genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.94.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  67659327

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29137810--29137863	25	2.2	25	93	0	90	22	12	48	16	1.80
29139360--29139503	27	5.3	27	85	5	184	38	18	16	26	1.91
29141325--29141368	23	2.0	22	81	4	52	20	11	4	63	1.44
29143891--29143924	17	1.9	18	88	5	52	26	11	8	52	1.67
29152438--29152493	28	1.9	29	85	7	78	39	28	14	17	1.89
29152735--29152942	27	7.7	27	84	6	210	20	17	18	44	1.87
29152734--29152942	54	3.9	54	86	5	235	20	17	18	44	1.87
29157845--29158067	104	2.2	103	92	2	367	17	18	31	31	1.95
29157987--29158137	71	2.1	72	91	2	243	23	16	29	30	1.96
29165474--29165525	27	1.9	27	96	0	95	13	25	32	28	1.93
29165398--29165620	103	2.2	104	92	2	369	17	19	31	31	1.95
29165650--29165701	26	2.0	26	92	0	86	15	21	34	28	1.94
29165539--29165689	72	2.1	72	91	2	243	23	16	29	30	1.96
29170041--29170240	27	7.5	27	84	1	233	17	16	19	47	1.83
29170041--29170240	54	3.7	54	87	2	278	17	16	19	47	1.83
29170041--29170236	107	1.8	107	91	0	320	17	14	19	47	1.82
29177768--29177804	18	2.1	18	100	0	74	27	10	32	29	1.90
29179393--29179519	20	6.3	20	74	4	121	11	31	21	36	1.88
29179396--29179514	60	2.0	60	83	3	150	10	32	21	35	1.87
29181752--29181937	50	3.7	50	80	2	196	27	23	25	23	2.00
29184772--29184826	25	2.2	25	80	6	67	20	34	12	32	1.90
29187678--29187706	14	2.1	14	100	0	58	58	0	6	34	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29196518--29196573	25	2.2	25	80	0	67	42	16	19	21	1.89
29196530--29196577	25	1.9	25	95	0	87	37	18	20	22	1.94
29197552--29197816	100	2.6	100	83	7	293	25	27	18	27	1.98
29197481--29197818	50	6.7	50	79	3	248	26	27	18	27	1.98
29201880--29201975	50	1.9	50	84	0	129	27	22	29	20	1.99
29201903--29202023	49	2.4	49	81	6	138	29	19	27	23	1.98
29202235--29202273	20	2.0	20	90	10	62	56	5	23	15	1.59
29205618--29205762	50	2.9	50	86	0	191	29	20	27	22	1.98
29205726--29205853	49	2.6	49	88	0	193	34	19	21	25	1.96
29206050--29206089	20	2.0	20	90	9	64	55	5	25	15	1.60
29213355--29213497	50	2.9	50	79	0	160	28	20	29	20	1.98
29213751--29213789	20	2.0	20	90	10	62	56	5	23	15	1.59
29216713--29216889	54	3.3	54	90	1	257	41	15	12	30	1.85
29216778--29216870	19	5.1	19	68	12	68	45	15	11	27	1.81
29221698--29221805	25	4.3	25	87	0	153	25	28	14	31	1.95
29238228--29238265	18	2.2	18	85	4	51	10	23	47	18	1.79
29243218--29243258	18	2.3	19	83	12	59	17	21	41	19	1.90
29246600--29246647	22	2.2	21	82	14	53	50	4	10	35	1.56
29252184--29252258	23	3.3	22	86	3	96	14	20	25	40	1.90
29259083--29259160	20	3.9	20	75	9	70	15	29	14	41	1.86
29266269--29266367	24	4.1	24	88	0	144	42	24	17	16	1.88
29269308--29269350	23	1.9	23	90	4	70	25	51	4	18	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29269556--29269730	27	6.5	27	78	2	181	36	14	15	33	1.88
29269556--29269728	54	3.2	54	88	0	247	36	13	15	34	1.87
29269832--29269905	23	3.2	23	88	0	112	21	31	29	17	1.96
29270924--29271025	32	3.2	32	70	20	95	38	21	20	19	1.94
29271332--29271696	27	13.6	27	79	6	330	22	21	19	36	1.95
29271313--29271696	80	4.8	81	77	8	311	22	22	19	36	1.95
29271312--29271619	134	2.3	132	80	10	326	23	22	18	35	1.96
29271312--29271695	161	2.4	161	79	7	374	22	21	19	36	1.95
29279561--29279623	28	2.2	28	82	0	72	33	23	22	20	1.97
29279569--29279625	28	2.0	28	86	0	78	31	24	24	19	1.98
29279833--29280098	32	8.3	32	74	3	196	37	21	19	21	1.94
29279859--29280098	96	2.5	95	77	6	252	38	22	18	20	1.94
29280139--29280302	27	6.1	27	76	9	122	24	21	18	35	1.95
29280238--29280313	27	2.8	27	83	0	107	21	21	19	38	1.94
29281755--29281788	17	2.0	17	88	0	50	50	14	20	14	1.78
29282472--29282673	100	2.0	100	95	0	359	29	13	14	42	1.84
29284740--29284777	6	6.5	6	93	6	69	34	15	0	50	1.45
29292306--29292362	28	2.0	28	82	0	69	26	26	22	24	2.00
29302878--29302907	6	4.8	6	92	8	51	30	0	0	70	0.88
29303050--29303075	3	8.7	3	100	0	52	0	30	0	69	0.89
29310908--29311005	27	3.6	27	82	5	108	27	15	27	29	1.96
29312803--29312856	20	2.7	21	77	8	67	38	16	22	22	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29332641--29332738	33	3.0	33	86	0	142	40	8	22	28	1.82
29339007--29339296	114	2.6	114	82	4	313	19	31	10	37	1.86
29342855--29342993	63	2.2	61	83	9	167	29	9	19	41	1.82
29347171--29347253	42	2.0	42	97	0	157	39	9	18	32	1.83
29351288--29351426	63	2.2	61	81	9	158	29	8	19	42	1.81
29352162--29352215	18	3.1	18	82	12	67	68	5	18	7	1.33
29355871--29356061	40	4.8	40	88	0	283	37	17	30	14	1.89
29355887--29356058	20	8.6	20	68	10	109	36	17	30	15	1.91
29357331--29357907	43	13.3	43	78	4	487	38	23	17	20	1.93
29359990--29360225	116	2.0	117	99	0	465	43	17	13	24	1.86
29362423--29362555	23	5.8	23	88	0	185	32	27	21	18	1.97
29362423--29362555	69	1.9	69	90	0	212	32	27	21	18	1.97
29364346--29364425	38	2.1	38	97	0	151	58	10	3	27	1.47
29369675--29369732	24	2.3	26	82	8	66	31	6	10	51	1.62
29374842--29374878	9	4.1	9	96	0	65	48	10	8	32	1.67
29375494--29375563	18	3.8	18	69	10	52	40	2	0	57	1.14
29376674--29376726	11	5.3	11	74	21	53	39	0	1	58	1.09
29376818--29376878	26	2.5	24	76	10	68	47	0	3	49	1.18
29376844--29376875	17	1.9	17	93	6	57	43	0	3	53	1.16
29376891--29376930	17	2.3	17	91	4	62	75	7	12	5	1.18
29377328--29377374	22	2.0	23	84	12	60	42	0	27	29	1.56
29379301--29379356	22	2.5	22	82	0	58	66	14	8	10	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29392237--29392287	26	2.0	26	96	0	93	47	9	21	21	1.79
29397742--29397769	12	2.3	12	100	0	56	32	17	14	35	1.90
29398419--29398703	139	2.1	139	91	0	464	44	5	8	41	1.59
29398679--29398827	74	2.0	75	90	3	239	29	14	9	46	1.76
29399439--29399496	27	2.1	27	100	0	116	32	22	6	37	1.81
29404553--29404586	17	2.0	17	88	11	52	52	0	23	23	1.47
29408105--29408134	10	3.0	10	90	0	51	10	0	26	63	1.26
29408388--29408425	20	1.9	20	94	0	67	42	7	5	44	1.56
29412318--29412450	40	3.4	39	76	7	135	25	17	24	32	1.97
29418502--29418531	10	3.0	10	90	0	51	10	0	26	63	1.26
29421534--29421784	53	4.7	54	91	1	357	19	17	19	43	1.89
29421534--29421784	27	9.5	26	84	3	313	19	17	19	43	1.89
29425539--29425587	17	2.6	19	84	12	57	51	0	2	46	1.12
29427439--29427477	20	1.9	21	84	5	53	10	10	25	53	1.66
29427808--29427846	20	1.9	21	84	5	53	10	10	25	53	1.66
29427334--29428075	369	2.0	369	97	0	1412	29	18	13	38	1.89
29428489--29428517	12	2.3	13	94	5	51	20	6	6	65	1.40
29442869--29443022	43	3.7	42	79	4	141	29	16	25	27	1.97
29445400--29445453	23	2.3	23	90	0	81	38	31	3	25	1.74
29453120--29453169	23	2.2	24	80	20	63	58	6	0	36	1.23
29454520--29454817	31	9.7	31	86	2	406	43	17	9	29	1.80
29454520--29454828	61	5.0	61	89	0	447	44	17	9	28	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29462049--29462463	31	13.5	31	88	3	599	43	17	9	28	1.80
29462046--29462474	61	7.0	61	91	2	655	44	17	9	28	1.80
29464744--29464845	42	2.4	43	83	1	125	24	17	25	32	1.97
29469688--29469727	14	2.9	14	84	0	53	32	7	17	42	1.77
29469711--29469750	20	2.0	20	90	0	62	27	10	12	50	1.72
29469696--29469762	34	1.9	35	90	3	109	31	8	13	46	1.74
29469690--29469766	14	5.0	15	71	20	52	32	9	15	42	1.78
29469859--29469886	14	2.0	14	100	0	56	42	0	0	57	0.99
29470099--29470220	39	3.3	39	66	21	116	42	22	9	25	1.83
29470077--29470220	72	2.0	72	98	0	279	43	21	9	26	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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