genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.40.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  67659327

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  40  of  216  ( 25871 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11370088--11370181	48	2.0	48	87	8	138	19	12	27	40	1.88
11374661--11374688	3	9.3	3	100	0	56	0	35	0	64	0.94
11378029--11378081	19	2.7	21	72	19	51	47	7	5	39	1.56
11389275--11389326	16	3.2	16	94	0	86	28	0	36	34	1.58
11389307--11389401	45	2.1	44	88	1	136	34	5	27	32	1.79
11389543--11389584	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
11389552--11389593	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
11389715--11389875	47	3.6	46	69	18	140	48	3	3	45	1.34
11394534--11394612	31	2.6	30	84	6	88	35	2	11	50	1.52
11405828--11405894	34	1.9	35	87	3	100	46	11	8	32	1.72
11411195--11411222	4	7.0	4	100	0	56	25	0	0	75	0.81
11412073--11412104	16	2.0	16	93	0	55	12	15	3	68	1.32
11413303--11413345	22	2.0	22	86	4	61	53	11	0	34	1.37
11414392--11414431	20	2.0	21	90	5	64	20	17	7	55	1.66
11417273--11417311	13	2.9	13	85	14	53	56	15	15	12	1.68
11417488--11417525	13	2.7	14	84	8	51	63	13	7	15	1.51
11420322--11420439	42	2.8	42	81	11	145	29	16	23	30	1.96
11420322--11420473	42	3.7	40	81	8	128	29	15	24	30	1.95
11426524--11426637	42	2.7	43	77	1	131	32	22	17	27	1.96
11429069--11429115	24	2.0	24	83	8	60	68	8	8	14	1.39
11429750--11429824	19	3.8	19	87	6	114	36	17	9	37	1.82
11429761--11429823	21	3.1	21	88	9	103	38	15	9	36	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11431497--11432001	107	4.7	108	90	1	784	37	18	13	31	1.89
11432024--11432068	20	2.2	21	84	11	58	55	4	11	28	1.54
11432193--11432251	30	2.1	27	81	15	66	69	5	5	20	1.27
11441566--11441730	86	1.9	85	81	8	201	32	27	16	23	1.96
11443881--11443911	15	2.1	15	100	0	62	67	0	0	32	0.91
11444401--11444436	15	2.5	14	90	4	54	36	2	0	61	1.11
11444641--11444683	15	2.9	14	80	10	50	25	4	0	69	1.07
11454117--11454187	31	2.2	32	85	7	90	36	0	4	59	1.17
11454104--11454419	19	17.2	18	68	18	79	33	0	3	61	1.19
11454156--11454238	27	3.1	26	83	14	107	30	0	6	63	1.18
11454236--11454304	26	2.5	27	81	6	68	31	1	5	60	1.29
11454261--11454379	29	4.1	27	73	19	80	32	1	2	63	1.18
11454377--11454418	16	2.6	16	82	10	50	33	2	0	64	1.07
11454103--11454439	10	36.6	9	68	21	157	32	1	3	62	1.21
11454824--11454874	22	2.4	20	84	12	66	52	0	0	47	1.00
11456757--11456791	18	1.9	18	94	0	61	25	5	20	48	1.71
11456943--11456985	19	2.3	19	84	8	52	51	4	4	39	1.44
11461944--11462105	69	2.3	69	82	0	189	27	24	17	31	1.97
11464563--11464600	14	2.4	17	87	12	55	47	0	0	52	1.00
11464536--11464601	28	2.4	27	85	12	89	51	0	1	46	1.10
11464819--11464850	17	2.0	17	88	11	50	62	15	21	0	1.32
11465516--11465590	3	25.0	3	97	0	141	33	1	0	65	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11465745--11465789	24	2.0	22	86	8	63	46	0	22	31	1.52
11467770--11467823	26	2.1	26	100	0	108	33	29	11	25	1.91
11471607--11471635	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
11471773--11471839	30	2.2	30	82	10	82	44	1	8	44	1.44
11476141--11476193	18	3.0	17	91	5	79	39	1	1	56	1.21
11476357--11476445	46	2.0	46	86	4	128	35	29	4	30	1.77
11476427--11476479	16	3.3	16	89	0	79	24	32	3	39	1.73
11478216--11478254	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
11484265--11484329	29	2.2	31	81	10	73	40	16	10	32	1.84
11492687--11492728	21	2.0	21	95	0	75	28	14	26	30	1.95
11494687--11494850	87	1.9	86	87	1	238	37	17	16	29	1.91
11494837--11494897	30	2.0	30	100	0	122	39	16	9	34	1.82
11496067--11496127	30	2.0	30	100	0	122	32	3	19	44	1.67
11502241--11502296	30	2.0	27	86	13	78	41	0	5	53	1.24
11508698--11508742	15	3.1	15	84	12	58	33	2	0	64	1.06
11513368--11513436	22	2.9	24	65	12	61	24	8	17	49	1.75
11514071--11514149	21	3.8	21	80	6	79	11	16	37	34	1.85
11515832--11515867	15	2.4	15	90	0	54	50	33	0	16	1.46
11516418--11516461	16	2.7	16	78	3	52	61	20	2	15	1.45
11517580--11517628	22	2.2	22	85	0	62	16	12	12	59	1.62
11518262--11518287	1	26.0	1	100	0	52	0	0	0	100	0.00
11521121--11521157	16	2.4	16	86	13	51	40	2	0	56	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11521121--11521164	15	2.8	16	83	12	56	43	4	0	52	1.22
11530733--11530773	7	5.6	7	83	11	55	29	2	24	43	1.67
11533362--11533421	28	2.2	27	84	3	75	48	1	1	48	1.21
11535269--11535306	19	2.0	19	89	0	58	39	21	15	23	1.92
11550904--11551144	50	4.7	50	87	5	286	22	29	21	26	1.99
11557654--11557694	21	2.0	21	81	18	50	31	19	26	21	1.97
11567253--11567289	18	2.0	19	89	5	58	67	0	5	27	1.12
11567887--11567968	40	2.0	40	92	0	137	47	13	23	15	1.81
11571408--11571463	27	2.1	27	100	0	112	35	10	10	42	1.74
11571857--11571911	28	2.0	28	100	0	110	25	30	10	32	1.90
11575602--11575641	3	13.3	3	100	0	80	32	0	0	67	0.91
11575772--11575797	13	2.0	13	100	0	52	0	7	7	84	0.77
11577977--11578021	19	2.3	20	75	20	51	26	22	8	42	1.83
11580715--11580823	48	2.2	49	80	8	132	46	14	27	11	1.78
11580726--11580822	48	2.0	48	86	2	133	46	16	25	11	1.80
11582135--11582282	45	3.3	45	70	17	128	31	20	24	22	1.98
11582107--11582592	89	5.5	87	85	5	550	30	18	24	26	1.98
11582109--11582542	44	9.8	44	69	9	281	30	19	23	26	1.98
11582107--11582593	179	2.7	176	84	7	617	30	18	24	26	1.98
11582107--11582701	177	3.3	177	81	5	470	30	18	23	27	1.98
11582562--11583111	264	2.1	264	95	0	983	27	19	24	27	1.99
11584645--11584687	3	14.3	3	100	0	86	32	0	0	67	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11584820--11584845	13	2.0	13	100	0	52	0	7	7	84	0.77
11589482--11589524	22	2.0	22	85	0	59	18	37	16	27	1.92
11590599--11590643	20	2.4	18	81	7	54	42	4	0	53	1.21
11590723--11590797	28	2.7	27	73	10	71	33	8	2	56	1.43
11594754--11594804	19	2.9	17	75	13	50	72	1	17	7	1.18
11596052--11596328	50	5.6	49	74	5	234	33	22	17	26	1.96
11596030--11596387	99	3.6	100	84	4	445	32	21	19	26	1.97
11596827--11596936	45	2.5	44	77	11	125	31	24	19	24	1.98
11597381--11597423	22	2.0	22	90	0	68	18	41	13	25	1.88
11598489--11598533	20	2.3	20	88	7	67	40	4	0	55	1.20
11598489--11598540	20	2.8	18	80	11	59	38	3	0	57	1.17
11606980--11607051	28	2.6	28	90	0	108	30	26	12	30	1.93
11612322--11612379	9	6.6	9	75	23	52	22	3	0	74	0.97
11612322--11612373	5	10.4	5	78	15	54	21	3	0	75	0.97
11613781--11613819	14	2.6	15	80	12	53	84	0	7	7	0.77
11613791--11613817	14	1.9	14	100	0	54	88	0	11	0	0.50
11614360--11614394	15	2.4	15	90	4	54	48	0	8	42	1.33
11617282--11617351	35	2.0	35	100	0	140	34	11	11	42	1.77
11618226--11618294	33	2.1	33	91	0	111	42	8	5	43	1.59
11619204--11619303	42	2.3	44	86	6	134	19	19	15	47	1.83
11629871--11629904	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
11634499--11634532	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11635831--11635860	11	2.7	11	100	0	60	60	0	0	40	0.97
11654852--11655183	89	3.8	87	74	9	300	28	20	23	26	1.99
11654894--11655263	172	2.2	172	91	2	591	28	20	22	28	1.99
11655068--11655474	216	1.9	216	95	0	733	27	20	23	28	1.99
11654894--11655364	172	2.7	172	84	7	537	28	19	23	27	1.98
11654852--11655359	44	11.7	44	69	14	188	28	20	23	27	1.99
11656831--11656872	19	2.2	20	82	4	50	28	7	14	50	1.69
11659024--11659061	21	1.9	21	89	10	62	50	0	0	50	1.00
11659029--11659083	28	2.0	28	85	0	74	47	1	1	49	1.23
11661062--11661099	19	2.0	19	94	0	67	42	18	15	23	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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