genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.28.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  67659327

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8011064--8011105	2	21.0	2	95	0	75	0	47	0	52	1.00
8019487--8019522	15	2.4	15	90	0	54	25	2	2	69	1.15
8026792--8027004	105	2.0	105	81	7	245	36	9	9	44	1.71
8031211--8031450	125	1.9	126	89	0	374	30	19	15	34	1.93
8031502--8031547	21	2.1	22	84	4	58	50	32	0	17	1.47
8031955--8031989	18	1.9	19	88	11	56	8	8	11	71	1.31
8032606--8032641	3	12.0	3	87	0	54	0	38	0	61	0.96
8033994--8034092	11	9.5	10	76	16	87	51	0	3	45	1.16
8033985--8034072	42	2.2	39	91	6	140	55	0	3	40	1.16
8034005--8034101	30	3.2	30	86	2	149	54	0	2	43	1.11
8034000--8034120	61	2.0	62	83	4	156	54	0	1	43	1.10
8037946--8037972	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
8039049--8039082	17	2.0	17	88	0	50	35	0	2	61	1.11
8039097--8039137	17	2.4	18	76	12	50	43	4	2	48	1.37
8040410--8040456	23	2.0	23	84	12	60	53	2	0	44	1.12
8040424--8040470	22	2.1	23	88	4	69	46	4	0	48	1.21
8047058--8047144	21	4.0	21	80	8	86	55	3	8	33	1.46
8048111--8048149	20	2.0	20	84	0	51	10	17	2	69	1.28
8050654--8050695	21	2.2	20	83	12	52	30	9	21	38	1.85
8052105--8052134	12	2.5	12	94	0	51	56	16	0	26	1.40
8058943--8058986	11	4.0	11	82	8	54	68	15	6	9	1.38
8079765--8079804	19	2.1	20	90	9	66	35	15	5	45	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8099886--8099953	19	3.5	19	75	13	57	41	7	10	41	1.67
8101673--8101737	25	2.6	25	92	0	112	16	18	21	43	1.88
8101774--8101867	25	3.8	25	78	5	75	20	25	20	34	1.96
8101823--8101884	25	2.4	25	84	7	81	20	25	17	35	1.95
8102525--8102557	15	2.3	15	89	5	50	42	0	21	36	1.53
8102437--8102689	125	2.0	126	94	3	445	33	1	21	43	1.64
8103122--8103180	30	2.0	30	90	6	93	62	6	1	28	1.30
8106273--8106310	18	2.2	18	86	9	53	31	0	5	63	1.17
8108481--8108594	59	1.9	59	98	0	219	31	28	14	25	1.94
8127571--8127622	21	2.5	19	75	12	50	42	23	0	34	1.54
8127534--8127594	28	2.2	28	81	0	68	44	19	4	31	1.72
8131548--8131605	24	2.4	24	91	0	89	17	44	6	31	1.75
8134922--8134961	20	2.0	20	90	0	62	50	12	10	27	1.72
8134910--8134976	34	1.9	35	87	3	100	46	11	8	32	1.72
8134945--8134984	14	2.9	14	84	0	53	42	17	7	32	1.77
8136553--8136590	19	2.0	19	100	0	76	52	21	0	26	1.47
8138494--8138528	15	2.2	16	90	5	54	42	0	14	42	1.45
8143620--8144087	235	2.0	235	93	0	801	35	14	10	38	1.82
8151037--8151065	12	2.3	13	94	5	51	51	0	0	48	1.00
8161847--8161890	17	2.5	17	81	3	61	34	0	2	63	1.07
8169991--8170016	11	2.4	11	100	0	52	92	0	7	0	0.39
8169991--8170032	19	2.2	20	82	4	50	80	0	16	2	0.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8170834--8171570	221	3.4	220	79	9	631	33	12	20	32	1.91
8179246--8179766	220	2.4	217	82	8	585	32	19	13	34	1.91
8179415--8180186	215	3.6	208	79	8	594	32	20	14	33	1.92
8181726--8181844	39	3.0	40	80	2	150	47	18	8	26	1.77
8181884--8181970	42	2.1	42	100	0	174	41	6	6	44	1.58
8182565--8182589	10	2.5	10	100	0	50	40	8	16	36	1.77
8192378--8192430	19	2.8	19	91	0	88	18	26	28	26	1.98
8195344--8195667	46	7.5	45	84	10	355	28	20	13	36	1.92
8195527--8195635	36	3.0	35	92	5	173	30	20	12	36	1.90
8200636--8200708	22	3.4	22	75	14	62	63	0	0	36	0.95
8201150--8201212	31	2.0	31	84	6	83	42	6	12	38	1.68
8202656--8202704	20	2.5	20	100	0	98	38	6	0	55	1.25
8203463--8203487	6	4.2	6	100	0	50	48	0	36	16	1.46
8205130--8205167	20	2.0	20	89	5	60	36	7	7	47	1.62
8206750--8206795	14	3.2	14	80	20	51	58	0	0	41	0.98
8206740--8206803	29	2.2	29	77	5	67	65	0	0	34	0.93
8212010--8212040	16	1.9	16	93	0	53	48	9	6	35	1.62
8217593--8217945	152	2.3	152	86	4	491	35	20	9	33	1.86
8220408--8220464	15	3.8	15	72	6	53	47	0	0	52	1.00
8223746--8223786	21	2.0	21	90	0	64	24	24	19	31	1.98
8227067--8227126	30	2.0	30	96	0	111	25	3	15	56	1.54
8239203--8239236	17	2.0	17	100	0	68	47	29	5	17	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8242077--8242126	26	1.9	26	95	0	91	14	10	48	28	1.75
8273176--8273220	23	2.0	23	86	8	65	35	8	15	40	1.79
8276045--8276308	87	3.0	87	93	0	456	26	17	13	43	1.85
8283340--8283386	20	2.3	20	92	0	76	44	36	4	14	1.65
8288539--8288709	43	4.0	43	92	0	288	31	27	16	23	1.97
8288830--8288936	31	3.5	30	88	5	144	44	15	8	30	1.76
8289910--8289937	11	2.5	11	100	0	56	32	10	0	57	1.33
8290959--8290985	14	1.9	14	100	0	54	3	29	7	59	1.42
8296156--8296228	29	2.8	24	82	16	67	56	1	1	41	1.16
8296189--8296243	25	2.1	26	83	6	67	61	0	1	36	1.06
8296762--8296814	26	2.0	26	85	0	70	47	3	1	47	1.31
8297455--8297523	20	3.3	20	69	11	57	47	2	10	39	1.52
8297418--8297549	43	3.0	44	87	5	189	50	4	9	36	1.55
8300525--8300585	30	2.0	30	96	0	113	32	11	9	45	1.73
8302099--8302187	25	3.6	25	77	6	99	29	16	29	24	1.97
8302181--8302288	25	4.3	25	83	4	103	34	19	27	18	1.95
8302151--8302288	50	2.8	50	76	3	125	34	18	26	20	1.96
8302202--8302296	25	3.8	25	85	0	127	32	20	29	17	1.96
8324263--8324308	4	11.5	4	100	0	92	50	0	23	26	1.50
8355358--8355393	6	6.0	6	96	0	63	0	33	2	63	1.08
8363515--8363551	18	2.1	18	100	0	74	32	21	10	35	1.88
8375102--8375154	25	2.2	25	83	10	65	77	1	11	9	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8375109--8375159	25	2.1	24	85	10	68	76	1	9	11	1.10
8377465--8377571	41	2.6	41	85	2	117	39	14	27	19	1.90
8381769--8381800	10	3.2	10	95	0	55	21	18	6	53	1.67
8382172--8382246	39	1.9	39	100	0	150	16	10	18	54	1.70
8385155--8385222	35	1.9	35	82	11	86	38	2	2	55	1.30
8385533--8385585	14	3.9	14	85	5	63	58	0	9	32	1.30
8385636--8385769	9	15.3	9	78	9	109	44	20	1	33	1.60
8385634--8385805	52	3.3	52	93	0	290	45	18	1	34	1.57
8385921--8385945	7	3.6	7	100	0	50	32	12	16	40	1.84
8387648--8387696	9	5.4	9	90	0	62	36	24	10	28	1.88
8387695--8387769	37	2.0	37	92	0	123	45	14	5	34	1.68
8387898--8388006	39	2.8	39	92	1	184	18	2	26	52	1.59
8392132--8392274	66	2.2	65	83	6	171	44	19	23	12	1.84
8392580--8392801	43	5.2	43	79	2	230	22	16	29	32	1.95
8392582--8392816	129	1.8	129	83	3	312	23	15	28	32	1.95
8392582--8392850	129	2.1	129	81	2	308	23	15	27	33	1.95
8392743--8392845	43	2.4	43	88	0	143	27	13	21	37	1.91
8394947--8395004	30	1.9	31	86	6	84	43	1	24	31	1.64
8395216--8395247	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
8395342--8395582	50	4.7	50	83	4	268	26	23	29	20	1.99
8395342--8395591	100	2.4	103	84	7	330	26	22	28	21	1.99
8399086--8399171	25	3.5	25	79	6	95	34	6	6	51	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8399096--8399177	23	3.5	23	78	6	92	37	8	7	46	1.62
8399086--8399177	48	1.9	48	95	0	166	35	7	6	50	1.57
8399648--8399684	19	1.9	19	100	0	74	40	5	0	54	1.24
8410138--8410173	16	2.2	16	95	0	63	61	8	5	25	1.46
8412679--8412759	38	2.1	38	86	4	110	51	3	1	43	1.27
8423501--8423535	16	2.2	16	89	0	52	17	17	22	42	1.88
8426083--8426115	6	5.7	6	89	3	50	69	3	0	27	1.03
8426107--8426158	26	2.0	27	92	3	88	78	5	0	15	0.92
8428466--8428557	46	2.0	46	95	0	166	26	17	26	30	1.97
8428448--8428628	51	3.6	51	81	8	203	27	16	27	29	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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