genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.76.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  67659327

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  76  of  216  ( 25871 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23209462--23209708	32	7.7	32	76	4	173	36	21	21	21	1.95
23209170--23209676	253	2.0	254	88	1	748	39	20	19	21	1.93
23209462--23209708	96	2.6	96	80	5	286	36	21	21	21	1.95
23209879--23209961	24	3.5	23	78	4	85	46	25	7	20	1.76
23210009--23210287	27	10.4	27	81	1	265	24	20	17	36	1.94
23218456--23218507	17	3.2	16	81	10	61	46	15	7	30	1.74
23218462--23218516	17	3.2	17	87	5	76	45	14	7	32	1.72
23218479--23218524	17	2.7	17	89	0	74	43	13	4	39	1.63
23219192--23219235	18	2.4	18	80	0	52	50	18	2	29	1.59
23219495--23219617	31	3.9	31	75	14	101	49	16	4	30	1.64
23221235--23221273	18	2.2	18	85	0	51	30	7	2	58	1.39
23223055--23223134	42	2.0	40	85	7	108	41	10	25	23	1.85
23229676--23229722	23	2.0	23	84	8	60	55	2	2	40	1.24
23232571--23232616	23	1.9	25	86	8	69	36	6	13	43	1.69
23234296--23234753	54	8.5	53	78	3	360	44	20	16	18	1.86
23234328--23234752	81	5.3	81	77	9	375	44	20	16	17	1.86
23234324--23234764	27	16.4	26	77	8	287	44	21	16	17	1.86
23235126--23235204	28	2.8	28	86	0	113	24	20	25	30	1.98
23242686--23242791	30	3.6	29	77	10	88	25	23	13	37	1.91
23245700--23245912	49	4.3	49	71	15	179	25	25	13	35	1.93
23245846--23246024	98	1.8	98	80	4	218	27	25	15	31	1.95
23245703--23246010	147	2.1	147	95	0	553	26	25	14	33	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23245703--23246073	147	2.5	147	88	2	451	27	25	15	32	1.95
23248712--23248831	57	2.1	58	85	4	163	29	18	5	46	1.72
23257091--23257125	18	1.9	18	88	0	52	54	5	0	40	1.24
23276503--23276577	38	2.0	38	94	0	132	52	2	2	42	1.29
23277208--23277289	37	2.2	37	86	4	112	43	3	0	52	1.18
23277275--23277364	33	2.8	33	78	8	85	40	1	1	57	1.13
23278290--23278324	4	8.8	4	100	0	70	51	22	0	25	1.48
23280362--23280403	22	1.9	22	85	9	59	64	0	0	35	0.94
23287805--23287860	22	2.5	23	82	2	69	51	1	1	44	1.22
23287836--23287875	16	2.5	16	91	0	62	47	2	7	42	1.45
23287882--23288044	77	2.1	76	96	3	310	38	3	9	49	1.53
23287948--23287984	9	4.1	9	100	0	74	32	0	10	56	1.34
23294951--23294977	7	3.9	7	100	0	54	29	11	14	44	1.80
23296658--23296819	67	2.4	67	84	0	198	25	22	18	33	1.97
23299068--23299150	43	1.9	43	87	0	121	15	14	28	40	1.87
23299208--23299368	61	2.6	61	85	4	209	31	16	23	28	1.96
23299205--23299411	61	3.4	60	80	9	199	32	14	22	29	1.94
23310900--23311015	30	4.0	28	79	8	124	28	25	26	19	1.99
23311127--23311203	26	3.0	26	82	0	109	38	25	20	14	1.91
23311385--23311578	27	7.2	27	84	2	255	25	14	15	44	1.85
23315266--23315458	63	3.1	62	84	5	235	30	27	15	26	1.96
23337394--23337442	17	2.7	18	81	15	57	44	6	2	46	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23338438--23338507	31	2.3	31	82	5	79	48	8	14	28	1.73
23342936--23342960	6	4.2	6	100	0	50	0	36	16	48	1.46
23342997--23343021	12	2.1	12	100	0	50	60	0	40	0	0.97
23343487--23343511	13	1.9	13	100	0	50	72	12	0	16	1.13
23344310--23344334	13	1.9	13	100	0	50	60	0	16	24	1.36
23347474--23347504	15	2.1	15	93	0	53	35	6	35	22	1.80
23350606--23350691	43	2.0	43	86	0	118	25	20	1	52	1.54
23350649--23350686	18	2.2	17	86	9	51	15	26	0	57	1.38
23358453--23358674	40	5.6	40	84	7	274	24	21	28	25	1.99
23365754--23365978	40	5.7	40	84	7	280	24	22	28	25	1.99
23377054--23377106	21	2.5	21	90	0	79	32	20	20	26	1.98
23386933--23386982	21	2.4	20	80	9	55	12	36	30	22	1.90
23387725--23387963	75	3.2	75	89	0	361	22	19	25	32	1.97
23399554--23399634	41	2.0	42	92	2	137	20	27	33	18	1.96
23403435--23403472	18	2.1	18	90	0	58	21	31	5	42	1.75
23410943--23410978	18	1.9	19	88	5	56	75	19	0	5	1.00
23415193--23415261	26	2.6	26	83	2	75	34	4	4	56	1.39
23415219--23415272	26	2.1	26	82	6	65	37	3	0	59	1.15
23415240--23415291	19	2.5	21	81	9	63	40	3	0	55	1.18
23415303--23415372	13	5.2	14	71	23	53	24	0	2	72	0.98
23415316--23415413	24	4.1	24	74	11	94	22	1	5	71	1.12
23415317--23415407	25	3.6	24	75	11	69	20	1	4	73	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23415306--23415399	49	1.9	49	80	4	109	22	1	5	71	1.13
23415314--23415385	9	8.8	8	70	21	51	20	0	2	76	0.91
23419952--23420049	41	2.4	41	86	5	144	26	23	23	26	2.00
23422287--23422316	11	2.7	11	94	0	51	43	16	3	36	1.65
23423389--23423501	51	2.2	51	80	12	117	38	13	6	42	1.69
23426622--23426686	31	2.0	33	85	11	91	55	0	1	43	1.09
23431109--23431167	25	2.4	25	88	5	84	20	25	22	32	1.98
23431121--23431223	25	4.2	26	81	7	108	23	23	20	33	1.97
23448775--23448847	20	4.1	20	67	29	65	46	21	24	6	1.76
23448777--23448839	31	2.0	31	100	0	126	46	22	25	6	1.75
23453505--23453641	50	2.6	51	81	8	168	24	19	32	24	1.98
23453547--23453652	50	2.1	50	87	0	149	25	21	32	20	1.98
23453916--23453954	20	2.0	20	90	10	62	56	5	23	15	1.59
23456325--23456563	130	1.8	133	91	4	403	51	10	10	28	1.68
23461787--23461813	14	1.9	14	100	0	54	37	22	25	14	1.93
23468310--23468382	37	2.0	37	94	0	128	42	15	13	28	1.85
23469093--23469139	22	2.3	19	85	14	58	44	2	0	53	1.12
23469095--23469136	16	2.7	15	79	20	50	45	2	0	52	1.13
23469703--23469756	25	2.2	25	80	12	58	38	3	1	55	1.28
23476160--23476236	34	2.3	33	86	6	111	23	24	24	27	2.00
23476505--23476604	27	3.8	26	92	2	155	40	15	12	33	1.83
23484042--23484170	27	4.8	27	93	2	190	37	14	14	32	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23484849--23484910	30	2.0	31	87	3	90	54	4	16	24	1.61
23486352--23486554	50	4.1	50	88	0	282	22	32	19	25	1.98
23496188--23496472	50	5.7	50	86	2	367	21	30	22	25	1.99
23496179--23496472	150	2.0	151	87	3	432	22	29	22	25	1.99
23497744--23497850	33	3.3	33	81	6	137	41	12	27	19	1.87
23501106--23501134	12	2.3	13	94	5	51	20	6	13	58	1.58
23502359--23502393	17	2.1	17	88	0	52	31	37	25	5	1.80
23503720--23503834	25	4.6	25	75	6	74	33	21	20	24	1.97
23505249--23505377	44	2.9	44	89	1	186	40	13	24	22	1.89
23505255--23505394	45	3.1	45	84	1	129	39	14	23	22	1.91
23507557--23507706	46	3.3	46	82	1	140	33	17	20	29	1.95
23507592--23507715	46	2.7	46	84	0	158	33	16	21	29	1.95
23511242--23511321	30	2.7	29	83	11	92	31	21	17	30	1.96
23513668--23513741	21	3.5	21	71	12	62	54	25	0	20	1.45
23515434--23515544	40	2.8	40	81	8	111	10	32	23	33	1.89
23515478--23515545	20	3.4	19	68	8	55	10	35	23	30	1.88
23519477--23519522	3	15.3	3	100	0	92	32	0	0	67	0.91
23527322--23527350	14	2.1	14	100	0	58	31	13	20	34	1.92
23527416--23527521	48	2.2	46	81	6	122	20	13	6	59	1.56
23532800--23532853	19	2.8	19	94	0	90	37	11	16	35	1.84
23532814--23532876	19	3.0	22	84	9	69	39	7	17	34	1.79
23533783--23533833	25	2.1	24	85	10	68	35	5	1	56	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23539943--23539993	24	2.1	24	85	0	66	39	3	7	49	1.51
23544145--23544172	14	2.0	14	100	0	56	57	0	0	42	0.99
23544368--23544409	15	2.7	15	89	10	59	40	9	7	42	1.65
23545206--23545260	25	2.2	24	78	9	58	16	7	5	70	1.28
23559475--23559518	16	2.6	17	82	7	63	50	4	0	45	1.22
23559477--23559574	23	4.1	23	78	15	92	45	5	1	47	1.31
23559906--23559946	19	2.2	19	86	0	55	29	24	12	34	1.91
23565248--23565316	26	2.7	26	97	0	129	28	21	18	30	1.97
23566872--23566911	20	2.0	20	85	0	53	55	2	0	42	1.13
23567014--23567061	17	2.9	16	82	17	55	62	0	0	37	0.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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