genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  67659327

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  3  of  216  ( 25871 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
912841--912876	16	2.2	16	95	0	63	36	0	0	63	0.94
928270--928307	18	2.2	17	90	9	60	47	0	0	52	1.00
928913--928978	23	2.9	24	73	8	66	43	3	0	53	1.16
933757--933786	16	1.9	15	93	6	51	30	0	6	63	1.20
935032--935086	28	1.9	29	85	3	76	47	1	16	34	1.57
936999--937037	20	2.0	20	84	0	51	46	0	7	46	1.31
937456--937720	131	2.0	131	83	0	332	39	13	12	34	1.82
950961--951150	96	2.0	96	100	0	380	19	12	15	52	1.75
958499--958538	21	1.9	21	84	0	53	40	2	15	42	1.60
966518--966566	24	2.0	25	88	4	73	28	10	8	53	1.63
967386--967440	3	18.7	3	96	3	103	65	0	0	34	0.93
972724--972779	22	2.5	23	80	16	64	26	0	5	67	1.11
983835--983910	29	2.6	30	83	12	95	47	0	5	47	1.24
985327--985389	31	2.1	29	82	5	72	44	3	12	39	1.59
993260--993320	31	1.9	32	83	9	81	36	1	1	60	1.16
994713--995178	230	2.0	230	89	3	718	33	16	18	30	1.94
997949--997984	18	2.0	18	89	10	56	36	0	0	63	0.94
998114--998155	22	2.0	22	90	4	68	35	0	0	64	0.94
1000017--1000713	236	3.0	236	89	3	1028	34	16	18	30	1.94
1005105--1005143	18	2.0	20	85	9	55	43	0	0	56	0.99
1005136--1005203	35	1.9	35	85	5	93	35	4	0	60	1.17
1007138--1007276	66	2.1	66	87	2	199	28	14	28	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1007204--1007317	51	2.2	52	83	7	135	27	15	29	27	1.96
1008847--1008890	17	2.6	17	82	3	54	25	0	4	70	1.06
1013407--1013442	18	2.0	18	89	10	56	36	0	0	63	0.94
1015000--1015696	236	3.0	233	90	2	1052	35	16	17	30	1.92
1018077--1018180	51	2.0	51	92	3	174	43	20	18	18	1.89
1019572--1019621	9	5.6	9	75	15	50	52	2	0	46	1.12
1023679--1023708	10	3.0	10	95	0	51	43	50	6	0	1.28
1023675--1023705	14	2.2	14	94	0	53	38	51	9	0	1.35
1023666--1023708	18	2.4	18	88	0	59	39	48	11	0	1.40
1025607--1025654	24	2.0	25	92	8	82	29	29	14	27	1.95
1030200--1030315	6	19.3	6	100	0	232	50	17	0	32	1.46
1040315--1040363	26	2.0	24	84	8	62	57	4	2	36	1.30
1040622--1040672	26	1.9	27	84	11	70	68	9	1	19	1.27
1040834--1040888	9	6.2	9	83	10	69	29	1	1	67	1.11
1040834--1040955	18	6.7	17	68	18	59	31	4	0	63	1.18
1040895--1040947	26	2.0	26	82	13	65	32	7	0	60	1.25
1040956--1041022	33	2.0	33	83	11	84	25	2	4	67	1.24
1042974--1043014	21	2.0	21	95	0	73	43	24	0	31	1.54
1054587--1054644	27	2.1	27	81	6	64	36	3	0	60	1.14
1054652--1054684	17	2.1	16	88	11	50	30	0	0	69	0.88
1059591--1059631	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
1064285--1064363	39	2.0	40	95	2	142	50	10	15	24	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1070594--1070624	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
1073581--1073621	21	2.0	21	90	0	64	43	21	0	34	1.53
1073590--1073621	14	2.3	14	94	0	55	46	21	0	31	1.52
1082585--1082633	26	2.0	24	84	8	62	57	4	2	36	1.30
1082896--1082946	26	1.9	27	84	11	70	68	9	1	19	1.27
1083107--1083153	18	2.6	18	86	6	60	29	2	0	68	1.02
1083107--1083163	18	3.1	18	80	12	55	28	1	1	68	1.09
1083170--1083222	26	2.0	26	82	13	65	32	7	0	60	1.25
1083231--1083297	33	2.0	33	83	11	84	25	2	4	67	1.24
1083341--1083381	21	2.0	21	86	13	59	31	2	4	60	1.30
1097202--1097259	27	2.1	27	81	6	64	36	3	0	60	1.14
1097267--1097299	17	2.1	16	88	11	50	30	0	0	69	0.88
1102965--1103026	30	2.1	30	87	6	90	64	0	3	32	1.09
1127186--1127225	21	1.9	21	84	0	53	32	2	0	65	1.06
1132761--1132804	19	2.3	19	96	0	79	63	13	11	11	1.52
1132847--1133062	51	4.3	51	92	0	335	33	16	22	28	1.95
1136270--1136508	46	4.9	46	82	12	211	34	14	22	28	1.93
1136249--1136555	52	6.1	51	87	7	418	34	14	22	28	1.93
1136235--1136555	98	3.3	97	84	10	454	34	14	22	28	1.93
1136518--1136627	37	3.0	37	89	2	170	35	15	23	25	1.94
1153320--1153379	29	2.1	28	84	6	77	23	10	18	48	1.78
1154301--1154360	28	2.1	28	88	11	88	48	15	10	26	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1154454--1154512	31	1.9	31	86	6	84	38	1	0	59	1.08
1155046--1155088	21	2.0	21	90	0	68	39	11	6	41	1.68
1155271--1155327	30	1.9	30	82	7	71	35	3	3	57	1.33
1158618--1158669	21	2.5	21	84	3	70	26	19	1	51	1.57
1164990--1165014	13	1.9	13	100	0	50	8	0	24	68	1.16
1166108--1166420	41	7.7	40	84	10	402	27	18	23	30	1.98
1166108--1166418	82	3.8	82	93	3	486	27	18	24	29	1.98
1166108--1166418	123	2.5	123	90	5	461	27	18	24	29	1.98
1174683--1174729	21	2.2	22	92	3	78	21	38	19	21	1.94
1178242--1178268	14	1.9	14	100	0	54	51	29	0	18	1.46
1181400--1181507	15	7.2	15	67	12	78	44	7	22	25	1.79
1181394--1181517	30	4.1	30	93	1	203	43	6	24	25	1.78
1186091--1186138	15	3.2	15	71	11	53	41	8	22	27	1.82
1186085--1186148	30	2.1	31	91	2	103	40	6	26	26	1.79
1188249--1188434	73	2.5	73	98	0	354	40	24	6	28	1.79
1188435--1188466	3	10.7	3	100	0	64	68	0	0	31	0.90
1192294--1192324	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
1193679--1193729	25	2.0	26	81	11	61	37	7	5	49	1.56
1197239--1197270	14	2.3	14	94	0	55	31	0	21	46	1.52
1197239--1197279	21	2.0	21	90	0	64	34	0	21	43	1.53
1198902--1198949	24	2.0	24	84	8	62	58	4	2	35	1.29
1199164--1199204	21	2.0	21	86	13	59	60	4	2	31	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1199248--1199314	33	2.0	33	83	11	84	67	4	2	25	1.24
1199310--1199348	19	2.2	17	86	13	53	69	0	5	25	1.09
1199278--1199340	24	2.7	23	75	7	63	66	1	4	26	1.20
1199392--1199438	18	2.6	18	86	6	60	68	0	2	29	1.02
1199357--1199433	10	7.7	10	77	12	61	66	1	1	31	1.08
1199599--1199649	26	1.9	26	84	11	68	19	1	9	68	1.27
1216481--1216666	73	2.5	73	98	0	354	40	24	6	28	1.79
1216667--1216707	3	13.7	3	100	0	82	68	0	0	31	0.90
1220537--1220563	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
1221918--1221968	25	2.0	26	81	11	61	37	7	5	49	1.56
1225480--1225511	14	2.3	14	94	0	55	31	0	21	46	1.52
1225480--1225520	21	2.0	21	90	0	64	34	0	21	43	1.53
1227143--1227190	24	2.0	24	84	8	62	58	4	2	35	1.29
1227404--1227444	21	2.0	21	86	13	59	60	4	2	31	1.30
1227488--1227554	33	2.0	33	83	11	84	67	4	2	25	1.24
1227550--1227588	19	2.2	17	86	13	53	69	0	5	25	1.09
1227518--1227580	24	2.7	23	75	7	63	66	1	4	26	1.20
1227597--1227672	10	7.7	10	80	10	68	65	1	1	31	1.09
1227612--1227677	18	3.5	18	80	12	62	68	1	1	28	1.08
1227837--1227887	26	1.9	26	84	11	68	19	1	9	68	1.27
1250726--1250803	40	2.0	40	84	5	104	42	2	28	26	1.69
1250768--1250822	11	4.9	11	75	20	60	41	1	30	25	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1250752--1250785	17	1.9	18	88	5	52	35	2	32	29	1.73
1250768--1250822	22	2.5	22	83	16	69	41	1	30	25	1.66
1251747--1251775	6	4.8	6	100	0	58	34	0	13	51	1.42
1251996--1252031	17	2.1	18	89	5	56	22	16	19	41	1.90
1254887--1254949	22	2.9	22	77	13	60	63	3	4	28	1.30
1255053--1255096	20	2.2	20	88	12	63	65	0	6	27	1.17
1255053--1255096	19	2.1	22	88	12	67	65	0	6	27	1.17
1255047--1255098	21	2.7	19	81	18	63	67	0	7	25	1.17
1260527--1260577	21	2.4	22	80	3	59	45	0	7	47	1.32
1269039--1269166	7	17.7	7	65	20	50	41	2	3	52	1.33

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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