genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.29.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  67659327

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8428513--8428981	123	3.7	123	78	5	492	30	16	24	28	1.96
8428631--8428765	51	2.6	51	77	0	144	31	16	25	27	1.96
8428698--8428845	80	1.9	80	86	0	215	29	18	23	28	1.98
8428522--8428981	254	1.8	254	87	0	688	29	16	24	28	1.97
8430343--8430490	37	4.0	37	95	0	260	39	13	19	27	1.89
8430452--8430575	46	2.8	46	91	3	200	33	16	22	28	1.95
8438004--8438237	46	5.6	43	82	13	235	35	14	21	28	1.93
8438042--8438152	37	3.0	37	93	0	186	38	13	19	27	1.90
8439524--8439902	169	2.2	169	86	4	541	29	18	26	25	1.98
8440069--8440241	89	1.9	89	85	2	240	32	23	20	23	1.98
8442454--8442493	21	2.0	21	90	5	64	60	5	0	35	1.19
8444157--8444200	21	2.1	21	100	0	88	50	4	18	27	1.66
8448508--8448549	18	2.2	20	87	8	61	42	0	2	54	1.13
8448507--8448546	17	2.3	18	82	4	55	40	0	5	55	1.22
8460631--8460688	29	2.1	29	83	6	75	50	0	3	46	1.18
8460717--8460755	17	2.2	18	90	4	62	48	0	0	51	1.00
8461800--8461844	21	2.2	21	84	4	56	6	11	20	62	1.50
8461800--8461839	21	1.9	21	89	0	62	7	10	22	60	1.54
8463044--8463073	7	4.3	7	100	0	60	73	0	0	26	0.84
8463068--8463105	10	3.9	10	82	3	51	71	5	0	23	1.07
8463066--8463112	20	2.3	20	82	10	60	68	4	0	27	1.08
8468480--8468523	17	2.5	19	75	17	58	22	2	11	63	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8469008--8469066	31	1.9	31	82	0	73	35	16	20	27	1.94
8470060--8470089	16	1.9	15	93	6	51	73	0	6	20	1.05
8474583--8474638	28	2.0	28	100	0	112	21	14	32	32	1.93
8474708--8474736	12	2.3	13	94	5	51	20	6	6	65	1.40
8487729--8487787	32	1.9	32	86	6	86	30	23	10	35	1.88
8488833--8488993	63	2.5	62	85	6	225	24	23	22	29	1.99
8491818--8492252	215	2.0	217	96	0	802	40	17	13	27	1.88
8494673--8495846	390	3.0	392	97	0	2212	46	18	13	21	1.83
8497767--8497805	18	2.2	18	90	0	60	46	12	17	23	1.83
8497899--8497938	18	2.2	19	86	4	55	40	20	12	27	1.88
8500674--8500716	15	2.9	15	76	13	52	23	30	16	30	1.96
8500666--8500803	30	4.7	30	77	6	111	26	29	18	26	1.98
8500705--8500797	15	6.4	14	73	13	71	27	30	18	23	1.98
8500689--8500799	44	2.5	44	86	4	143	27	30	18	23	1.98
8509626--8509783	81	2.0	81	86	5	221	41	20	8	29	1.81
8521006--8521039	17	2.0	17	100	0	68	41	11	23	23	1.87
8521667--8521763	29	3.3	29	75	1	86	39	18	15	26	1.91
8525439--8525726	144	2.0	144	99	0	567	32	11	16	39	1.84
8534123--8534241	57	2.1	56	83	7	150	45	6	17	30	1.74
8534227--8534251	6	4.2	6	100	0	50	68	0	16	16	1.22
8536073--8536157	44	1.9	45	85	2	118	29	7	27	36	1.83
8536303--8536357	15	3.4	16	80	16	53	54	1	0	43	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8536309--8536357	16	2.9	18	80	20	61	55	0	0	44	0.99
8536217--8536693	156	3.1	156	98	0	909	43	3	6	46	1.45
8536459--8536513	15	3.4	16	80	16	53	54	1	0	43	1.10
8536243--8536811	156	3.8	146	90	5	728	44	3	5	46	1.43
8536465--8536513	16	2.9	18	80	20	61	55	0	0	44	0.99
8536249--8536619	51	7.2	52	64	20	136	44	3	5	46	1.44
8536635--8536669	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
8536573--8536851	137	2.0	135	80	6	312	46	5	3	45	1.42
8547791--8547852	32	1.9	32	96	0	115	38	22	9	29	1.86
8550887--8550938	3	17.3	3	84	7	70	61	3	1	32	1.25
8554753--8554785	8	4.2	8	96	3	59	24	0	0	75	0.80
8558526--8558562	15	2.6	15	87	8	51	75	0	2	21	0.92
8561724--8561756	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
8562480--8562710	96	2.4	96	84	3	304	38	3	19	38	1.69
8562743--8563033	126	2.3	126	95	0	519	31	19	22	25	1.98
8568300--8568348	22	2.2	21	82	10	62	48	0	28	22	1.50
8568300--8568348	11	4.5	10	78	16	53	48	0	28	22	1.50
8570857--8570889	10	3.4	10	87	4	50	54	0	45	0	0.99
8572171--8572196	12	2.2	12	100	0	52	46	0	7	46	1.31
8582149--8582182	12	2.8	12	90	0	59	23	41	0	35	1.55
8593867--8593911	22	2.1	22	87	4	65	20	22	24	33	1.97
8595630--8595669	21	1.9	21	84	0	53	32	12	22	32	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8600705--8600819	42	2.7	42	75	15	112	30	25	19	25	1.98
8602302--8602465	43	3.9	43	75	7	138	30	23	15	30	1.95
8619389--8619429	21	2.0	21	85	9	57	43	0	34	21	1.53
8619467--8619503	9	4.1	9	89	0	56	29	8	13	48	1.71
8619701--8619740	14	2.9	14	84	0	53	32	7	17	42	1.77
8623355--8623420	4	15.2	4	81	12	69	74	0	25	0	0.82
8623357--8623412	5	12.4	5	83	9	52	76	0	23	0	0.78
8623357--8623423	22	3.1	21	83	12	82	76	0	23	0	0.79
8623357--8623421	9	7.3	9	80	14	73	75	0	24	0	0.81
8623550--8624023	100	4.6	101	83	5	533	28	0	14	56	1.43
8623654--8623805	50	3.0	49	68	17	141	24	0	15	59	1.40
8623550--8624023	203	2.3	204	84	5	580	28	0	14	56	1.43
8623550--8624023	103	4.6	103	84	4	546	28	0	14	56	1.43
8624245--8624319	21	3.5	20	71	10	51	30	4	5	60	1.38
8626078--8626117	6	6.7	6	88	0	62	32	30	35	2	1.71
8626484--8626651	48	3.5	48	76	12	159	44	9	10	35	1.71
8630270--8630478	111	1.9	114	93	3	370	59	13	0	26	1.39
8641428--8641462	2	17.5	2	100	0	70	51	48	0	0	1.00
8641755--8641791	3	12.3	3	94	0	65	32	32	0	35	1.58
8646131--8646185	29	2.0	27	82	13	67	60	10	14	14	1.60
8649622--8649677	30	1.9	28	82	13	69	60	10	14	14	1.58
8654055--8654103	24	2.0	24	100	0	98	40	8	14	36	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8675051--8675093	21	2.0	23	81	9	54	44	11	11	32	1.77
8675130--8675169	20	2.0	21	90	5	64	70	10	7	12	1.35
8677910--8678054	34	4.3	34	86	3	175	41	13	22	22	1.89
8678307--8678344	14	2.8	13	92	7	67	36	10	5	47	1.61
8680268--8680311	17	2.6	17	85	0	61	29	20	15	34	1.94
8683012--8683046	18	1.9	18	88	0	52	42	5	40	11	1.65
8687922--8687965	16	2.6	18	78	10	56	45	0	29	25	1.54
8690047--8690084	20	1.9	20	100	0	76	5	26	15	52	1.64
8692693--8692776	29	2.7	31	80	7	91	29	14	10	45	1.78
8693888--8694296	203	2.0	203	94	0	719	33	9	22	34	1.87
8696748--8696975	41	5.6	41	90	1	368	28	20	28	22	1.98
8696748--8696976	81	2.8	81	91	1	377	28	20	28	22	1.98
8696748--8696971	122	1.8	122	94	0	394	28	20	28	22	1.99
8697150--8697218	34	2.0	35	83	11	88	31	10	23	34	1.88
8706272--8706348	30	2.6	30	89	0	118	42	18	11	27	1.84
8711926--8711975	25	2.0	25	100	0	100	40	16	20	24	1.91
8716075--8716104	7	4.1	7	95	4	51	13	0	33	53	1.40
8719757--8719791	6	5.8	6	90	10	54	0	2	28	68	1.04
8719757--8719791	11	2.9	12	87	12	54	0	2	28	68	1.04
8719757--8719791	17	2.0	18	94	5	63	0	2	28	68	1.04
8725266--8725343	39	2.0	39	84	0	102	46	20	3	29	1.68
8728072--8728105	7	4.9	7	100	0	68	14	0	41	44	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8729445--8729504	21	2.8	22	80	5	61	45	18	8	28	1.78
8759757--8759878	60	2.0	60	96	0	226	28	9	17	44	1.80
8768535--8768574	19	2.0	20	85	9	55	35	0	20	45	1.51
8769717--8769803	3	29.0	3	100	0	174	0	33	0	66	0.92
8773108--8773161	28	1.9	28	92	0	90	7	31	5	55	1.51
8777418--8777520	28	3.5	28	72	10	89	32	6	16	44	1.74
8790591--8790663	27	2.6	26	79	12	65	57	5	4	32	1.41
8790611--8790667	30	1.9	30	89	7	89	57	3	3	35	1.33
8790831--8790874	17	2.6	17	85	3	63	47	0	11	40	1.39
8791888--8791975	44	2.0	44	82	4	106	21	26	20	31	1.98

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