genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.77.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  67659327

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   

This is table  77  of  216  ( 25871 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23567032--23567058	8	3.4	8	100	0	54	66	0	0	33	0.92
23572975--23573275	148	2.0	148	92	0	494	37	22	6	33	1.80
23589357--23589413	20	2.8	20	84	7	62	17	5	5	71	1.23
23589333--23589433	49	2.1	48	80	10	109	18	4	4	71	1.23
23600382--23600442	26	2.4	25	75	5	59	1	13	8	77	1.07
23601272--23601309	3	12.7	3	100	0	76	34	0	0	65	0.93
23605766--23605805	18	2.3	18	86	4	55	70	5	12	12	1.33
23607900--23608621	175	4.1	175	93	2	1182	31	18	20	29	1.96
23608074--23608621	44	12.5	44	67	13	154	31	18	20	29	1.96
23607900--23608621	349	2.1	350	92	1	1182	31	18	20	29	1.96
23608549--23608659	46	2.4	46	87	3	134	31	18	18	30	1.96
23608674--23609152	50	9.6	50	72	10	334	33	24	19	23	1.97
23608673--23609151	100	4.8	100	90	1	701	33	24	19	23	1.97
23610718--23610784	27	2.5	27	73	4	64	34	5	0	59	1.22
23614718--23614800	27	3.1	27	70	6	78	28	13	22	34	1.92
23615043--23615095	26	2.0	26	92	0	88	20	11	26	41	1.86
23618160--23618276	58	2.0	58	94	0	207	33	13	22	30	1.93
23624457--23624488	16	1.9	17	93	6	57	43	6	0	50	1.27
23637509--23637563	4	13.8	4	86	7	76	1	54	0	43	1.10
23637509--23637563	6	9.2	6	86	7	76	1	54	0	43	1.10
23637509--23637563	10	5.5	10	89	8	76	1	54	0	43	1.10
23639670--23639739	25	2.8	25	93	0	122	37	20	24	18	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23639813--23639871	25	2.4	25	80	8	68	32	15	25	27	1.95
23652221--23652260	20	2.1	20	90	9	66	37	0	7	55	1.29
23653762--23653802	21	2.0	21	85	0	55	51	9	0	39	1.35
23653837--23653960	60	2.1	59	81	4	142	41	14	6	37	1.72
23659284--23659363	39	2.1	39	97	0	151	53	5	18	22	1.63
23661248--23661785	269	2.0	269	93	2	920	30	23	15	30	1.95
23664615--23664669	27	2.0	27	82	6	67	27	29	0	43	1.55
23664647--23664683	18	2.0	19	89	5	58	21	32	0	45	1.52
23666348--23666387	20	2.0	20	90	0	62	27	10	12	50	1.72
23666333--23666399	34	1.9	35	90	3	109	31	8	13	46	1.74
23666327--23666403	14	5.0	15	71	20	52	33	9	14	42	1.77
23666493--23666534	18	2.4	18	80	4	50	38	2	0	59	1.10
23668768--23668803	18	2.0	19	89	10	58	50	0	0	50	1.00
23669620--23669883	137	1.9	137	95	0	474	19	31	23	25	1.98
23670363--23670422	30	2.0	31	83	9	79	20	38	0	41	1.52
23672987--23673043	24	2.4	24	79	5	62	5	17	21	56	1.60
23675629--23675663	15	2.4	15	90	4	54	48	0	8	42	1.33
23677089--23677937	424	2.0	424	99	0	1680	30	18	14	36	1.91
23681189--23681260	16	4.5	16	79	6	83	29	25	5	40	1.78
23681493--23681558	31	2.1	32	83	13	84	50	3	4	42	1.38
23684521--23684546	7	3.7	7	100	0	52	76	0	0	23	0.78
23685987--23686387	199	2.0	201	96	1	743	41	14	14	28	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23686668--23686720	26	2.0	27	88	3	81	64	1	20	13	1.38
23688432--23688549	62	1.9	62	94	0	209	34	11	17	36	1.85
23690883--23690928	23	2.0	23	86	0	65	26	10	19	43	1.84
23691061--23691156	48	2.0	49	87	2	140	50	7	16	26	1.71
23693124--23693241	36	3.2	37	84	6	141	5	27	12	54	1.59
23694266--23694404	69	2.0	69	87	2	199	25	7	25	41	1.82
23695590--23695678	37	2.4	37	92	0	151	42	14	7	34	1.75
23695724--23695796	33	2.2	33	95	0	128	42	17	4	35	1.69
23695655--23695940	138	2.1	138	97	1	538	42	13	7	36	1.72
23695863--23695934	33	2.2	33	97	0	135	43	16	5	34	1.72
23699121--23699175	25	2.3	23	84	6	65	45	0	3	50	1.19
23699000--23699200	85	2.3	91	85	6	270	45	3	4	46	1.40
23699121--23699242	47	2.6	47	71	8	113	42	2	4	50	1.34
23699349--23699403	24	2.2	26	81	12	71	45	0	1	52	1.11
23699525--23699634	45	2.6	44	81	8	131	30	29	5	34	1.80
23699615--23699666	16	3.2	16	94	0	86	34	36	0	28	1.58
23700183--23700236	21	2.6	21	82	2	56	64	1	1	31	1.14
23700203--23700249	10	4.7	10	76	10	51	59	2	2	36	1.21
23701529--23701582	20	2.7	20	75	18	58	33	3	1	61	1.25
23721276--23721330	27	2.0	27	82	6	67	50	5	0	43	1.25
23724389--23724476	35	2.5	35	81	5	108	39	35	14	10	1.80
23727843--23727873	10	3.1	10	100	0	62	48	0	19	32	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23728069--23728094	13	2.0	13	100	0	52	38	7	23	30	1.83
23731469--23731532	31	2.0	32	85	8	87	37	1	1	59	1.16
23735034--23735089	22	2.6	22	82	2	69	35	16	32	16	1.90
23738015--23738129	23	4.9	23	82	3	140	46	6	27	20	1.74
23745563--23745626	23	2.7	23	90	2	101	42	6	28	23	1.78
23747018--23747076	29	2.0	29	96	0	109	28	13	22	35	1.92
23755810--23755856	26	1.9	25	83	12	62	25	21	6	46	1.74
23760278--23760435	25	6.4	25	69	9	101	36	18	24	21	1.95
23760341--23760433	24	3.8	24	70	16	75	37	18	23	20	1.94
23760458--23760541	26	3.3	27	73	8	77	32	20	27	20	1.97
23768199--23768319	26	4.8	26	69	10	90	35	22	24	17	1.95
23769327--23769354	13	2.2	13	100	0	56	21	14	0	64	1.29
23771752--23771857	54	2.0	53	86	1	149	19	32	20	27	1.97
23776325--23776385	25	2.4	26	97	2	115	42	9	0	47	1.36
23776526--23776578	18	2.9	19	75	11	65	69	0	30	0	0.88
23780671--23780726	3	18.7	3	96	0	103	67	30	0	1	1.01
23780973--23781074	27	3.8	26	82	7	123	18	34	22	24	1.96
23781126--23781188	26	2.4	27	91	2	110	47	0	12	39	1.42
23784739--23784828	44	2.0	44	100	0	180	38	15	8	36	1.79
23785423--23785453	16	1.9	16	93	0	53	41	0	9	48	1.36
23787337--23787392	26	2.2	26	86	0	76	80	7	10	1	0.97
23788070--23788145	38	2.0	38	100	0	152	34	18	13	34	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23788449--23788477	4	7.2	4	100	0	58	75	0	0	24	0.80
23788728--23788842	46	2.6	43	75	18	117	51	2	10	35	1.50
23790498--23790528	16	1.9	16	93	0	53	35	35	0	29	1.58
23793297--23793321	12	2.1	12	100	0	50	32	16	0	52	1.44
23793763--23793808	21	2.4	21	86	13	64	34	8	2	54	1.43
23798022--23798297	139	2.0	139	89	1	428	35	15	21	27	1.93
23799525--23799631	3	35.7	3	94	0	142	60	31	6	0	1.28
23800207--23800303	33	2.8	35	72	20	89	45	3	1	50	1.24
23806775--23806865	45	2.0	45	91	4	148	15	19	6	58	1.59
23818449--23818485	18	2.2	18	85	9	51	40	2	0	56	1.13
23821627--23821660	16	2.1	17	88	5	52	44	2	0	52	1.16
23825536--23825593	28	2.1	28	100	0	116	31	10	6	51	1.62
23825539--23825604	28	2.4	28	92	5	107	30	10	7	51	1.64
23835655--23835750	25	3.8	25	82	11	124	25	22	11	40	1.87
23835655--23835770	52	2.3	50	83	8	137	25	23	10	40	1.86
23858715--23858777	31	2.1	29	85	8	83	12	6	4	76	1.14
23859161--23859192	15	2.0	17	88	11	50	53	6	0	40	1.26
23864869--23864920	19	2.7	20	75	6	61	46	15	5	32	1.70
23864905--23864990	39	2.2	40	82	2	102	47	13	4	33	1.64
23864869--23864990	20	6.2	20	75	3	104	46	14	4	33	1.66
23866189--23866248	27	2.2	27	96	0	111	23	26	21	28	1.99
23867195--23867230	19	1.9	18	88	5	54	58	8	0	33	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23870782--23870844	25	2.5	25	82	5	83	19	23	20	36	1.95
23878573--23878637	25	2.6	24	74	13	60	15	30	23	30	1.95
23882022--23882143	60	2.0	60	98	0	235	34	22	11	31	1.90
23882931--23882960	15	2.1	15	93	6	53	0	43	0	56	0.99
23895301--23895354	28	1.9	28	84	0	72	11	14	11	62	1.53
23903336--23903377	21	2.0	21	90	0	66	21	33	2	42	1.66
23905710--23905857	61	2.4	63	77	5	160	44	9	12	33	1.75
23905734--23905852	63	1.9	62	87	3	177	42	10	12	34	1.76
23905869--23905918	17	2.8	18	85	11	59	52	10	12	26	1.70
23905993--23906086	20	4.8	20	76	9	68	43	9	6	40	1.63

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216