genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.79.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  67659327

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
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This is table  79  of  216  ( 25871 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24286409--24286558	27	5.7	26	86	2	176	24	25	12	38	1.89
24286409--24286558	54	2.8	52	87	4	203	24	25	12	38	1.89
24291866--24291890	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
24293105--24293142	12	3.2	12	78	14	51	63	13	10	13	1.53
24299452--24299484	17	1.9	17	93	0	57	66	9	3	21	1.33
24301006--24301042	18	2.0	19	85	15	51	56	8	0	35	1.29
24301848--24301921	20	3.6	20	83	7	103	25	20	22	31	1.98
24306301--24306353	19	2.7	19	80	11	54	24	3	0	71	1.02
24307492--24307521	10	3.1	10	90	9	53	70	0	0	30	0.88
24307492--24307521	9	3.2	9	95	4	51	70	0	0	30	0.88
24315769--24315955	51	3.7	51	72	9	159	26	16	25	31	1.96
24315966--24316053	45	2.0	45	93	0	149	26	18	22	32	1.97
24323414--24323509	50	1.9	50	93	0	165	25	4	22	47	1.69
24324228--24324310	41	2.0	41	100	0	166	24	26	19	30	1.98
24325887--24325955	34	2.0	34	97	0	129	34	24	17	23	1.96
24335760--24335972	105	2.0	105	96	0	390	39	21	16	22	1.92
24337372--24337397	12	2.2	12	100	0	52	46	15	30	7	1.74
24351490--24351579	46	2.0	46	93	0	153	23	5	11	60	1.52
24352946--24353035	46	2.0	46	84	0	117	25	6	8	58	1.52
24359661--24359741	25	3.3	25	80	10	96	19	25	20	33	1.97
24359663--24359734	26	2.8	25	85	4	99	19	26	20	33	1.97
24359712--24359765	23	2.2	25	83	6	67	18	29	20	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24359712--24359777	25	2.8	24	79	4	71	19	28	19	31	1.97
24359843--24359917	25	3.0	25	82	5	89	22	26	20	30	1.98
24360994--24361019	11	2.4	11	100	0	52	38	7	0	53	1.30
24360976--24361111	39	3.4	40	83	10	179	35	2	0	62	1.08
24361083--24361131	22	2.2	21	86	10	71	36	0	4	59	1.17
24362379--24362500	43	2.9	42	77	12	131	31	28	17	22	1.96
24368343--24368435	26	3.6	25	77	7	98	18	23	23	34	1.96
24368343--24368488	25	5.8	26	72	6	115	17	25	21	34	1.96
24368480--24368550	25	2.8	25	84	0	88	21	25	19	33	1.97
24370795--24370837	18	2.4	18	80	3	52	32	0	13	53	1.41
24377130--24377179	24	2.1	24	100	0	100	26	28	12	34	1.92
24381107--24381145	14	2.7	15	84	4	53	35	5	2	56	1.35
24382438--24382464	10	2.7	10	100	0	54	29	11	11	48	1.73
24383142--24383384	50	4.8	50	88	0	351	26	22	30	21	1.99
24384846--24384900	27	2.0	28	82	3	67	36	1	0	61	1.06
24385083--24385138	24	2.4	23	79	5	58	51	10	5	32	1.59
24385089--24385138	24	2.1	24	84	0	64	52	12	4	32	1.57
24385530--24385569	21	1.9	21	84	0	53	2	27	7	62	1.35
24388146--24388394	50	4.8	50	85	4	284	20	29	24	26	1.99
24388145--24388394	100	2.4	104	88	6	357	20	29	24	26	1.99
24388489--24388520	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
24388732--24388789	30	1.9	30	89	0	89	31	24	3	41	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24390059--24390116	22	2.6	22	75	2	62	6	27	1	63	1.29
24396782--24396894	19	5.8	19	89	4	181	38	10	15	36	1.82
24396783--24396894	40	2.8	40	95	2	201	38	10	14	36	1.81
24396782--24396901	59	2.1	56	89	6	179	38	10	15	36	1.80
24397650--24397700	25	2.0	26	88	7	77	31	7	3	56	1.46
24398375--24398568	97	2.0	98	94	1	345	28	10	25	36	1.89
24408842--24409313	44	10.7	44	65	13	193	28	19	26	25	1.99
24409405--24410211	44	18.7	43	73	10	467	28	20	23	27	1.99
24408768--24409420	132	4.9	132	95	0	1162	28	20	25	24	1.99
24409491--24410222	89	8.4	86	72	15	440	28	20	23	27	1.99
24409408--24410227	217	3.8	217	95	0	1442	28	20	23	27	1.99
24409537--24409864	173	1.9	173	81	9	402	28	21	22	27	1.99
24410396--24410527	19	6.8	19	89	3	210	37	10	15	36	1.83
24410396--24410534	59	2.4	57	88	6	210	37	10	15	36	1.82
24412006--24412200	98	2.0	98	92	2	329	27	9	26	36	1.88
24420930--24421007	40	2.0	40	84	0	102	44	17	16	20	1.86
24428097--24428153	23	2.5	23	97	0	105	10	17	3	68	1.33
24428952--24429078	27	4.7	27	74	4	103	33	13	24	29	1.93
24429180--24429267	27	3.2	27	81	1	95	36	11	26	26	1.90
24432032--24432148	55	2.1	54	81	4	137	49	16	12	21	1.78
24432179--24432340	54	2.8	59	78	12	192	48	17	14	19	1.82
24432088--24432340	113	2.2	114	83	2	305	48	17	13	20	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24432027--24432316	54	5.3	54	74	9	219	49	16	13	20	1.79
24437616--24437653	11	3.5	11	85	3	51	34	2	0	63	1.09
24439475--24439745	43	6.3	43	91	1	393	32	24	17	25	1.97
24441544--24441628	40	2.1	40	86	4	118	50	12	5	30	1.64
24441558--24441644	40	2.2	40	81	6	95	48	11	6	33	1.66
24444217--24444730	147	3.6	146	92	2	862	25	15	14	44	1.85
24445514--24445547	14	2.4	14	90	9	52	32	44	0	23	1.54
24445502--24445571	21	3.3	21	72	9	61	38	35	0	25	1.56
24446129--24446684	113	4.9	113	87	5	748	26	26	22	25	2.00
24446145--24446684	227	2.4	226	88	2	798	26	26	22	24	2.00
24446753--24446778	12	2.2	12	100	0	52	46	30	15	7	1.74
24447329--24447389	27	2.3	27	75	8	63	31	1	3	63	1.20
24448178--24448228	24	2.0	24	85	7	66	72	1	7	17	1.18
24449000--24449036	13	2.7	14	83	8	58	70	2	0	27	1.01
24458735--24458834	49	2.0	49	90	0	155	31	9	10	50	1.67
24460412--24460447	18	2.1	17	90	10	56	38	0	0	61	0.96
24460226--24460459	120	2.0	120	96	0	432	42	1	4	51	1.29
24461154--24461248	24	3.9	24	78	9	102	32	1	4	62	1.22
24465203--24465243	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
24468993--24469023	4	7.8	4	100	0	62	25	48	0	25	1.52
24472852--24472893	20	2.1	20	86	0	57	47	0	7	45	1.30
24484527--24484584	21	2.7	21	81	5	71	25	32	25	15	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24485302--24485353	8	6.9	8	80	12	65	71	9	0	19	1.13
24485294--24485353	29	2.0	30	90	3	95	71	11	0	16	1.14
24487714--24487767	22	2.5	22	71	0	54	61	11	9	18	1.55
24487753--24487786	11	3.1	11	86	0	50	70	23	0	5	1.09
24488701--24488870	86	2.0	86	82	2	207	28	30	16	24	1.96
24488712--24488923	43	4.9	43	76	4	158	29	26	16	27	1.96
24488997--24489030	16	2.1	16	88	0	50	61	0	0	38	0.96
24488974--24489031	23	2.5	21	78	15	62	63	1	0	34	1.04
24499683--24499716	17	2.0	17	100	0	68	41	0	0	58	0.98
24499884--24499969	46	1.9	44	85	4	118	40	26	6	25	1.81
24499949--24500002	16	3.4	15	89	5	72	22	29	7	40	1.81
24499949--24500015	32	2.1	32	91	5	109	20	32	5	40	1.77
24499957--24500015	16	3.7	16	93	0	100	18	35	5	40	1.73
24502415--24502456	18	2.2	20	87	12	61	57	9	2	30	1.44
24505199--24505245	14	3.4	14	85	2	60	38	44	0	17	1.48
24505199--24505245	7	6.9	7	83	11	53	38	44	0	17	1.48
24505130--24505292	81	2.0	84	89	3	251	44	28	0	26	1.55
24505336--24505400	14	4.6	14	84	0	67	41	40	1	16	1.58
24505378--24505410	14	2.3	15	94	5	59	36	33	0	30	1.58
24508769--24508803	13	2.7	13	86	0	52	42	22	8	25	1.82
24520137--24520228	19	4.8	19	66	9	62	41	19	7	31	1.80
24520108--24520258	58	2.6	59	90	6	236	38	18	9	33	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24521180--24521243	16	4.1	16	69	16	53	48	12	1	37	1.51
24522149--24522186	5	7.6	5	100	0	76	57	0	0	42	0.98
24549748--24549799	23	2.3	22	75	21	54	9	23	1	65	1.32
24558172--24558225	11	5.0	10	89	10	72	20	31	0	48	1.50
24559599--24559656	21	2.8	20	85	12	73	51	6	1	39	1.39
24559592--24559654	21	2.7	21	83	16	72	49	7	1	41	1.42
24559623--24559686	25	2.6	26	80	9	73	57	4	1	35	1.29
24559961--24559987	12	2.2	12	100	0	54	14	11	14	59	1.62
24564802--24564864	21	3.0	21	88	9	85	53	6	1	38	1.36
24568549--24568596	21	2.3	21	82	7	62	35	41	16	6	1.74

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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