genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  67659327

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  6  of  216  ( 25871 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1927375--1928172	86	9.2	86	90	1	842	24	23	24	28	2.00
1927552--1927687	43	3.2	43	63	15	109	24	25	24	25	2.00
1927595--1927816	43	5.2	43	60	16	109	21	19	26	31	1.97
1930786--1930811	13	2.0	13	100	0	52	15	23	23	38	1.92
1936765--1936823	30	2.0	30	96	0	109	27	16	20	35	1.94
1938624--1938846	51	4.4	51	77	4	200	29	27	17	26	1.97
1940647--1940684	18	2.0	20	85	10	53	76	5	5	13	1.13
1942524--1942577	28	2.0	28	85	3	74	61	9	11	18	1.55
1943734--1943778	23	1.9	24	86	13	67	53	8	0	37	1.32
1944410--1944437	14	2.0	14	100	0	56	21	21	21	35	1.96
1946047--1946080	17	2.0	17	88	0	50	35	0	0	64	0.94
1949107--1949138	3	11.0	3	93	6	57	0	31	0	68	0.90
1950930--1950954	4	6.2	4	100	0	50	28	0	0	72	0.86
1965054--1965103	10	5.0	10	80	0	64	42	4	44	10	1.56
1965053--1965103	20	2.5	20	100	0	102	41	5	43	9	1.62
1966010--1966141	71	1.9	71	87	3	194	45	6	6	41	1.55
1968460--1968487	12	2.3	12	100	0	56	50	0	28	21	1.49
1969517--1969547	5	6.2	5	96	0	53	25	16	0	58	1.38
1979374--1979414	22	1.9	22	85	5	57	43	4	14	36	1.67
1979755--1979846	44	2.1	44	97	0	175	25	27	9	38	1.87
1980416--1980444	12	2.3	13	94	5	51	48	0	0	51	1.00
1982161--1982218	22	2.5	22	80	5	62	34	1	3	60	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1987794--1987835	22	1.9	22	85	0	57	23	11	9	54	1.66
2006277--2006309	13	2.6	13	85	4	50	66	0	0	33	0.92
2006428--2006469	18	2.3	18	80	12	50	57	2	4	35	1.33
2006475--2006500	7	3.7	7	100	0	52	57	0	26	15	1.38
2008179--2008206	11	2.5	11	100	0	56	64	0	7	28	1.20
2008358--2008387	3	10.0	3	100	0	60	66	0	0	33	0.92
2012165--2012194	8	3.8	8	100	0	60	13	0	23	63	1.29
2012357--2012390	6	5.7	6	96	0	59	11	0	2	85	0.71
2013959--2014000	20	2.1	20	100	0	84	35	16	4	42	1.69
2015383--2015441	26	2.2	26	84	3	73	47	8	15	28	1.74
2019445--2019483	20	2.0	20	100	0	78	51	2	5	41	1.38
2020504--2020605	22	4.3	25	79	12	92	22	22	16	38	1.93
2020506--2020561	25	2.4	24	88	8	80	25	21	17	35	1.95
2020689--2020747	31	1.9	31	96	0	109	49	1	25	23	1.60
2026088--2026146	23	2.5	22	76	10	55	47	1	5	45	1.34
2028450--2028500	9	5.2	10	82	15	54	66	1	1	29	1.13
2028467--2028500	11	3.2	11	87	4	52	70	2	0	26	1.01
2028551--2028586	18	2.0	18	94	0	63	69	0	2	27	1.02
2037665--2037703	15	2.6	15	87	0	51	23	7	30	38	1.83
2053153--2053187	11	3.3	11	92	4	54	40	0	0	60	0.97
2053157--2053190	10	3.3	10	91	4	50	32	0	0	67	0.91
2053153--2053207	19	3.0	18	79	10	58	34	0	1	63	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2053153--2053207	9	5.9	9	78	18	51	34	0	1	63	1.05
2069527--2069553	11	2.5	11	100	0	54	33	0	7	59	1.25
2071115--2071146	5	6.4	5	92	0	55	43	0	15	40	1.47
2081363--2081491	69	1.9	69	85	0	177	40	15	17	26	1.90
2082254--2082430	40	4.3	41	82	9	211	32	28	15	23	1.95
2082254--2082430	81	2.2	80	85	7	232	32	28	15	23	1.95
2084854--2084979	61	2.1	61	80	5	139	46	9	2	42	1.49
2086806--2086927	61	2.0	61	100	0	244	26	19	16	37	1.93
2088817--2088843	12	2.2	12	100	0	54	7	14	25	51	1.68
2102861--2102896	17	2.1	17	89	0	54	50	0	16	33	1.46
2110365--2110638	136	2.0	135	97	0	521	28	15	22	33	1.94
2110749--2110818	34	2.1	34	100	0	140	14	42	5	37	1.69
2116165--2116221	30	1.9	30	85	3	80	19	33	33	14	1.91
2139481--2139509	6	4.8	6	100	0	58	31	17	0	51	1.45
2157614--2157658	23	2.0	23	86	4	65	37	2	0	60	1.09
2160442--2160478	18	2.1	18	89	0	56	78	13	0	8	0.96
2162776--2162830	21	2.5	22	77	16	62	74	3	0	21	0.97
2162775--2162843	30	2.2	30	82	10	77	71	2	0	26	1.00
2162820--2162855	19	1.9	18	88	5	54	52	5	0	41	1.24
2163509--2163562	26	2.1	26	89	0	81	29	29	9	31	1.88
2166043--2166095	27	2.0	27	96	0	97	24	3	22	49	1.66
2167265--2167291	10	2.7	10	100	0	54	70	0	18	11	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2169042--2169082	22	1.9	21	85	14	57	53	2	0	43	1.13
2173576--2173639	31	2.1	31	100	0	128	25	18	26	29	1.98
2174018--2174086	33	2.1	33	100	0	138	43	15	20	20	1.88
2174148--2174415	133	2.0	133	99	0	527	27	22	19	31	1.97
2184462--2184607	72	2.0	73	97	1	276	60	5	4	29	1.37
2195427--2195496	3	23.3	3	100	0	140	67	0	0	32	0.91
2197906--2197980	23	3.3	23	96	0	132	17	21	28	33	1.96
2205281--2205354	23	3.3	22	94	3	121	17	21	28	32	1.96
2216237--2216467	33	6.6	33	70	22	150	34	27	18	19	1.95
2216158--2216367	76	2.8	76	87	4	300	33	27	18	20	1.96
2216268--2216499	102	2.3	102	93	2	385	31	28	20	19	1.97
2219500--2219648	45	3.3	45	82	1	183	24	18	16	40	1.91
2219821--2219863	19	2.2	20	80	12	54	51	0	16	32	1.45
2222190--2222275	25	3.4	26	74	17	83	23	20	19	36	1.95
2225520--2225570	13	3.9	13	77	10	59	60	1	0	37	1.08
2229559--2230875	263	5.0	263	99	0	2591	27	25	18	28	1.98
2236096--2236124	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
2240134--2240197	30	2.2	29	89	10	105	31	1	0	67	1.00
2240153--2240241	42	2.1	43	85	10	121	37	1	0	61	1.03
2240145--2240242	30	3.2	31	83	11	112	35	1	0	63	1.02
2241320--2241376	29	1.9	30	82	3	71	42	8	7	42	1.63
2241358--2241397	21	1.9	21	84	0	53	37	7	7	47	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2241830--2242338	106	4.8	105	88	2	686	32	18	19	29	1.96
2241830--2242320	211	2.3	210	87	4	695	31	18	19	29	1.96
2243057--2243091	2	17.5	2	87	0	52	51	0	2	45	1.16
2248116--2248153	18	2.2	17	90	4	58	63	5	0	31	1.17
2249750--2249780	12	2.7	12	95	5	55	48	0	0	51	1.00
2249787--2249846	30	2.0	31	87	6	88	56	1	1	40	1.19
2249787--2249851	29	2.2	29	86	5	87	55	3	1	40	1.25
2252124--2252785	329	2.0	324	80	9	732	29	13	18	37	1.90
2261127--2261159	16	2.1	16	100	0	66	45	6	18	30	1.73
2270757--2270812	22	2.5	22	78	16	71	62	5	0	32	1.18
2274148--2274287	30	4.8	30	73	15	114	30	16	3	49	1.63
2274155--2274285	59	2.2	59	82	9	153	32	16	3	47	1.64
2274727--2274776	11	4.6	11	78	14	50	76	0	22	2	0.89
2274753--2274792	13	3.0	13	86	13	55	82	0	15	2	0.77
2283685--2284331	77	8.5	75	82	5	764	27	18	21	32	1.96
2284490--2284631	29	4.8	30	75	9	130	29	16	4	49	1.66
2284490--2284623	59	2.3	59	79	8	148	30	14	4	50	1.63
2284784--2284831	13	3.6	13	75	5	51	66	18	10	4	1.37
2285124--2285168	15	3.0	15	83	0	54	77	0	20	2	0.87
2295165--2295202	18	2.1	19	90	5	60	52	5	21	21	1.66
2298383--2298481	50	2.0	50	91	0	162	36	24	4	35	1.74
2307737--2307836	50	2.0	50	92	3	166	36	23	4	37	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2310305--2310341	14	2.6	14	91	0	56	43	0	10	45	1.39
2310593--2310733	75	1.9	75	80	5	169	34	5	17	42	1.73
2310845--2310924	41	2.0	41	82	0	97	28	16	23	31	1.96
2311059--2311259	63	2.9	68	79	12	216	30	9	15	43	1.80
2311089--2311194	31	3.4	31	68	17	83	30	9	16	43	1.80
2313281--2313419	73	2.0	67	82	12	167	37	11	10	41	1.75
2317095--2317152	26	2.2	27	84	6	75	29	1	1	67	1.11
2320247--2320320	9	8.6	9	78	16	61	41	0	0	58	0.98
2320246--2320322	5	15.6	5	72	22	65	41	0	0	58	0.98
2320513--2320560	22	2.2	22	82	14	55	70	8	20	0	1.12

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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