genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.70.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  67659327

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  70  of  216  ( 25871 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21029643--21029758	45	2.6	44	84	4	142	44	38	2	13	1.58
21035906--21035995	40	2.2	41	82	4	101	38	25	13	22	1.90
21037263--21037727	231	2.0	231	98	0	894	39	17	12	30	1.86
21040876--21040940	25	2.6	25	75	4	60	40	13	13	32	1.85
21043662--21043721	3	20.0	3	78	0	57	58	3	5	33	1.36
21043642--21043721	36	2.2	36	84	8	101	60	3	6	30	1.39
21045055--21045427	50	7.6	50	70	6	287	24	19	23	32	1.97
21045024--21045453	98	4.4	98	88	0	572	24	19	22	33	1.97
21125371--21125595	40	5.7	40	85	7	280	24	22	28	25	1.99
21125410--21125628	79	2.8	80	84	6	243	26	21	26	25	1.99
21128752--21128839	46	1.9	46	86	4	124	38	19	20	21	1.93
21129055--21129193	32	4.4	32	82	0	163	38	20	20	20	1.94
21129192--21129231	12	3.0	14	73	26	50	35	22	22	20	1.96
21129338--21129395	24	2.4	24	88	5	82	46	24	8	20	1.78
21129375--21129446	24	3.0	24	83	0	72	47	19	5	27	1.72
21129392--21129448	24	2.4	24	87	0	78	45	19	5	29	1.72
21129492--21129821	81	4.1	81	79	13	292	22	18	18	39	1.92
21129509--21129809	54	5.6	55	77	11	227	22	18	19	38	1.93
21129490--21129809	27	11.9	26	80	10	199	22	18	19	39	1.93
21129602--21129821	27	8.1	27	86	5	234	23	19	18	39	1.92
21137431--21137742	159	2.0	159	89	2	484	36	10	15	37	1.83
21139738--21139799	32	1.9	32	100	0	124	45	0	8	46	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21142373--21142661	143	2.0	143	95	1	517	28	14	24	33	1.94
21147833--21147887	8	6.6	9	82	16	57	58	27	0	14	1.37
21147833--21147887	16	3.3	16	82	12	67	58	27	0	14	1.37
21147840--21147886	24	2.0	24	95	4	87	55	29	0	14	1.40
21147843--21147895	24	2.2	24	83	6	63	64	22	0	13	1.28
21149017--21149054	3	12.7	3	94	0	67	36	0	0	63	0.95
21157184--21157244	26	2.3	26	83	8	70	54	1	1	42	1.20
21160838--21161178	51	6.7	51	80	5	318	29	15	26	29	1.96
21160838--21161176	102	3.3	100	85	3	403	28	15	26	29	1.96
21160842--21161128	153	1.9	153	85	2	398	29	14	26	29	1.95
21163009--21163053	23	2.0	23	95	0	81	37	17	22	22	1.94
21163983--21164023	10	3.6	12	81	18	52	0	19	2	78	0.87
21163935--21164017	30	2.9	28	77	10	78	0	26	4	68	1.09
21164223--21164281	30	2.1	27	84	12	75	44	1	0	54	1.10
21164233--21164284	15	3.4	16	75	25	58	40	1	0	57	1.10
21166539--21166577	21	1.9	20	89	5	60	43	2	2	51	1.29
21170127--21170156	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
21170649--21170690	22	1.9	22	85	9	59	73	0	9	16	1.08
21170638--21170696	21	2.8	21	76	7	57	76	0	10	13	1.02
21173981--21174114	30	4.5	29	68	17	78	38	10	7	43	1.67
21176089--21176220	41	3.2	41	95	0	237	28	25	21	25	1.99
21177852--21177903	28	1.9	26	92	7	86	46	7	0	46	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21182205--21182242	20	1.9	20	89	10	60	18	0	7	73	1.06
21185238--21185289	25	2.0	28	88	11	83	51	3	11	32	1.56
21187188--21187332	41	3.5	41	92	1	220	26	23	28	22	1.99
21193216--21193267	25	2.0	28	85	11	74	51	5	11	30	1.61
21195151--21195267	41	2.8	40	85	5	162	25	22	28	23	1.99
21208168--21208211	18	2.4	18	82	10	54	52	6	31	9	1.59
21208259--21208306	24	1.9	25	87	8	71	18	4	10	66	1.37
21216370--21216518	45	3.3	44	80	8	160	17	18	16	46	1.84
21216499--21216661	45	3.7	45	86	4	226	22	19	22	35	1.96
21233264--21233308	20	2.2	20	84	0	54	53	2	8	35	1.45
21235894--21235949	22	2.5	22	82	5	69	37	19	16	26	1.92
21246034--21246116	17	5.2	16	73	12	82	59	1	0	39	1.05
21246039--21246116	32	2.5	29	85	10	93	58	1	0	39	1.06
21247178--21247217	9	4.4	9	80	0	53	65	2	7	25	1.32
21247176--21247247	18	3.9	18	75	3	63	62	2	5	29	1.32
21247532--21247593	19	3.2	18	76	14	61	30	4	3	61	1.33
21247532--21247593	9	6.4	9	73	12	52	30	4	3	61	1.33
21247532--21247605	20	3.7	20	78	8	71	29	5	2	62	1.31
21258155--21258199	9	4.8	10	83	5	51	26	2	0	71	0.98
21286978--21287018	19	2.2	19	90	0	64	2	17	0	80	0.82
21294503--21294694	90	2.2	86	81	7	217	30	20	16	32	1.95
21294503--21294710	42	4.7	43	74	9	177	28	19	17	34	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21294569--21294746	86	2.1	86	84	4	225	28	19	19	33	1.96
21294683--21294766	43	2.0	42	81	11	100	28	15	27	28	1.96
21303166--21303231	25	2.6	25	82	0	87	28	19	36	15	1.92
21305500--21305555	28	2.0	29	82	3	69	53	1	1	42	1.21
21306309--21306351	18	2.4	18	92	0	68	37	0	9	53	1.33
21306309--21306351	6	7.2	6	86	0	59	37	0	9	53	1.33
21306504--21306563	24	2.4	25	84	15	72	41	0	28	30	1.56
21306707--21306802	39	2.5	39	80	6	108	20	23	28	27	1.99
21312794--21312849	28	2.0	29	82	3	69	53	1	1	42	1.21
21313597--21313639	18	2.4	18	92	0	68	37	0	9	53	1.33
21313597--21313639	6	7.2	6	86	0	59	37	0	9	53	1.33
21313800--21313859	24	2.4	25	84	15	72	41	0	28	30	1.56
21313962--21314096	39	3.4	39	75	8	114	22	20	28	28	1.99
21315749--21315776	7	4.0	7	100	0	56	71	0	0	28	0.86
21316087--21316226	40	3.5	39	79	6	129	29	20	21	28	1.98
21316272--21316360	40	2.2	40	86	4	117	34	20	21	23	1.96
21316129--21316711	143	3.9	146	81	10	436	33	17	22	27	1.96
21316260--21316746	157	3.1	155	85	4	590	31	16	23	28	1.96
21316785--21316846	21	2.9	22	76	9	74	20	0	25	53	1.46
21316871--21316915	14	3.2	14	87	6	65	20	0	28	51	1.48
21316883--21316921	7	5.6	7	85	11	53	15	0	30	53	1.42
21316876--21316921	21	2.2	21	92	0	74	15	0	30	54	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21317127--21317207	14	5.9	14	73	13	60	20	1	28	49	1.57
21317174--21317228	7	7.9	7	81	18	62	16	0	30	52	1.44
21317113--21317237	21	6.0	21	75	11	96	20	0	31	48	1.55
21317177--21317235	14	4.2	14	78	8	57	16	0	32	50	1.46
21318630--21318681	26	2.0	26	96	0	95	13	23	34	28	1.92
21318448--21318713	104	2.6	104	91	4	430	18	19	30	30	1.96
21319924--21319986	29	2.2	28	88	8	92	19	3	34	42	1.67
21322662--21322865	43	4.7	43	90	0	300	27	34	19	18	1.95
21322662--21322927	43	6.2	42	81	6	293	29	34	18	18	1.94
21327466--21327521	21	2.6	21	82	2	67	30	39	1	28	1.67
21327726--21327773	25	1.9	25	95	0	87	62	2	0	35	1.07
21327829--21327893	7	8.9	7	75	8	58	35	46	0	18	1.50
21327853--21327896	15	2.9	15	86	10	63	36	50	0	13	1.42
21327909--21327949	14	2.9	15	82	10	59	39	31	0	29	1.57
21327889--21327965	22	3.6	22	72	8	70	38	33	0	27	1.57
21328324--21328624	41	7.4	40	78	7	259	31	27	20	20	1.97
21328308--21328622	82	3.9	81	80	7	304	30	27	20	20	1.98
21328308--21328621	123	2.6	124	81	5	347	30	27	20	21	1.98
21330721--21330750	14	2.1	14	100	0	60	46	26	20	6	1.75
21331223--21331276	3	18.0	3	100	0	108	66	0	0	33	0.92
21332955--21332988	17	2.1	17	88	5	52	41	2	0	55	1.15
21334275--21334304	16	1.9	16	93	6	53	83	10	0	6	0.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21334481--21334550	4	17.5	4	72	21	58	72	1	24	1	1.00
21334475--21334557	10	8.3	10	74	15	73	71	1	26	1	1.01
21334481--21334557	14	5.2	14	77	14	75	71	1	25	1	1.01
21334485--21334557	38	1.9	38	86	5	103	71	1	26	1	1.02
21335323--21335358	18	2.1	17	89	5	54	19	0	5	75	1.00
21335395--21335537	28	5.5	27	76	17	151	37	8	2	51	1.44
21335378--21335486	52	2.1	52	87	0	155	45	7	1	44	1.42
21335395--21335537	52	2.8	52	90	6	222	37	8	2	51	1.44
21335464--21335507	21	2.1	20	91	8	70	29	9	2	59	1.41
21340431--21340462	3	10.7	3	100	0	64	65	0	0	34	0.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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