436	29	23	24	22	1.99
10307102--10307126	11	2.3	11	100	0	50	28	24	16	32	1.96
10308733--10309477	372	2.0	371	81	6	882	28	11	26	33	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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