genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.18.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  67659327

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  18  of  216  ( 25871 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5671859--5671918	27	2.2	26	80	13	68	66	0	0	33	0.92
5671874--5671916	14	3.1	14	76	6	52	62	0	0	37	0.95
5672230--5672265	7	4.9	7	90	10	54	33	0	0	66	0.92
5672229--5672265	14	2.4	16	86	13	60	35	0	0	64	0.94
5672246--5672301	23	2.5	22	88	5	85	42	0	7	50	1.30
5676092--5676136	21	2.1	21	100	0	90	53	8	15	22	1.69
5677450--5677520	36	2.0	36	88	0	106	19	30	22	26	1.98
5679371--5679399	15	1.9	15	100	0	58	37	6	6	48	1.57
5693033--5693108	40	1.9	40	88	0	116	18	32	31	17	1.94
5693731--5693771	21	2.0	21	90	0	64	17	12	21	48	1.79
5706215--5706391	89	2.0	89	96	0	327	15	9	24	51	1.72
5707522--5707612	42	2.2	42	100	0	182	17	6	30	45	1.74
5707800--5707869	24	2.9	24	72	8	63	21	12	22	42	1.87
5710835--5710892	31	1.9	31	85	3	82	31	20	0	48	1.50
5711168--5711212	23	2.0	23	91	4	74	64	11	8	15	1.49
5711474--5711518	9	5.1	9	91	2	74	75	0	24	0	0.80
5711474--5711531	6	9.5	6	78	10	55	77	0	22	0	0.77
5711632--5711668	17	2.2	17	90	0	56	56	18	24	0	1.41
5711663--5711709	19	2.5	19	86	6	60	25	40	23	10	1.87
5712293--5712407	19	6.5	17	79	17	103	33	13	10	42	1.79
5712293--5712420	35	3.6	37	84	9	185	29	14	10	44	1.80
5712293--5712418	17	7.2	16	79	16	119	30	14	11	44	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5714296--5714327	15	2.0	17	88	11	50	25	3	12	59	1.48
5716288--5716665	102	3.7	102	87	1	488	13	11	33	41	1.80
5716592--5716894	45	6.7	45	79	6	301	13	15	29	41	1.86
5716288--5716755	102	4.7	100	84	5	442	13	12	32	41	1.82
5716592--5716825	90	2.6	90	90	0	360	13	16	29	41	1.86
5716626--5716883	135	1.9	135	88	4	387	13	16	28	41	1.86
5716592--5716894	90	3.4	89	84	5	351	13	15	29	41	1.86
5718011--5718154	74	1.9	74	87	2	209	33	18	19	29	1.95
5718624--5718649	12	2.2	12	100	0	52	50	0	7	42	1.31
5718624--5718661	20	1.9	20	94	0	67	47	0	10	42	1.38
5720971--5721219	50	4.8	50	85	4	284	20	29	24	26	1.99
5720970--5721219	100	2.4	104	88	6	357	20	29	24	26	1.99
5721313--5721344	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
5721555--5721612	30	1.9	30	89	0	89	31	24	3	41	1.71
5727187--5727228	19	2.2	19	87	8	59	66	2	0	30	1.04
5728568--5729059	45	10.7	45	71	13	304	12	15	28	43	1.83
5728689--5729059	90	4.1	90	87	0	519	11	15	28	44	1.81
5728685--5729066	45	8.5	44	78	6	354	12	15	28	43	1.82
5731451--5731490	19	2.2	18	86	4	53	37	7	10	45	1.66
5735337--5735364	14	2.0	14	100	0	56	35	50	0	14	1.43
5737004--5737041	18	2.2	18	90	9	62	52	5	5	36	1.47
5738288--5738352	30	2.2	30	91	2	105	9	1	47	41	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5738298--5738352	15	3.7	15	100	0	110	7	0	49	43	1.30
5738298--5738352	7	7.4	7	76	11	56	7	0	49	43	1.30
5738304--5738346	8	5.6	8	78	10	54	4	0	48	46	1.22
5738524--5738717	41	4.6	41	73	9	140	27	21	23	28	1.99
5777415--5777451	20	1.9	19	89	10	58	24	32	0	43	1.55
5778533--5778668	32	4.3	32	78	8	134	41	22	16	19	1.90
5778662--5778724	26	2.4	26	83	0	72	38	25	19	17	1.93
5778715--5778779	27	2.4	27	78	14	64	33	21	23	21	1.97
5778843--5778948	24	4.4	24	81	0	104	44	25	6	23	1.77
5778855--5778951	48	2.0	47	86	7	133	44	24	6	24	1.77
5778857--5778953	24	4.0	24	80	6	108	43	25	6	24	1.77
5778938--5778990	26	2.0	27	88	3	81	35	24	16	22	1.95
5778974--5779163	27	7.1	27	83	4	125	18	19	21	41	1.91
5778971--5779153	54	3.4	51	80	10	179	18	19	21	40	1.92
5778970--5779143	81	2.2	79	82	8	208	19	20	19	40	1.92
5780096--5780152	13	4.7	13	79	16	77	40	45	0	14	1.44
5780106--5780151	22	2.0	23	91	4	76	41	47	0	10	1.38
5780084--5780151	18	3.8	18	74	3	66	41	42	0	16	1.48
5780469--5780560	22	4.2	22	86	8	125	30	27	0	42	1.56
5780532--5780590	30	2.0	30	93	0	100	30	35	0	33	1.58
5780562--5780603	22	1.9	22	90	0	66	33	33	0	33	1.58
5780636--5780690	26	2.2	24	81	15	67	41	1	1	54	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5780638--5780694	25	2.2	26	87	9	82	42	1	1	54	1.21
5782984--5783188	23	8.4	23	80	13	225	48	25	0	26	1.52
5782972--5783189	52	4.3	52	81	14	269	48	25	0	26	1.52
5782984--5783188	51	4.2	46	79	15	232	48	25	0	26	1.52
5785225--5785503	123	2.3	124	84	4	384	31	23	15	29	1.95
5786007--5786081	37	2.0	37	92	0	105	36	5	14	44	1.68
5786097--5786138	9	4.7	9	96	0	75	23	2	19	54	1.55
5789099--5789130	15	2.1	15	94	0	55	15	6	9	68	1.36
5792878--5792924	18	2.5	18	80	16	51	36	0	17	46	1.48
5795275--5795411	4	33.5	4	69	12	82	23	8	0	67	1.24
5795508--5795537	14	2.1	15	93	6	53	26	6	0	66	1.16
5795764--5795832	26	2.7	25	80	12	77	39	4	2	53	1.36
5806028--5806219	102	1.9	101	84	3	262	13	15	31	39	1.86
5806136--5806443	90	3.4	90	84	3	379	12	16	27	42	1.85
5806136--5806436	135	2.2	134	81	4	345	12	16	27	42	1.85
5806136--5806442	45	6.8	45	81	5	298	13	16	27	42	1.85
5808955--5808992	19	2.0	19	85	10	51	63	0	2	34	1.09
5810304--5810350	14	3.4	14	75	13	53	70	12	2	14	1.26
5810292--5810350	27	2.1	29	90	6	95	67	11	3	16	1.34
5810292--5810350	29	2.1	27	87	9	84	67	11	3	16	1.34
5811393--5811438	23	2.0	23	83	8	58	30	2	4	63	1.26
5816123--5816158	19	1.9	18	88	5	54	55	22	0	22	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5821828--5821882	12	4.6	12	76	13	51	12	21	0	65	1.26
5821864--5821901	17	2.2	18	85	4	51	10	23	2	63	1.39
5827376--5827438	31	2.0	31	100	0	126	57	3	15	23	1.53
5837638--5837677	18	2.0	21	86	13	59	35	7	0	57	1.27
5844220--5844279	30	2.0	30	93	0	102	56	13	3	26	1.52
5845446--5845486	18	2.3	18	100	0	82	43	4	9	41	1.59
5851595--5851629	10	3.5	10	92	0	52	45	0	5	48	1.26
5854991--5855028	16	2.4	16	90	0	58	31	0	34	34	1.58
5855007--5855097	45	2.0	44	87	2	128	31	5	28	34	1.80
5855007--5855116	45	2.6	42	83	8	127	33	4	29	32	1.78
5855236--5855277	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
5855245--5855286	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
5859030--5859068	12	3.3	12	92	3	62	17	33	0	48	1.48
5860877--5860919	18	2.4	18	88	0	59	18	27	9	44	1.80
5861160--5861207	21	2.3	21	82	7	62	37	39	16	6	1.74
5861174--5861215	21	2.0	21	85	0	57	33	45	19	2	1.63
5864731--5864760	8	3.9	8	95	4	53	80	0	0	20	0.72
5872796--5872831	18	2.0	18	88	0	54	2	19	2	75	1.06
5891420--5891526	55	1.9	55	96	0	196	50	19	13	16	1.78
5898187--5898271	41	2.1	41	95	0	152	45	2	7	44	1.43
5901898--5901944	8	6.2	8	85	9	55	55	0	0	44	0.99
5901901--5901941	13	2.9	13	86	13	55	58	0	0	41	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5902527--5902551	4	6.2	4	100	0	50	24	0	0	76	0.80
5904415--5904460	21	2.2	21	88	0	65	8	30	36	23	1.85
5905113--5905154	21	2.0	20	86	4	57	14	11	23	50	1.76
5906411--5906470	22	2.7	23	84	5	70	61	3	3	31	1.28
5916849--5916880	15	2.3	15	89	10	50	62	21	0	15	1.32
5921956--5921993	15	2.5	15	91	0	58	28	10	34	26	1.90
5925659--5925689	5	6.0	5	92	7	53	77	19	0	3	0.90
5925659--5925689	16	2.0	15	93	6	53	77	19	0	3	0.90
5926547--5926673	37	3.2	40	74	13	120	33	23	17	25	1.96
5926579--5926684	41	2.7	40	81	7	130	33	25	16	25	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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