genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  67659327

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
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This is table  4  of  216  ( 25871 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1268987--1269202	101	2.2	101	94	1	391	44	3	4	47	1.39
1269006--1269166	26	6.2	26	69	18	95	42	1	3	52	1.28
1269288--1269339	18	2.9	17	91	5	68	40	1	1	55	1.22
1269568--1269620	16	3.3	15	79	10	52	24	26	3	45	1.70
1269575--1269621	16	2.9	16	80	0	58	25	27	2	44	1.65
1272344--1272383	20	2.0	21	95	5	73	67	5	0	27	1.11
1272504--1272547	21	2.2	20	83	4	52	63	0	6	29	1.20
1272570--1272615	21	2.2	21	88	7	67	71	0	4	23	1.03
1272570--1272623	21	2.7	19	83	11	63	68	0	5	25	1.11
1273689--1273766	19	4.3	19	65	22	51	48	7	2	41	1.45
1273689--1273860	86	2.0	85	85	10	235	47	6	5	40	1.51
1273849--1273888	17	2.4	17	87	8	55	45	7	15	32	1.74
1273906--1273962	16	3.6	16	87	0	78	43	3	3	49	1.36
1273936--1273997	23	2.7	23	87	5	81	46	1	1	50	1.20
1275374--1275521	46	3.3	46	87	2	221	29	21	14	34	1.93
1275461--1275583	62	2.0	64	90	6	198	30	21	11	35	1.89
1284619--1284683	32	2.0	32	93	0	112	33	18	12	35	1.88
1292869--1292918	4	12.5	4	89	0	64	42	0	6	52	1.26
1292869--1292918	6	8.3	6	86	0	64	42	0	6	52	1.26
1292869--1292918	10	5.0	10	87	0	64	42	0	6	52	1.26
1297297--1297764	120	3.9	120	98	0	893	43	2	6	47	1.41
1297912--1298002	45	2.0	45	85	2	121	37	28	6	27	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1297983--1298051	16	4.2	16	88	3	111	36	36	1	26	1.66
1297983--1298051	33	2.1	32	91	2	111	36	36	1	26	1.66
1299954--1300022	35	2.0	35	83	11	88	44	4	4	46	1.43
1306239--1306273	17	2.0	18	94	5	63	65	0	34	0	0.93
1309784--1309858	36	2.1	36	100	0	150	26	8	13	52	1.68
1310911--1310987	31	2.5	32	80	6	86	41	1	6	50	1.36
1311442--1311488	23	2.0	23	100	0	94	34	21	8	36	1.84
1311661--1311963	161	1.9	163	87	2	450	43	15	7	33	1.75
1313526--1314276	297	2.5	296	82	6	863	29	8	20	41	1.82
1322444--1322505	31	2.0	31	90	0	97	45	4	9	40	1.58
1330488--1330523	15	2.4	15	90	0	54	72	11	2	13	1.23
1332646--1333428	88	8.9	88	94	1	1297	27	22	24	25	2.00
1334140--1334174	17	2.1	16	89	5	52	5	8	2	82	0.91
1338859--1338933	39	1.9	39	100	0	150	34	18	21	25	1.96
1343177--1343207	15	2.1	15	100	0	62	25	22	0	51	1.48
1344765--1344812	24	2.0	24	100	0	96	16	20	12	50	1.78
1345825--1345894	34	2.1	34	100	0	140	28	5	14	51	1.65
1353955--1354001	21	2.2	21	100	0	94	53	0	12	34	1.39
1354987--1355011	13	1.9	13	100	0	50	56	8	12	24	1.62
1363930--1364106	59	3.1	58	80	8	209	35	15	11	37	1.84
1365335--1365384	27	1.9	27	84	15	70	48	0	20	32	1.50
1365331--1365388	25	2.4	23	76	23	57	46	0	18	34	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1368725--1368753	6	4.8	6	100	0	58	0	0	68	31	0.89
1371765--1371800	17	2.1	17	100	0	72	47	0	5	47	1.25
1375770--1376340	60	9.6	60	82	4	586	23	18	18	39	1.92
1375818--1376340	119	4.4	119	81	5	479	23	19	18	39	1.92
1375770--1376340	239	2.4	238	82	5	679	23	18	18	39	1.92
1375770--1376340	299	1.9	298	85	4	792	23	18	18	39	1.92
1393913--1393994	30	2.8	28	75	12	67	26	9	6	57	1.54
1398865--1398945	41	2.0	41	92	4	137	35	13	19	30	1.91
1406996--1407380	89	4.2	90	79	6	400	46	17	6	29	1.74
1407025--1407362	182	1.9	181	86	0	487	46	17	7	28	1.75
1408099--1408128	14	2.1	14	93	0	51	30	13	3	53	1.56
1408848--1408895	24	2.0	24	87	4	69	31	8	18	41	1.80
1414674--1414714	15	2.8	15	82	10	50	58	2	0	39	1.11
1415391--1415415	13	1.9	13	100	0	50	48	20	8	24	1.76
1417015--1417073	29	1.9	32	83	10	79	44	13	0	42	1.44
1417545--1417616	23	3.2	23	73	9	67	40	1	4	54	1.28
1417628--1417762	67	1.9	71	85	8	188	53	3	5	37	1.43
1417935--1417975	13	3.1	14	75	13	50	51	0	2	46	1.14
1418371--1418414	20	2.2	20	84	8	54	9	6	2	81	0.94
1425623--1425688	31	2.1	31	100	0	132	45	12	9	33	1.73
1445975--1446008	17	2.0	17	94	0	59	29	14	14	41	1.86
1446902--1446943	21	2.0	21	85	0	57	42	0	16	40	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1447506--1447564	24	2.5	24	91	0	100	16	30	20	32	1.95
1449747--1449818	36	2.0	36	97	0	135	25	12	29	33	1.92
1452658--1452689	16	2.0	17	88	11	50	31	0	0	68	0.90
1454033--1454097	14	4.5	14	86	5	94	38	12	9	40	1.75
1454095--1454134	20	2.0	20	90	0	62	27	10	12	50	1.72
1454080--1454146	34	1.9	35	90	3	109	31	8	13	46	1.74
1458417--1458503	45	1.9	45	85	0	120	25	29	9	35	1.87
1461434--1461623	63	3.0	62	86	3	263	24	27	10	37	1.88
1462491--1462524	17	2.1	17	88	5	52	2	41	0	55	1.15
1462506--1462544	21	1.9	21	89	5	62	5	43	0	51	1.24
1466663--1466745	3	27.0	3	72	18	64	33	4	2	59	1.32
1466671--1466745	19	3.9	20	75	13	68	34	4	2	58	1.31
1467103--1467140	4	9.2	4	83	16	51	21	5	0	73	1.02
1468298--1468362	20	3.2	20	77	16	62	35	9	3	52	1.49
1468456--1468495	20	2.0	20	85	0	53	37	10	2	50	1.50
1468616--1468709	29	3.1	28	70	19	82	30	12	1	55	1.44
1468591--1468714	61	2.2	59	84	10	159	32	12	0	54	1.43
1468612--1468739	61	2.1	60	80	9	143	30	13	2	53	1.52
1483455--1483503	23	2.0	26	84	15	68	34	4	2	59	1.28
1484917--1485219	50	5.8	50	83	9	374	20	30	22	25	1.98
1484917--1485217	110	2.9	100	88	6	406	20	30	22	25	1.99
1485087--1485212	60	2.1	60	95	0	225	22	28	22	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1485314--1485344	13	2.4	13	94	0	53	54	12	0	32	1.38
1496636--1496671	18	1.9	18	88	5	54	47	5	25	22	1.73
1508920--1508946	2	13.5	2	100	0	54	51	0	48	0	1.00
1519807--1519963	78	2.0	78	100	0	314	31	14	24	30	1.94
1525617--1525656	18	2.2	18	86	8	55	67	2	0	30	1.04
1530313--1530348	17	2.1	17	100	0	72	22	0	22	55	1.44
1535491--1535533	19	2.2	20	88	12	63	25	4	0	69	1.07
1537495--1537565	30	2.4	30	95	0	124	30	16	0	52	1.45
1545402--1545444	17	2.3	20	88	11	65	30	4	0	65	1.13
1547449--1547474	5	5.2	5	100	0	52	19	19	19	42	1.90
1550921--1551068	37	4.0	37	94	0	251	27	20	13	38	1.90
1556242--1556363	64	1.9	63	83	6	156	48	7	17	27	1.73
1558994--1559032	19	2.0	20	90	5	62	74	12	0	12	1.08
1559005--1559079	20	3.6	20	72	18	64	78	8	4	9	1.07
1559006--1559099	43	2.1	43	90	5	143	76	8	5	9	1.15
1559053--1559133	29	2.8	29	81	12	103	72	7	6	13	1.25
1559503--1559535	7	4.9	7	85	7	50	69	0	15	15	1.19
1559506--1559530	13	1.9	13	100	0	50	64	0	20	16	1.30
1560758--1560930	87	2.0	87	90	0	274	28	18	25	27	1.98
1560903--1560961	29	2.0	29	86	0	82	22	27	20	30	1.98
1560816--1561032	116	1.9	116	87	0	317	26	22	23	27	1.99
1561166--1561268	44	2.3	44	79	9	113	33	12	25	29	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1571954--1571997	22	2.0	22	90	0	70	29	2	13	54	1.51
1573195--1573226	3	10.7	3	100	0	64	31	0	0	68	0.90
1579771--1579857	7	11.9	7	71	11	50	36	4	2	56	1.33
1593127--1593166	21	2.0	21	90	5	64	35	0	2	62	1.09
1594066--1594100	3	11.3	3	87	6	52	0	5	31	62	1.18
1598093--1598267	44	4.1	44	74	9	148	25	19	24	31	1.98
1598286--1599015	131	5.5	131	92	2	1181	25	24	20	29	1.99
1598237--1599013	44	17.7	44	67	13	282	25	24	20	29	1.99
1599504--1599591	45	1.9	46	88	2	133	50	9	13	27	1.72
1600353--1600422	12	5.9	12	75	17	58	1	2	15	80	0.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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