genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.72.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  67659327

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   

This is table  72  of  216  ( 25871 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21746716--21746749	12	2.9	11	87	12	50	76	0	0	23	0.79
21751237--21751302	32	2.1	32	88	0	96	34	22	24	18	1.96
21751302--21751355	26	2.1	26	85	0	72	38	22	20	18	1.93
21751337--21751402	27	2.5	26	85	9	80	33	22	24	19	1.97
21751550--21751778	54	4.2	55	85	5	299	23	20	19	36	1.95
21751550--21751778	27	8.5	27	81	5	257	23	20	19	36	1.95
21751742--21751829	27	3.3	27	79	3	88	23	14	14	46	1.82
21764537--21764610	34	2.2	34	97	0	139	22	20	12	44	1.84
21768462--21768538	25	2.8	26	78	20	84	28	3	1	66	1.17
21768499--21768895	26	15.3	24	68	21	80	28	7	4	59	1.43
21768587--21768725	59	2.4	56	79	16	149	28	5	2	64	1.28
21768679--21768895	26	8.6	25	74	10	120	28	6	5	59	1.44
21768679--21768895	52	4.3	52	75	12	170	28	6	5	59	1.44
21768785--21768895	50	2.2	51	85	6	145	27	6	5	60	1.43
21781285--21781423	51	2.7	50	81	8	174	26	16	25	31	1.96
21781649--21781680	16	2.0	16	93	0	55	59	0	15	25	1.36
21783413--21783698	46	6.4	45	74	7	181	30	22	18	28	1.97
21783413--21783618	44	4.6	44	76	7	128	29	22	20	27	1.98
21783413--21783752	179	1.9	179	92	2	567	31	22	18	27	1.97
21785254--21785308	27	2.1	26	83	9	76	32	1	1	63	1.15
21785339--21785520	26	7.2	25	72	16	101	27	7	4	60	1.44
21785361--21785545	26	7.3	25	74	10	137	27	7	4	60	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21785356--21785545	50	3.8	48	78	8	168	26	7	4	60	1.45
21789892--21789961	30	2.4	30	79	11	74	38	1	5	54	1.33
21793297--21793349	26	2.0	26	92	0	88	39	9	28	22	1.85
21798088--21798137	18	2.8	18	87	0	64	30	20	24	26	1.98
21802439--21802523	17	4.8	17	75	2	71	34	23	22	20	1.97
21804750--21804803	24	2.2	24	83	3	72	55	5	1	37	1.34
21824159--21824296	50	2.8	50	85	0	177	26	23	27	21	1.99
21824505--21824543	20	2.0	20	89	0	60	64	5	12	17	1.46
21833467--21833506	10	3.8	10	84	12	53	35	0	5	60	1.19
21849032--21849170	68	2.0	68	90	0	215	31	13	15	39	1.86
21851755--21851858	38	2.7	38	75	0	109	24	19	19	37	1.94
21851736--21851901	76	2.2	73	81	5	181	22	21	24	32	1.98
21861975--21862041	28	2.4	28	89	0	98	28	26	26	17	1.98
21862046--21862102	28	2.0	28	89	0	87	26	21	24	28	1.99
21862436--21862736	27	11.1	27	85	2	363	18	17	19	44	1.87
21873323--21873449	65	2.0	65	90	4	204	21	13	15	49	1.78
21874958--21874993	6	5.8	6	96	3	63	16	30	0	52	1.44
21876852--21876894	23	1.9	22	85	4	59	60	6	0	32	1.23
21880790--21880820	13	2.4	13	94	0	53	6	45	29	19	1.75
21881085--21881138	25	2.1	26	83	10	67	33	3	1	61	1.25
21892996--21893113	23	5.1	23	81	4	148	26	22	22	29	1.99
21894301--21894440	49	2.9	49	89	0	217	24	13	28	33	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21896950--21897076	25	5.1	25	74	14	95	27	20	25	25	1.99
21896954--21897077	49	2.5	50	78	8	137	28	20	25	25	1.99
21906103--21906144	21	2.0	21	100	0	84	61	0	23	14	1.32
21908251--21908370	40	3.0	40	83	0	159	36	20	20	22	1.95
21918319--21918395	3	25.7	3	92	5	129	0	32	0	67	0.91
21918937--21918978	12	3.5	12	78	12	50	16	23	33	26	1.96
21919286--21919341	22	2.4	23	82	5	60	39	3	17	39	1.67
21919598--21919642	22	2.0	22	86	0	63	33	6	13	46	1.69
21931015--21931089	37	2.0	37	94	0	132	34	4	9	52	1.53
21934208--21934268	18	3.3	17	80	17	68	68	0	0	31	0.89
21934236--21934282	12	3.4	14	76	23	55	78	0	0	21	0.75
21934208--21934280	38	1.9	38	83	5	94	71	0	0	28	0.87
21944380--21944672	46	6.6	46	85	9	385	30	21	14	33	1.93
21944564--21944636	36	2.0	36	94	0	128	28	20	13	36	1.91
21944518--21944672	82	1.9	82	93	0	265	30	21	12	35	1.90
21966505--21966680	56	3.1	56	99	0	343	45	9	22	22	1.80
21967305--21967529	40	5.7	40	84	7	280	24	22	27	24	2.00
21967305--21967529	79	2.8	80	82	9	280	24	22	27	24	2.00
21967305--21967536	119	1.9	119	82	7	283	25	22	27	24	2.00
21972790--21972833	23	1.9	22	82	17	54	36	25	0	38	1.56
21972863--21972956	45	2.1	45	93	0	161	30	24	19	25	1.98
21972953--21973137	51	3.7	50	83	3	228	31	27	16	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21972958--21973144	101	1.8	101	87	3	259	32	26	16	24	1.96
21976765--21976848	42	2.0	42	88	0	123	47	10	11	29	1.74
21976886--21976931	19	2.5	19	89	10	69	45	8	4	41	1.55
21981525--21981608	42	2.0	42	97	0	159	46	14	10	28	1.78
21981646--21981691	19	2.5	19	89	10	69	45	8	4	41	1.55
21989777--21989814	18	2.1	18	90	0	58	18	34	36	10	1.85
21995362--21995440	37	2.1	37	95	0	140	24	11	25	39	1.88
21998899--21998957	26	2.3	26	88	2	93	15	22	23	38	1.92
21998968--21999056	25	3.6	25	87	3	117	17	26	19	35	1.94
21999039--21999130	24	3.8	24	76	15	89	16	25	22	35	1.94
22009356--22009392	18	2.0	19	89	5	58	51	0	2	45	1.15
22016483--22016515	6	5.5	6	92	0	57	18	0	12	69	1.18
22018629--22018669	20	2.0	22	90	9	68	48	0	0	51	1.00
22018623--22018678	5	11.6	5	75	21	57	44	0	0	55	0.99
22020956--22020981	5	5.2	5	100	0	52	42	19	19	19	1.90
22021045--22021091	21	2.3	20	78	10	51	31	12	29	25	1.93
22022006--22022042	9	4.1	9	92	0	65	29	10	13	45	1.77
22027143--22027193	24	2.2	22	83	13	59	27	9	13	49	1.74
22030514--22030998	99	4.9	99	84	2	544	25	20	21	32	1.97
22030590--22030981	50	7.9	50	71	4	274	24	20	21	33	1.97
22030543--22030998	50	9.2	50	71	6	244	25	20	21	32	1.98
22031306--22031584	88	3.2	87	86	0	288	22	24	25	27	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22031377--22031520	44	3.3	43	69	7	110	23	24	27	24	2.00
22031410--22031539	44	2.9	44	67	8	102	23	26	24	25	2.00
22032903--22032946	21	2.1	21	86	0	61	15	13	0	70	1.17
22032903--22032936	13	2.5	14	90	4	52	14	14	0	70	1.17
22033757--22033826	29	2.4	30	83	7	81	5	10	4	80	1.02
22033749--22033845	15	6.6	14	75	11	63	8	7	6	78	1.09
22033791--22033853	15	4.3	15	73	18	53	11	4	7	76	1.15
22047439--22048424	44	22.5	44	63	15	166	30	19	24	25	1.98
22047299--22048750	263	5.5	264	92	0	2390	30	19	24	24	1.98
22047299--22048750	395	3.7	396	92	0	2415	30	19	24	24	1.98
22048731--22048832	44	2.3	45	86	5	136	29	20	25	24	1.99
22047299--22048750	132	11.0	132	93	0	2388	30	19	24	24	1.98
22049036--22049132	21	4.7	21	92	5	144	40	8	11	40	1.71
22049124--22049168	21	2.0	23	83	8	58	37	4	13	44	1.64
22054324--22054445	30	4.1	30	85	4	174	13	28	26	31	1.94
22056053--22056116	6	10.2	6	83	9	56	79	9	0	10	0.93
22056068--22056112	18	2.5	19	85	10	67	80	13	0	6	0.91
22058824--22058858	12	2.9	12	95	0	61	34	42	14	8	1.76
22068260--22068336	35	2.2	35	88	4	111	41	32	11	14	1.82
22072569--22072615	24	1.9	24	86	4	67	72	2	0	25	0.96
22072598--22072672	31	2.5	31	95	2	134	61	2	10	25	1.42
22084101--22084130	16	1.9	15	93	6	51	50	0	3	46	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22100192--22100525	171	1.9	172	84	4	442	32	19	10	37	1.86
22100905--22100952	24	2.0	24	87	0	69	31	12	2	54	1.49
22107815--22107847	15	2.3	15	94	5	59	57	0	0	42	0.98
22108129--22108171	21	2.0	21	90	0	68	53	4	2	39	1.34
22108149--22108199	26	2.0	26	92	7	86	47	3	0	49	1.20
22123266--22123340	35	2.1	35	100	0	150	44	13	10	32	1.78
22131013--22131043	15	2.1	15	100	0	62	35	19	0	45	1.51
22133287--22133313	11	2.5	11	100	0	54	22	7	18	51	1.70
22134708--22134902	93	2.1	92	86	4	277	44	4	4	47	1.43
22134935--22134968	17	2.0	17	94	0	59	44	5	0	50	1.26

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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