genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.75.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  67659327

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   

This is table  75  of  216  ( 25871 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22835882--22835910	14	2.1	14	100	0	58	20	51	13	13	1.75
22838183--22838352	49	3.5	49	94	0	295	45	7	2	44	1.46
22838491--22838530	21	1.9	21	85	10	55	15	15	37	32	1.88
22838771--22838813	18	2.4	18	88	0	59	44	9	27	18	1.80
22841004--22841070	31	2.2	29	86	5	89	38	0	4	56	1.19
22841021--22841079	29	2.1	29	81	9	68	35	0	6	57	1.25
22841030--22841087	30	2.0	29	86	3	80	36	0	5	58	1.20
22842255--22842283	5	5.8	5	100	0	58	41	17	20	20	1.90
22842965--22843058	45	2.1	45	97	0	179	36	2	29	31	1.70
22844988--22845018	13	2.3	14	94	5	55	35	3	9	51	1.51
22845180--22845222	16	2.7	16	85	0	59	30	23	18	27	1.98
22845175--22845238	32	2.0	32	84	6	85	34	21	15	28	1.94
22845321--22845371	24	2.1	24	88	0	75	37	21	11	29	1.89
22849682--22849706	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
22849912--22849961	17	3.0	17	77	13	50	76	6	16	2	1.08
22850644--22850672	3	9.7	3	100	0	58	34	0	0	65	0.93
22852678--22852736	24	2.5	24	88	0	91	30	20	16	32	1.95
22852600--22852862	130	2.0	129	85	2	348	36	18	14	30	1.91
22865059--22865243	101	1.8	102	84	3	257	24	16	25	33	1.96
22865057--22865245	51	3.7	50	76	7	177	24	15	26	33	1.95
22871997--22872179	49	3.8	48	76	13	166	24	17	27	31	1.97
22872107--22872183	23	3.2	24	69	22	63	22	12	31	33	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22872396--22872427	16	2.0	16	93	0	55	59	0	15	25	1.36
22874583--22874809	83	2.7	81	79	8	208	44	12	11	30	1.79
22877335--22877374	15	2.6	16	84	11	57	57	0	0	42	0.98
22877901--22877933	17	1.9	17	93	0	57	39	0	21	39	1.53
22885398--22885546	17	8.7	16	67	20	79	51	4	3	40	1.39
22886403--22886437	17	2.1	17	94	0	61	14	22	20	42	1.88
22888798--22888895	13	7.2	14	70	21	75	45	4	14	35	1.64
22889862--22889905	15	2.9	15	89	0	61	63	18	13	4	1.46
22915804--22915859	27	2.1	27	100	0	112	46	14	7	32	1.71
22920452--22920484	17	1.9	18	88	11	52	42	15	0	42	1.46
22929113--22929142	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92
22935024--22935049	3	8.7	3	100	0	52	69	0	30	0	0.89
22935471--22935531	32	1.9	31	90	9	97	42	9	6	40	1.64
22937795--22937882	43	2.0	44	86	2	124	53	1	10	35	1.42
22938826--22938878	22	2.4	22	83	0	70	30	13	26	30	1.94
22940611--22940794	73	2.5	72	76	7	181	33	19	26	20	1.97
22940611--22940805	25	7.9	25	69	13	111	33	19	26	20	1.96
22940748--22940827	26	3.2	25	78	8	83	40	21	21	17	1.92
22942835--22942948	29	3.9	28	76	11	106	36	22	15	24	1.94
22942837--22943027	58	3.3	58	78	11	189	35	22	15	27	1.94
22942880--22943043	87	1.9	83	82	7	204	34	21	14	29	1.92
22942853--22943045	29	6.8	29	76	4	144	35	20	15	28	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22946967--22947123	45	3.5	44	84	5	188	35	28	14	21	1.92
22957264--22957329	33	2.0	33	93	0	114	22	28	16	31	1.96
22960780--22960835	20	2.8	21	74	17	64	35	8	12	42	1.74
22971989--22972042	21	2.6	21	84	0	72	37	24	7	31	1.83
22990407--22990445	13	2.9	13	84	3	51	25	2	0	71	0.98
22995460--22995883	27	15.7	27	81	2	440	36	19	21	23	1.95
22996100--22996312	64	3.3	63	78	3	203	18	20	24	36	1.95
22996104--22996312	32	6.5	32	75	1	168	18	20	24	36	1.95
22996101--22996313	96	2.2	96	78	3	241	18	20	24	36	1.95
23004722--23004753	16	2.1	16	94	5	57	6	12	3	78	1.06
23006297--23006345	24	2.0	24	96	0	89	30	14	26	28	1.95
23007691--23007724	16	2.1	16	100	0	68	29	0	5	64	1.17
23007707--23007746	21	1.9	21	84	0	53	25	7	7	60	1.50
23014997--23015060	32	2.0	32	100	0	128	56	0	0	43	0.99
23015058--23015178	58	2.1	59	90	1	190	44	0	2	52	1.20
23015081--23015152	26	2.7	27	73	14	71	44	1	1	52	1.18
23018523--23018610	29	3.0	29	85	6	133	25	10	30	34	1.89
23018713--23018759	24	2.0	24	86	0	67	36	4	12	46	1.62
23019185--23019217	17	1.9	17	88	11	50	30	0	0	69	0.88
23019174--23019227	19	2.7	21	77	16	60	40	1	0	57	1.09
23026680--23026799	40	3.0	40	83	0	150	40	14	18	27	1.89
23028424--23028478	25	2.2	25	83	3	65	67	12	9	10	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23031472--23031496	11	2.3	11	100	0	50	48	8	20	24	1.76
23032457--23032517	32	1.9	32	89	0	95	39	8	26	26	1.84
23032489--23032587	39	2.5	40	81	1	110	40	12	20	27	1.87
23032715--23032809	27	3.6	26	81	8	93	42	5	22	30	1.75
23036454--23036576	43	2.9	43	85	0	156	26	12	21	39	1.88
23039068--23039109	5	8.2	5	97	2	75	57	0	0	42	0.99
23039068--23039145	5	13.7	6	79	12	53	48	1	0	50	1.09
23039067--23039177	20	6.3	19	76	17	84	46	1	0	50	1.18
23039072--23039171	25	3.9	25	71	19	64	48	2	1	49	1.19
23045776--23045826	25	2.2	22	83	16	59	64	3	7	23	1.37
23046797--23046840	21	2.2	21	84	8	56	61	6	25	6	1.46
23046727--23046880	69	2.2	69	82	6	188	55	6	29	8	1.55
23055459--23055714	39	6.5	39	87	0	350	19	32	17	30	1.95
23055597--23055657	19	3.2	19	66	13	52	16	32	19	31	1.94
23058408--23058448	20	2.0	20	100	0	82	19	4	29	46	1.71
23065409--23065458	25	2.0	25	88	7	75	40	10	10	40	1.72
23071358--23071392	17	2.0	17	88	5	52	77	0	5	17	0.96
23072525--23072575	19	2.7	18	80	14	50	58	1	3	35	1.28
23073475--23073537	24	2.5	25	80	12	58	34	3	1	60	1.22
23085571--23085860	44	6.6	44	89	0	429	30	12	16	40	1.86
23085571--23085860	88	3.3	88	92	0	481	30	12	16	40	1.86
23085574--23085861	22	13.1	22	81	1	344	29	12	17	40	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23092863--23093219	22	16.2	22	81	1	401	29	10	18	41	1.84
23092860--23093219	44	8.2	44	88	1	515	30	10	18	41	1.83
23093178--23093219	11	3.8	11	75	12	50	33	7	16	42	1.75
23104581--23104623	20	2.2	20	91	0	68	13	34	18	32	1.90
23105677--23105723	24	2.0	24	95	0	85	31	8	14	44	1.76
23107662--23107717	19	2.8	21	76	15	64	37	5	30	26	1.79
23108113--23108149	19	1.9	19	88	0	56	8	2	10	78	1.06
23109745--23109786	22	1.9	22	90	0	66	33	16	19	30	1.94
23114168--23114211	11	3.9	11	82	5	52	34	2	2	61	1.21
23126906--23126933	14	2.0	14	100	0	56	35	7	0	57	1.26
23134868--23135018	43	3.5	43	80	2	162	28	13	23	35	1.92
23135308--23135441	66	2.0	65	81	5	153	14	25	17	41	1.88
23144584--23144689	42	2.6	41	84	3	149	27	16	21	33	1.95
23157235--23157353	25	4.8	25	79	4	125	29	26	21	23	1.99
23157233--23157353	50	2.4	50	83	2	163	28	26	20	23	1.99
23184828--23184883	23	2.4	23	96	0	103	23	30	26	19	1.98
23187594--23187635	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
23187603--23187644	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
23187592--23187802	107	2.0	108	96	0	388	49	5	1	44	1.33
23187697--23187742	16	2.9	16	78	12	51	52	2	0	45	1.13
23187697--23187751	15	3.7	15	79	13	53	52	1	0	45	1.11
23187595--23187858	107	2.5	107	87	6	344	50	4	1	43	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23188602--23188628	13	2.1	13	100	0	54	22	0	29	48	1.51
23193429--23193621	50	3.7	50	82	4	215	26	21	27	23	1.99
23196504--23196749	27	9.2	27	81	1	289	40	22	18	18	1.91
23196507--23196749	53	4.5	54	81	2	310	40	22	18	18	1.91
23196504--23196749	80	3.1	80	83	2	307	40	22	18	18	1.91
23196507--23196751	107	2.3	107	85	1	348	40	22	18	18	1.91
23209089--23209139	26	2.0	26	88	0	75	35	15	29	19	1.93
23209255--23209423	32	5.3	32	82	4	189	39	21	18	20	1.92
23209255--23209708	64	7.1	64	72	11	220	38	21	19	20	1.94
23209246--23209423	96	1.9	96	85	4	252	39	21	19	19	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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