genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.66.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  67659327

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   

This is table  66  of  216  ( 25871 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19804752--19804814	23	2.7	23	87	0	90	60	15	4	19	1.53
19804995--19805028	3	11.3	3	87	12	52	29	32	0	38	1.58
19811650--19811687	18	2.1	18	95	0	67	34	18	10	36	1.85
19812182--19812226	17	2.6	17	85	0	54	37	28	11	22	1.88
19816380--19816430	22	2.3	23	83	10	61	50	9	5	33	1.59
19816389--19816438	22	2.3	21	80	10	55	50	16	6	28	1.68
19817962--19818242	50	5.5	50	78	7	248	23	26	21	28	1.99
19818015--19818242	100	2.2	104	84	6	286	22	28	21	27	1.99
19820800--19820903	28	3.8	28	67	8	88	50	22	0	25	1.55
19820855--19820915	28	2.2	28	82	5	70	55	22	1	19	1.52
19821015--19821051	19	1.9	19	94	0	65	45	16	2	35	1.61
19822601--19822637	19	1.9	19	88	0	56	59	2	2	35	1.26
19826968--19827033	30	2.2	30	81	2	89	37	4	10	46	1.59
19827983--19828029	18	2.6	19	78	18	55	51	4	2	42	1.33
19827980--19828019	19	2.1	19	90	9	64	55	5	0	40	1.22
19833054--19833092	16	2.4	16	95	4	69	30	41	15	12	1.85
19836407--19836540	9	14.7	9	69	16	62	61	0	2	35	1.14
19836414--19836447	17	2.0	17	94	0	59	61	0	0	38	0.96
19836390--19836457	28	2.4	27	80	11	82	63	1	0	35	1.04
19836392--19836540	49	3.2	47	78	12	173	61	0	2	35	1.12
19836413--19836479	11	6.6	11	71	25	58	56	0	2	40	1.14
19836455--19836543	43	2.1	43	91	4	144	62	0	3	33	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19836506--19836550	16	2.7	17	79	6	56	60	0	0	40	0.97
19836466--19836550	16	5.6	16	64	14	54	62	0	1	36	1.03
19838969--19839004	7	5.1	7	100	0	72	13	30	0	55	1.39
19852313--19852351	18	2.1	19	85	4	53	48	7	2	41	1.45
19871413--19871677	44	5.8	44	71	15	180	32	19	20	27	1.97
19871442--19871752	142	2.2	142	92	0	516	33	18	20	27	1.96
19881626--19881778	57	2.7	57	87	2	209	27	24	15	32	1.95
19881654--19881756	28	3.6	28	70	14	77	29	25	13	32	1.94
19881554--19881722	86	2.0	85	83	1	212	26	24	17	31	1.97
19881599--19881728	29	4.5	29	75	12	124	25	24	16	33	1.96
19902180--19902324	66	2.2	66	91	1	227	20	13	22	43	1.87
19908387--19908451	29	2.3	29	92	7	107	56	0	9	33	1.31
19914868--19915053	68	2.7	67	84	6	216	36	15	22	25	1.93
19914868--19915037	67	2.5	67	85	7	220	37	15	22	24	1.93
19914868--19915105	68	3.5	68	82	8	188	38	15	20	25	1.92
19917169--19917384	112	1.9	112	81	7	260	30	20	23	26	1.98
19917524--19918058	229	2.3	226	77	6	540	33	18	22	25	1.96
19917449--19918063	114	5.4	113	73	7	447	32	18	22	26	1.97
19919437--19919516	41	2.0	40	83	16	103	40	20	18	21	1.92
19922651--19923065	27	15.4	27	90	0	614	50	13	1	33	1.52
19922630--19923065	18	24.7	18	78	6	410	50	13	1	33	1.51
19923068--19923123	25	2.2	25	81	6	69	41	26	0	32	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19923184--19923237	7	7.1	7	91	8	72	53	16	0	29	1.43
19923185--19923237	25	2.3	24	87	12	60	52	16	0	30	1.44
19929258--19929387	42	3.1	42	80	1	143	30	16	22	30	1.95
19930325--19930358	14	2.6	13	86	13	52	67	0	20	11	1.21
19932618--19932740	43	2.9	43	81	11	153	19	18	28	33	1.96
19932917--19932973	28	2.0	29	82	3	71	31	5	22	40	1.76
19935207--19935245	18	2.1	18	85	4	51	76	2	10	10	1.10
19935259--19935296	11	3.2	12	88	7	51	73	5	21	0	1.02
19936174--19936313	40	3.5	40	75	10	137	27	17	24	30	1.97
19939864--19939915	25	2.1	26	85	7	72	19	25	21	34	1.96
19948209--19948267	21	2.8	21	85	10	68	37	1	3	57	1.25
19949660--19949701	16	2.7	16	89	10	61	35	11	16	35	1.86
19950078--19950115	18	2.0	21	85	15	55	15	42	2	39	1.61
19950120--19950153	18	1.9	17	94	5	59	17	35	2	44	1.64
19950312--19950433	54	2.3	55	78	5	133	24	27	11	36	1.90
19950570--19950695	26	4.8	26	85	0	153	32	23	14	30	1.94
19957664--19957694	11	2.8	11	95	0	53	35	12	19	32	1.90
19972105--19972136	15	2.0	17	88	11	50	46	18	0	34	1.49
19985812--19985853	17	2.4	18	76	4	50	57	0	0	42	0.99
19987776--19987821	23	2.0	23	91	0	74	15	15	28	41	1.87
19989545--19989603	30	1.9	31	82	3	75	37	16	28	16	1.92
19989566--19989613	20	2.4	20	67	0	51	33	16	29	20	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19991285--19991390	48	2.2	48	85	9	137	14	24	1	59	1.45
19994026--19994104	25	3.3	25	61	10	65	32	5	29	32	1.79
19994010--19994577	47	12.1	47	95	0	1003	32	8	29	29	1.87
19994696--19994774	37	2.1	37	88	4	115	25	18	30	25	1.98
19996826--19996858	13	2.5	13	100	0	66	12	0	6	81	0.85
19998358--19998416	30	1.9	31	82	3	75	37	16	28	16	1.92
19998379--19998426	20	2.4	20	67	0	51	33	16	29	20	1.95
20001918--20001979	31	2.0	31	100	0	124	16	9	29	45	1.79
20002353--20002409	20	2.7	20	79	17	62	63	1	1	33	1.15
20003491--20003581	31	2.9	31	93	1	155	26	15	15	42	1.86
20011044--20011083	20	1.9	22	90	10	66	40	5	12	42	1.64
20014556--20014630	29	2.5	31	78	4	82	50	13	9	26	1.71
20014911--20014960	24	2.1	23	82	14	57	50	0	2	48	1.12
20017983--20018042	30	2.0	31	83	3	77	26	11	23	38	1.89
20020895--20020936	21	2.0	21	100	0	84	23	14	14	47	1.80
20031018--20031048	16	1.9	16	100	0	62	58	6	16	19	1.59
20037740--20037785	21	2.2	21	96	0	83	45	26	0	28	1.54
20039874--20040098	40	5.7	40	82	5	251	24	22	27	25	2.00
20039874--20040070	79	2.5	80	83	5	238	25	21	27	25	1.99
20058731--20058771	12	3.5	12	83	6	57	14	9	17	58	1.62
20063956--20064002	21	2.3	21	89	7	71	46	6	2	44	1.40
20066029--20066061	3	11.0	3	100	0	66	33	0	0	66	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20070992--20071048	25	2.3	25	81	0	69	33	22	19	24	1.97
20071027--20071082	25	2.2	25	84	6	69	33	17	25	23	1.96
20074048--20074144	50	1.9	50	87	0	140	22	21	31	23	1.98
20074440--20074478	12	3.2	12	85	0	51	51	5	23	20	1.67
20078288--20078352	23	3.0	23	82	8	73	41	24	18	15	1.89
20079530--20079572	21	2.0	21	91	8	70	0	11	11	76	1.02
20085076--20085120	21	2.2	20	84	4	54	51	4	0	44	1.21
20086911--20086968	16	3.4	16	71	17	53	37	0	18	43	1.51
20086969--20087012	22	2.0	22	86	8	63	38	11	0	50	1.39
20086979--20087019	22	1.9	21	85	5	55	43	9	0	46	1.36
20087372--20087442	27	2.6	27	93	2	115	40	8	1	49	1.42
20087636--20087672	11	3.5	11	88	7	58	70	0	29	0	0.88
20087699--20087737	19	2.0	21	85	10	55	23	0	10	66	1.22
20087810--20087847	3	12.7	3	100	0	76	0	0	31	68	0.90
20088092--20088122	12	2.6	12	94	0	53	19	0	19	61	1.35
20093751--20093802	21	2.4	22	93	3	88	9	38	0	51	1.35
20094564--20094713	4	37.0	4	72	16	105	0	32	0	67	0.96
20094536--20094632	48	2.1	48	83	9	121	0	28	0	71	0.87
20094536--20094712	44	4.1	43	76	16	163	0	31	0	67	0.95
20094504--20094713	82	2.6	79	85	8	255	0	31	0	67	0.94
20094530--20094716	70	2.6	70	80	13	179	0	33	0	66	0.96
20094838--20094906	27	2.6	26	90	6	104	49	0	10	40	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20099398--20099535	41	3.3	40	82	8	152	19	22	24	33	1.97
20099469--20099549	42	1.9	42	84	0	108	22	18	27	32	1.97
20099418--20099557	41	3.4	40	77	6	129	20	19	25	35	1.96
20099848--20099881	15	2.2	16	89	5	52	23	0	29	47	1.52
20099966--20100038	21	3.6	21	75	16	64	20	2	42	34	1.67
20099997--20100072	29	2.6	28	76	15	75	25	2	39	32	1.70
20100337--20100382	23	2.0	23	82	0	56	21	2	45	30	1.64
20101094--20101137	22	2.0	23	86	13	65	72	0	9	18	1.10
20103439--20103472	12	2.8	12	86	0	50	47	14	8	29	1.75
20103512--20103622	16	7.2	16	65	17	65	43	23	3	29	1.71

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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