genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.24.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  67659327

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  24  of  216  ( 25871 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7071319--7071400	41	2.0	41	100	0	164	24	4	29	41	1.75
7073739--7073794	21	2.7	21	71	0	67	55	17	5	21	1.62
7078200--7078243	23	1.9	22	82	17	54	36	25	0	38	1.56
7078288--7078376	45	2.0	45	93	0	151	31	24	19	24	1.98
7090769--7090854	41	2.1	41	89	4	129	27	9	12	50	1.71
7091258--7091313	20	2.5	22	75	16	62	53	5	0	41	1.24
7093484--7093585	31	3.4	31	84	10	156	26	12	8	51	1.69
7093507--7093611	29	3.6	29	83	11	151	25	12	9	52	1.69
7093484--7093611	60	2.2	59	98	1	247	26	12	9	51	1.70
7094963--7095094	72	1.9	72	88	3	205	22	21	7	48	1.75
7101899--7101971	33	2.2	34	82	7	87	56	0	10	32	1.34
7103807--7104375	44	12.8	43	70	13	237	28	20	19	31	1.97
7104049--7104370	87	3.7	86	74	10	285	27	19	20	31	1.97
7103986--7104392	218	1.9	219	83	3	543	28	20	19	31	1.97
7116608--7116856	50	4.8	50	83	4	282	20	28	23	26	1.99
7116607--7116856	100	2.4	104	86	5	337	21	28	23	26	1.99
7116951--7116981	13	2.4	13	94	0	53	54	12	0	32	1.38
7117194--7117251	30	1.9	30	89	0	89	31	24	3	41	1.71
7124006--7124254	50	4.8	50	85	4	284	20	29	24	26	1.99
7124005--7124254	100	2.4	104	88	6	357	20	29	24	26	1.99
7124349--7124380	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
7124592--7124649	30	1.9	30	89	0	89	31	24	3	41	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7127006--7127078	33	2.2	34	82	7	87	56	0	10	32	1.34
7132035--7132257	52	4.6	46	88	6	275	35	14	21	28	1.93
7132049--7132240	98	1.9	99	91	6	314	34	15	21	28	1.94
7132221--7132329	37	3.0	37	91	2	177	36	16	22	24	1.94
7138741--7138773	17	1.9	17	88	11	50	24	0	0	75	0.80
7138945--7138985	9	4.3	10	78	12	50	63	7	0	29	1.21
7138896--7138971	39	1.9	39	81	5	91	60	3	0	35	1.15
7138893--7139009	48	2.5	47	72	12	114	57	3	0	39	1.16
7140477--7140883	18	22.7	17	69	16	191	44	11	11	32	1.76
7140450--7140750	71	4.3	70	76	10	258	45	11	10	32	1.74
7140760--7140883	56	2.2	55	81	9	153	45	10	12	30	1.76
7140483--7140855	35	10.4	34	71	12	178	45	10	12	31	1.76
7140759--7140876	21	6.2	20	71	18	83	44	9	13	33	1.76
7140979--7141025	17	2.8	17	84	9	69	46	10	14	27	1.78
7141522--7141547	13	2.0	13	100	0	52	0	15	0	84	0.62
7141829--7141885	9	6.1	10	80	10	59	1	17	0	80	0.79
7142382--7142558	30	6.0	29	78	8	151	40	4	20	34	1.73
7142382--7142558	60	3.0	60	80	5	198	40	4	20	34	1.73
7144228--7144274	20	2.3	21	78	14	53	65	2	0	31	1.04
7144231--7144274	19	2.2	20	80	4	54	65	2	0	31	1.05
7144511--7144542	3	10.7	3	100	0	64	68	0	0	31	0.90
7146404--7146469	26	2.5	26	85	9	98	25	30	21	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7146587--7146627	16	2.5	17	96	4	75	31	4	14	48	1.65
7146922--7146958	18	2.1	18	90	10	58	32	0	5	62	1.18
7147130--7147162	16	2.0	17	94	5	59	57	0	6	36	1.23
7148749--7148814	26	2.5	26	85	0	96	27	28	19	24	1.99
7150039--7150108	27	2.7	25	74	10	70	55	2	4	37	1.34
7150935--7150980	20	2.3	20	80	0	56	39	6	4	50	1.48
7152419--7152461	20	2.2	20	87	8	61	41	0	2	55	1.12
7158577--7158601	13	1.9	13	100	0	50	84	0	0	16	0.63
7161258--7161305	19	2.6	18	83	9	60	52	0	8	39	1.32
7162153--7162177	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
7163053--7163084	5	6.8	5	92	7	50	21	0	0	78	0.76
7163053--7163094	18	2.3	19	91	4	68	26	0	0	73	0.83
7163056--7163080	13	1.9	13	100	0	50	20	0	0	80	0.72
7163302--7163367	32	2.1	31	86	8	89	22	18	3	56	1.55
7164235--7164273	9	4.8	8	84	15	53	84	0	15	0	0.62
7164232--7164273	13	3.3	12	83	9	57	85	0	14	0	0.59
7164564--7164630	17	3.7	18	86	7	100	17	11	10	59	1.60
7164747--7164999	18	13.8	18	72	13	187	31	14	10	43	1.79
7164821--7164904	34	2.4	34	92	5	134	29	14	10	45	1.78
7164939--7165022	21	4.2	22	74	18	60	38	14	7	40	1.73
7165046--7165144	21	5.0	21	74	18	68	39	10	10	40	1.73
7165069--7165181	16	6.3	17	74	14	68	35	8	11	44	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7165047--7165125	37	2.1	38	83	4	97	39	7	10	43	1.67
7165090--7165144	20	2.7	19	89	10	83	40	12	12	34	1.82
7165059--7165179	18	6.5	18	73	14	77	37	9	10	42	1.73
7165110--7165216	37	2.9	36	78	13	112	34	10	9	45	1.70
7165123--7165216	34	2.6	35	80	12	102	37	9	8	44	1.68
7165609--7165645	14	2.8	14	80	12	51	56	0	5	37	1.22
7168812--7168890	36	2.2	36	93	0	131	7	24	13	54	1.65
7168855--7168880	13	2.0	13	100	0	52	0	30	7	61	1.24
7173058--7173083	13	2.0	13	100	0	52	0	15	0	84	0.62
7173365--7173421	9	6.1	10	80	10	59	1	17	0	80	0.79
7173920--7174096	30	6.0	29	78	8	151	40	4	20	34	1.73
7173920--7174096	60	3.0	60	80	5	198	40	4	20	34	1.73
7175765--7175811	20	2.3	21	78	14	53	65	2	0	31	1.04
7175768--7175811	19	2.2	20	80	4	54	65	2	0	31	1.05
7176048--7176076	3	9.7	3	100	0	58	68	0	0	31	0.89
7177940--7178005	26	2.5	26	85	9	98	25	30	21	22	1.99
7178123--7178163	16	2.5	17	96	4	75	31	4	14	48	1.65
7178458--7178494	18	2.1	18	90	10	58	32	0	5	62	1.18
7178665--7178698	17	2.0	17	100	0	68	58	0	5	35	1.22
7180285--7180350	26	2.5	26	85	0	96	27	28	19	24	1.99
7181575--7181644	27	2.7	25	74	10	70	55	2	4	37	1.34
7182471--7182516	20	2.3	20	80	0	56	39	6	4	50	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7183537--7183615	36	2.2	36	93	0	131	7	24	13	54	1.65
7183580--7183605	13	2.0	13	100	0	52	0	30	7	61	1.24
7189365--7189888	120	4.4	120	97	0	996	44	2	5	47	1.40
7190013--7190103	45	2.0	45	85	2	121	37	28	6	27	1.82
7190084--7190152	16	4.2	16	90	3	111	36	34	1	27	1.66
7190084--7190152	33	2.1	32	91	2	111	36	34	1	27	1.66
7191511--7191545	11	3.2	11	92	8	54	8	8	0	82	0.83
7196848--7196893	21	2.1	22	84	4	58	50	0	0	50	1.00
7197902--7197934	17	1.9	17	100	0	66	48	0	9	42	1.35
7198756--7198798	22	2.0	22	81	9	52	20	9	9	60	1.55
7206463--7206505	22	2.0	22	85	0	59	65	0	0	34	0.93
7206482--7206530	25	1.9	26	83	4	64	59	2	0	38	1.09
7206928--7206975	23	2.0	24	88	4	71	58	2	0	39	1.10
7208049--7208142	31	3.1	30	78	7	91	36	3	11	48	1.56
7208610--7208639	15	2.0	15	93	0	51	33	10	20	36	1.86
7212016--7212061	23	2.0	23	83	8	58	21	19	23	34	1.96
7224119--7224151	16	2.1	16	94	0	57	75	6	15	3	1.11
7227098--7227166	30	2.2	32	82	7	88	53	4	7	34	1.48
7228779--7228818	13	3.1	13	82	10	55	15	15	15	55	1.71
7228777--7228827	26	1.9	27	84	11	70	19	13	13	52	1.73
7233058--7233098	20	2.0	21	85	4	57	39	0	0	60	0.96
7233057--7233098	22	2.0	21	85	4	57	40	0	0	59	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7236072--7236155	42	2.0	42	92	0	141	46	17	8	27	1.77
7236074--7236168	42	2.3	42	87	1	129	48	17	5	28	1.69
7236176--7236221	19	2.4	19	85	0	65	45	15	6	32	1.71
7245408--7245484	41	1.9	39	84	10	102	18	7	35	38	1.79
7252551--7252595	17	2.7	17	82	3	56	40	0	0	60	0.97
7252589--7252627	21	1.9	21	84	5	53	33	2	0	64	1.08
7252589--7252645	23	2.6	23	83	8	66	38	1	3	56	1.27
7257147--7257267	4	30.8	4	71	6	52	25	10	0	63	1.26
7257371--7257409	14	2.8	13	85	14	51	28	7	2	61	1.37
7258048--7258081	17	1.9	18	88	5	52	44	2	2	50	1.32

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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