genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.80.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  67659327

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  80  of  216  ( 25871 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24568564--24568604	21	1.9	21	85	5	55	34	43	17	4	1.70
24568724--24568785	34	1.9	31	92	0	79	41	4	8	45	1.55
24571954--24572359	126	3.2	126	93	0	688	26	22	18	32	1.97
24572399--24572674	95	2.9	95	80	4	297	39	18	3	37	1.69
24578996--24579034	20	1.9	21	85	15	55	43	15	23	17	1.87
24581351--24581393	23	2.0	21	86	9	59	44	4	4	46	1.45
24583259--24583351	47	2.0	47	86	0	132	31	16	17	35	1.92
24587586--24587701	54	2.2	54	98	1	225	28	25	0	45	1.54
24587639--24587682	22	2.1	20	83	8	52	27	29	0	43	1.55
24587586--24587714	54	2.4	54	93	3	210	27	26	0	45	1.59
24589114--24589157	20	2.1	21	91	4	72	34	2	6	56	1.38
24589161--24589228	26	2.6	25	82	13	84	30	2	2	63	1.24
24601564--24602011	44	10.2	44	70	10	193	30	20	22	26	1.99
24601998--24602118	44	2.8	44	79	1	127	29	20	22	27	1.98
24603816--24603863	23	2.2	22	85	10	64	35	4	4	56	1.38
24603877--24603927	15	3.5	15	71	15	52	29	1	3	64	1.22
24603877--24603935	29	2.1	27	90	6	91	30	1	3	64	1.20
24603975--24604013	12	3.3	12	82	17	55	17	0	0	82	0.68
24603979--24604013	11	3.1	11	92	8	61	17	0	0	82	0.66
24603979--24604011	6	5.7	6	92	7	59	15	0	0	84	0.61
24608316--24608352	13	2.8	13	95	0	65	51	8	16	24	1.71
24611080--24611220	56	2.7	52	87	6	178	21	30	21	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24616663--24617033	123	3.0	122	83	4	449	31	18	23	26	1.97
24617623--24617665	14	3.2	14	78	21	56	18	2	46	32	1.62
24618292--24618363	36	2.0	37	88	2	110	25	0	41	33	1.55
24618707--24619388	270	2.5	269	83	4	825	33	14	18	32	1.92
24619154--24619621	233	2.0	233	89	1	706	34	14	20	30	1.93
24618889--24619877	503	2.0	502	82	4	1226	33	15	19	31	1.93
24620342--24620465	60	2.1	60	93	1	214	24	7	26	41	1.80
24620462--24620536	13	5.8	13	71	22	52	29	2	21	46	1.65
24620846--24620898	23	2.3	23	78	15	65	9	22	11	56	1.63
24621934--24621986	20	2.8	20	83	11	58	39	3	1	54	1.29
24622117--24622215	13	7.5	13	77	6	83	43	10	3	43	1.53
24622234--24622628	9	45.4	9	68	15	215	41	21	2	34	1.66
24622280--24622594	41	7.3	41	72	13	134	41	21	2	34	1.67
24622310--24622375	16	4.6	16	69	21	56	45	22	1	30	1.62
24622271--24622336	25	2.6	25	76	9	80	45	22	3	28	1.67
24622388--24622421	16	2.1	16	94	0	59	44	17	2	35	1.64
24622410--24622441	16	2.0	16	100	0	64	43	25	0	31	1.55
24622408--24622628	25	8.4	27	73	12	160	40	23	2	33	1.67
24622234--24622624	34	11.8	33	67	17	111	41	21	2	34	1.66
24628352--24628572	43	5.2	43	80	2	234	27	19	27	24	1.99
24636548--24636609	30	2.1	30	93	0	106	27	4	11	56	1.54
24644290--24644609	43	7.4	43	78	5	288	28	28	17	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24645471--24645744	23	11.9	22	73	14	187	39	22	6	32	1.79
24645471--24645744	46	5.9	46	80	8	299	39	22	6	32	1.79
24648801--24648830	7	4.3	7	95	0	51	30	0	70	0	0.88
24648797--24648830	14	2.5	14	85	4	52	35	0	64	0	0.94
24649693--24649731	7	5.6	7	90	0	60	33	51	0	15	1.44
24650046--24650079	14	2.4	14	100	0	68	44	32	0	23	1.54
24650338--24650383	20	2.4	19	85	7	58	65	4	4	26	1.30
24650392--24650550	41	3.9	41	88	5	243	27	26	22	24	2.00
24650495--24650613	63	1.9	63	87	0	175	28	29	21	20	1.98
24650415--24650683	145	1.9	143	89	3	423	28	28	21	20	1.98
24650454--24650654	104	1.9	104	86	2	287	28	28	21	20	1.98
24650552--24650686	41	3.3	40	85	2	180	29	31	22	17	1.96
24651694--24651763	22	3.2	22	74	11	63	60	4	14	21	1.51
24655422--24655455	3	11.3	3	100	0	68	0	32	0	67	0.91
24655708--24655742	16	2.2	16	89	0	52	37	40	8	14	1.76
24655800--24655859	30	2.0	30	93	0	102	31	28	5	35	1.79
24664424--24664455	3	10.7	3	100	0	64	34	0	0	65	0.93
24669837--24669866	13	2.4	12	94	5	51	46	6	0	46	1.29
24670222--24670261	14	2.6	14	85	14	53	55	5	2	37	1.35
24671206--24671272	23	2.8	24	81	2	82	14	14	52	17	1.75
24671459--24671510	27	1.9	27	84	7	70	17	3	9	69	1.31
24671475--24671524	22	2.3	22	85	0	64	16	4	6	74	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24671785--24672011	50	4.5	50	71	3	152	23	20	25	31	1.98
24671802--24672045	101	2.4	100	86	4	341	22	20	25	30	1.98
24671876--24672027	50	3.0	50	69	4	135	21	20	27	30	1.98
24672200--24672322	44	2.8	44	82	2	149	28	21	17	31	1.97
24672034--24672482	233	1.9	233	95	0	817	27	19	18	33	1.96
24672478--24672942	43	10.7	43	66	16	208	25	25	20	28	1.99
24672471--24673384	130	7.0	130	90	2	1327	25	25	20	28	1.99
24674625--24674673	7	7.0	7	84	13	66	14	14	0	71	1.15
24674643--24674672	13	2.3	13	100	0	60	13	13	0	73	1.10
24676166--24676256	40	2.3	40	86	3	121	26	27	21	24	1.99
24684038--24684181	40	3.6	40	80	9	125	26	27	22	24	2.00
24685188--24685212	13	1.9	13	100	0	50	0	8	4	88	0.64
24689941--24689971	11	2.9	11	95	4	55	83	0	16	0	0.64
24690976--24691066	23	4.0	23	85	0	119	26	27	17	28	1.98
24693954--24694010	11	4.8	11	83	14	60	57	0	0	42	0.98
24693954--24693998	14	3.4	13	85	11	56	57	0	0	42	0.98
24693955--24694013	25	2.3	26	88	5	84	57	0	0	42	0.98
24695333--24695395	28	2.2	29	88	5	92	14	4	12	68	1.36
24696622--24696688	35	1.9	36	85	11	95	37	20	8	32	1.84
24700613--24700744	50	2.6	52	77	17	141	37	12	15	34	1.84
24704249--24704292	17	2.7	15	83	13	52	59	0	4	36	1.18
24705245--24705395	20	7.6	20	67	12	87	20	27	19	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24705431--24705495	19	3.4	19	77	10	62	13	23	23	40	1.90
24705683--24705815	60	2.2	60	81	2	160	18	29	20	31	1.96
24705670--24705821	20	7.6	20	71	2	117	20	28	19	31	1.97
24709288--24709328	21	2.0	21	90	0	64	31	2	4	60	1.30
24717188--24717237	17	2.9	17	87	0	82	24	24	6	46	1.75
24720756--24720805	17	2.9	17	90	0	82	24	28	6	42	1.78
24723986--24724036	6	8.5	6	77	16	52	15	1	15	66	1.34
24723986--24724042	18	3.2	17	78	16	53	15	1	14	68	1.29
24728304--24728480	50	3.4	50	83	4	192	28	20	27	22	1.99
24732007--24732193	51	3.7	49	76	7	187	25	14	26	33	1.95
24732117--24732197	26	3.2	26	62	28	64	23	13	28	34	1.93
24736018--24736131	57	2.0	57	98	0	219	23	17	25	33	1.96
24740853--24741094	50	4.7	50	76	4	191	27	21	26	24	1.99
24745931--24745983	22	2.3	23	71	12	56	62	5	5	26	1.40
24753232--24753274	22	2.0	21	86	4	59	23	6	11	58	1.57
24756483--24756529	23	2.0	23	100	0	94	29	8	12	48	1.71
24757797--24757857	25	2.4	25	91	5	95	31	19	19	29	1.97
24763825--24763887	29	2.2	29	88	8	94	33	19	11	36	1.87
24763919--24763946	13	2.2	13	100	0	56	21	25	7	46	1.76
24765103--24765147	21	2.1	22	83	4	56	57	0	4	37	1.19
24767299--24767330	3	10.7	3	100	0	64	0	34	0	65	0.93
24769034--24769092	30	2.0	29	83	12	75	50	11	5	32	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24769399--24769438	15	2.7	15	96	0	71	22	27	5	45	1.73
24778425--24778465	17	2.3	19	83	16	68	53	0	0	46	1.00
24778522--24778554	16	2.1	16	94	0	57	45	3	0	51	1.16
24783063--24783574	47	10.7	47	93	2	774	31	9	30	28	1.88
24783305--24783430	25	5.3	25	62	11	84	30	8	31	29	1.87
24783330--24783452	22	5.3	22	62	11	66	29	11	31	27	1.91
24783693--24783771	37	2.1	37	88	0	113	25	18	30	25	1.98
24784623--24784738	9	12.6	9	70	17	60	66	3	1	28	1.18
24784623--24784738	19	6.3	19	69	13	64	66	3	1	28	1.18
24784646--24784721	29	2.6	29	85	4	91	63	1	2	32	1.17

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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