genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.54.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  67659327

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   

This is table  54  of  216  ( 25871 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15847302--15847422	57	2.1	58	87	4	174	24	23	4	47	1.71
15848790--15848836	14	3.4	14	79	8	51	51	4	2	42	1.33
15857829--15857998	69	2.5	69	87	0	241	31	14	18	35	1.91
15857915--15858164	106	2.4	106	89	0	383	34	18	14	32	1.91
15875107--15875182	15	4.9	15	77	4	62	53	13	7	25	1.65
15875107--15875167	16	3.9	16	72	12	54	55	11	8	24	1.62
15876774--15876827	26	2.1	26	100	0	108	42	16	7	33	1.76
15879733--15879807	25	2.9	26	79	15	93	42	10	13	33	1.78
15881951--15882091	25	5.6	25	72	18	107	29	21	24	24	1.99
15881966--15882088	50	2.5	51	82	7	155	30	21	24	24	1.99
15886346--15886458	25	4.5	25	74	14	99	32	23	20	23	1.98
15891583--15891630	21	2.3	22	80	20	59	58	8	10	22	1.58
15907044--15907076	16	2.1	16	94	0	57	54	0	0	45	0.99
15907962--15908003	18	2.3	18	88	12	59	61	0	0	38	0.96
15911327--15911373	16	3.0	16	84	6	60	8	0	46	44	1.33
15912994--15913083	13	6.7	14	75	16	66	36	17	2	43	1.62
15912993--15913097	40	2.6	39	89	5	165	36	18	1	43	1.61
15912993--15913097	27	3.9	26	73	14	97	36	18	1	43	1.61
15912995--15913107	13	8.4	14	70	13	60	34	17	1	46	1.59
15915512--15915563	23	2.2	25	82	6	63	17	3	5	73	1.19
15915581--15915638	24	2.4	23	83	8	71	36	6	5	51	1.51
15915594--15915641	24	2.0	24	92	8	80	35	4	6	54	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15920645--15920678	6	5.8	6	93	6	61	85	0	14	0	0.60
15920645--15920678	17	1.9	17	94	5	59	85	0	14	0	0.60
15930558--15930711	34	4.5	35	71	7	93	33	31	6	27	1.82
15930940--15930964	9	2.8	9	100	0	50	60	32	0	8	1.26
15933712--15933747	18	2.1	18	89	5	56	77	0	2	19	0.88
15952148--15952232	34	2.5	34	79	9	91	37	32	5	23	1.79
15962660--15962822	87	1.9	87	85	5	231	23	18	22	34	1.96
15963685--15963736	25	2.1	25	89	3	79	17	9	7	65	1.45
15964237--15964275	20	1.9	21	84	5	53	69	2	7	20	1.26
15967372--15967416	24	1.9	23	86	13	65	37	0	2	60	1.09
15967483--15967661	68	2.9	59	80	13	223	45	7	4	41	1.53
15967572--15967599	9	3.1	9	100	0	56	57	10	0	32	1.33
15967513--15967683	68	2.5	68	94	1	292	47	7	4	41	1.49
15967672--15967713	16	2.6	16	92	0	66	42	7	2	47	1.43
15967687--15967742	23	2.5	23	82	2	69	42	3	1	51	1.29
15987728--15987865	50	2.8	50	87	2	188	32	26	15	25	1.95
15987785--15987856	24	3.0	24	70	11	65	33	27	16	22	1.95
15987725--15987918	25	7.7	26	71	5	121	33	26	14	25	1.94
15993321--15993519	48	4.1	48	84	0	245	24	29	20	26	1.99
15994998--15995032	15	2.2	16	90	5	54	40	0	5	54	1.24
15995001--15995032	16	1.9	17	93	6	57	34	0	6	59	1.23
16002836--16002878	23	1.9	22	86	13	61	34	2	0	62	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16005225--16005286	29	2.2	28	80	11	72	35	1	1	61	1.16
16005342--16005390	23	2.1	22	82	17	64	46	2	2	48	1.25
16005340--16005396	24	2.4	24	85	14	82	45	1	1	50	1.22
16005610--16005669	32	1.9	31	82	3	75	26	25	15	33	1.95
16006769--16006837	19	3.5	19	71	15	52	40	1	15	42	1.56
16008644--16008682	6	6.5	6	87	0	51	15	23	0	61	1.33
16012868--16013127	30	8.7	30	89	0	378	31	8	17	42	1.79
16022648--16022813	86	1.9	86	85	3	226	45	5	11	37	1.63
16031179--16031230	25	2.1	25	100	0	104	26	25	7	40	1.82
16065804--16065850	19	2.4	20	79	10	53	51	6	0	42	1.27
16070848--16071457	29	21.3	29	87	3	878	31	0	25	42	1.59
16071362--16071423	28	2.5	23	72	22	70	29	0	27	43	1.55
16071461--16071518	26	2.2	25	80	14	64	44	10	3	41	1.55
16073883--16073933	22	2.3	21	87	9	75	35	0	33	31	1.58
16073886--16073984	52	1.9	52	93	0	171	39	0	31	29	1.57
16073938--16073984	22	2.1	22	92	0	76	42	0	31	25	1.55
16076684--16076726	22	2.0	22	90	4	70	58	2	0	39	1.11
16076687--16076734	22	2.2	22	81	7	53	56	4	0	39	1.19
16079010--16079052	17	2.4	19	84	11	63	55	0	0	44	0.99
16079013--16079054	9	4.8	9	88	5	68	54	0	0	45	0.99
16078964--16079054	18	5.1	17	73	15	69	56	0	2	41	1.12
16079769--16079832	30	2.1	30	83	11	78	4	25	1	68	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16092147--16092207	23	2.5	24	81	10	70	32	19	22	24	1.97
16096503--16096542	20	2.0	20	90	0	62	42	22	27	7	1.80
16096836--16096868	10	3.3	10	95	0	57	51	0	0	48	1.00
16108025--16108076	21	2.2	25	74	12	58	46	7	5	40	1.57
16109304--16109454	75	2.0	75	89	0	230	33	15	9	41	1.80
16110916--16111025	49	2.2	49	100	0	220	33	5	37	23	1.78
16110919--16110992	21	3.2	21	64	29	51	36	6	36	20	1.79
16111402--16111761	186	2.0	183	92	3	598	31	7	17	43	1.76
16116250--16116407	44	3.6	42	81	7	163	27	22	20	29	1.99
16116888--16117191	85	3.5	86	72	12	292	28	22	19	29	1.98
16116970--16117261	96	3.2	93	69	12	260	27	23	17	31	1.97
16116888--16117261	181	2.1	181	89	1	570	27	23	18	29	1.98
16118247--16118333	45	1.9	45	85	0	120	48	10	13	27	1.75
16118613--16118676	5	12.4	5	85	11	67	0	21	0	78	0.76
16118615--16118682	30	2.3	31	87	7	104	0	22	0	77	0.76
16118613--16118691	35	2.3	35	82	8	99	0	18	1	79	0.80
16118618--16118692	10	7.5	10	77	14	66	0	18	1	80	0.79
16118615--16118692	30	2.6	29	84	6	93	0	19	1	79	0.80
16124167--16124194	5	5.6	5	100	0	56	82	0	0	17	0.68
16126599--16126639	15	2.7	15	88	3	55	31	2	0	65	1.05
16129056--16129094	19	2.1	19	85	0	51	33	23	10	33	1.88
16130287--16130440	45	3.4	44	77	9	132	34	22	14	27	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16130878--16131059	50	3.7	49	83	5	208	19	32	20	27	1.97
16130878--16131059	97	1.8	97	87	3	265	19	32	20	27	1.97
16134197--16134344	43	3.5	43	83	3	165	29	15	26	29	1.96
16140905--16140937	16	2.1	16	88	11	50	54	6	6	33	1.50
16142393--16142451	23	2.7	20	76	12	55	69	1	6	22	1.21
16152328--16152385	30	1.9	30	83	13	75	43	6	24	25	1.79
16152596--16152627	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
16152722--16152970	50	4.8	50	86	3	291	26	22	28	21	1.99
16152722--16152971	100	2.4	103	86	5	335	26	22	28	21	1.99
16159346--16159404	29	2.0	29	93	0	100	32	23	16	27	1.96
16159508--16159564	24	2.4	25	82	5	73	57	0	0	42	0.98
16159519--16159543	13	1.9	13	100	0	50	64	0	0	36	0.94
16159818--16159888	23	3.2	23	80	13	87	50	0	1	47	1.09
16160283--16160308	11	2.4	11	100	0	52	53	0	7	38	1.30
16160620--16160657	20	1.9	20	84	10	51	28	0	5	65	1.14
16162844--16162882	17	2.3	17	86	8	53	71	2	2	23	1.10
16162841--16162991	77	1.9	79	85	6	209	45	9	9	35	1.70
16168809--16168845	16	2.3	17	81	9	51	62	2	24	10	1.41
16169463--16169488	13	2.0	13	100	0	52	84	0	0	15	0.62
16172733--16172761	13	2.2	13	100	0	58	41	41	0	17	1.49
16172748--16172807	31	1.9	31	96	0	111	53	25	1	20	1.55
16172894--16172952	9	6.4	9	79	11	66	23	10	25	40	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16173806--16173836	9	3.4	9	90	0	53	25	12	22	38	1.90
16173889--16173925	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
16179533--16179570	13	2.9	13	84	0	58	28	13	18	39	1.88
16180048--16180087	13	3.1	13	77	0	53	35	27	7	30	1.84
16190676--16190860	96	1.9	97	86	9	270	43	15	21	19	1.87
16192371--16193885	353	4.3	353	87	1	2085	38	10	18	32	1.85
16196096--16196164	19	3.7	18	81	11	75	49	0	24	26	1.51
16199132--16199201	25	2.8	25	97	0	131	21	21	22	34	1.97
16206027--16206093	26	2.6	26	92	4	109	22	25	23	28	1.99
16208257--16208384	43	3.0	44	77	11	133	31	25	17	26	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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