genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.22.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  67659327

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  22  of  216  ( 25871 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6691412--6691437	11	2.4	11	100	0	52	61	0	0	38	0.96
6693775--6693884	23	5.1	21	80	9	132	38	21	20	20	1.94
6693775--6693883	44	2.5	42	82	10	130	38	22	20	19	1.93
6694779--6694836	18	3.3	18	72	15	50	0	18	5	75	0.98
6694811--6694836	6	4.3	6	100	0	52	0	15	0	84	0.62
6694787--6694830	22	2.0	22	87	12	65	0	15	6	77	0.97
6694869--6694925	3	19.7	3	83	7	73	59	0	0	40	0.97
6695048--6695116	28	2.5	27	79	11	68	43	0	1	55	1.08
6695078--6695109	16	2.1	16	94	5	57	40	0	0	59	0.97
6695065--6695117	27	2.1	25	86	10	72	43	0	0	56	0.99
6697225--6697265	20	2.0	20	85	0	55	36	2	9	51	1.48
6697286--6697367	34	2.4	34	80	9	89	31	1	12	54	1.45
6697713--6697791	23	3.3	23	68	25	63	26	22	21	29	1.99
6697700--6697800	50	2.0	50	96	0	184	26	21	23	27	1.99
6705715--6705796	42	2.0	42	82	4	103	30	25	15	28	1.96
6707092--6707150	28	2.2	26	81	6	64	55	1	10	32	1.43
6709122--6710271	44	25.8	44	80	7	1068	29	25	14	30	1.95
6709151--6710295	89	12.8	84	79	11	834	29	25	15	30	1.95
6711601--6711643	7	6.3	7	84	15	54	16	16	0	67	1.24
6711601--6711634	6	5.3	6	89	10	50	14	17	0	67	1.23
6711583--6711642	13	4.5	13	79	10	59	15	20	1	63	1.39
6716896--6716931	18	2.0	18	94	0	63	33	25	16	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6718252--6718297	23	2.0	22	88	12	67	52	10	15	21	1.73
6718320--6718361	14	3.2	13	83	12	50	57	9	14	19	1.64
6719022--6719098	23	3.4	22	87	3	100	16	23	23	36	1.94
6721966--6722026	17	3.5	17	70	16	61	32	1	8	57	1.38
6721967--6722038	36	2.0	36	100	0	144	36	2	8	52	1.46
6732914--6732938	13	1.9	13	100	0	50	36	8	16	40	1.77
6737971--6738024	20	2.7	21	80	11	69	31	3	0	64	1.11
6737975--6738032	20	3.0	20	75	12	66	34	5	0	60	1.19
6739220--6739256	6	6.2	6	100	0	74	16	35	0	48	1.46
6748045--6748076	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
6748171--6748412	50	4.7	50	85	3	277	26	24	29	19	1.99
6748171--6748420	100	2.4	103	86	5	344	26	24	29	20	1.99
6750219--6750268	23	2.2	23	100	0	100	60	4	12	24	1.49
6750598--6750655	28	2.1	28	96	0	107	46	6	1	44	1.40
6752213--6752384	86	2.0	86	94	2	301	49	6	4	38	1.51
6752430--6752486	16	3.6	16	87	0	87	45	3	3	47	1.37
6752457--6752507	22	2.3	23	74	19	54	43	1	1	52	1.23
6755042--6755114	32	2.2	32	82	4	83	41	6	9	42	1.64
6755977--6756028	6	8.7	6	100	0	104	17	17	34	30	1.93
6756995--6757028	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
6761634--6761667	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
6762165--6762217	24	2.2	24	83	6	63	45	15	20	18	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6763226--6763334	22	4.6	24	82	9	118	41	19	22	16	1.90
6766080--6766155	38	2.0	38	94	0	134	27	14	6	51	1.67
6774243--6774304	20	3.0	22	82	15	80	33	4	0	61	1.17
6775626--6775657	13	2.5	13	100	0	64	31	12	15	40	1.85
6776412--6776475	24	2.7	24	97	0	119	43	0	4	51	1.22
6780019--6780252	125	1.9	126	83	2	310	34	15	14	34	1.89
6780477--6780520	22	2.0	22	100	0	88	27	18	0	54	1.44
6783701--6783740	17	2.4	17	86	0	53	87	5	2	5	0.73
6784131--6784178	16	2.8	17	87	9	71	81	0	16	2	0.79
6784133--6784180	24	2.0	24	84	8	62	81	0	16	2	0.79
6785210--6785848	100	6.4	100	84	2	775	32	23	20	24	1.98
6785221--6785848	50	12.6	50	71	6	407	32	22	19	25	1.98
6786095--6786297	41	4.9	41	74	5	165	30	22	21	26	1.99
6785903--6786199	148	2.0	148	97	0	567	29	22	20	27	1.99
6787038--6787086	24	2.0	24	84	15	64	12	10	2	75	1.13
6788568--6788818	125	2.0	127	85	3	337	33	16	15	33	1.91
6788606--6788895	125	2.3	124	80	5	303	32	16	16	34	1.92
6790792--6790834	16	2.4	18	81	14	54	30	4	4	60	1.37
6792560--6792595	16	2.2	16	90	0	54	19	13	19	47	1.83
6794335--6794393	29	2.0	29	96	0	109	28	15	6	49	1.70
6795198--6795239	8	5.1	8	94	5	75	76	11	0	11	1.03
6795222--6795270	6	7.8	6	93	6	80	69	14	0	16	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6795198--6795239	17	2.5	17	96	3	77	76	11	0	11	1.03
6795289--6795325	18	2.0	19	94	5	67	81	0	18	0	0.70
6796242--6796328	46	1.9	45	86	6	122	45	19	18	16	1.85
6796321--6796366	9	5.1	9	75	19	51	82	4	0	13	0.81
6796439--6796518	42	1.9	42	84	0	106	30	11	30	28	1.91
6797660--6798160	259	1.9	259	88	1	745	29	17	25	27	1.97
6798457--6798758	126	2.4	126	82	2	340	31	15	18	34	1.92
6799015--6799110	47	2.0	47	97	0	183	31	14	21	32	1.94
6802134--6802164	14	2.1	15	94	5	55	58	16	0	25	1.38
6802900--6803024	29	4.2	28	74	12	99	35	17	4	43	1.68
6802899--6803030	60	2.2	60	83	4	160	34	16	4	44	1.68
6803375--6803440	7	8.9	7	78	18	55	80	0	19	0	0.72
6803373--6803460	10	8.5	10	72	15	63	80	0	18	1	0.77
6803374--6803460	28	3.2	27	69	23	58	80	0	18	1	0.78
6803373--6803460	31	2.7	31	80	5	95	80	0	18	1	0.77
6803372--6803453	6	13.5	6	74	16	62	79	0	20	0	0.74
6803372--6803440	13	5.5	13	78	14	74	79	0	20	0	0.73
6803691--6803759	11	6.0	11	72	21	61	73	0	26	0	0.83
6803706--6803759	9	6.1	9	76	4	56	74	0	25	0	0.83
6803695--6803760	33	2.0	33	87	0	96	72	0	27	0	0.85
6803697--6803754	7	8.6	7	74	11	50	72	0	27	0	0.85
6803711--6803760	26	1.9	25	84	15	66	74	0	26	0	0.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6804118--6804183	13	5.1	13	79	0	69	31	7	24	36	1.83
6805875--6805919	11	4.0	11	80	5	54	62	2	0	35	1.08
6807951--6808000	26	1.9	26	87	0	73	18	46	20	16	1.85
6808254--6808287	16	2.1	17	94	5	61	17	2	8	70	1.25
6809018--6809054	4	9.5	4	83	16	51	21	2	0	75	0.92
6809018--6809054	13	2.8	13	91	4	56	21	2	0	75	0.92
6809083--6809127	19	2.3	19	84	3	54	35	2	2	60	1.22
6813491--6813539	26	1.9	26	88	12	75	16	14	8	61	1.56
6814263--6815053	268	3.0	267	87	1	1129	28	19	24	26	1.99
6815072--6815171	44	2.3	44	85	3	130	32	18	21	29	1.96
6815188--6815346	44	3.6	45	76	14	150	31	19	22	26	1.98
6816915--6816939	13	1.9	13	100	0	50	24	4	0	72	1.02
6820528--6820613	33	2.6	34	72	17	83	36	9	3	51	1.51
6824107--6824143	13	3.0	13	88	7	51	72	0	5	21	1.04
6824198--6824222	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
6824753--6824777	7	3.6	7	100	0	50	0	12	0	88	0.53
6825238--6825268	14	2.1	15	94	5	55	16	6	32	45	1.72
6826386--6826476	42	2.2	42	85	0	119	25	16	29	28	1.97
6829032--6829062	6	5.2	6	100	0	62	16	35	0	48	1.46
6830732--6830764	14	2.2	16	89	10	52	66	0	0	33	0.92
6837293--6837435	75	1.9	76	92	1	243	25	4	24	44	1.73
6837757--6837790	15	2.3	15	89	0	50	20	0	5	73	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6837796--6837883	23	3.8	23	83	4	97	30	13	18	37	1.89
6837819--6837860	12	3.6	12	77	6	50	23	14	21	40	1.90
6837850--6837894	23	2.0	23	82	8	56	42	11	17	28	1.84
6843180--6843228	23	2.1	24	85	11	66	2	40	0	57	1.10
6848592--6848627	18	2.0	18	89	10	56	2	22	5	69	1.22
6854326--6854402	15	5.1	15	80	12	70	77	3	6	11	1.08
6854362--6854409	21	2.2	21	85	3	60	79	4	8	8	1.06
6854360--6854410	15	3.4	15	84	7	68	80	3	7	7	1.01
6854369--6854416	21	2.2	21	88	3	69	81	2	10	6	0.95
6856643--6856737	44	2.2	44	82	3	111	29	17	22	30	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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