genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.193.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  67659327

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   

This is table  193  of  216  ( 25871 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60206556--60206608	19	2.9	18	75	8	54	52	0	3	43	1.19
60207436--60207461	5	5.2	5	100	0	52	23	0	57	19	1.40
60210441--60210516	37	2.0	38	87	12	113	32	1	0	65	1.01
60210472--60210527	26	2.2	26	86	0	76	26	1	5	66	1.23
60215611--60215679	27	2.5	28	83	6	88	24	4	20	50	1.66
60217069--60217108	14	2.9	14	84	0	53	42	17	7	32	1.77
60221363--60221401	20	2.0	19	85	5	51	51	23	15	10	1.73
60229766--60229793	14	2.0	14	100	0	56	42	7	14	35	1.73
60233223--60233263	20	2.0	20	90	0	64	48	7	7	36	1.59
60233577--60233622	24	2.0	23	86	4	65	26	2	6	65	1.28
60233878--60233913	13	2.8	13	86	0	54	47	0	2	50	1.15
60233907--60233940	16	2.1	17	94	5	61	41	8	0	50	1.34
60236623--60237206	31	18.8	31	72	12	358	33	7	16	43	1.75
60236623--60237182	61	9.0	62	72	10	381	33	7	16	42	1.75
60236677--60236760	41	2.0	41	83	0	105	33	3	19	44	1.68
60236728--60237206	92	5.2	91	83	2	568	33	7	15	43	1.75
60239990--60240037	25	2.0	24	87	4	69	37	20	25	16	1.93
60239986--60240075	24	3.7	25	80	5	96	37	17	26	17	1.93
60240245--60240300	24	2.3	24	96	0	103	32	12	35	19	1.89
60247322--60247601	46	6.6	45	80	16	330	34	14	22	28	1.93
60247358--60247558	36	5.0	36	77	20	195	36	15	19	28	1.93
60247441--60247600	82	2.0	79	92	3	266	35	15	20	28	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60247333--60247601	128	2.1	126	94	2	468	35	14	21	28	1.93
60247829--60247869	20	2.0	20	86	9	57	29	17	12	41	1.85
60248205--60248249	8	5.9	8	89	10	76	46	0	0	53	1.00
60248376--60248407	17	1.9	17	93	6	57	43	0	3	53	1.16
60248423--60248462	17	2.3	17	86	4	53	72	7	15	5	1.24
60249387--60249474	39	2.2	40	84	6	108	35	4	19	40	1.72
60249649--60249731	39	2.2	39	84	6	107	20	20	20	38	1.94
60249676--60249826	45	3.3	45	87	0	212	19	19	21	39	1.92
60249649--60249822	45	4.2	39	76	15	136	20	20	21	37	1.94
60252610--60252733	57	2.1	58	85	2	160	28	19	6	45	1.74
60259975--60260013	21	1.9	20	84	5	51	53	0	5	41	1.23
60261427--60261451	12	2.1	12	100	0	50	60	8	0	32	1.26
60264483--60264615	50	2.6	51	83	1	169	36	10	28	24	1.89
60267728--60267771	20	2.1	22	84	16	58	68	9	9	13	1.40
60270080--60270253	35	5.2	33	80	8	199	43	17	21	18	1.88
60270083--60270253	67	2.6	67	93	0	279	42	17	21	18	1.89
60270516--60270549	14	2.5	13	86	9	50	44	8	2	44	1.50
60271601--60271645	20	2.1	22	84	12	58	13	11	8	66	1.44
60276187--60276223	17	2.2	17	95	0	65	81	0	18	0	0.70
60278959--60279012	28	2.0	27	85	3	72	35	7	29	27	1.84
60282188--60282231	23	1.9	23	81	9	54	59	15	18	6	1.58
60285378--60285411	15	2.3	15	100	0	68	14	11	14	58	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60289964--60290309	96	3.6	96	84	1	451	21	17	20	40	1.92
60290234--60290389	81	1.9	80	90	5	251	17	17	22	41	1.90
60290135--60290714	177	3.3	177	91	2	932	20	17	21	41	1.91
60290415--60290566	81	1.9	81	84	5	209	19	17	21	42	1.90
60290588--60290749	81	2.0	82	85	3	220	21	19	18	40	1.91
60290687--60290823	69	2.0	69	86	2	195	19	19	18	42	1.90
60290756--60290958	96	2.1	96	85	1	264	21	20	16	41	1.90
60301277--60301322	24	1.9	24	90	0	74	36	4	8	50	1.53
60303534--60303829	159	1.9	158	86	2	423	32	20	19	28	1.97
60308780--60308926	13	11.2	13	70	17	81	25	12	8	53	1.65
60308791--60308916	12	9.9	12	68	17	67	26	12	7	52	1.67
60308842--60308887	23	2.0	22	91	4	74	21	13	10	54	1.69
60311016--60311069	24	2.2	24	86	0	72	38	0	5	55	1.23
60311513--60311552	19	2.1	19	100	0	80	30	32	10	27	1.89
60311734--60311784	24	2.1	24	85	7	68	62	7	0	29	1.23
60312725--60313205	114	4.2	114	89	0	703	23	20	26	29	1.99
60313753--60313786	14	2.3	15	90	5	52	38	0	26	35	1.57
60313809--60313848	14	2.9	14	88	0	53	20	0	45	35	1.51
60313820--60313859	7	6.0	7	85	11	57	17	0	52	30	1.45
60313821--60313859	12	3.1	12	88	7	51	17	0	51	30	1.46
60313828--60313865	19	2.0	19	89	0	58	18	0	47	34	1.49
60313972--60314139	89	2.0	84	81	10	198	26	2	28	42	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60314188--60314241	21	2.6	21	72	21	51	50	1	5	42	1.36
60314236--60314279	9	4.7	9	79	20	54	59	0	9	31	1.29
60314231--60314265	17	2.1	16	94	5	61	57	0	8	34	1.29
60314231--60314264	8	4.2	8	89	10	52	55	0	8	35	1.31
60314253--60314277	12	2.1	12	100	0	50	68	0	8	24	1.16
60314244--60314288	20	2.3	20	88	3	65	64	2	6	26	1.30
60314282--60314331	18	2.7	19	79	20	61	76	4	2	18	1.04
60314316--60314414	47	2.1	48	84	1	128	43	9	2	45	1.47
60315705--60315793	6	14.8	6	100	0	178	33	0	15	50	1.45
60316620--60316663	18	2.4	19	84	3	54	13	15	13	56	1.67
60316667--60316715	7	6.9	7	88	4	71	4	14	10	71	1.27
60316665--60316715	21	2.4	22	96	3	95	5	13	9	70	1.32
60317237--60317278	13	3.2	13	86	0	57	40	9	2	47	1.49
60317419--60317738	9	35.8	9	71	15	202	45	20	2	32	1.64
60317485--60317608	34	3.6	33	75	16	85	47	22	2	27	1.64
60317562--60317681	53	2.3	51	80	10	143	46	21	1	30	1.61
60317645--60317749	25	4.2	26	78	9	119	44	18	2	34	1.64
60317485--60317749	52	5.1	50	73	13	153	45	20	2	31	1.65
60320821--60320889	21	3.3	21	89	0	75	33	18	43	4	1.70
60321274--60321499	42	5.4	41	86	4	281	26	18	19	35	1.95
60325595--60325652	30	1.9	30	92	0	98	39	3	10	46	1.55
60326068--60326105	17	2.3	17	95	4	69	63	2	0	34	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60331022--60331090	16	4.2	16	96	3	129	24	0	37	37	1.56
60331022--60331090	33	2.1	32	97	2	129	24	0	37	37	1.56
60331323--60331357	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
60331338--60331525	61	3.1	61	70	14	199	48	6	1	42	1.39
60331306--60331598	120	2.4	121	94	1	518	49	5	2	42	1.37
60331422--60331473	15	3.6	15	80	12	56	53	1	0	44	1.11
60331539--60331821	91	3.0	93	84	7	317	48	3	3	44	1.35
60331639--60331699	28	2.2	28	85	5	81	50	3	0	45	1.17
60331646--60331789	47	3.1	46	65	23	113	49	4	2	44	1.33
60331614--60331821	91	2.3	90	90	4	326	46	4	3	45	1.39
60331639--60331781	44	3.2	43	68	16	119	48	3	2	46	1.31
60331664--60331802	47	3.0	47	68	17	137	49	4	2	43	1.34
60336433--60336488	27	2.1	27	100	0	112	42	26	5	25	1.76
60339851--60339887	3	12.3	3	88	11	58	67	0	2	29	1.04
60341527--60342459	132	7.1	132	90	0	1330	25	23	19	31	1.98
60344544--60344572	15	2.0	15	93	6	51	0	20	0	79	0.74
60344626--60344664	11	3.5	11	82	6	51	5	0	10	84	0.76
60350137--60350274	43	3.3	43	62	11	113	16	15	13	54	1.72
60350099--60350303	84	2.4	84	98	0	392	21	13	16	48	1.80
60352261--60352288	3	9.3	3	100	0	56	32	0	0	67	0.91
60358851--60358898	22	2.2	22	84	0	60	12	16	6	64	1.46
60365245--60365333	20	4.2	20	71	13	61	52	15	24	6	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60365247--60365314	25	2.7	25	74	0	73	51	17	23	7	1.70
60374913--60374947	9	3.9	9	92	7	54	31	0	0	68	0.90
60374916--60374962	23	2.0	23	84	8	60	31	2	0	65	1.04
60374944--60374977	17	2.0	17	94	0	59	38	5	0	55	1.24
60377557--60377593	15	2.5	15	95	0	65	35	29	24	10	1.89
60378433--60378486	21	2.6	21	87	0	81	42	18	25	12	1.86
60400110--60400290	21	8.6	21	76	2	121	43	14	23	18	1.88
60400099--60400290	42	4.6	42	83	3	237	43	15	23	18	1.87
60400113--60400290	63	2.8	63	79	4	207	43	14	23	19	1.87
60402246--60402290	15	2.7	17	80	19	51	46	6	2	44	1.42

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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