genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.44.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  67659327

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   

This is table  44  of  216  ( 25871 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12519257--12519607	195	1.8	195	87	4	525	43	9	11	35	1.74
12520943--12521359	208	2.0	208	99	0	816	39	6	10	43	1.65
12522380--12522495	61	1.9	61	92	0	196	50	3	2	43	1.32
12525714--12525808	25	3.8	25	90	0	127	21	30	18	29	1.97
12525715--12525811	50	1.9	50	89	0	149	19	29	19	30	1.97
12533234--12533352	25	4.8	25	75	2	107	18	25	21	34	1.96
12548854--12548883	3	10.0	3	100	0	60	33	0	33	33	1.58
12551688--12551832	74	2.0	74	98	0	281	31	11	32	24	1.91
12561175--12561218	18	2.4	18	78	10	54	40	2	15	40	1.60
12561576--12561677	20	5.7	18	73	19	72	49	4	2	43	1.39
12561584--12561718	68	2.0	69	92	1	227	50	3	3	42	1.38
12564679--12564736	20	2.9	20	67	10	55	22	27	20	29	1.99
12573806--12573922	13	8.9	13	69	11	60	41	2	18	36	1.65
12585034--12585120	32	2.7	32	85	0	120	28	1	17	52	1.51
12602689--12602753	33	2.0	33	100	0	130	24	18	27	29	1.98
12607753--12607826	26	2.7	27	82	14	91	48	2	0	48	1.15
12607771--12607819	20	2.4	21	83	13	66	44	4	0	51	1.20
12616270--12616331	29	2.1	29	85	5	81	22	17	22	37	1.94
12617246--12617308	29	2.1	30	85	8	85	36	23	17	22	1.95
12617369--12617434	29	2.2	29	81	2	78	45	7	16	30	1.75
12620330--12620393	30	2.1	30	85	5	85	42	7	6	43	1.58
12633233--12633292	18	3.4	18	71	13	61	60	1	3	35	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12636555--12636586	3	10.7	3	93	0	55	34	0	3	62	1.11
12636670--12636702	17	2.0	16	94	5	57	48	0	9	42	1.35
12637017--12637053	18	2.1	18	100	0	74	54	0	10	35	1.36
12638214--12638275	31	2.0	31	100	0	124	29	16	16	38	1.90
12640186--12640219	6	5.5	6	89	3	50	70	2	0	26	1.01
12640670--12640712	9	4.8	9	94	0	68	23	9	27	39	1.85
12641440--12641498	29	2.0	29	80	6	66	47	8	18	25	1.77
12641695--12641773	37	2.1	37	81	11	90	39	1	0	59	1.06
12641735--12641790	26	2.2	26	83	0	67	28	1	5	64	1.26
12642658--12642682	8	3.1	8	100	0	50	52	0	0	48	1.00
12644592--12644621	11	2.7	11	100	0	60	56	16	10	16	1.66
12659587--12659701	15	7.3	15	68	20	65	68	4	4	22	1.25
12659597--12659672	24	3.1	24	80	10	66	67	5	5	22	1.32
12659715--12659750	17	2.1	17	94	0	63	75	2	0	22	0.94
12659995--12660054	30	2.0	31	84	15	81	50	1	43	5	1.34
12660679--12660721	12	3.7	12	82	14	54	81	4	13	0	0.84
12663381--12663439	31	1.9	31	89	0	91	28	20	27	23	1.99
12676918--12676985	16	4.2	16	92	0	118	26	0	33	39	1.57
12676966--12677056	45	2.0	45	85	2	121	27	6	28	37	1.82
12677204--12677706	120	4.2	120	96	0	891	47	6	2	43	1.41
12684246--12684273	11	2.5	11	100	0	56	42	10	39	7	1.67
12685259--12685352	27	3.5	27	92	0	143	23	19	23	34	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12697510--12697646	72	2.0	71	82	5	172	36	4	7	51	1.50
12698450--12698501	21	2.5	21	87	0	68	25	21	36	17	1.94
12704397--12704539	42	3.4	42	72	11	112	35	24	15	24	1.94
12719443--12719613	85	2.0	85	87	2	245	28	16	17	38	1.91
12721470--12721520	18	2.8	18	84	0	57	15	47	3	33	1.64
12721489--12721520	6	5.3	6	96	0	55	18	53	0	28	1.45
12726613--12726651	20	2.0	20	90	10	62	15	23	5	56	1.59
12726942--12727048	50	2.1	50	84	0	142	22	32	19	25	1.97
12734345--12734383	20	2.0	20	90	10	62	15	23	5	56	1.59
12743167--12743279	51	2.3	51	81	6	124	47	7	15	29	1.73
12749025--12749054	6	5.0	6	100	0	60	66	0	16	16	1.25
12762332--12762388	11	5.2	11	78	0	60	66	12	3	17	1.37
12764514--12764575	19	3.4	19	64	31	53	25	19	3	51	1.62
12764506--12764577	36	2.0	36	100	0	144	25	22	2	50	1.63
12764542--12764667	52	2.4	52	92	2	200	29	20	6	43	1.76
12764542--12764683	52	2.7	51	82	12	173	27	20	5	46	1.73
12768870--12768895	12	2.2	12	100	0	52	42	15	15	26	1.87
12776557--12776641	34	2.5	34	80	14	97	64	3	3	28	1.26
12786761--12786808	25	1.9	25	95	0	87	62	25	4	8	1.41
12804357--12804405	26	2.0	25	84	8	64	44	4	0	51	1.20
12809180--12809205	13	2.0	13	100	0	52	15	15	0	69	1.20
12809557--12809595	19	2.1	19	100	0	78	71	0	17	10	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12817468--12817592	41	3.0	43	73	15	116	31	25	17	25	1.97
12830386--12830433	24	2.0	24	87	0	69	37	22	14	25	1.92
12831283--12831307	5	5.0	5	100	0	50	20	0	0	80	0.72
12838344--12838390	3	15.3	3	82	12	60	68	27	4	0	1.08
12843763--12843910	42	3.1	50	63	25	120	39	6	4	49	1.50
12843718--12843911	92	2.1	92	97	0	361	39	7	5	48	1.53
12843908--12844301	9	45.9	9	66	15	138	46	18	4	30	1.69
12843718--12843967	92	2.7	91	85	8	249	40	9	4	44	1.58
12844027--12844097	37	1.9	37	100	0	142	50	16	2	29	1.60
12844004--12844144	55	2.6	55	88	0	210	49	17	4	29	1.65
12844129--12844250	16	8.0	16	68	20	82	45	18	5	29	1.73
12844149--12844283	25	5.4	25	72	5	76	43	20	5	31	1.73
12849725--12849880	66	2.4	65	83	5	197	41	19	25	13	1.88
12849866--12849953	21	4.2	21	83	0	86	34	18	42	5	1.74
12850309--12850566	43	6.0	43	79	2	266	21	17	32	29	1.96
12850284--12850542	87	3.0	86	85	2	304	22	17	31	28	1.96
12850309--12850542	130	1.8	129	85	4	328	20	17	32	29	1.95
12850329--12850566	87	2.8	86	87	2	325	22	17	32	27	1.96
12857338--12857498	51	3.3	48	84	8	195	32	15	21	29	1.94
12857389--12857497	44	2.5	44	98	0	209	33	16	22	27	1.95
12857331--12857504	95	1.8	95	89	0	276	32	15	21	29	1.94
12857433--12857604	58	3.1	57	76	13	196	34	12	23	29	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12857496--12857592	50	1.9	51	87	2	142	35	12	21	30	1.90
12863515--12863578	14	4.4	14	71	24	51	56	1	0	42	1.09
12867510--12867951	125	3.5	125	91	0	686	32	16	20	30	1.95
12870029--12870081	22	2.5	21	90	6	88	18	1	33	45	1.61
12870114--12870153	7	5.9	7	83	16	57	52	0	0	47	1.00
12870111--12870153	12	3.3	12	78	15	50	53	0	0	46	1.00
12870168--12870240	21	3.4	21	83	3	92	23	0	28	47	1.52
12870273--12870312	7	5.9	7	83	16	57	52	0	0	47	1.00
12870270--12870312	12	3.3	12	78	15	50	53	0	0	46	1.00
12870030--12870341	159	2.0	159	96	0	570	31	0	20	47	1.57
12871494--12871519	7	3.7	7	100	0	52	57	15	0	26	1.38
12872681--12872776	22	4.4	22	70	12	72	48	2	25	23	1.61
12872668--12872757	45	2.0	45	84	4	119	47	2	23	26	1.63
12876342--12876385	21	2.1	21	83	8	54	65	4	0	29	1.12
12876599--12876650	22	2.3	23	80	6	61	59	0	1	38	1.08
12885240--12886047	114	7.1	115	75	9	678	32	19	20	27	1.97
12885348--12886012	228	2.9	228	93	0	1116	31	18	20	29	1.97
12886498--12886531	14	2.3	15	95	5	61	17	0	38	44	1.49
12886909--12886944	14	2.3	17	86	13	51	55	0	2	41	1.14
12889386--12889478	17	5.9	17	71	19	67	39	4	6	49	1.48
12889379--12889496	30	3.9	30	70	12	98	36	5	7	50	1.53
12889379--12889431	13	3.8	13	77	18	52	33	7	3	54	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12889427--12889465	16	2.5	16	83	4	53	46	0	7	46	1.31
12889397--12889544	61	2.4	61	82	10	178	40	4	7	47	1.53
12889645--12889694	15	3.5	15	81	15	61	62	10	0	28	1.27
12889690--12889747	21	2.8	21	74	10	64	43	17	3	36	1.66
12889669--12889824	84	1.9	84	93	1	269	46	15	2	35	1.59
12889832--12890335	9	56.1	9	73	12	385	48	16	1	33	1.57
12890011--12890335	94	3.7	90	79	13	313	47	17	1	33	1.56
12890235--12890342	50	2.2	49	86	9	148	47	20	0	31	1.57
12896328--12896597	42	6.3	42	84	8	275	27	21	20	31	1.98
12896328--12896597	128	2.1	127	86	5	366	27	21	20	31	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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