genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.81.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  67659327

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  81  of  216  ( 25871 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24784658--24784730	29	2.5	28	82	6	83	64	2	1	31	1.16
24784896--24784959	19	3.2	20	78	10	60	29	10	1	57	1.42
24784980--24785094	31	3.7	31	76	9	101	29	4	2	63	1.27
24785062--24785159	9	10.8	9	75	22	55	33	1	0	65	1.00
24785020--24785106	10	8.5	10	71	17	63	31	2	3	63	1.23
24785042--24785113	29	2.5	28	77	8	72	33	1	1	63	1.11
24785020--24785116	19	4.8	20	72	15	65	30	2	3	63	1.21
24785052--24785116	29	2.2	30	86	2	87	30	1	1	66	1.10
24785070--24785157	44	2.0	45	84	10	119	34	1	0	64	1.01
24785269--24785543	90	3.1	91	75	15	234	33	8	17	41	1.79
24785928--24785966	1	39.0	1	89	0	60	0	5	0	94	0.29
24785922--24785966	9	5.1	9	89	7	58	0	8	0	91	0.43
24785922--24785963	19	2.3	19	91	4	68	0	9	0	90	0.45
24785922--24785963	18	2.2	20	91	8	70	0	9	0	90	0.45
24785922--24785964	10	4.4	10	94	2	70	0	9	0	90	0.45
24788757--24788789	2	16.5	2	100	0	66	51	0	48	0	1.00
24790406--24790457	16	3.2	16	91	0	77	30	0	34	34	1.58
24790693--24790727	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
24790708--24791027	61	5.3	61	69	17	238	49	5	2	42	1.39
24790792--24790843	15	3.6	15	80	12	56	53	1	0	44	1.11
24790679--24791088	120	3.4	120	94	0	714	49	4	2	43	1.36
24791127--24791206	35	2.2	37	88	8	119	58	12	6	22	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24795420--24795458	18	2.2	18	86	9	53	46	7	17	28	1.76
24798927--24798992	26	2.5	26	87	0	87	30	24	21	24	1.99
24812783--24812815	11	3.0	11	100	0	66	27	9	18	45	1.79
24814078--24814117	19	2.1	19	100	0	80	35	30	17	17	1.93
24816816--24816858	22	1.9	23	85	4	61	51	2	2	44	1.27
24817036--24817074	19	2.0	20	90	9	64	71	0	0	28	0.86
24817182--24817236	21	2.6	21	77	11	67	67	1	0	30	1.01
24817301--24817368	27	2.6	25	71	13	64	57	7	1	33	1.36
24817714--24817748	17	2.1	17	89	10	54	37	0	17	45	1.48
24830717--24830819	28	3.7	27	82	1	89	22	23	15	38	1.92
24830746--24830810	28	2.3	28	94	0	112	18	24	16	40	1.91
24830746--24830819	28	2.6	28	83	8	105	18	24	17	39	1.92
24831361--24831411	24	2.1	24	82	7	59	49	21	15	13	1.79
24834117--24834277	61	2.6	61	85	1	207	23	23	19	33	1.97
24834928--24835060	28	4.8	28	81	0	140	20	21	18	39	1.93
24835522--24835598	32	2.3	33	84	6	93	46	23	14	15	1.82
24840900--24840950	18	2.7	19	82	11	61	33	17	7	41	1.79
24844037--24844251	50	4.4	50	84	6	260	19	32	20	27	1.97
24847151--24847202	23	2.2	24	82	3	70	15	13	15	55	1.69
24847987--24848082	48	2.0	49	97	2	185	50	14	4	31	1.62
24854333--24854452	64	1.9	62	84	6	161	29	19	9	42	1.82
24854820--24854879	31	1.9	31	83	6	77	36	18	1	43	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24856761--24856845	20	4.3	20	77	3	82	37	20	29	12	1.90
24856789--24856825	19	1.9	19	88	0	56	40	18	27	13	1.88
24862866--24862971	20	5.3	20	74	6	99	40	19	27	12	1.87
24872540--24872598	27	2.2	27	93	0	100	25	20	16	37	1.93
24876604--24876649	24	1.9	24	81	0	56	34	4	4	56	1.39
24878978--24879020	21	2.0	21	86	0	59	44	16	4	34	1.68
24880851--24880908	29	2.0	29	100	0	116	44	24	10	20	1.82
24908570--24908614	21	2.1	21	84	8	56	40	51	2	6	1.41
24910404--24911041	49	13.4	49	89	6	974	29	29	7	33	1.86
24910404--24911041	96	6.7	96	90	4	999	29	29	7	33	1.86
24910888--24910952	18	3.3	18	66	25	51	32	26	3	38	1.72
24910535--24911100	194	3.0	189	82	12	703	30	28	7	33	1.84
24913861--24914266	27	15.1	27	83	5	392	20	17	19	42	1.90
24915761--24915827	27	2.5	27	82	0	89	19	17	17	44	1.87
24917535--24917576	21	2.0	21	90	9	68	26	9	4	59	1.48
24923151--24923190	21	1.9	21	84	0	53	42	2	2	52	1.28
24923893--24923927	8	4.1	8	86	13	52	71	2	0	25	1.00
24924486--24924526	16	2.4	18	88	11	61	65	19	4	9	1.40
24929882--24929969	46	1.9	46	83	4	115	40	17	19	22	1.91
24930185--24930354	32	5.4	32	81	4	193	38	20	20	20	1.93
24930183--24930357	63	2.8	64	83	10	218	38	21	20	20	1.93
24930392--24930457	27	2.5	26	85	9	80	33	19	24	22	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24930526--24930607	24	3.4	24	75	0	92	46	21	6	25	1.74
24930659--24931098	27	16.4	27	80	7	405	19	15	20	44	1.87
24931885--24931945	4	15.2	4	77	13	63	22	1	3	72	1.09
24931870--24931948	24	3.5	21	80	17	81	21	1	6	70	1.16
24931877--24931943	24	3.1	20	84	14	89	20	1	5	71	1.15
24931886--24931964	24	3.2	25	77	16	76	18	3	5	72	1.19
24933653--24933708	6	9.3	6	76	7	51	12	3	7	76	1.11
24934649--24934682	18	1.9	18	94	5	61	73	2	5	17	1.16
24940885--24940980	42	2.3	41	80	8	113	22	25	32	19	1.98
24945516--24945562	23	2.0	23	100	0	94	36	17	8	38	1.80
24946597--24946673	25	3.1	25	83	5	95	25	25	20	27	1.99
24955619--24955686	30	2.2	31	84	2	84	26	17	7	48	1.73
24956039--24956072	17	2.0	17	88	0	50	38	8	0	52	1.33
24962454--24962515	32	1.9	32	90	6	99	27	24	14	33	1.94
24967868--24968021	45	3.4	45	80	0	166	24	16	23	35	1.95
24967905--24968059	44	3.5	43	84	6	161	21	15	27	34	1.94
24969753--24969808	28	2.0	28	96	0	103	25	7	23	44	1.78
24972947--24973000	25	2.1	26	86	10	76	62	0	3	33	1.12
24977399--24977495	25	3.9	25	78	5	106	38	21	21	18	1.94
24983940--24983988	25	2.0	25	91	0	80	30	14	28	26	1.95
24987146--24987185	10	3.8	10	81	12	53	60	2	2	35	1.24
24999317--24999343	14	1.9	14	100	0	54	22	25	14	37	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25005702--25005726	13	1.9	13	100	0	50	16	12	0	72	1.13
25013805--25013837	16	2.1	16	88	11	50	15	0	15	69	1.19
25019438--25019552	30	3.9	30	83	2	142	27	24	13	34	1.92
25022925--25022989	22	3.0	21	69	13	51	43	13	20	23	1.87
25023001--25023247	32	7.7	32	78	3	205	38	21	19	20	1.94
25023008--25023210	64	3.2	64	81	4	239	38	22	19	19	1.93
25023001--25023247	96	2.6	97	78	7	263	38	21	19	20	1.94
25023238--25023294	26	2.2	26	83	0	69	31	31	26	10	1.90
25023419--25023491	24	3.1	24	88	2	103	46	27	8	17	1.76
25023419--25023505	24	3.7	23	83	4	93	45	28	6	18	1.75
25023541--25024152	27	22.7	27	79	4	470	24	20	19	36	1.95
25025792--25026032	50	4.8	50	80	5	229	27	21	27	24	1.99
25032216--25032562	50	6.8	50	83	4	376	28	21	27	23	1.99
25034085--25034132	24	2.0	25	87	4	71	27	37	0	35	1.57
25035688--25035742	28	2.0	29	82	7	69	45	7	0	47	1.30
25047301--25047514	76	2.8	75	85	4	306	45	7	14	32	1.73
25047576--25047720	75	1.9	75	87	0	209	31	13	8	46	1.73
25049062--25049121	22	2.7	22	76	10	59	43	18	20	18	1.88
25049067--25049136	22	3.2	20	74	8	50	44	18	18	18	1.87
25049128--25049327	32	6.3	32	83	2	233	37	19	20	23	1.94
25049128--25049327	96	2.1	95	86	2	276	37	19	20	23	1.94
25049336--25049385	26	1.9	26	87	0	73	40	28	18	14	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25049373--25049432	27	2.2	27	85	11	79	36	25	20	18	1.94
25049609--25049939	27	12.3	27	84	0	410	26	22	19	31	1.98
25049941--25050027	27	3.2	27	90	0	129	20	16	21	41	1.90
25052799--25053021	99	2.2	100	94	0	385	25	20	18	35	1.95
25057360--25057429	33	2.1	33	94	0	122	28	4	38	28	1.76
25064325--25064534	40	5.3	40	92	0	314	23	20	29	26	1.99
25072247--25072454	40	5.3	40	90	2	296	23	21	28	26	1.99
25072247--25072454	79	2.6	77	89	4	308	23	21	28	26	1.99
25087060--25087113	21	2.5	21	85	14	67	22	37	3	37	1.72
25095072--25095434	27	13.4	27	79	4	311	40	20	16	22	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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