genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.191.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  67659327

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  191  of  216  ( 25871 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59610642--59610713	27	2.7	27	78	6	83	52	2	0	44	1.15
59610830--59610864	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
59610603--59610876	147	1.9	148	94	2	489	46	3	2	47	1.35
59610932--59610984	16	3.4	17	73	21	53	56	0	0	43	0.99
59610858--59611044	60	3.1	59	66	13	157	49	6	2	41	1.42
59610810--59611104	119	2.5	120	93	2	495	50	4	2	43	1.35
59614361--59614412	20	2.7	20	74	14	54	51	0	0	48	1.00
59615060--59615126	27	2.4	27	83	11	82	58	1	4	35	1.28
59615051--59615145	28	3.4	27	79	16	97	58	1	5	34	1.27
59615135--59615214	20	4.1	19	75	15	56	62	1	5	31	1.24
59615161--59615251	20	4.6	19	73	9	67	59	1	4	35	1.25
59615157--59615251	10	10.0	9	69	17	59	58	1	4	35	1.24
59615129--59615275	59	2.5	60	79	11	144	59	1	5	33	1.28
59615514--59615578	19	3.3	20	79	14	66	55	3	1	40	1.25
59615528--59615580	19	2.8	19	86	8	74	56	1	0	41	1.10
59617673--59617733	20	2.9	20	76	11	68	34	0	4	60	1.18
59618183--59618322	72	2.0	70	86	5	194	41	10	10	38	1.72
59624708--59624739	17	1.9	17	93	6	57	18	0	37	43	1.51
59624736--59625585	23	36.5	23	79	8	873	25	2	23	48	1.61
59624736--59625584	46	18.2	46	84	5	987	25	2	23	48	1.61
59625652--59625700	25	2.0	25	100	0	98	40	14	0	44	1.45
59626108--59626145	18	2.1	18	90	0	58	42	7	26	23	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59626990--59627027	20	1.9	20	84	10	51	55	7	2	34	1.43
59627995--59628069	22	3.4	22	81	7	89	45	0	30	24	1.53
59628035--59628068	11	3.0	11	95	4	59	47	0	35	17	1.48
59630850--59631159	107	3.1	92	81	15	327	38	13	16	31	1.88
59633641--59634323	104	6.6	102	86	7	881	31	15	14	38	1.88
59634316--59634349	15	2.4	14	85	9	50	0	11	2	85	0.71
59640787--59640830	11	3.8	11	82	11	61	38	0	0	61	0.96
59642720--59643014	101	3.0	100	83	7	324	32	14	23	29	1.94
59642835--59643014	90	2.0	90	90	4	283	32	15	22	30	1.94
59642853--59643038	90	2.1	90	81	4	214	34	13	23	28	1.93
59643008--59643073	25	2.7	25	84	11	75	50	3	24	22	1.63
59645420--59645509	21	4.3	22	66	16	64	44	17	20	17	1.87
59645380--59645472	42	2.2	42	82	3	107	45	19	19	16	1.86
59655106--59655152	8	5.9	8	80	7	51	29	2	10	57	1.44
59655106--59655152	16	2.9	16	80	0	58	29	2	10	57	1.44
59659424--59659471	21	2.3	21	85	0	60	47	0	2	50	1.12
59668648--59668794	73	2.0	73	95	0	267	26	21	21	31	1.98
59670243--59671238	133	7.5	133	90	2	1380	28	16	25	29	1.96
59670247--59671253	44	22.7	44	76	10	777	28	16	25	29	1.96
59674483--59674556	30	2.5	31	82	4	80	43	5	12	39	1.65
59677556--59677670	57	2.0	56	93	1	194	26	13	19	40	1.88
59686635--59686680	5	9.2	5	95	0	83	17	19	19	43	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59716044--59716132	21	4.2	21	69	11	56	16	21	19	42	1.89
59716117--59716168	21	2.5	21	72	12	52	19	30	15	34	1.93
59722933--59722972	18	2.1	19	90	9	64	25	0	5	70	1.08
59722933--59723005	19	3.9	20	76	18	68	34	1	2	61	1.19
59722967--59723007	20	2.0	21	86	9	59	43	2	0	53	1.13
59723199--59723253	16	3.4	16	85	9	76	40	5	25	29	1.78
59726351--59727786	44	32.4	43	73	9	784	27	22	18	31	1.97
59726314--59727791	89	16.7	89	85	3	1445	27	22	17	31	1.97
59726314--59727792	222	6.7	221	80	6	1267	27	22	17	31	1.97
59726395--59727792	400	3.5	399	87	1	1833	27	22	17	31	1.97
59745137--59745179	18	2.2	20	84	8	54	53	4	4	37	1.43
59745207--59745244	14	2.7	14	84	11	51	57	0	2	39	1.12
59745407--59745464	3	19.0	3	85	3	80	63	1	3	31	1.21
59746171--59746215	18	2.6	17	79	6	54	82	6	2	8	0.93
59747929--59747969	16	2.7	15	85	10	57	65	0	7	26	1.18
59748536--59748600	22	3.1	21	75	12	53	43	15	4	36	1.67
59748913--59748939	13	2.1	13	100	0	54	33	7	14	44	1.73
59769968--59770030	32	2.0	32	93	0	108	22	11	26	39	1.87
59787831--59787863	16	2.1	16	100	0	66	27	12	6	54	1.60
59789483--59789524	20	2.0	21	86	4	59	52	2	16	28	1.56
59789937--59789961	13	1.9	13	100	0	50	56	16	0	28	1.41
59794999--59795157	42	3.8	42	84	2	158	18	18	18	44	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59795096--59795168	21	3.5	21	76	0	83	17	19	17	45	1.86
59799501--59799688	45	4.2	44	71	20	133	30	27	18	24	1.98
59808851--59808989	46	3.0	46	88	2	199	35	9	25	29	1.87
59809177--59809205	13	2.1	14	93	6	51	27	0	13	58	1.36
59820856--59820898	19	2.3	19	83	0	50	67	4	6	20	1.33
59826000--59826041	17	2.6	16	88	3	66	35	0	0	64	0.94
59827985--59828102	58	2.0	58	81	0	137	34	22	22	20	1.96
59828259--59828529	50	5.4	50	71	8	158	32	17	25	25	1.97
59828245--59828488	100	2.4	100	77	5	253	32	15	25	25	1.96
59828259--59828533	150	1.8	150	79	4	322	32	17	25	25	1.97
59828493--59828636	50	2.9	50	78	10	141	38	20	20	21	1.94
59829958--59830034	22	3.4	22	64	7	64	33	2	25	37	1.70
59829953--59830047	46	2.1	46	100	0	190	31	2	23	43	1.65
59841200--59842207	23	40.9	23	78	14	941	28	0	22	48	1.54
59841131--59842207	74	14.4	75	78	12	955	28	0	23	47	1.55
59844464--59844520	28	2.0	28	90	6	89	57	1	0	40	1.09
59844562--59844603	22	1.9	22	90	0	66	33	0	33	33	1.58
59844575--59844633	30	2.0	30	93	0	100	33	0	35	30	1.58
59844553--59844655	52	2.0	51	85	9	138	34	0	33	32	1.58
59844605--59844696	22	4.2	22	83	10	125	40	0	29	30	1.57
59844605--59844696	44	2.1	44	89	4	141	40	0	29	30	1.57
59845797--59845853	29	2.0	29	89	0	87	28	8	12	50	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59851342--59851397	20	2.8	20	76	13	60	66	0	3	30	1.09
59851343--59851444	19	5.3	18	75	11	78	63	0	2	32	1.16
59851343--59851449	29	3.7	29	82	7	121	61	0	2	34	1.17
59851348--59851449	10	10.3	10	74	13	86	59	0	2	36	1.19
59855526--59855585	28	2.1	28	93	0	102	30	31	16	21	1.96
59855829--59855856	7	4.0	7	100	0	56	28	28	28	14	1.95
59859220--59859257	17	2.3	17	90	4	60	60	7	5	26	1.46
59862693--59862719	11	2.5	11	100	0	54	33	29	22	14	1.94
59867013--59867053	21	2.0	20	85	4	55	19	17	26	36	1.94
59875911--59876020	41	2.8	40	74	10	118	24	14	23	37	1.92
59876878--59876957	41	1.9	42	87	7	119	21	25	35	18	1.96
59878474--59878511	11	3.5	11	79	13	51	31	0	0	68	0.90
59878472--59878535	22	3.0	23	84	11	82	34	0	0	65	0.93
59884780--59884822	19	2.1	21	87	8	63	48	18	6	25	1.73
59885978--59886099	63	1.9	64	88	3	183	45	13	4	36	1.65
59891080--59891264	46	4.0	46	94	0	316	28	28	9	34	1.88
59896378--59896508	65	2.0	65	100	0	262	29	7	22	39	1.82
59897469--59897555	45	2.0	45	90	2	140	26	17	22	33	1.96
59897601--59897644	23	1.9	22	82	17	54	38	0	25	36	1.56
59901086--59901125	12	3.3	12	89	0	62	65	0	5	30	1.14
59902986--59903284	45	6.7	45	78	2	269	30	24	18	26	1.98
59906006--59906141	45	3.0	45	92	0	209	31	22	14	30	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59906008--59906156	45	3.3	45	91	0	208	31	22	14	32	1.93
59906037--59906175	45	3.1	45	85	0	125	32	24	13	29	1.94
59915751--59915784	16	2.1	16	88	0	50	44	20	14	20	1.87
59919103--59919351	50	4.8	50	88	3	336	21	29	23	25	1.99
59919446--59919477	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
59921499--59921533	10	3.2	11	88	12	54	17	37	0	45	1.48
59921514--59921637	51	2.5	51	93	4	207	28	28	1	41	1.65
59923918--59924000	25	3.3	25	86	0	112	40	2	13	43	1.57
59924025--59924318	29	10.2	29	94	1	495	42	25	3	28	1.71
59924025--59924318	86	3.4	86	93	1	500	42	25	3	28	1.71

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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