genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.41.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  67659327

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
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This is table  41  of  216  ( 25871 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11663128--11663190	13	4.8	13	80	7	83	38	25	4	31	1.77
11663673--11663958	151	1.9	151	88	1	439	27	30	16	25	1.97
11665745--11665807	13	4.8	13	80	7	83	38	25	4	31	1.77
11666454--11666487	17	1.9	18	88	5	52	73	2	2	20	1.09
11672364--11672403	18	2.3	17	83	8	53	50	0	2	47	1.14
11692139--11692186	25	1.9	25	86	0	69	31	14	18	35	1.91
11692418--11692481	22	2.9	22	80	0	74	57	15	14	12	1.65
11693451--11693501	26	2.0	26	84	7	68	41	3	7	47	1.51
11695781--11695832	26	2.0	26	88	0	77	21	23	30	25	1.99
11695807--11696123	42	7.5	43	78	7	310	23	16	25	34	1.95
11695807--11696131	85	3.8	85	93	0	508	23	17	25	34	1.96
11698210--11698250	9	4.6	9	100	0	82	65	0	9	24	1.22
11698831--11698871	19	2.2	19	90	0	64	58	17	14	9	1.62
11703792--11703977	92	2.0	92	97	0	354	26	24	18	30	1.98
11704724--11704776	17	3.1	17	73	10	54	20	7	0	71	1.10
11713066--11713251	101	1.8	101	86	5	266	28	14	25	31	1.95
11713843--11713877	15	2.4	15	90	4	54	48	0	8	42	1.33
11713942--11714009	33	2.1	33	100	0	136	29	8	20	41	1.82
11717729--11717797	33	2.1	33	97	0	129	43	7	5	43	1.56
11718733--11718806	36	2.1	36	87	5	105	17	17	20	44	1.87
11722369--11722402	17	1.9	18	88	5	52	73	2	2	20	1.09
11730425--11730464	18	2.1	20	86	9	57	35	2	0	62	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11731897--11731944	22	2.2	22	96	0	87	37	12	12	37	1.81
11747353--11747407	22	2.5	21	74	8	56	34	3	0	61	1.13
11749679--11749705	14	1.9	14	100	0	54	25	0	0	74	0.83
11749675--11749707	14	2.3	15	85	15	52	24	0	0	75	0.80
11752388--11752486	39	2.5	40	91	1	164	26	16	21	36	1.94
11752706--11752757	17	3.1	17	83	5	61	32	3	1	61	1.25
11755248--11755298	22	2.3	22	75	0	57	58	11	13	15	1.63
11756199--11756244	21	2.1	21	84	4	56	45	2	2	50	1.26
11756342--11756372	5	6.2	5	100	0	62	41	0	0	58	0.98
11756532--11756568	17	2.2	17	86	13	51	16	13	0	70	1.17
11759461--11759506	22	2.0	22	83	8	56	60	0	0	39	0.97
11759712--11759747	10	3.5	10	88	3	54	66	2	0	30	1.06
11764735--11764769	3	11.7	3	100	0	70	31	0	0	68	0.90
11765045--11765079	17	2.1	17	89	10	54	65	5	0	28	1.15
11769900--11769996	31	3.1	30	83	5	113	22	23	21	31	1.98
11782270--11782338	24	2.9	25	80	8	90	49	8	4	37	1.54
11784665--11784744	24	3.3	24	87	1	106	51	6	3	38	1.45
11787649--11787697	26	2.0	25	84	8	64	46	10	0	42	1.37
11790092--11790169	39	2.0	39	100	0	156	23	15	23	38	1.92
11807925--11807957	16	2.1	16	94	0	57	39	0	0	60	0.97
11823355--11823395	11	3.7	11	80	0	55	19	14	9	56	1.66
11823432--11823494	30	2.1	30	93	0	108	22	3	17	57	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11825055--11825156	41	2.5	41	81	0	123	35	14	28	21	1.93
11827500--11827915	50	8.3	50	72	2	305	34	24	19	21	1.96
11827500--11827915	100	4.2	100	88	3	568	34	24	19	21	1.96
11827500--11827915	201	2.1	200	88	2	620	34	24	19	21	1.96
11828288--11828356	34	2.0	34	97	0	129	39	21	24	14	1.91
11832049--11832086	19	2.0	19	89	0	58	36	15	13	34	1.87
11832163--11832198	18	2.0	18	100	0	72	33	16	16	33	1.92
11835779--11835816	18	2.1	19	90	5	60	52	5	21	21	1.66
11848921--11849006	21	4.3	21	72	20	69	52	0	2	45	1.13
11848944--11849046	27	3.6	26	78	13	80	54	0	0	43	1.13
11848991--11849034	23	2.0	22	90	4	70	50	2	2	45	1.27
11848944--11849052	10	10.0	11	64	23	52	55	0	0	43	1.12
11849497--11849531	18	1.9	18	94	0	61	57	5	0	37	1.23
11853321--11853418	34	2.8	33	75	7	79	28	24	22	24	1.99
11853846--11853901	27	2.1	27	83	6	69	30	17	16	35	1.92
11853879--11854172	27	10.9	27	81	4	272	20	14	20	45	1.85
11853879--11854185	54	5.7	54	79	4	307	20	14	19	44	1.86
11853879--11854186	81	3.8	81	77	3	316	20	14	19	45	1.86
11856794--11856835	21	2.0	22	85	4	59	26	2	2	69	1.13
11857885--11857929	22	2.0	23	83	8	58	2	31	6	60	1.35
11858303--11858450	63	2.3	63	92	0	242	26	22	25	25	2.00
11859089--11859130	22	2.0	22	90	4	68	19	16	16	47	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11860330--11860420	28	3.3	27	71	9	85	36	3	4	56	1.36
11863379--11863434	26	2.2	25	87	3	76	28	10	14	46	1.78
11867801--11868028	33	6.5	33	70	20	135	32	28	18	20	1.96
11867830--11867968	43	3.5	43	69	21	138	33	28	17	20	1.96
11867795--11868005	76	2.8	74	89	5	323	32	27	18	21	1.97
11868352--11868414	30	2.1	30	85	8	83	28	23	6	41	1.79
11874904--11874960	7	8.1	7	84	0	78	17	52	0	29	1.45
11874908--11874962	21	2.6	21	100	0	110	18	52	0	29	1.45
11875137--11875206	36	1.9	36	88	0	104	40	17	20	22	1.92
11877505--11877535	16	1.9	16	93	0	53	35	0	9	54	1.33
11879991--11880021	9	3.4	9	90	0	53	25	12	22	38	1.90
11880075--11880111	9	4.1	9	85	0	56	45	10	10	32	1.74
11880325--11880384	30	2.0	31	83	9	79	20	36	0	43	1.52
11880471--11880500	16	1.9	16	93	6	53	26	26	0	46	1.53
11881490--11881518	14	2.0	15	93	6	51	31	13	20	34	1.92
11883941--11883997	30	1.9	30	82	7	71	40	24	3	31	1.72
11899057--11899083	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
11899482--11899511	4	7.5	4	92	0	51	3	0	23	73	0.98
11899481--11899511	16	1.9	16	100	0	62	6	0	22	70	1.09
11899527--11899572	23	2.0	23	86	0	65	28	10	13	47	1.76
11903033--11903071	20	2.0	20	85	10	53	66	0	2	30	1.05
11906109--11906180	29	2.4	29	81	4	81	44	15	16	23	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11912376--11912400	7	3.6	7	100	0	50	0	0	28	72	0.86
11922730--11922761	17	1.9	16	93	6	55	71	12	3	12	1.25
11929134--11929517	128	3.0	128	100	0	768	28	17	16	37	1.91
11930721--11930760	21	1.9	21	85	10	55	50	5	5	40	1.46
11930769--11930864	33	2.8	35	72	20	87	46	3	0	50	1.17
11930817--11930873	30	1.9	30	82	13	73	49	3	0	47	1.18
11938138--11938194	30	1.9	30	82	13	73	49	3	0	47	1.18
11939707--11939807	53	1.9	53	89	0	157	29	29	12	27	1.93
11943423--11943459	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
11943668--11943725	30	1.9	30	89	0	89	18	31	0	50	1.48
11944380--11944410	5	6.2	5	100	0	62	22	19	19	38	1.93
11946825--11946870	23	2.0	24	82	4	58	30	26	2	41	1.68
11947025--11947050	3	8.7	3	100	0	52	34	0	0	65	0.93
11955933--11955974	7	6.1	7	77	5	50	11	2	47	38	1.53
11955935--11955973	20	2.0	20	89	0	60	12	2	46	38	1.56
11956032--11956085	14	3.9	13	78	9	54	18	0	27	53	1.45
11956025--11956126	21	4.8	20	75	6	87	19	1	29	49	1.60
11956100--11956149	22	2.3	22	82	0	64	24	2	28	46	1.64
11956488--11956515	14	2.0	14	100	0	56	50	0	0	50	1.00
11956453--11956567	29	4.1	29	72	17	116	49	6	3	40	1.44
11963650--11963727	37	2.1	36	83	6	95	30	25	8	34	1.87
11963751--11963855	52	2.0	52	100	0	210	44	15	13	26	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11964110--11964153	21	2.0	21	87	12	63	34	25	15	25	1.95
11964370--11964410	19	2.2	18	87	12	57	36	4	12	46	1.63
11969095--11969141	24	2.0	24	91	0	76	25	42	23	8	1.82
11970965--11971215	43	5.8	43	81	3	254	32	26	15	26	1.95
11970965--11971203	129	1.9	129	85	1	336	32	25	15	26	1.95
11974376--11974595	115	1.9	115	100	0	440	40	20	14	24	1.90
11975207--11975271	27	2.3	29	82	12	82	21	1	4	72	1.11
11975212--11975267	20	2.8	20	76	17	62	19	1	5	73	1.12
11975685--11975725	21	2.0	21	90	0	64	39	39	0	21	1.54
11975921--11975963	11	3.9	11	76	11	52	55	0	2	41	1.12

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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