genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.190.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  67659327

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
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This is table  190  of  216  ( 25871 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59315924--59315979	7	7.4	7	77	18	51	35	0	50	14	1.43
59315924--59315979	15	3.6	16	83	9	55	35	0	50	14	1.43
59315918--59315979	24	2.7	24	87	7	85	35	1	50	12	1.51
59315932--59315973	15	2.5	17	81	18	61	38	0	50	11	1.40
59315940--59315979	16	2.6	15	92	4	62	37	0	50	12	1.41
59316503--59316538	19	2.0	18	89	10	56	55	5	5	33	1.46
59319978--59320015	20	1.9	20	89	10	60	60	5	0	34	1.19
59325527--59325602	24	3.2	23	76	9	73	48	0	1	50	1.09
59325541--59325584	12	3.7	11	80	14	52	52	0	2	45	1.13
59325564--59325601	14	2.4	17	87	12	55	47	0	0	52	1.00
59326369--59326417	12	4.1	12	94	0	80	36	0	10	53	1.35
59326369--59326417	6	8.2	6	88	0	71	36	0	10	53	1.35
59329883--59329918	19	2.0	18	89	10	56	61	5	0	33	1.19
59337833--59337879	18	2.6	18	79	0	58	8	14	0	76	1.01
59338527--59338610	3	27.7	3	75	11	64	26	4	2	66	1.23
59338569--59338610	22	1.9	22	90	0	66	26	0	4	69	1.08
59339099--59339497	109	3.7	109	86	4	554	30	15	19	35	1.93
59339088--59339497	218	1.9	219	89	2	646	30	15	18	35	1.92
59342820--59342856	17	2.1	18	90	5	58	29	24	0	45	1.53
59343584--59343638	7	7.6	7	82	13	67	83	0	14	1	0.73
59343584--59343631	15	3.2	15	91	5	71	85	0	14	0	0.60
59343573--59343638	22	2.9	23	84	8	82	80	0	16	3	0.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59343594--59343631	16	2.4	16	95	4	69	86	0	13	0	0.56
59345716--59346030	44	7.2	44	64	16	150	26	25	22	24	2.00
59345716--59346049	88	3.8	88	91	1	508	26	25	23	24	2.00
59346876--59346922	18	2.6	18	79	0	58	8	14	0	76	1.01
59347551--59347631	3	26.7	3	78	12	67	27	4	3	64	1.31
59347929--59348006	22	3.5	22	74	19	72	17	3	7	70	1.27
59347947--59348006	4	15.0	4	77	10	52	20	3	6	70	1.25
59348125--59348533	109	3.7	109	85	4	545	29	15	18	35	1.92
59348113--59348533	219	1.9	220	89	2	650	29	15	18	36	1.92
59365148--59365199	15	3.5	15	77	15	54	61	1	1	34	1.18
59367014--59367262	44	5.6	44	69	5	178	27	22	19	30	1.98
59367034--59367271	89	2.7	89	88	0	359	26	23	18	31	1.97
59379165--59379227	3	21.7	3	74	18	53	63	3	3	30	1.25
59381434--59381494	20	3.2	19	86	4	70	59	4	0	36	1.19
59381453--59381514	19	3.3	19	80	13	58	56	3	0	40	1.15
59381480--59381548	35	2.0	35	82	5	86	59	2	1	36	1.21
59383601--59383668	31	2.2	32	91	2	111	57	2	7	32	1.41
59386366--59386577	51	4.2	51	91	1	329	31	23	13	31	1.93
59386366--59386577	101	2.1	101	90	0	334	31	23	13	31	1.93
59386651--59386683	17	1.9	17	88	11	50	45	21	0	33	1.52
59389317--59389347	15	2.1	15	93	0	53	9	0	70	19	1.14
59398368--59398416	22	2.2	23	88	3	73	59	0	0	40	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59398344--59398410	10	6.5	10	70	13	55	64	1	0	34	1.03
59398372--59398423	22	2.4	22	83	0	68	59	0	0	40	0.97
59400682--59400725	16	2.7	17	86	10	65	47	0	18	34	1.49
59412478--59412540	29	2.2	28	83	13	83	68	3	4	23	1.24
59412500--59412751	9	27.6	9	66	16	90	61	2	1	34	1.22
59412583--59412658	29	2.7	29	82	9	95	65	2	0	31	1.06
59413774--59413806	16	2.0	17	88	5	50	45	0	9	45	1.35
59414024--59414096	30	2.6	28	75	16	69	38	1	8	52	1.40
59414178--59414239	17	3.8	17	70	20	51	37	1	1	59	1.17
59414188--59414239	17	3.2	17	75	20	58	38	0	1	59	1.08
59414785--59414810	9	2.9	9	100	0	52	0	0	7	92	0.39
59419271--59419295	13	1.9	13	100	0	50	36	0	0	64	0.94
59425920--59425972	21	2.5	21	78	0	61	33	35	3	26	1.75
59431178--59431333	84	1.9	84	82	8	201	22	17	28	31	1.96
59431163--59431333	43	4.0	43	77	8	179	21	16	28	33	1.95
59439250--59439280	15	2.1	15	93	0	53	41	22	9	25	1.84
59476057--59476100	21	2.0	21	82	8	52	43	11	0	45	1.40
59482880--59482924	15	2.9	16	75	21	51	53	0	0	46	1.00
59482884--59482932	21	2.3	21	79	6	55	48	0	0	51	1.00
59483497--59483521	2	12.5	2	100	0	50	52	0	48	0	1.00
59490016--59490062	24	2.0	24	84	16	62	29	0	19	51	1.47
59490218--59490358	40	3.6	39	74	8	117	27	17	23	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59494262--59494798	266	2.0	267	96	1	988	34	18	6	40	1.77
59498230--59498303	23	3.3	22	75	11	62	21	31	18	28	1.97
59502343--59502412	35	2.0	35	100	0	140	31	8	20	40	1.82
59504487--59504526	14	2.9	13	82	10	53	52	7	0	40	1.30
59504500--59504580	33	2.5	33	80	8	94	53	17	1	28	1.52
59504582--59504619	20	2.0	20	89	5	60	50	7	2	39	1.46
59507378--59507407	2	15.0	2	92	0	51	0	53	0	46	1.00
59514140--59514193	22	2.5	22	78	9	56	53	1	0	44	1.11
59517831--59517855	13	1.9	13	100	0	50	36	0	0	64	0.94
59524480--59524532	21	2.5	21	78	0	61	33	35	3	26	1.75
59529736--59529891	84	1.9	84	82	8	201	22	17	28	31	1.96
59529721--59529891	43	4.0	43	77	8	179	21	16	28	33	1.95
59537807--59537837	15	2.1	15	93	0	53	41	22	9	25	1.84
59547668--59547721	22	2.5	22	78	9	56	53	1	0	44	1.11
59560783--59560814	12	2.8	11	90	9	55	62	0	3	34	1.11
59562542--59563085	50	10.9	50	67	5	294	24	22	22	30	1.99
59562482--59563085	99	6.1	99	84	3	730	24	22	22	30	1.99
59562482--59563085	199	3.0	197	86	3	791	24	22	22	30	1.99
59563118--59563225	45	2.4	45	90	0	171	36	23	16	24	1.94
59563256--59563527	127	2.1	127	92	0	454	25	20	22	31	1.98
59563472--59563599	41	3.0	44	69	11	120	26	19	21	32	1.97
59563345--59563733	212	1.8	212	91	1	645	25	20	22	32	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59563638--59563860	43	5.3	41	71	10	110	25	20	23	30	1.99
59563674--59563972	40	7.1	39	66	21	101	23	21	23	31	1.98
59563557--59563993	127	3.4	127	93	0	730	24	20	23	31	1.98
59564001--59564664	45	14.8	45	88	4	864	29	24	17	28	1.97
59565686--59565724	17	2.2	18	90	4	62	5	10	0	84	0.76
59565851--59565878	12	2.3	12	100	0	56	25	17	14	42	1.87
59566194--59566243	22	2.3	21	82	6	55	4	14	2	80	0.95
59571795--59571871	19	3.7	21	76	13	68	41	16	3	37	1.67
59571831--59571884	19	2.8	19	94	0	99	37	16	9	37	1.81
59575386--59575460	28	2.7	28	87	4	107	42	10	1	45	1.47
59575446--59575483	17	2.2	18	90	4	60	71	15	0	13	1.16
59575535--59575601	27	2.5	27	92	0	107	26	29	28	14	1.96
59575645--59575769	4	30.5	4	72	19	80	66	0	32	0	0.98
59575639--59575769	26	5.8	22	74	18	110	65	0	33	0	0.98
59575640--59575755	26	4.7	26	77	13	118	66	0	32	0	0.98
59575692--59575820	34	4.0	33	71	17	103	66	0	31	0	1.02
59575703--59575833	21	6.3	20	72	20	99	66	0	32	0	1.03
59582142--59582247	26	3.3	36	67	26	101	50	11	0	36	1.45
59582395--59582435	3	13.7	3	100	0	82	68	31	0	0	0.90
59582683--59582758	27	2.8	27	85	0	107	15	28	28	26	1.96
59582829--59582901	28	2.6	28	86	2	101	47	1	10	39	1.47
59598676--59598727	15	3.2	15	75	19	59	44	0	0	55	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59598679--59598733	17	3.2	16	72	27	51	45	0	0	54	0.99
59601319--59601468	37	3.9	37	86	11	187	26	21	14	37	1.92
59601391--59601659	46	5.6	46	88	6	340	28	22	13	35	1.92
59601434--59601653	52	4.3	52	86	8	308	27	22	13	35	1.92
59603670--59603819	68	2.2	68	84	4	187	23	23	20	33	1.97
59603923--59604033	35	3.0	39	67	22	101	22	27	24	25	2.00
59603896--59604033	73	1.9	73	89	0	213	22	27	25	24	2.00
59610396--59610447	16	3.2	16	91	0	77	28	0	34	36	1.58
59610428--59610522	45	2.1	44	84	1	118	35	5	25	33	1.78
59610684--59610717	17	2.0	17	88	11	52	55	0	0	44	0.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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